genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   

This is table  63  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20797406--20798177	217	3.5	217	92	1	1202	29	19	22	28	1.98
20797752--20798080	173	1.9	173	81	9	395	28	19	23	28	1.98
20797493--20798046	44	12.7	44	70	14	280	28	19	23	27	1.98
20810357--20810519	84	1.9	84	86	2	229	30	19	19	30	1.97
20810357--20810525	28	6.0	28	84	2	178	30	19	19	30	1.97
20813358--20813402	23	2.0	23	86	0	63	48	0	8	42	1.34
20813551--20813575	13	1.9	13	100	0	50	44	8	0	48	1.32
20813531--20813832	149	2.0	152	96	3	556	37	6	10	45	1.65
20813838--20813940	51	2.0	51	98	0	197	47	4	5	41	1.49
20827824--20827890	29	2.3	29	77	7	75	28	13	8	49	1.72
20828033--20828062	12	2.5	12	94	0	51	26	3	16	53	1.59
20832241--20832417	54	3.2	58	60	21	133	31	9	4	55	1.51
20832243--20832455	108	2.0	108	98	0	408	32	8	4	53	1.53
20844553--20845227	44	15.6	43	68	14	327	28	19	23	28	1.98
20844545--20845227	217	3.1	217	92	0	1114	28	19	23	28	1.98
20844982--20845192	84	2.4	89	77	9	195	30	19	21	28	1.98
20846770--20846800	16	1.9	16	93	0	53	29	6	0	64	1.18
20850514--20850819	129	2.4	129	89	1	479	24	20	23	31	1.98
20850514--20850801	44	6.7	43	71	8	176	25	20	23	30	1.98
20850808--20851146	131	2.6	131	91	1	545	27	24	18	29	1.98
20850958--20851141	44	4.2	44	69	12	135	29	23	19	28	1.98
20852153--20852189	15	2.4	16	86	13	60	35	27	13	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20861245--20861278	16	2.1	16	88	0	50	41	23	17	17	1.90
20862716--20862745	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
20864682--20864724	19	2.3	19	83	0	59	65	2	0	32	1.06
20864727--20864756	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
20869016--20869069	11	4.8	12	84	6	69	24	27	0	48	1.52
20869016--20869069	22	2.4	23	87	12	85	24	27	0	48	1.52
20869378--20869432	22	2.4	23	82	11	69	23	34	0	41	1.55
20869377--20869432	12	5.0	11	72	20	53	23	33	0	42	1.54
20868789--20869520	363	2.0	366	92	0	1209	28	24	13	33	1.93
20871318--20871355	18	2.1	18	90	0	58	21	28	7	42	1.81
20871929--20872078	22	7.0	21	75	5	84	51	28	2	18	1.57
20871972--20872257	22	12.4	22	75	10	187	51	31	0	16	1.47
20871972--20872257	44	6.2	44	78	11	250	51	31	0	16	1.47
20872008--20872219	51	4.3	49	71	13	159	52	31	0	15	1.46
20872066--20872147	29	2.9	29	81	5	87	52	31	0	15	1.44
20872094--20872187	43	2.2	44	88	1	136	51	30	1	17	1.52
20872146--20872216	29	2.5	30	84	9	94	50	30	1	16	1.54
20872052--20872230	29	6.2	29	69	15	86	51	31	0	16	1.49
20872219--20872284	30	2.3	28	79	7	78	45	30	0	24	1.53
20880680--20880720	19	2.2	18	86	4	55	39	9	2	48	1.49
20882528--20882591	28	2.2	29	81	10	78	37	4	0	57	1.19
20882563--20882610	19	2.5	20	86	6	71	35	2	2	60	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20883554--20883587	15	2.3	15	94	0	59	26	52	11	8	1.67
20891704--20891910	31	6.7	31	81	3	222	29	8	17	43	1.78
20891704--20891910	62	3.4	62	85	4	251	29	8	17	43	1.78
20891716--20891920	92	2.2	93	81	6	229	30	7	18	43	1.77
20892035--20892162	43	3.0	43	88	4	195	25	17	25	31	1.97
20893651--20893931	139	2.0	140	96	2	521	24	15	29	29	1.96
20898407--20898607	31	6.5	31	86	1	269	29	8	18	43	1.79
20898407--20898600	92	2.1	93	92	0	300	29	8	18	43	1.79
20898748--20898878	43	3.0	43	88	1	199	27	16	24	31	1.97
20901346--20901413	27	2.5	27	90	2	100	39	22	22	16	1.92
20901778--20901866	28	3.2	28	85	1	99	23	20	23	32	1.98
20907702--20907768	27	2.5	28	83	9	86	17	22	19	40	1.92
20907716--20907787	27	2.7	27	85	8	85	19	19	23	37	1.94
20914625--20914885	137	1.9	137	84	1	344	21	20	24	32	1.97
20914836--20914931	42	2.3	42	85	1	122	20	23	23	31	1.98
20915627--20915664	20	1.9	20	94	0	67	47	2	28	21	1.64
