genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  85  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28342615--28342666	20	2.6	21	77	20	58	44	5	11	38	1.65
28343953--28344055	48	2.1	48	85	3	145	33	12	19	33	1.89
28348859--28349068	106	2.0	106	95	0	375	27	23	17	31	1.97
28349527--28349563	20	1.9	18	89	10	56	48	8	5	37	1.56
28353010--28354246	618	2.0	618	98	0	2384	30	22	11	35	1.90
28356237--28356292	24	2.4	23	79	8	60	16	17	25	41	1.89
28360949--28360980	16	1.9	16	93	6	55	6	9	0	84	0.78
28362713--28362755	22	2.0	22	85	0	59	46	2	6	44	1.43
28374387--28374424	18	2.2	17	90	4	58	73	5	18	2	1.14
28375084--28375181	51	1.9	51	93	0	169	37	26	13	22	1.91
28382531--28382587	22	2.6	21	78	15	62	56	10	7	26	1.59
28386102--28386167	33	2.0	33	93	0	114	19	25	16	37	1.93
28392276--28392300	10	2.5	10	100	0	50	72	8	0	20	1.10
28392745--28392792	21	2.3	20	80	16	53	70	8	10	10	1.33
28393383--28393523	55	2.6	55	81	7	144	24	34	0	39	1.61
28395053--28395259	103	2.0	103	100	0	414	28	9	12	48	1.72
28403373--28403492	59	2.0	60	98	1	233	37	34	8	20	1.82
28409743--28409984	124	1.9	124	85	8	331	54	11	9	25	1.65
28412823--28412952	54	2.3	57	80	6	142	40	10	5	43	1.62
28412860--28412969	54	2.0	56	82	7	134	42	8	4	44	1.54
28420445--28420498	10	5.4	9	83	16	63	62	1	1	33	1.16
28420445--28420498	19	2.7	19	86	13	65	62	1	1	33	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28420445--28420498	9	5.4	10	82	12	58	62	1	1	33	1.16
28421410--28421434	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
28441554--28441590	17	2.2	17	90	0	56	10	21	0	67	1.21
28444762--28444812	26	2.0	26	88	0	75	47	7	1	43	1.43
28447718--28447789	20	3.7	20	85	7	85	38	0	6	54	1.28
28450503--28450549	18	2.7	18	81	15	62	36	4	0	59	1.17
28450516--28450561	18	2.5	19	83	13	53	39	4	0	56	1.19
28462005--28462123	39	3.2	37	72	21	124	71	8	9	10	1.31
28463759--28464293	87	6.2	87	90	0	813	29	22	22	25	1.99
28463854--28463985	43	3.1	42	66	20	101	29	25	21	23	1.99
28463759--28464293	173	3.1	174	89	1	815	29	22	22	25	1.99
28472279--28472331	23	2.3	23	96	0	97	30	24	20	24	1.99
28480125--28481182	132	8.0	132	93	0	1670	29	19	25	25	1.98
28480265--28480466	44	4.6	44	64	11	117	28	18	26	27	1.98
28480435--28480751	44	7.2	44	62	16	136	29	19	25	24	1.99
28481164--28481264	44	2.3	44	83	6	125	30	18	23	26	1.98
28481468--28481560	21	4.5	21	81	5	118	39	11	11	36	1.79
28481805--28481856	25	2.1	25	85	7	70	32	3	5	57	1.40
28481922--28481982	33	1.9	30	83	9	77	27	1	4	65	1.22
28482415--28482456	19	2.2	20	86	4	59	33	7	9	50	1.62
28484585--28484634	20	2.5	20	87	3	75	12	2	24	62	1.40
28485271--28485333	20	3.1	19	78	14	63	4	22	0	73	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28486588--28486626	19	2.0	20	85	5	53	43	5	7	43	1.55
28487623--28487758	41	3.5	40	84	5	161	25	16	23	34	1.95
28489992--28490074	20	4.1	20	80	12	80	42	21	24	12	1.87
28492946--28492984	17	2.3	17	100	0	78	46	5	5	43	1.48
28498030--28498112	42	2.0	42	95	0	148	39	14	14	31	1.86
28506665--28506936	138	2.0	137	89	4	413	41	23	11	23	1.87
28508408--28508682	137	2.0	137	89	4	421	42	22	12	23	1.87
28510013--28510287	137	2.0	137	89	4	421	42	22	12	23	1.87
28520617--28520665	21	2.4	21	82	3	64	38	14	2	44	1.56
28522218--28522264	21	2.3	21	81	3	60	40	10	2	46	1.50
28527575--28527618	20	2.1	21	84	12	56	27	6	0	65	1.17
28533476--28533521	20	2.2	21	77	11	51	30	6	0	63	1.20
28537375--28537420	20	2.2	21	77	11	51	30	6	0	63	1.20
28547622--28547646	13	1.9	13	100	0	50	44	16	0	40	1.47
28549894--28550447	110	5.0	110	90	0	813	33	21	13	31	1.92
28551833--28551857	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
