genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  69  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22980999--22981135	68	2.0	71	88	5	208	49	5	5	40	1.47
22981008--22981155	68	2.1	71	81	7	169	52	4	4	38	1.41
22983842--22983875	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
22985312--22985393	42	2.0	42	90	0	128	20	20	29	29	1.98
22985813--22985841	15	1.9	15	100	0	58	34	3	48	13	1.60
22989160--22989203	22	2.0	22	86	8	63	52	31	4	11	1.57
22994729--22994792	28	2.3	27	81	5	65	51	14	7	26	1.69
22995951--22995979	15	1.9	15	100	0	58	31	6	20	41	1.79
23007930--23008027	50	2.0	50	84	8	128	31	18	10	39	1.84
23025740--23025788	24	2.0	24	92	0	80	38	16	8	36	1.78
23028896--23029100	59	3.4	61	74	15	230	52	5	2	39	1.39
23028919--23029137	40	5.5	39	68	14	119	52	4	3	39	1.40
23028895--23029137	119	2.0	119	99	0	477	52	4	3	39	1.40
23034996--23035262	131	2.0	131	97	0	498	39	15	13	31	1.86
23046949--23047037	40	2.2	40	82	4	99	31	17	28	22	1.97
23046973--23047075	40	2.6	39	83	4	125	33	18	26	22	1.97
23047136--23047358	41	5.5	39	80	8	232	20	21	29	28	1.98
23047165--23047358	82	2.4	81	85	9	268	19	22	29	28	1.98
23047632--23047746	57	2.0	57	98	0	221	42	3	7	46	1.50
23047758--23047794	14	2.6	14	91	0	56	21	0	27	51	1.48
23048691--23048733	21	2.0	21	86	9	59	41	39	2	16	1.61
23050175--23050204	14	2.1	14	100	0	60	46	26	20	6	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23050135--23050245	57	1.9	57	92	3	188	32	27	18	20	1.97
23050189--23050281	43	2.2	43	90	3	143	29	27	18	24	1.98
23050631--23050766	66	2.1	66	91	0	218	13	27	18	39	1.89
23059605--23059663	6	9.3	6	85	14	75	67	13	3	15	1.35
23059605--23059667	13	4.9	13	84	7	85	68	12	3	15	1.33
23063083--23063240	41	3.9	41	87	5	232	37	28	18	15	1.92
23065117--23065471	192	1.9	191	83	5	475	27	9	19	42	1.83
23066330--23066529	98	2.0	99	96	3	368	31	10	20	38	1.86
23066468--23066748	43	6.6	43	80	4	282	26	17	29	25	1.98
23066482--23066729	128	1.9	129	85	2	338	27	18	29	24	1.98
23072667--23074436	70	25.3	70	80	4	1475	33	23	17	24	1.97
23072670--23074427	350	5.0	349	84	3	1720	33	23	17	24	1.96
23074598--23074652	18	3.1	17	77	15	58	27	5	16	50	1.66
23079284--23079599	154	2.0	154	96	0	578	30	6	23	39	1.81
23089320--23089387	16	4.2	16	96	0	127	23	0	38	38	1.55
23089623--23089657	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
23097706--23097741	18	2.0	18	94	0	63	8	30	11	50	1.67
23099474--23099506	10	3.4	10	95	4	59	0	0	15	84	0.61
23099474--23099517	15	3.1	14	84	12	63	0	0	18	81	0.68
23100228--23100272	19	2.4	18	85	7	54	75	2	4	17	1.07
23100235--23100302	31	2.3	28	75	20	66	73	0	7	19	1.06
23102533--23102565	16	2.1	16	100	0	66	51	6	24	18	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23106059--23106098	16	2.5	16	87	0	53	50	2	5	42	1.37
23106105--23106139	9	4.1	9	85	14	56	31	0	11	57	1.34
23106102--23106140	16	2.4	16	95	0	69	33	0	10	56	1.33
23106086--23106241	75	2.1	75	100	0	312	39	5	9	45	1.59
23106180--23106214	9	4.1	9	85	14	56	31	0	11	57	1.34
23106177--23106215	16	2.4	16	95	0	69	33	0	10	56	1.33
23106651--23106694	12	3.7	12	84	0	61	9	36	22	31	1.86
23106661--23106685	9	2.8	9	100	0	50	8	36	24	32	1.84
23108851--23109203	92	3.8	92	97	0	643	39	10	11	38	1.75
23116353--23116400	21	2.3	20	78	3	51	22	4	4	68	1.24
23116704--23117052	43	8.2	42	82	4	376	25	29	19	25	1.98
23116704--23117018	129	2.5	128	85	0	423	24	29	20	25	1.99
23117521--23117619	23	4.3	23	84	5	110	38	23	4	34	1.74
23117521--23117619	46	2.2	46	86	0	135	38	23	4	34	1.74
23117981--23118054	29	2.6	29	97	0	139	43	22	6	27	1.78
23118677--23118713	15	2.5	15	90	0	56	29	0	5	64	1.15
