genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  73  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24188669--24188693	9	2.8	9	100	0	50	24	32	8	36	1.84
24188450--24188912	248	1.9	247	87	2	678	28	25	16	30	1.96
24188698--24189602	169	5.4	169	85	1	1190	28	25	16	29	1.97
24188698--24189601	337	2.7	336	86	2	1229	28	25	16	29	1.97
24189465--24189699	102	2.3	102	84	0	290	28	23	18	29	1.98
24189304--24189865	269	2.1	270	86	3	774	28	24	17	30	1.97
24190146--24190256	51	2.2	51	85	3	143	31	27	12	27	1.93
24189574--24190205	169	3.8	169	85	2	842	27	25	17	29	1.97
24189991--24190434	220	2.0	221	89	2	687	28	27	16	28	1.97
24190128--24190711	169	3.4	168	80	3	611	28	26	15	28	1.96
24190197--24190711	169	3.0	169	86	4	750	28	26	15	29	1.96
24189651--24190711	559	1.9	556	87	2	1549	27	26	16	29	1.97
24189818--24190595	390	2.0	389	87	2	1116	28	26	16	29	1.97
24189899--24190789	390	2.3	385	80	6	959	28	26	16	28	1.97
24190628--24190760	45	2.8	48	80	10	146	28	24	19	27	1.98
24190667--24190756	45	2.0	45	93	0	153	31	21	18	28	1.97
24190734--24190994	51	5.1	51	99	0	504	34	18	14	32	1.91
24210461--24212358	169	11.2	169	85	1	2404	28	25	16	29	1.97
24212238--24212459	102	2.2	102	85	0	282	27	26	16	29	1.97
24212056--24212631	271	2.1	269	87	2	816	27	25	16	30	1.97
24211400--24213302	945	2.0	946	86	1	2657	28	25	16	29	1.97
24212334--24224092	169	69.6	169	83	4	12387	28	25	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24212653--24212762	51	2.2	51	78	3	123	27	24	19	29	1.98
24212334--24230064	338	52.7	338	76	8	10291	27	25	16	28	1.97
24214102--24214299	103	1.9	102	90	1	315	29	26	16	27	1.97
24214982--24215102	51	2.4	51	84	0	143	27	23	14	35	1.93
24214814--24215261	219	2.0	220	86	1	612	28	24	16	30	1.96
24220685--24220740	28	2.0	28	100	0	112	28	28	14	28	1.95
24222453--24222552	51	2.0	51	85	0	137	27	27	19	27	1.99
24223985--24224199	100	2.1	101	87	3	308	30	22	17	29	1.97
24223817--24224368	269	2.0	269	87	2	786	28	25	17	28	1.98
24224106--24230064	169	35.4	169	80	2	5883	27	25	16	28	1.96
24223175--24225038	944	2.0	944	84	3	2460	28	24	17	29	1.97
24228957--24229057	51	2.0	51	80	3	114	27	21	19	30	1.98
24229924--24230200	136	2.0	136	84	1	358	24	27	16	31	1.97
24230060--24236696	169	39.4	169	84	2	8248	27	25	16	29	1.97
24230438--24230536	51	1.9	51	83	0	126	24	25	20	30	1.99
24231931--24232241	151	2.1	151	87	2	437	28	24	17	29	1.97
24236618--24236760	67	2.1	67	85	0	196	25	28	18	27	1.98
24236450--24236945	236	2.1	236	86	2	701	26	26	16	30	1.97
24236679--24239924	169	19.2	169	84	2	4001	27	25	16	29	1.97
24236273--24237101	405	2.0	405	83	3	1060	27	26	17	29	1.98
24235878--24237582	912	1.9	909	86	2	2481	27	25	16	29	1.97
24236028--24237457	743	1.9	743	86	3	2009	27	25	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24239791--24239971	51	3.5	51	74	0	191	28	26	17	27	1.98
24239786--24240020	102	2.3	102	96	0	425	29	25	17	27	1.97
24239637--24240195	271	2.1	271	89	0	859	28	25	17	28	1.98
24239858--24240020	51	3.2	51	75	0	200	31	25	15	28	1.96
24239271--24240628	609	2.2	609	88	1	1977	27	25	18	28	1.98
24239448--24241140	440	3.8	439	76	9	1633	27	25	18	28	1.98
24239910--24240527	169	3.7	169	89	0	896	27	25	17	28	1.98
24240389--24240634	51	4.8	51	70	4	190	25	23	22	28	1.99
24240389--24240737	102	3.4	102	89	0	484	26	24	21	27	1.99
24239785--24241126	711	1.9	711	89	0	2065	27	25	18	28	1.98
24240763--24240865	51	2.0	51	84	0	134	25	24	19	31	1.98
24240596--24241140	169	3.2	169	92	0	867	25	25	19	29	1.98
24241583--24241614	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
24270924--24270959	17	2.1	18	89	5	56	63	5	22	8	1.43
24283853--24283883	8	3.9	8	95	0	53	16	9	25	48	1.76
