genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  64  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21082743--21083024	50	5.5	50	79	5	219	28	20	28	23	1.99
21090685--21090828	43	3.4	41	80	7	146	26	26	17	29	1.97
21098664--21098706	15	2.7	16	85	10	61	27	0	6	65	1.18
21100517--21100553	15	2.5	15	86	0	56	43	13	27	16	1.85
21117864--21117943	22	3.5	22	75	5	79	17	26	17	38	1.92
21120244--21120483	40	6.0	40	81	5	270	20	30	15	34	1.93
21120240--21120486	80	3.1	80	84	2	334	20	29	15	34	1.94
21120465--21120510	19	2.3	20	85	7	67	26	30	13	30	1.93
21120425--21120543	58	2.0	60	82	6	145	22	26	15	35	1.94
21129661--21129690	9	3.3	9	90	0	51	46	13	10	30	1.75
21129769--21129811	20	2.2	20	86	0	59	58	2	0	39	1.11
21133320--21133378	31	1.9	31	96	0	109	35	6	18	38	1.78
21138804--21138869	25	2.8	24	79	9	73	46	0	3	50	1.16
21146135--21146168	11	3.2	11	95	4	61	55	26	8	8	1.59
21147172--21147264	25	3.7	25	82	0	105	26	22	19	31	1.98
21154526--21154640	25	4.6	25	77	0	104	23	23	23	29	1.99
21179506--21179700	38	5.0	38	75	8	124	37	26	20	15	1.93
21181646--21181748	40	2.5	41	90	1	154	22	30	14	33	1.94
21181663--21181759	41	2.4	40	87	5	124	21	31	14	31	1.93
21190425--21190610	27	7.1	27	79	10	199	41	20	18	18	1.91
21190740--21190794	26	2.1	26	89	0	83	20	21	21	36	1.95
21190897--21190955	28	2.1	28	93	0	100	27	27	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21197604--21197642	12	3.2	12	88	0	51	20	20	5	53	1.64
21197891--21198036	50	2.9	50	85	0	193	21	30	21	26	1.98
21207106--21207131	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21207295--21207320	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21207087--21207466	189	2.0	190	99	0	753	34	13	17	33	1.90
21212361--21212529	84	2.0	85	98	1	331	35	4	10	49	1.57
21212597--21212622	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
21212705--21212734	14	2.1	14	93	0	51	13	10	10	66	1.44
21216873--21216949	29	2.7	29	84	8	102	36	10	25	27	1.89
21216902--21217108	29	7.1	29	82	2	207	36	12	27	23	1.91
21216931--21217108	59	3.0	59	90	2	261	37	12	27	23	1.90
21216909--21217070	88	1.8	89	89	1	254	35	11	30	22	1.89
21216909--21217100	88	2.2	88	84	3	244	35	10	29	23	1.89
21219944--21219994	20	2.6	19	87	9	75	31	15	13	39	1.87
21220426--21220488	17	4.0	15	74	23	58	42	0	3	53	1.16
21228019--21228069	24	2.1	25	88	3	77	52	0	5	41	1.25
21228544--21228581	14	2.8	13	92	7	67	47	5	10	36	1.61
21228818--21229096	34	8.1	34	89	2	380	19	24	16	39	1.91
21231929--21231968	20	1.9	21	85	10	55	15	7	7	70	1.33
21235444--21235475	15	2.1	15	94	0	55	15	9	6	68	1.36
21235825--21235856	15	2.1	15	94	0	55	15	9	6	68	1.36
21243262--21243299	9	4.1	9	86	6	58	73	0	2	23	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21245716--21245794	36	2.2	36	97	0	149	35	17	13	32	1.90
21247462--21247498	19	1.9	19	94	0	65	37	0	5	56	1.22
21249986--21250011	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
21250919--21250949	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
21256397--21257440	522	2.0	522	99	0	2079	35	13	10	40	1.78
21261266--21261395	66	2.0	66	93	0	224	23	22	16	37	1.94
21280900--21281092	67	3.0	64	69	20	161	40	4	5	49	1.46
21292588--21292623	18	2.0	18	94	0	63	13	38	30	16	1.88
21292532--21292716	92	2.0	93	87	3	266	28	31	21	18	1.97
21297313--21297353	19	2.0	20	86	9	57	53	4	0	41	1.22
21297313--21297358	21	2.2	20	85	14	58	54	4	0	41	1.20
21307204--21307262	9	6.6	9	74	25	54	52	0	3	44	1.17
21307383--21307427	23	2.0	23	90	0	72	46	4	2	46	1.35
21307504--21307589	43	2.0	43	95	0	154	47	10	12	29	1.75
21307949--21308000	22	2.4	22	100	0	104	48	17	0	34	1.48
21309872--21309914	22	2.0	22	85	0	59	60	2	6	30	1.35
