genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  67  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22254540--22254621	25	3.3	25	75	10	78	29	19	25	25	1.99
22254535--22254644	50	2.2	50	86	3	150	30	20	24	25	1.99
22254554--22254647	25	3.8	24	78	13	93	28	19	26	25	1.98
22261593--22261666	25	3.0	25	81	13	89	36	18	20	24	1.95
22265686--22265927	121	2.0	121	90	1	387	34	19	14	31	1.92
22269098--22269132	16	2.2	16	89	0	52	11	42	20	25	1.85
22275492--22275548	17	3.4	16	81	11	60	80	5	1	12	0.95
22279079--22279439	88	4.1	88	84	5	453	26	25	25	21	2.00
22279079--22279414	176	1.9	176	88	1	512	26	26	25	22	2.00
22279097--22279415	44	7.2	44	66	6	171	25	26	25	22	2.00
22279528--22279619	44	2.1	45	85	2	123	28	22	28	20	1.99
22279766--22279909	41	3.4	41	73	7	137	28	19	19	32	1.96
22279725--22279946	85	2.6	85	90	2	329	30	18	21	30	1.96
22279795--22279924	41	3.1	41	70	10	118	27	20	22	29	1.99
22279892--22280009	44	2.6	45	85	2	148	28	22	23	25	1.99
22279961--22280355	173	2.3	172	90	0	610	31	18	22	27	1.97
22280134--22280748	218	2.8	217	92	1	966	30	19	23	26	1.98
22279810--22280578	390	2.0	392	90	2	1224	30	19	23	27	1.98
22280306--22280402	44	2.2	44	86	1	131	32	20	25	20	1.97
22280500--22280624	44	2.8	44	84	4	144	30	18	24	26	1.98
22280500--22280693	44	4.4	45	76	8	139	30	18	22	27	1.97
22279810--22280752	390	2.4	388	83	5	1026	30	19	23	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22286251--22286346	49	2.0	49	95	0	174	27	18	12	41	1.86
22290875--22291084	101	2.1	102	83	4	273	32	21	11	33	1.90
22302800--22302850	26	2.0	26	88	0	75	47	11	11	29	1.76
22303467--22303553	37	2.4	37	94	3	140	27	18	13	40	1.88
22306060--22306084	13	1.9	13	100	0	50	72	0	0	28	0.86
22307430--22307468	18	2.2	18	86	9	53	35	0	0	64	0.94
22307434--22307472	14	2.9	14	88	3	53	33	0	0	66	0.92
22307544--22308210	333	2.0	333	100	0	1334	36	14	19	29	1.91
22314087--22314114	5	5.6	5	100	0	56	57	0	0	42	0.99
22317032--22317216	67	2.7	67	89	1	280	21	22	17	38	1.93
22324017--22324063	17	2.9	16	80	17	53	14	4	2	78	0.99
22326612--22326654	20	2.3	19	84	8	52	34	9	0	55	1.32
22327229--22327279	25	2.1	24	82	13	61	41	3	0	54	1.19
22327273--22327540	133	2.0	134	99	0	529	39	2	11	46	1.55
22335562--22335749	24	7.6	24	72	12	121	35	22	24	17	1.95
22335618--22335742	26	4.9	26	75	11	82	36	22	23	18	1.95
22340985--22341172	24	7.6	24	72	12	121	35	22	24	17	1.95
22341041--22341165	26	4.9	26	75	11	82	36	22	23	18	1.95
22342852--22342882	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
22344078--22344303	43	5.3	42	74	6	147	21	20	21	37	1.95
22349973--22350035	22	2.9	21	71	15	56	42	22	23	11	1.85
22350206--22350261	27	2.2	25	83	6	67	19	19	19	41	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22352348--22352378	16	1.9	16	93	0	53	25	25	12	35	1.92
22358111--22358376	86	3.1	87	83	4	292	28	27	19	25	1.98
22358113--22358376	43	6.2	42	83	6	264	28	27	19	25	1.99
22361651--22362075	106	4.0	105	93	2	638	28	11	10	48	1.73
22362350--22362429	41	2.0	41	92	0	133	27	36	18	17	1.94
22362465--22362842	115	3.4	104	81	7	337	26	25	20	28	1.99
22362565--22362842	115	2.4	113	84	5	355	26	24	20	28	1.99
22362743--22362898	72	2.2	72	88	2	224	23	26	21	29	1.99
22365715--22365763	23	2.1	23	100	0	98	16	8	30	44	1.76
22369524--22369571	24	2.0	24	84	8	62	77	6	2	14	1.06
22371210--22371319	45	2.4	45	89	3	168	39	17	19	24	1.92
22380000--22380119	46	2.6	46	85	3	145	47	14	18	20	1.82
22385121--22385327	42	4.9	42	83	2	175	34	22	20	22	1.97
22385109--22385373	43	6.2	41	81	5	210	31	24	21	23	1.98
22385109--22385331	85	2.6	86	81	7	231	32	23	21	22	1.98
22385254--22385388	43	3.2	41	84	7	146	28	25	20	25	1.99
