genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  26  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8414521--8414788	86	3.2	85	84	6	312	26	17	26	30	1.97
8420185--8420219	16	2.1	17	89	5	54	42	11	2	42	1.55
8421393--8421603	43	4.9	42	80	3	206	29	25	19	25	1.99
8421393--8421603	86	2.5	86	76	0	233	29	25	19	25	1.99
8425521--8425641	60	2.0	60	98	0	233	47	17	10	24	1.79
8430438--8430488	7	7.1	7	86	2	66	45	31	0	23	1.53
8430434--8430496	14	4.4	14	86	4	63	47	30	0	22	1.51
8430513--8430544	14	2.3	14	94	0	55	50	25	0	25	1.50
8430597--8430638	14	2.9	14	82	6	57	35	35	0	28	1.58
8430597--8430639	15	2.9	15	86	3	61	37	34	0	27	1.57
8431851--8431883	15	2.3	14	94	5	57	30	51	3	15	1.58
8431851--8431883	7	4.6	7	92	7	57	30	51	3	15	1.58
8431851--8431907	14	3.9	15	79	6	55	33	47	1	17	1.58
8431875--8431915	21	2.0	20	85	4	55	39	41	0	19	1.52
8431390--8432021	317	2.0	312	86	3	881	40	28	3	28	1.71
8432294--8432413	41	2.9	41	87	0	177	30	30	20	19	1.97
8433183--8433223	19	2.2	19	86	0	55	73	0	4	21	1.02
8433254--8433291	19	2.0	19	89	0	58	68	10	2	18	1.30
8433365--8433526	59	2.7	60	82	0	191	25	16	12	45	1.82
8439459--8439496	17	2.2	17	90	0	58	68	0	5	26	1.11
8441057--8441198	73	2.0	72	91	1	230	35	18	18	28	1.94
8441573--8441615	20	2.2	20	91	0	68	39	2	11	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8441573--8441615	16	2.7	16	85	0	50	39	2	11	46	1.53
8441595--8441723	39	3.1	39	77	9	114	51	0	7	39	1.36
8441675--8441709	12	2.9	12	91	0	61	45	0	11	42	1.40
8443300--8443614	44	7.1	44	67	15	161	29	20	17	33	1.95
8443273--8443691	225	1.9	224	90	1	678	28	20	16	34	1.94
8443703--8444293	89	6.6	89	82	3	616	23	22	23	30	1.99
8443703--8444293	178	3.3	177	86	2	747	23	22	23	30	1.99
8443778--8444279	44	11.3	44	72	7	323	23	21	24	29	1.99
8443778--8444293	268	1.9	267	82	1	649	23	22	24	29	1.99
8445721--8445775	25	2.2	25	100	0	110	21	27	21	29	1.99
8451048--8451102	27	2.0	27	96	0	101	56	3	9	30	1.48
8451862--8451948	11	8.3	11	65	19	51	25	29	1	43	1.62
8451862--8451911	22	2.3	22	89	6	75	26	32	0	42	1.56
8456694--8456976	142	2.0	141	97	0	539	28	22	15	33	1.95
8456873--8457158	124	2.3	124	90	1	439	29	20	18	31	1.96
8457524--8457551	14	2.0	14	100	0	56	14	28	42	14	1.84
8457828--8457883	18	2.9	19	80	17	71	58	5	0	35	1.21
8458394--8458515	43	2.8	43	87	2	172	34	16	24	24	1.95
8459119--8459181	10	6.5	10	78	10	60	69	0	4	25	1.07
8459121--8459180	28	2.1	28	82	11	70	68	0	5	26	1.10
8459379--8459434	18	3.0	19	71	5	60	30	3	3	62	1.29
8459671--8459708	4	9.5	4	94	0	67	73	23	2	0	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8460359--8460384	7	3.7	7	100	0	52	84	0	0	15	0.62
8460515--8460584	9	7.4	9	74	7	50	30	4	2	62	1.28
8465002--8465049	19	2.5	19	86	0	60	22	29	16	31	1.96
8468635--8468664	4	7.5	4	100	0	60	76	0	23	0	0.78
8473447--8473577	45	2.9	45	89	0	190	44	12	19	24	1.84
8480794--8480836	21	2.0	21	83	16	54	53	16	0	30	1.43
8484138--8484396	35	7.4	35	89	2	333	36	28	17	17	1.93
8490968--8491108	69	2.0	69	90	0	219	34	20	12	32	1.90
8493109--8493188	37	2.2	37	82	6	92	42	30	12	15	1.83
8493139--8493242	37	2.8	37	80	8	131	42	26	13	17	1.86
8496808--8496865	30	1.9	30	82	6	73	20	10	13	55	1.68
8497634--8497685	13	3.8	13	73	12	50	50	1	1	46	1.23
8502110--8502137	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8502639--8502681	22	2.0	22	95	0	77	27	11	9	51	1.69
8505059--8505149	37	2.5	37	88	0	137	52	14	5	27	1.63
8507714--8507742	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
