genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  66  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21838424--21838549	43	3.0	41	77	14	148	34	24	18	23	1.96
21838570--21838846	51	5.5	49	76	14	233	30	27	17	24	1.97
21838570--21838841	101	2.7	101	90	2	422	30	27	17	24	1.97
21839406--21839460	27	2.0	27	96	0	101	41	18	20	20	1.90
21856394--21856445	22	2.4	22	80	9	61	51	1	7	38	1.42
21868697--21868882	50	3.7	50	86	1	248	20	30	23	25	1.99
21876336--21876971	94	6.8	93	80	7	634	34	18	20	26	1.95
21876376--21876908	44	11.6	45	63	23	121	34	18	20	26	1.96
21876349--21876889	275	2.0	274	84	3	712	34	18	20	26	1.96
21876662--21876904	44	5.2	45	69	20	160	33	18	21	26	1.96
21876779--21876928	44	3.3	44	69	18	117	34	16	21	27	1.95
21878635--21878669	9	3.9	9	96	0	61	40	11	2	45	1.55
21878762--21878812	19	2.7	20	74	17	54	23	7	3	64	1.37
21878772--21878825	24	2.4	22	75	19	58	22	5	7	64	1.40
21911186--21911211	12	2.2	12	100	0	52	38	15	0	46	1.46
21914206--21914276	35	2.0	35	100	0	142	45	14	23	16	1.84
21916935--21917058	25	5.0	25	77	3	72	32	23	16	27	1.96
21916951--21917078	50	2.6	50	79	2	141	31	24	18	25	1.98
21916913--21917078	75	2.2	75	82	6	203	31	22	18	27	1.97
21918174--21918212	20	2.0	20	90	10	62	12	5	30	51	1.62
21922999--21923108	25	4.4	25	75	2	87	31	23	19	25	1.98
21922963--21923107	50	2.9	50	80	2	166	31	22	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21923049--21923120	25	2.8	26	77	8	69	30	26	19	23	1.98
21924226--21924264	20	2.0	20	90	10	62	12	5	30	51	1.62
21925958--21926025	34	2.0	34	97	0	127	29	19	20	30	1.97
21927795--21927831	15	2.4	16	90	4	58	67	0	5	27	1.12
21935724--21935960	50	4.8	50	80	2	228	22	27	21	28	1.99
21938033--21938194	40	3.8	40	78	15	155	33	17	14	34	1.90
21938079--21938104	9	2.9	9	100	0	52	30	23	11	34	1.90
21938039--21938144	49	2.2	49	93	3	178	32	17	14	35	1.90
21944974--21945013	16	2.4	16	87	8	53	62	7	7	22	1.47
21944967--21945013	17	2.8	17	81	9	60	63	6	8	21	1.44
21945554--21945606	16	3.4	16	80	15	74	52	0	3	43	1.19
21945561--21945611	8	6.4	8	80	15	61	54	0	3	41	1.19
21945670--21945714	17	2.8	15	81	15	54	44	0	4	51	1.21
21945680--21945714	17	2.2	17	90	10	56	48	0	0	51	1.00
21947778--21947814	18	2.1	18	100	0	74	24	5	21	48	1.71
21948480--21948539	30	2.0	31	86	3	86	40	0	38	21	1.54
21948980--21949008	15	1.9	15	100	0	58	31	13	27	27	1.94
21951117--21951150	17	2.0	17	100	0	68	23	29	11	35	1.90
21956861--21956899	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
21957693--21957735	22	1.9	23	85	4	61	0	16	6	76	0.99
21958104--21958146	6	7.5	6	89	7	54	48	4	0	46	1.22
21967274--21967310	17	2.2	17	90	0	56	18	13	32	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21968123--21968253	35	3.7	35	80	4	131	35	35	2	26	1.69
21971274--21971330	16	3.6	16	95	0	87	29	0	36	33	1.58
21971576--21971610	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
21979063--21979124	31	2.0	31	81	12	74	24	4	4	66	1.31
21998816--21998848	16	1.9	18	88	11	52	48	21	15	15	1.81
22013478--22013631	79	1.9	79	98	0	299	27	12	12	46	1.79
22016518--22016717	100	2.0	100	88	1	294	19	37	11	31	1.87
22020476--22020575	50	2.0	50	90	0	155	56	19	0	25	1.42
22033852--22033889	15	2.5	15	84	12	51	42	2	5	50	1.39
22049134--22049191	25	2.3	25	81	0	62	41	27	12	18	1.86
22049159--22049270	49	2.3	49	84	1	143	40	30	10	18	1.85
22049160--22049270	25	4.5	25	79	2	107	40	30	9	18	1.84
22058378--22058437	25	2.4	25	88	5	95	36	30	10	23	1.87
22083387--22083440	22	2.5	21	76	8	54	20	3	14	61	1.49
22088738--22088849	27	4.2	26	87	6	152	33	10	28	26	1.90
22088738--22088916	54	3.3	54	79	6	173	35	11	25	28	1.90