22393800--22393869	35	2.0	35	85	2	95	34	11	11	42	1.77
22394947--22394995	20	2.5	20	89	0	71	30	6	8	55	1.54
22395327--22395583	127	2.0	129	96	3	484	28	12	8	51	1.68
22395565--22395602	19	2.0	20	89	5	60	34	0	0	65	0.93
22395568--22395613	23	2.0	24	86	4	67	30	0	0	69	0.89
22398418--22398459	3	13.7	3	85	14	59	66	0	2	30	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22406658--22406912	130	2.0	129	96	0	474	34	18	12	34	1.89
22407343--22407376	17	2.0	17	100	0	68	64	5	0	29	1.17
22408791--22409119	44	7.5	44	75	12	188	29	22	18	29	1.97
22408723--22409147	217	2.0	217	90	2	676	28	23	18	29	1.98
22408833--22409117	84	3.3	86	76	11	260	29	22	20	28	1.98
22408835--22409147	173	1.8	173	82	6	411	27	23	19	29	1.98
22410653--22410683	9	3.4	9	100	0	62	0	0	9	90	0.46
22416009--22416041	17	1.9	17	100	0	66	63	6	0	30	1.18
22416503--22416537	11	3.2	11	87	0	52	11	40	28	20	1.87
22429327--22429393	33	2.0	33	100	0	134	29	2	23	43	1.69
22429374--22429442	19	3.6	19	65	7	59	43	4	21	30	1.72
22438613--22438733	60	2.1	58	79	4	136	40	8	14	37	1.75
22441694--22441778	41	2.1	41	84	8	111	24	22	20	32	1.97
22441703--22441792	41	2.2	41	80	4	101	27	20	20	32	1.97
22443689--22443744	21	2.7	21	88	0	85	26	8	35	28	1.87
22453032--22453063	16	2.0	16	93	0	55	46	3	43	6	1.44
22455544--22455580	8	4.6	8	89	0	56	40	0	5	54	1.24
22455544--22455582	16	2.4	16	100	0	78	38	0	5	56	1.22
22455544--22455644	16	6.2	16	75	10	53	42	1	3	51	1.31
22462351--22462381	16	1.9	16	100	0	62	38	19	25	16	1.92
22464518--22464594	27	2.9	27	80	5	93	32	28	16	22	1.96
22464434--22464776	171	2.0	171	96	0	632	36	25	17	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22464689--22464825	27	5.1	27	74	7	125	34	27	16	21	1.95
22468824--22468848	7	3.6	7	100	0	50	16	12	32	40	1.84
22476592--22476618	11	2.5	11	100	0	54	18	29	22	29	1.97
22476738--22476807	26	2.7	26	76	17	65	45	2	4	47	1.37
22480662--22480686	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
22483374--22483410	16	2.3	16	90	9	58	75	5	13	5	1.15
22487155--22487550	199	2.0	196	90	1	621	28	12	25	33	1.92
22487801--22487878	41	1.9	41	94	0	138	29	12	7	50	1.68
22487892--22487961	36	2.0	35	88	2	104	38	1	21	38	1.62
22488113--22488275	74	2.2	76	83	2	204	20	20	26	31	1.98
22491826--22492261	216	2.0	216	93	0	748	34	19	13	32	1.90
22503013--22503061	19	2.6	18	81	9	55	71	0	10	18	1.13
22503176--22503244	6	11.0	6	87	9	93	68	0	2	28	1.04
22503197--22503244	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
22507435--22507509	37	2.0	37	92	0	123	33	10	22	33	1.89
22508234--22508278	22	2.0	23	87	8	67	82	8	2	6	0.93
22509605--22509654	17	2.9	17	93	0	91	24	26	6	44	1.76
22513988--22514037	17	2.9	17	87	0	82	26	24	6	44	1.76
22521405--22521430	9	2.9	9	100	0	52	80	0	0	19	0.71
22525599--22525630	16	2.0	16	100	0	64	25	25	18	31	1.98
22526848--22526882	16	2.2	16	100	0	70	57	5	0	37	1.23
22531626--22531669	17	2.6	17	92	0	70	36	38	11	13	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22532146--22532219	24	3.0	24	67	11	60	35	18	21	24	1.96
22539050--22539085	17	2.1	17	100	0	72	25	11	16	47	1.79
22542129--22542194	28	2.4	28	84	0	78	24	28	24	22	1.99
22542559--22543288	27	27.3	27	79	7	620	19	19	19	41	1.90
22542559--22543280	80	9.0	79	79	7	584	19	19	19	41	1.90
22545634--22546325	359	1.9	359	94	0	1222	37	22	11	28	1.89
22546073--22547653	528	3.0	524	86	3	2082	41	19	13	25	1.88
22553998--22554035	18	2.1	18	90	9	60	7	10	2	78	1.04
22557766--22557884	41	2.9	42	93	3	206	42	17	8	31	1.79
22571655--22571734	22	3.7	22	75	13	76	28	13	5	52	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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