genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  27  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8666303--8666352	12	4.2	12	84	0	64	10	40	32	18	1.83
8670399--8670545	40	3.7	40	76	2	143	35	14	25	23	1.94
8677524--8677559	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
8680296--8680320	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
8680442--8680505	9	7.1	9	84	7	85	40	21	12	25	1.88
8680608--8680651	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
8682436--8682550	40	2.9	39	84	5	142	17	29	18	34	1.94
8684473--8684517	3	15.0	3	85	0	63	4	60	0	35	1.17
8684516--8684579	17	3.8	17	71	12	51	4	29	1	64	1.23
8684509--8684579	25	2.8	25	79	10	81	4	32	1	61	1.23
8687256--8687969	261	2.7	259	91	1	1160	34	10	13	41	1.78
8697924--8697956	12	2.8	12	100	0	66	42	6	0	51	1.26
8706099--8706285	93	2.0	94	98	1	367	32	7	11	48	1.68
8707975--8708024	15	3.3	15	82	0	55	54	0	46	0	1.00
8709524--8709612	34	2.7	33	94	3	160	46	22	13	17	1.83
8719268--8719338	16	4.5	15	77	10	70	45	5	21	28	1.74
8719267--8719338	32	2.2	32	82	4	92	45	5	20	27	1.73
8722665--8722706	18	2.3	19	80	12	52	71	7	9	11	1.31
8736804--8736843	17	2.3	18	91	8	66	50	2	2	45	1.28
8737666--8737725	11	5.3	11	75	16	52	26	28	3	41	1.71
8739702--8740073	124	3.0	125	83	4	527	30	21	18	29	1.97
8739702--8740073	125	3.0	124	83	5	525	30	21	18	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8749320--8749360	12	3.4	12	86	0	55	12	19	46	21	1.82
8751982--8752019	16	2.4	16	95	0	67	39	13	15	31	1.86
8752636--8752687	16	3.2	17	78	8	54	53	5	0	40	1.25
8759519--8759634	61	2.0	60	86	5	164	49	6	4	40	1.47
8774381--8774465	41	2.1	41	93	0	143	23	15	23	37	1.93
8778501--8778546	17	2.7	17	86	0	65	41	0	0	58	0.98
8778658--8778687	16	1.9	15	93	6	51	16	60	23	0	1.36
8780343--8780384	21	2.0	21	85	0	57	42	0	16	40	1.48
8781092--8781197	50	2.1	49	79	5	115	19	29	19	31	1.97
8781124--8781214	25	3.6	26	84	11	109	23	27	20	28	1.99
8781849--8781876	2	14.0	2	100	0	56	0	0	50	50	1.00
8790422--8790463	21	2.0	21	85	0	57	42	0	16	40	1.48
8790956--8791003	25	1.9	25	91	0	78	18	27	20	33	1.96
8791652--8791724	2	36.5	2	100	0	146	0	0	49	50	1.00
8793746--8793782	5	7.4	5	100	0	74	40	0	0	59	0.97
8808042--8808127	20	4.4	20	76	15	67	61	4	0	33	1.17
8810156--8810616	78	6.0	78	87	1	626	33	15	12	38	1.85
8816276--8816531	70	3.7	70	82	0	287	24	22	22	30	1.99
8816956--8816999	21	2.1	21	100	0	88	34	4	22	38	1.75
8831606--8831668	27	2.4	26	82	12	76	39	31	6	22	1.79
8842564--8842722	35	4.5	35	86	0	201	18	13	32	36	1.89
8844412--8844458	24	2.0	24	86	0	67	34	19	29	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8844787--8844811	5	5.0	5	100	0	50	40	20	0	40	1.52
8850016--8850055	20	2.1	19	85	4	53	82	10	2	5	0.91
8850689--8850716	14	2.0	14	100	0	56	21	7	21	50	1.72
8851191--8851241	23	2.2	24	85	3	68	41	9	1	47	1.48
8855757--8855956	101	2.0	101	89	0	310	26	29	18	26	1.98
8863442--8864106	44	15.5	42	70	11	259	30	21	22	25	1.99
8863561--8864107	129	4.2	127	84	3	591	30	21	21	25	1.99
8863688--8864107	85	4.9	84	72	13	241	30	22	21	25	1.99
8867961--8868000	17	2.3	18	87	8	57	75	5	7	12	1.18
8867720--8868082	180	2.0	180	92	2	602	43	12	10	33	1.77
8868958--8869809	53	16.1	53	99	0	1695	51	13	9	26	1.70
8872055--8872094	17	2.3	18	87	8	57	75	5	7	12	1.18
8871814--8872176	180	2.0	180	92	2	602	43	12	10	33	1.77
8873051--8873136	23	3.1	29	62	21	76	52	11	9	26	1.68
8873052--8873161	53	2.1	53	98	0	211	53	12	8	25	1.66
8875809--8875945	13	10.3	13	69	15	84	51	6	7	34	1.55