21315533--21315954	125	3.4	125	85	1	585	29	18	22	30	1.97
21321466--21321537	22	3.2	21	85	14	92	45	1	31	20	1.60
21321475--21321536	11	5.6	11	92	3	99	43	1	33	20	1.62
21331403--21331436	16	2.1	16	100	0	68	23	0	0	76	0.79
21332384--21332476	44	2.1	44	88	6	134	35	26	5	32	1.79
21332458--21332513	16	3.5	16	85	9	87	30	28	5	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21333219--21333272	6	8.7	6	89	6	65	77	0	0	22	0.76
21336648--21336786	70	2.0	70	97	0	260	41	10	6	41	1.66
21338555--21338610	22	2.5	22	85	0	67	16	8	55	19	1.67
21341289--21341326	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
21352728--21352764	19	1.9	19	94	0	65	21	16	21	40	1.91
21355585--21355630	23	2.0	23	95	0	83	50	26	10	13	1.74
21363621--21363668	15	3.2	14	77	13	51	52	2	2	43	1.24
21363718--21363775	21	2.7	21	78	7	55	48	0	3	48	1.18
21366482--21366688	27	7.7	27	91	0	288	38	19	18	23	1.93
21367939--21368541	309	2.0	309	95	0	1089	34	9	16	38	1.82
21369977--21370524	69	7.9	69	76	6	376	33	25	21	19	1.97
21369975--21370524	138	4.0	138	78	2	523	33	25	21	19	1.97
21370014--21370541	207	2.6	207	82	1	601	33	25	21	18	1.96
21374364--21374405	10	4.2	10	81	9	50	21	2	0	76	0.90
21388984--21389017	15	2.2	16	89	5	52	61	5	5	26	1.42
21390872--21391005	50	2.6	51	81	3	146	23	17	26	32	1.97
21401426--21401481	22	2.4	23	76	5	60	35	3	7	53	1.46
21402221--21402291	35	2.1	34	84	7	90	53	2	1	42	1.24
21405435--21405541	25	4.3	25	81	2	117	37	16	21	24	1.94
21411145--21411189	19	2.3	19	84	3	54	51	8	4	35	1.54
21412626--21412718	25	3.7	25	88	2	125	32	20	24	22	1.98
21415487--21415516	15	1.9	16	93	6	53	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21415480--21415554	37	1.9	39	84	12	102	58	0	1	40	1.06
21415775--21415892	59	2.0	59	96	0	218	34	11	6	46	1.67
21418906--21419480	294	2.0	289	90	3	902	31	13	21	33	1.92
21429675--21429776	48	2.1	49	81	7	118	26	22	33	17	1.96
21430020--21430058	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
21435218--21435380	45	3.6	45	80	3	193	35	25	14	23	1.94
21441831--21442121	49	5.8	49	80	5	181	29	20	24	24	1.99
21441943--21442121	49	3.6	49	86	2	216	32	19	24	23	1.97
21442324--21442362	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
21445843--21445872	14	2.1	14	93	0	51	30	6	13	50	1.67
21448440--21448481	21	2.0	21	95	0	75	28	7	33	30	1.84
21468007--21468036	15	1.9	16	93	6	53	66	0	23	10	1.21
21468972--21469036	20	3.0	21	75	6	69	36	0	7	55	1.29
21472150--21472176	12	2.2	12	100	0	54	62	7	22	7	1.46
21497008--21497052	20	2.3	20	82	14	58	4	26	0	68	1.08
21500716--21500749	17	1.9	18	94	5	61	38	14	5	41	1.70
21502070--21502113	17	2.6	17	88	0	70	59	2	9	29	1.41
21503053--21503097	18	2.5	18	85	0	63	68	4	20	6	1.29
21504946--21504979	17	1.9	18	94	5	61	38	14	5	41	1.70
21507649--21510084	829	2.9	826	88	3	3612	25	10	22	41	1.85
21520406--21520457	20	2.6	19	82	8	59	65	1	0	32	1.04
21520414--21520458	19	2.4	18	82	10	54	64	2	0	33	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21522482--21522532	27	1.9	26	84	4	66	49	0	23	27	1.51
21529090--21529116	14	1.9	14	100	0	54	14	0	37	48	1.45
21540615--21540972	178	2.0	178	93	0	608	36	24	8	30	1.86
21541500--21541544	21	2.2	20	84	4	54	53	15	4	26	1.61
21551733--21551811	27	2.9	27	76	10	72	36	36	13	12	1.83
21551943--21551987	16	2.8	16	96	0	81	13	37	20	28	1.90
21552371--21552398	4	7.0	4	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21558636--21558679	20	2.1	21	91	4	72	45	2	0	52	1.13
21583550--21583598	21	2.2	23	82	7	57	32	6	0	61	1.21
21590113--21590139	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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