20917188--20917293	41	2.6	41	90	1	167	22	30	20	26	1.98
20924849--20925367	249	2.0	253	91	5	848	44	17	6	30	1.74
20925402--20925630	41	5.6	41	90	3	347	23	28	20	26	1.99
20925740--20925851	41	2.7	41	80	2	127	23	25	22	29	1.99
20925741--20925880	41	3.4	41	81	5	124	25	25	20	29	1.99
20925489--20925989	251	2.0	251	94	0	876	29	21	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20926062--20926086	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
20929336--20929480	25	5.8	25	94	0	227	22	24	22	31	1.99
20930122--20930163	20	2.2	19	83	12	50	59	4	19	16	1.54
20934375--20934430	20	2.8	20	84	10	87	21	28	0	50	1.49
20939293--20939327	17	2.0	18	88	5	54	48	0	2	48	1.16
20942401--20942443	21	2.0	23	81	9	54	44	11	11	32	1.77
20942475--20942519	21	2.1	22	84	12	58	66	8	11	13	1.44
20945321--20945452	35	3.8	35	83	2	176	38	18	23	19	1.93
20945321--20945462	69	2.1	69	84	0	185	39	17	23	19	1.92
20945696--20945750	21	2.6	21	91	0	92	38	14	5	41	1.69
20947626--20947655	15	2.1	14	93	6	51	20	26	13	40	1.89
20953447--20953478	12	2.7	12	100	0	64	50	6	0	43	1.27
20965372--20965408	18	2.1	18	100	0	74	37	5	16	40	1.71
20967469--20967602	67	2.0	67	94	0	232	39	13	13	33	1.84
20967647--20967739	19	4.8	19	69	11	64	29	5	20	45	1.73
20967610--20967768	59	2.7	59	86	2	232	32	7	19	40	1.80
20967710--20967753	19	2.3	19	84	0	52	31	2	25	40	1.68
20967857--20967973	3	38.7	3	80	11	105	29	4	1	64	1.22
20967868--20968008	70	2.0	70	100	0	282	29	7	1	62	1.30
20968468--20968581	56	2.0	56	87	0	165	35	21	10	33	1.87
20972983--20973009	11	2.5	11	100	0	54	25	0	37	37	1.57
20973662--20973702	20	2.0	21	85	4	57	26	17	4	51	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20976054--20976127	36	2.1	34	82	9	87	32	20	21	25	1.97
20977971--20978006	4	9.0	4	100	0	72	0	25	0	75	0.81
20984864--20984903	6	6.7	6	86	8	55	57	0	25	17	1.40
20985475--20985545	25	2.9	23	69	19	63	66	9	0	23	1.22
20998790--20998923	55	2.5	54	86	2	187	41	22	16	19	1.90
20998787--20998923	27	5.0	27	88	1	193	40	23	16	18	1.90
21000972--21001027	26	2.2	26	96	0	103	33	19	23	23	1.97
21002096--21002775	340	2.0	340	100	0	1360	29	13	19	38	1.89
21003432--21003472	20	1.9	23	85	14	61	24	9	17	48	1.76
21014796--21014840	17	2.6	17	82	10	56	62	8	17	11	1.53
21023772--21024029	137	1.9	136	81	7	317	33	25	20	20	1.97
21026222--21026259	20	1.9	20	89	10	60	50	2	2	44	1.30
21031847--21031946	42	2.4	42	93	0	164	36	13	28	23	1.92
21045994--21046193	100	2.0	100	94	0	346	31	18	10	39	1.85
21055962--21056012	23	2.2	23	92	0	84	27	9	21	41	1.84
21057543--21057774	50	4.6	50	75	11	159	23	28	20	27	1.99
21060016--21060054	20	2.0	20	100	0	78	51	7	10	30	1.64
21059916--21060122	108	1.9	109	95	1	380	44	14	3	37	1.63
21060909--21060958	23	2.2	23	92	0	82	26	10	20	44	1.82
21062149--21062230	43	1.9	42	85	7	112	29	29	15	25	1.96
21062362--21062489	31	4.1	31	85	0	175	42	14	10	32	1.81
21064793--21065140	40	8.8	40	82	2	351	18	29	16	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21064793--21065140	80	4.4	80	82	2	407	18	29	16	34	1.94
21064968--21065073	20	5.3	20	65	4	70	13	29	17	39	1.88
21072609--21072947	60	5.7	60	75	7	258	35	12	26	24	1.92
21072708--21072947	30	8.0	30	81	4	245	35	13	27	24	1.93
21072620--21072947	90	3.7	90	78	5	286	35	13	26	24	1.93
21072819--21072891	29	2.5	30	90	2	112	39	10	31	17	1.85
21074973--21075158	41	4.5	42	84	4	202	33	13	27	24	1.94
21076553--21076770	107	2.0	109	90	1	350	25	7	22	44	1.79
21082743--21082975	50	4.5	50	80	4	225	26	21	29	22	1.99
21082743--21082980	100	2.3	103	82	5	277	26	20	29	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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