genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  25  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8130959--8131149	58	3.3	57	73	13	174	37	12	26	24	1.90
8130988--8131220	87	2.7	86	81	4	252	36	12	24	25	1.91
8131021--8131219	29	6.8	29	75	11	147	36	12	25	25	1.91
8132328--8132354	14	1.9	14	100	0	54	55	14	0	29	1.40
8134848--8134884	15	2.3	17	86	9	51	51	10	0	37	1.37
8137090--8137132	21	2.0	21	100	0	86	13	23	25	37	1.92
8140153--8140245	27	3.4	27	92	1	150	38	18	17	25	1.92
8144881--8144913	16	2.0	17	88	5	50	63	0	15	21	1.30
8169710--8169800	23	4.0	23	80	8	89	23	26	16	34	1.95
8170841--8170865	13	1.9	13	100	0	50	48	0	16	36	1.46
8180961--8181039	29	2.7	29	86	5	106	18	26	12	41	1.87
8181022--8181091	29	2.4	29	78	4	79	25	21	12	40	1.89
8185651--8185702	25	2.1	24	85	3	68	38	21	23	17	1.93
8191655--8191757	30	3.4	30	82	2	127	22	26	11	39	1.88
8191626--8191787	60	2.7	60	75	11	170	22	24	13	38	1.91
8191715--8191787	30	2.4	30	84	11	96	27	21	12	38	1.89
8191763--8191808	22	2.1	22	91	0	74	23	30	13	32	1.93
8191826--8191895	29	2.4	28	83	9	86	25	24	11	38	1.89
8196483--8196606	66	1.9	66	82	0	158	26	20	21	31	1.98
8201061--8201124	28	2.3	28	91	0	101	29	23	25	21	1.99
8201219--8201273	26	2.1	26	93	0	92	38	23	20	18	1.93
8201461--8201723	27	9.7	27	79	8	241	16	17	20	45	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8201462--8201722	54	4.8	52	81	7	292	16	18	19	45	1.85
8201463--8201714	81	3.1	79	83	5	290	16	18	19	45	1.86
8206090--8206201	55	2.0	56	96	1	208	12	33	8	44	1.73
8210832--8210930	29	3.4	29	85	1	126	36	12	23	28	1.90
8210911--8210985	30	2.5	30	84	0	105	49	10	21	18	1.77
8210966--8211047	30	2.7	30	82	0	83	41	17	19	21	1.90
8220386--8220423	17	2.2	17	86	9	51	21	0	2	76	0.91
8223266--8223329	30	2.1	30	85	0	83	29	28	29	12	1.93
8223274--8223338	30	2.2	30	88	0	94	26	27	32	13	1.94
8223740--8223779	20	2.0	21	85	5	55	30	5	2	62	1.29
8223740--8223783	21	2.1	21	83	8	54	29	4	2	63	1.26
8223788--8223845	27	2.2	26	82	11	66	20	6	3	68	1.27
8225248--8225282	10	3.6	10	84	7	54	74	0	5	20	1.02
8225239--8225293	19	2.7	21	86	13	80	74	0	3	21	0.97
8226121--8226177	30	1.9	30	88	0	87	24	38	24	12	1.90
8231136--8231198	29	2.2	29	91	0	99	31	15	28	23	1.96
8231184--8231379	29	6.7	29	73	8	155	39	10	27	22	1.87
8231186--8231465	30	9.4	29	69	8	145	40	11	25	22	1.87
8231186--8231311	59	2.1	59	91	2	200	40	9	28	21	1.84
8231206--8231351	59	2.5	59	83	5	170	39	10	26	23	1.86
8231245--8231450	89	2.3	89	96	1	378	39	11	25	23	1.88
8231360--8231495	60	2.3	60	86	0	182	41	11	23	23	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8235482--8235707	106	2.1	106	100	0	452	28	12	11	46	1.77
8241156--8241188	17	1.9	17	100	0	66	42	9	0	48	1.35
8241911--8242032	36	3.1	36	65	26	95	51	13	4	29	1.62
8241874--8242037	81	2.0	81	97	0	310	51	12	6	30	1.63
8252218--8252339	36	3.1	36	65	26	95	51	13	4	29	1.62
8252181--8252344	81	2.0	81	97	0	310	51	12	6	30	1.63
8255695--8255767	36	2.0	36	97	0	137	34	2	26	36	1.71
8258523--8258623	27	3.7	27	81	0	130	41	20	13	23	1.89
8258529--8258671	54	2.7	53	78	8	130	44	21	13	20	1.86
8258637--8259138	27	18.7	27	85	1	596	34	20	19	24	1.96
8259191--8259256	27	2.4	27	82	5	80	18	24	24	33	1.97
8259235--8259288	26	2.1	26	92	0	90	16	22	25	35	1.95
8259298--8259512	32	6.7	32	75	6	177	22	21	20	35	1.96
8259524--8259588	22	3.0	22	73	13	55	18	18	16	46	1.85
8262096--8262160	29	2.3	29	78	7	71	76	7	1	13	1.06
8262095--8262161	6	11.8	6	72	12	52	76	7	1	14	1.08