22088777--22088905	56	2.3	56	84	2	154	35	10	23	30	1.89
22088744--22088919	27	6.4	27	81	6	131	33	11	25	29	1.91
22100392--22100436	22	2.0	23	86	4	65	62	2	0	35	1.08
22104686--22104735	23	2.1	23	88	3	73	44	18	20	18	1.88
22108153--22108183	13	2.4	13	94	0	53	48	12	16	22	1.80
22108585--22108647	13	4.8	13	84	0	90	36	26	6	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22111329--22111359	16	1.9	16	93	0	53	9	6	9	74	1.23
22114549--22114591	18	2.4	18	80	7	52	51	6	9	32	1.61
22117147--22117208	29	2.1	30	85	11	85	56	16	4	22	1.59
22122806--22122847	22	1.9	22	85	9	59	66	2	7	23	1.28
22124851--22124884	17	2.0	17	88	0	50	79	5	0	14	0.91
22124851--22124901	27	1.9	26	88	4	75	74	7	0	17	1.05
22129299--22129339	11	3.8	11	84	15	59	78	4	9	7	1.10
22129300--22129344	20	2.2	20	92	7	74	82	4	6	6	0.95
22138864--22139156	145	2.0	146	99	0	579	34	12	33	19	1.90
22147882--22148020	57	2.5	57	90	4	212	38	20	24	17	1.93
22149220--22149339	45	2.7	43	79	6	116	27	21	24	26	1.99
22149138--22149413	44	6.3	44	72	9	161	29	19	22	27	1.98
22149895--22149932	17	2.2	18	85	4	51	76	10	0	13	1.02
22159137--22159492	174	2.0	174	94	1	624	51	17	14	17	1.77
22167361--22167426	27	2.5	27	87	4	100	60	10	12	16	1.58
22171561--22171594	2	18.0	2	88	11	54	50	0	0	50	1.00
22171561--22171594	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
22171835--22171882	24	1.9	26	84	16	66	50	0	0	50	1.00
22176486--22176518	16	2.1	16	100	0	66	51	6	18	24	1.68
22177631--22177661	12	2.6	12	94	0	53	9	38	32	19	1.84
22181056--22181089	17	2.0	17	94	0	59	14	8	0	76	1.01
22185557--22185609	7	7.0	7	91	8	70	30	0	16	52	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22185564--22185639	9	9.1	9	85	11	85	32	1	19	46	1.59
22185528--22185636	39	2.6	39	84	11	121	33	0	18	47	1.55
22185773--22186283	9	58.0	9	76	9	473	34	1	18	46	1.58
22185824--22185884	13	4.9	13	72	25	60	34	3	16	45	1.63
22186264--22186303	20	2.1	19	85	4	53	30	0	12	57	1.36
22186387--22186420	17	1.9	18	88	5	52	55	0	5	38	1.24
22187852--22188588	337	2.2	336	78	6	765	32	18	18	31	1.95
22189987--22190409	113	3.7	113	86	4	591	28	25	22	24	1.99
22190309--22190458	73	2.1	73	84	0	192	29	22	22	26	1.99
22190440--22190771	116	2.9	114	81	4	303	28	26	20	24	1.99
22190003--22190806	416	1.9	412	81	3	970	28	25	22	24	1.99
22190385--22190808	114	3.7	113	77	7	417	28	25	21	24	1.99
22193339--22193445	41	2.6	41	86	0	142	31	23	23	21	1.98
22197970--22198031	24	2.6	24	90	7	92	40	16	20	22	1.91
22199537--22199589	25	2.1	26	82	3	63	39	5	18	35	1.75
22201956--22201988	14	2.2	16	89	10	52	63	12	6	18	1.48
22202236--22202361	65	1.9	65	90	0	198	43	7	15	33	1.75
22205214--22205247	18	1.9	18	88	5	52	38	0	0	61	0.96
22209778--22209818	18	2.2	18	86	4	55	39	7	4	48	1.52
22210664--22210725	27	2.3	27	97	0	115	38	12	11	37	1.80
22211228--22211270	19	2.3	18	84	11	52	34	0	6	58	1.25
22216030--22216086	28	2.0	28	82	6	69	49	0	3	47	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22216115--22216461	173	2.0	174	99	0	687	34	6	20	38	1.78
22217103--22217128	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
22228733--22228799	34	1.9	35	90	3	109	34	8	10	46	1.70
22231266--22231306	14	2.9	14	80	20	50	53	2	7	36	1.42
22234189--22234222	17	2.0	17	88	11	52	11	35	29	23	1.90
22235353--22235453	45	2.2	45	94	3	175	26	27	12	32	1.93
22241249--22241383	70	1.9	70	89	3	209	12	21	24	41	1.88
22242021--22242065	3	15.3	3	86	4	65	35	0	2	62	1.08
22242409--22242443	17	2.1	17	100	0	70	57	5	11	25	1.56
22250859--22250921	27	2.3	27	81	10	76	53	1	0	44	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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