8875865--8875935	27	2.7	27	93	2	117	49	5	5	39	1.50
8891759--8891792	17	1.9	18	88	5	52	5	11	2	79	1.02
8891755--8891807	26	2.1	26	83	13	67	5	18	3	71	1.21
8898986--8899111	36	3.7	35	69	12	109	30	30	12	26	1.93
8899088--8899154	30	2.2	30	83	0	80	26	23	20	28	1.99
8898983--8899153	66	2.6	66	83	0	198	28	28	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8901965--8902429	37	12.7	36	71	14	269	28	15	17	37	1.91
8901883--8902429	75	7.4	73	76	7	450	28	16	17	37	1.92
8901869--8902422	112	5.0	111	76	8	404	28	16	17	37	1.92
8902247--8902308	28	2.2	28	82	0	79	25	16	20	37	1.93
8902139--8902420	140	2.0	140	90	0	447	28	15	18	37	1.91
8902100--8902429	177	1.9	177	81	5	407	29	15	17	37	1.91
8909934--8910067	69	1.9	69	87	3	198	44	8	17	29	1.79
8917133--8917277	68	2.1	68	80	2	166	27	18	26	27	1.98
8917207--8917365	80	2.0	80	87	2	230	25	20	29	25	1.99
8917070--8917352	148	1.9	149	82	0	361	27	18	27	26	1.98
8929767--8929791	13	1.9	13	100	0	50	24	0	4	72	1.02
8934474--8934660	83	2.3	83	89	0	284	32	22	17	27	1.96
8934511--8934708	43	4.7	43	73	8	163	31	21	18	29	1.97
8934263--8934876	299	2.1	298	90	1	978	29	23	18	27	1.98
8934573--8935014	216	2.0	216	91	0	713	28	23	19	28	1.98
8934339--8935014	44	15.7	45	70	15	219	28	24	18	28	1.98
8946170--8947132	98	9.8	98	98	0	1791	36	24	11	27	1.90
8956085--8956166	34	2.6	31	86	7	103	35	6	7	51	1.55
8967491--8967614	25	4.9	26	77	6	112	21	27	16	34	1.95
8979133--8979166	16	2.1	16	88	0	50	41	23	20	14	1.89
8980424--8980518	27	3.6	27	88	5	140	22	35	27	14	1.93
8980789--8980922	39	3.2	40	77	15	123	31	5	11	51	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8981262--8981312	14	3.5	15	77	15	54	68	1	3	25	1.17
8990527--8990671	4	37.2	4	72	21	64	0	30	0	69	0.89
8990529--8990670	10	12.3	11	70	21	53	0	29	0	70	0.88
8990528--8990671	14	9.9	14	68	21	66	0	29	0	70	0.88
8990537--8990596	27	2.2	27	85	5	77	0	30	0	70	0.88
8990555--8990670	20	5.8	20	70	17	80	0	30	0	69	0.88
8990559--8990612	18	3.1	17	82	12	65	0	27	0	72	0.85
8990560--8990672	38	3.0	39	83	10	148	0	30	0	69	0.89
8990544--8990682	18	7.1	20	66	21	53	0	33	0	66	0.92
8997919--8997944	9	2.9	9	100	0	52	57	7	0	34	1.27
8999968--9000018	23	2.3	22	80	10	59	39	9	0	50	1.35
9000102--9000147	21	2.2	21	100	0	92	43	4	8	43	1.55
9005904--9005947	22	2.0	22	100	0	88	40	9	13	36	1.76
9006717--9006780	6	10.7	6	100	0	128	17	15	32	34	1.91
9010097--9010173	27	2.9	27	86	0	109	23	22	25	28	1.99
9010111--9010194	27	3.1	27	84	3	80	25	25	26	23	2.00
9011211--9011287	33	2.3	33	91	4	120	29	15	41	12	1.85
9011223--9011312	33	2.7	33	86	6	112	28	12	43	15	1.83
9013409--9013493	42	2.0	42	97	0	161	23	31	23	21	1.98
9013488--9013543	27	2.1	27	93	0	94	21	25	23	30	1.99
9014345--9014376	7	4.6	7	96	0	55	50	0	0	50	1.00
9014449--9014492	20	2.1	22	88	12	67	0	27	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9014617--9014827	42	5.0	42	98	0	404	23	31	23	21	1.98
9014822--9014877	27	2.1	27	93	0	94	21	25	23	30	1.99
9016050--9016140	40	2.2	41	92	7	157	57	15	10	16	1.66
9016061--9016140	40	2.0	40	100	0	160	57	17	10	15	1.64
9018464--9018499	18	2.0	18	100	0	72	11	50	11	27	1.72
9027725--9027814	34	2.6	34	91	3	137	44	16	0	38	1.48
9028212--9028270	16	3.6	16	88	2	82	35	1	35	27	1.67
9028244--9028334	45	2.0	44	87	2	128	31	4	29	34	1.77
9028244--9028351	45	2.6	42	82	8	123	33	3	30	32	1.75
9037660--9037894	117	2.0	118	99	0	463	41	27	12	18	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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