8263542--8263602	3	20.7	3	83	9	63	65	3	4	26	1.28
8263628--8263659	13	2.4	14	90	10	50	62	0	12	25	1.30
8263756--8263793	16	2.4	16	86	8	51	73	0	7	18	1.06
8264626--8264689	20	3.2	20	70	12	60	37	17	31	14	1.89
8264626--8264745	40	3.0	40	86	4	179	37	17	28	16	1.92
8275473--8275684	27	7.9	27	78	6	216	43	23	16	16	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8275466--8275683	53	4.1	53	81	2	226	43	22	16	16	1.88
8280190--8280232	12	3.8	12	82	17	56	72	0	13	13	1.13
8280190--8280236	17	2.8	18	82	17	57	72	0	12	14	1.13
8280402--8280436	11	3.2	11	92	8	54	74	0	2	22	0.95
8280405--8280447	11	4.1	10	85	11	52	76	0	2	20	0.89
8280399--8280447	10	5.4	9	81	16	50	75	0	2	22	0.90
8280401--8280443	15	2.8	15	89	10	61	76	0	2	20	0.89
8289573--8289653	41	2.0	41	97	0	153	28	30	7	33	1.85
8290280--8290352	36	2.0	36	100	0	146	30	9	32	27	1.89
8296869--8296909	15	2.5	17	88	7	59	29	12	7	51	1.66
8312158--8312216	13	4.6	13	73	24	54	23	0	0	76	0.79
8312157--8312216	25	2.6	23	76	23	63	23	0	0	76	0.78
8314602--8314760	58	2.8	57	82	3	185	37	10	27	25	1.88
8314654--8314787	57	2.3	57	85	2	169	36	9	26	27	1.88
8314603--8314787	29	6.4	29	74	3	158	35	10	27	27	1.89
8314772--8314860	29	3.0	29	83	3	106	40	14	23	21	1.90
8318599--8318629	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
8320563--8320631	20	3.5	20	77	0	66	39	11	24	24	1.89
8327261--8327300	20	2.0	20	85	0	53	47	10	20	22	1.79
8328191--8328381	50	3.8	51	85	2	260	26	22	30	20	1.98
8335722--8336064	50	6.8	50	89	0	497	27	21	30	20	1.98
8339616--8339682	33	2.1	31	83	8	82	46	1	2	49	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8339624--8339679	29	2.0	28	82	3	67	46	1	3	48	1.30
8339622--8339689	29	2.4	28	73	11	66	48	1	2	47	1.26
8340820--8340901	30	2.8	30	85	8	107	56	0	1	42	1.07
8355406--8355531	41	3.1	40	80	4	135	34	15	26	22	1.94
8367778--8367872	40	2.3	40	77	13	95	55	3	2	38	1.27
8367831--8367926	32	3.0	33	82	5	101	53	1	7	38	1.36
8368308--8368350	3	14.3	3	81	18	54	67	0	27	4	1.10
8381538--8381584	24	2.0	22	84	8	58	29	6	6	57	1.49
8381550--8381643	26	3.6	26	72	16	77	26	6	4	62	1.38
8382814--8382843	6	5.0	6	100	0	60	50	0	16	33	1.46
8391689--8391730	13	3.1	13	86	13	50	50	2	0	47	1.14
8391753--8391803	25	2.0	25	100	0	102	52	0	11	35	1.38
8400250--8400708	255	1.8	254	91	1	758	15	24	12	47	1.80
8401639--8401679	18	2.3	19	79	12	50	14	31	43	9	1.78
8406709--8406850	40	3.5	40	84	6	189	21	19	27	31	1.97
8406709--8406850	41	3.5	41	86	4	200	21	19	27	31	1.97
8407220--8407267	22	2.2	22	96	0	87	18	0	39	41	1.51
8407462--8407522	27	2.2	28	82	8	72	24	1	37	36	1.66
8407480--8407594	43	2.7	43	77	9	119	23	0	38	37	1.61
8407481--8407597	15	8.1	15	71	17	70	23	0	36	38	1.61
8407522--8407591	21	3.3	21	72	9	70	24	1	35	38	1.64
8407896--8408026	23	5.3	24	79	13	151	54	0	5	40	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8407879--8408026	50	3.0	50	95	2	262	53	0	4	41	1.27
8407909--8408009	15	7.6	14	66	30	53	54	0	5	39	1.25
8407977--8408038	12	5.5	11	76	17	56	51	0	4	43	1.23
8409554--8409614	27	2.2	28	82	8	72	24	1	37	36	1.66
8409572--8409686	43	2.7	43	77	9	119	23	0	38	37	1.61
8409573--8409689	15	8.1	15	71	17	70	23	0	36	38	1.61
8409614--8409683	21	3.3	21	72	9	70	24	1	35	38	1.64
8410009--8410076	35	1.9	35	85	5	93	52	0	4	42	1.21
8410088--8410548	244	1.9	248	88	4	709	33	25	13	27	1.94
8414579--8414788	43	4.9	43	92	3	307	25	18	27	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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