28554605--28555309	98	7.2	98	99	0	1401	28	9	7	54	1.60
28554667--28554722	17	3.2	17	69	14	51	32	3	3	60	1.31
28554765--28554820	17	3.2	17	69	14	51	32	3	3	60	1.31
28554863--28554918	17	3.2	17	69	14	51	32	3	3	60	1.31
28554961--28555016	17	3.2	17	69	14	51	32	3	3	60	1.31
28555059--28555114	17	3.2	17	69	14	51	32	3	3	60	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28555157--28555212	17	3.2	17	69	14	51	32	3	3	60	1.31
28556164--28556203	22	1.9	20	85	10	53	52	0	7	40	1.30
28557423--28557452	16	1.9	16	93	6	53	50	0	0	50	1.00
28559965--28560056	42	2.2	42	86	0	130	23	27	30	18	1.98
28564055--28564135	40	2.0	40	100	0	162	38	17	17	27	1.92
28578973--28578999	7	3.9	7	100	0	54	14	0	0	85	0.61
28582780--28582808	9	3.3	9	95	4	51	6	0	0	93	0.36
28582773--28582807	15	2.4	15	90	4	54	5	2	0	91	0.50
28585528--28585562	18	1.9	18	88	0	52	25	34	8	31	1.86
28586048--28587139	29	37.6	29	96	1	1985	47	28	0	24	1.54
28593708--28593789	10	8.2	10	73	10	60	63	0	1	35	1.02
28594005--28594030	13	2.0	13	100	0	52	38	0	23	38	1.55
28594046--28594096	10	5.1	10	74	9	50	31	1	1	64	1.15
28594353--28594411	21	2.8	21	100	0	118	40	0	10	49	1.37
28601159--28601361	100	2.0	101	98	0	390	39	5	3	50	1.45
28603577--28603725	43	3.4	43	83	3	192	29	33	15	21	1.94
28608017--28608063	6	7.8	6	83	9	51	21	2	0	76	0.89
28610868--28611397	114	4.7	114	91	4	853	26	20	27	25	1.99
28610868--28611395	220	2.3	221	90	5	799	26	20	27	25	1.99
28611297--28611470	73	2.4	73	94	0	294	27	20	27	24	1.99
28611184--28611565	187	2.0	186	91	0	611	25	20	27	25	1.99
28612522--28612587	31	2.1	31	97	0	123	43	12	15	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28612564--28612803	100	2.3	102	81	10	294	48	14	13	24	1.79
28612560--28612821	102	2.6	99	77	10	269	48	13	12	25	1.78
28612756--28613107	149	2.4	149	92	1	580	38	15	16	29	1.89
28613346--28613538	96	2.0	96	100	0	386	20	15	13	50	1.77
28617148--28617310	81	2.0	82	98	1	319	33	11	13	41	1.80
28618012--28618051	19	2.0	20	85	4	55	27	2	45	25	1.66
28619650--28619776	50	2.5	50	100	0	254	20	32	22	25	1.98
28620150--28620206	30	1.9	30	88	0	87	31	21	3	43	1.69
28621816--28621855	7	5.7	7	100	0	80	45	40	0	15	1.46
28622009--28622047	20	2.0	20	89	0	60	48	30	2	17	1.61
28622104--28622131	13	2.2	13	100	0	56	42	50	0	7	1.30
28622910--28623267	41	8.7	41	80	2	335	27	26	22	22	1.99
28624554--28624582	3	9.7	3	100	0	58	34	0	34	31	1.58
28626016--28626273	86	3.0	86	95	0	471	32	21	13	32	1.92
28628189--28628238	18	2.8	18	78	0	64	10	38	4	48	1.56
28629756--28629792	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
28629845--28629900	29	1.9	28	85	7	76	19	44	0	35	1.51
28636749--28636775	13	2.1	13	100	0	54	25	0	7	66	1.17
28638608--28638654	19	2.3	21	85	7	71	42	4	0	53	1.20
28638654--28638721	27	2.4	28	90	7	102	48	5	8	36	1.59
28639231--28639264	17	1.9	18	88	5	52	47	2	11	38	1.55
28640027--28640132	18	5.6	18	71	10	61	65	3	2	28	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28640088--28640138	20	2.5	20	78	15	50	72	0	0	27	0.85
28640106--28640138	10	3.5	10	88	12	52	75	0	0	24	0.80
28660739--28661008	129	2.1	129	89	0	405	30	16	22	30	1.96
28660838--28661183	175	2.0	175	90	0	548	29	17	22	29	1.97
28661020--28661396	129	2.9	129	96	0	691	29	17	23	29	1.97
28660739--28661297	304	1.8	304	93	0	974	29	17	23	29	1.97
28660757--28661395	44	14.8	44	70	11	320	29	17	22	30	1.97
28663075--28663176	50	2.0	50	98	0	195	51	0	19	28	1.47
28663241--28663349	55	2.0	55	96	0	200	19	26	35	18	1.95
28663656--28663720	3	21.3	3	79	14	71	30	6	1	61	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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