8511582--8511607	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8511810--8512126	96	3.3	95	83	5	394	38	17	2	42	1.62
8513507--8513804	125	2.4	125	85	5	390	33	17	20	28	1.95
8513874--8513973	51	2.0	50	86	7	139	46	2	26	26	1.64
8513933--8513982	11	4.5	11	74	18	50	40	2	30	28	1.68
8513933--8513982	22	2.3	22	86	13	68	40	2	30	28	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8514394--8514427	18	1.9	18	88	5	52	55	0	2	41	1.15
8514388--8514427	10	4.3	10	78	18	50	55	0	2	42	1.13
8515506--8515559	21	2.6	20	77	8	63	27	7	33	31	1.84
8522334--8522363	7	4.3	7	100	0	60	30	0	26	43	1.55
8528653--8528705	24	2.2	25	83	9	67	33	24	18	22	1.97
8528722--8528780	25	2.4	25	91	0	91	28	22	27	22	1.99
8529267--8529307	6	7.3	6	88	5	52	36	24	0	39	1.56
8529266--8529307	12	3.8	11	84	12	59	38	23	0	38	1.55
8531553--8531664	46	2.5	46	85	4	147	25	15	12	46	1.81
8538059--8538111	15	3.4	16	80	12	58	15	16	0	67	1.23
8538067--8538111	17	2.8	16	83	9	65	13	20	0	66	1.24
8538364--8538397	14	2.4	14	90	0	50	14	35	32	17	1.91
8538663--8538736	29	2.7	27	81	8	69	39	1	1	58	1.15
8539928--8539970	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
8540216--8540260	21	2.1	21	87	0	63	28	42	26	2	1.67
8540377--8540444	34	2.0	35	91	2	111	44	2	4	48	1.38
8541336--8541626	126	2.3	126	96	0	546	26	22	19	31	1.98
8541696--8541725	7	4.3	7	100	0	60	46	40	0	13	1.43
8541717--8541969	95	2.7	95	81	3	267	42	15	2	39	1.61
8541907--8542046	70	2.0	70	91	2	228	45	19	2	33	1.62
8542296--8542351	18	2.8	21	71	20	57	46	3	1	48	1.30
8552079--8552201	40	3.1	40	80	11	139	40	22	16	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8552249--8552654	41	9.9	41	91	0	578	19	22	28	29	1.98
8555218--8555265	24	2.0	24	84	8	62	58	8	6	27	1.51
8558010--8558121	43	2.6	43	88	2	154	22	14	30	33	1.93
8562387--8562434	25	1.9	25	87	8	71	18	4	18	58	1.55
8562387--8562433	24	1.9	25	86	4	69	19	4	19	57	1.57
8563101--8563275	65	2.7	66	76	12	173	37	6	16	40	1.74
8563343--8563509	81	2.1	80	94	2	298	35	5	22	36	1.77
8563568--8563670	41	2.5	41	87	0	152	28	19	20	32	1.97
8574287--8574390	40	2.7	38	72	10	95	33	22	19	25	1.97
8584575--8584649	30	2.6	29	76	19	84	42	4	2	50	1.35
8590176--8590224	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
8590835--8590914	40	2.0	41	92	5	135	46	13	3	36	1.62
8600848--8600891	18	2.5	17	77	3	52	56	4	4	34	1.40
8600932--8600963	6	5.3	6	100	0	64	81	0	0	18	0.70
8601144--8601188	19	2.4	19	88	3	65	37	0	6	55	1.26
8607169--8607227	31	1.9	31	89	0	91	45	11	8	33	1.71
8609311--8609363	18	2.8	19	82	5	54	30	0	5	64	1.17
8609330--8609401	20	3.7	20	80	7	76	26	1	4	68	1.16
8610152--8610180	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8611702--8611753	20	2.7	19	70	5	50	19	21	30	28	1.97
8613686--8613725	21	2.0	20	90	5	62	27	25	30	17	1.97
8620898--8621228	27	12.3	27	86	0	410	43	20	16	19	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8620898--8621230	81	4.1	81	89	0	479	43	20	16	19	1.88
8629067--8629099	16	2.0	17	94	5	59	51	0	24	24	1.48
8636459--8636767	155	2.0	156	99	0	611	32	8	19	40	1.82
8640186--8640215	13	2.3	13	94	0	51	6	10	10	73	1.25
8640206--8640267	27	2.3	26	81	8	72	14	12	9	62	1.53
8641789--8641847	30	2.0	30	86	0	82	28	20	16	33	1.95
8645745--8645776	10	3.2	10	100	0	64	50	0	40	9	1.35
8649151--8649194	14	3.1	14	80	0	52	38	0	13	47	1.43
8652232--8652276	21	2.1	21	88	8	65	73	0	17	8	1.08
8663633--8663673	17	2.4	18	80	12	50	43	0	0	56	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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