24300320--24301135	407	2.0	408	83	1	1028	35	18	24	21	1.96
24314444--24314497	27	2.0	27	100	0	108	40	22	18	18	1.91
24314658--24314734	26	3.0	26	77	7	84	20	18	24	36	1.95
24322211--24322294	27	3.1	27	84	1	107	44	20	16	19	1.87
24322211--24322308	27	3.7	27	81	6	101	41	22	15	20	1.89
24324011--24324045	12	2.9	12	86	0	52	37	11	2	48	1.54
24330000--24330033	16	2.2	16	89	5	52	26	8	26	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24343196--24343229	17	2.0	17	94	0	59	29	32	11	26	1.92
24345275--24345364	23	3.9	23	77	2	83	45	11	7	35	1.69
24345328--24345377	23	2.2	23	88	0	73	44	14	6	36	1.69
24357223--24357394	50	3.5	50	77	4	161	28	22	26	22	1.99
24357619--24357657	20	2.0	20	89	0	60	53	2	25	17	1.56
24364240--24364432	50	3.7	52	79	6	205	26	23	28	21	1.99
24364240--24364481	50	4.7	50	79	4	200	27	22	27	22	1.99
24365971--24366216	40	6.1	40	85	1	314	18	29	18	33	1.95
24366028--24366090	20	3.2	19	68	8	54	14	28	17	39	1.89
24368271--24368374	20	5.2	20	74	5	86	12	29	20	37	1.89
24368274--24368371	40	2.5	40	78	9	101	13	31	20	34	1.91
24373437--24373475	20	2.0	20	84	0	51	51	2	28	17	1.59
24386779--24386881	23	4.5	23	85	7	120	47	14	4	33	1.65
24390546--24390839	154	1.9	154	90	0	471	22	18	19	40	1.92
24395957--24396055	48	2.1	48	100	0	198	41	17	6	35	1.74
24397867--24397929	9	6.6	10	70	15	53	30	1	1	66	1.10
24397867--24397929	18	3.3	19	72	20	60	30	1	1	66	1.10
24397969--24398034	32	2.1	32	97	0	123	21	13	12	53	1.72
24400853--24401078	112	2.0	113	99	0	445	45	5	7	42	1.54
24404391--24404439	1	49.0	1	95	0	89	97	0	2	0	0.14
24405722--24405757	17	2.1	17	89	5	54	19	2	11	66	1.35
24407640--24407971	165	2.0	165	95	0	601	30	12	20	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24415696--24415886	50	3.8	49	76	14	190	29	26	18	25	1.98
24435892--24436007	38	3.0	39	88	5	164	35	6	12	45	1.68
24443594--24443641	24	2.0	24	91	0	78	16	10	22	50	1.76
24450105--24450189	25	3.4	25	85	1	109	27	21	20	31	1.97
24460088--24460234	28	5.3	28	83	4	154	32	16	25	25	1.96
24467077--24467461	29	13.2	29	74	5	276	37	11	26	23	1.89
24467077--24467461	58	6.6	58	80	5	321	37	11	26	23	1.89
24467077--24467461	87	4.4	86	79	6	319	37	11	26	23	1.89
24474386--24474419	17	1.9	18	94	5	61	41	5	14	38	1.70
24477775--24477886	29	3.9	28	84	4	134	36	13	29	20	1.91
24477764--24477886	59	2.1	59	87	3	176	37	13	27	21	1.91
24483249--24483361	40	2.8	40	83	0	136	32	19	27	20	1.97
24486650--24486704	16	3.2	18	80	19	64	25	0	27	47	1.52
24497328--24497416	44	2.0	44	93	4	153	34	12	21	31	1.90
24502771--24502889	27	4.4	27	87	6	161	19	20	20	40	1.92
24502771--24502889	54	2.2	54	92	3	195	19	20	20	40	1.92
24516883--24517028	38	3.8	39	78	9	131	45	11	8	34	1.72
24519376--24519604	112	2.0	112	93	0	386	22	24	17	35	1.95
24523382--24523470	38	2.3	39	84	9	121	46	11	7	34	1.69
24527179--24527211	17	1.9	17	88	11	50	12	12	27	48	1.76
24530674--24530708	17	2.1	17	88	0	52	8	14	20	57	1.63
24540448--24540536	21	4.1	21	67	13	63	6	34	19	39	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24542826--24542989	72	2.3	72	89	2	240	26	5	12	56	1.57
24544714--24544774	13	4.7	13	84	8	79	40	27	4	26	1.76
24547359--24547532	35	5.0	35	88	1	242	22	25	17	33	1.96
24548166--24548266	35	2.9	36	91	5	163	21	24	19	33	1.97
24550015--24550074	21	2.8	21	69	2	57	30	1	6	61	1.31
24551471--24551537	28	2.3	30	80	10	77	37	5	2	53	1.41
24552333--24552412	39	2.0	40	90	2	126	65	0	13	21	1.27
24555503--24555535	11	2.9	12	86	13	52	42	9	0	48	1.35
24556337--24556362	13	2.0	13	100	0	52	53	15	15	15	1.73
24562424--24562570	50	2.9	50	91	3	224	25	19	31	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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