23119067--23119160	7	13.1	7	76	4	53	35	38	0	26	1.57
23119168--23119216	22	2.3	22	86	10	66	46	30	0	22	1.52
23119240--23119284	14	3.2	14	80	0	54	48	24	0	26	1.51
23119331--23119510	7	24.6	7	71	15	53	48	33	1	17	1.54
23119331--23119408	7	10.9	7	73	13	61	47	35	0	16	1.47
23119331--23119408	29	2.7	29	82	9	88	47	35	0	16	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23119331--23119504	15	12.4	14	69	18	103	47	33	1	17	1.56
23119876--23120094	41	5.3	41	89	0	294	31	26	22	20	1.98
23120144--23120253	39	2.8	40	81	2	132	22	20	20	37	1.95
23121899--23121933	18	2.0	18	94	5	63	40	11	0	48	1.39
23125491--23125602	28	4.2	26	71	18	79	50	16	14	18	1.79
23127881--23127911	16	1.9	16	93	0	53	48	3	0	48	1.17
23128037--23128076	21	2.0	21	85	5	55	50	0	12	37	1.41
23128002--23128174	88	2.0	89	96	1	321	59	4	7	28	1.45
23128746--23128795	15	3.2	16	75	11	50	24	0	2	74	0.93
23129193--23129221	13	2.1	14	93	6	51	65	0	0	34	0.93
23130129--23130180	14	3.4	15	76	10	52	38	0	3	57	1.17
23141949--23141987	20	2.0	20	94	0	69	38	12	20	28	1.89
23144395--23144446	28	1.9	26	88	7	77	48	0	7	44	1.31
23145348--23145471	41	3.0	41	87	0	185	20	21	24	33	1.97
23150348--23150401	22	2.5	22	87	6	74	44	12	5	37	1.66
23153222--23153257	19	1.9	18	88	5	54	75	2	0	22	0.94
23156323--23156374	25	2.1	25	89	7	79	46	0	0	53	1.00
23156323--23156385	25	2.5	25	83	16	78	49	0	0	50	1.00
23157191--23157240	26	1.9	26	87	0	73	28	4	14	54	1.58
23162892--23162955	29	2.2	29	85	2	83	39	29	20	10	1.87
23163866--23163955	44	2.0	44	93	0	153	27	17	20	34	1.95
23167764--23167948	41	4.5	41	95	1	327	27	19	28	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23167764--23167948	81	2.3	82	96	0	336	27	19	28	24	1.98
23173891--23174084	95	2.0	95	100	0	388	34	19	23	22	1.96
23178975--23179035	26	2.4	26	91	2	97	31	22	19	26	1.98
23179108--23179296	76	2.5	75	86	1	254	30	26	19	23	1.98
23180872--23181319	125	3.6	126	88	1	650	29	20	16	33	1.94
23182999--23183044	1	46.0	1	91	0	74	95	4	0	0	0.26
23183763--23183858	18	5.3	18	70	22	51	66	5	0	28	1.13
23183807--23183868	28	2.2	29	80	11	67	66	3	0	30	1.08
23183825--23183907	39	2.2	38	84	6	105	57	3	1	37	1.24
23188325--23188373	20	2.4	20	79	3	53	24	20	4	51	1.65
23192072--23192119	3	16.0	3	91	8	80	66	0	0	33	0.92
23196968--23197113	65	2.2	65	81	0	166	26	19	19	33	1.96
23201343--23201368	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
23201458--23201483	5	5.2	5	100	0	52	38	19	19	23	1.93
23201432--23201483	26	2.0	26	81	7	61	34	15	26	23	1.94
23202254--23202284	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
23213503--23213560	26	2.2	26	87	0	80	27	17	15	39	1.90
23213609--23213665	26	2.2	26	87	6	80	14	17	24	43	1.86
23218441--23218590	44	3.4	43	73	5	131	36	9	18	36	1.83
23225081--23225125	13	3.5	13	81	6	56	42	20	2	35	1.64
23228236--23228327	47	2.0	46	89	2	139	35	21	10	31	1.88
23228373--23228413	20	2.0	21	90	4	66	36	12	0	51	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23239751--23239789	10	3.8	10	86	6	51	30	2	2	64	1.21
23245928--23245966	18	2.2	18	90	0	60	41	2	7	48	1.45
23249784--23249829	16	2.9	16	81	12	58	19	4	4	71	1.20
23251198--23251230	17	1.9	17	100	0	66	21	18	12	48	1.80
23259885--23260059	92	2.0	87	92	5	287	46	14	13	25	1.81
23261748--23261808	20	3.1	19	80	4	59	31	3	3	62	1.27
23264633--23264669	14	2.6	14	86	4	56	64	0	8	27	1.21
23264628--23264679	26	2.0	25	85	3	68	61	0	9	28	1.27
23265177--23265216	6	6.5	6	82	5	53	17	5	0	77	0.94
23265480--23266152	335	2.0	336	99	0	1339	16	33	10	40	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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