genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   

This is table  72  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23933291--23933626	43	7.8	43	85	4	423	20	17	31	30	1.96
23936550--23936608	20	3.0	20	82	7	68	35	8	10	45	1.68
23939023--23939098	21	3.5	21	82	7	89	38	21	23	17	1.93
23941796--23941834	20	2.0	19	85	14	53	46	10	12	30	1.75
23942974--23943169	98	2.0	98	98	0	383	26	15	23	34	1.95
23943459--23943539	40	2.0	41	85	7	112	25	20	23	29	1.99
23945924--23945998	37	2.0	38	97	2	143	29	17	18	34	1.94
23954095--23954407	114	2.7	114	92	0	536	25	20	29	24	1.99
23954211--23954594	187	2.1	187	89	2	583	26	20	27	25	1.99
23954325--23954498	73	2.4	73	89	0	258	25	21	28	24	1.99
23954893--23955921	148	7.0	148	98	0	1900	36	15	15	32	1.89
23957636--23957729	43	2.2	41	83	7	134	32	12	10	43	1.77
23957643--23957724	43	1.9	43	94	0	146	36	12	12	39	1.80
23959582--23959614	17	1.9	17	100	0	66	18	21	36	24	1.95
23959956--23959990	16	2.2	16	100	0	70	11	42	11	34	1.77
23960501--23960667	43	3.9	43	88	0	217	23	17	28	29	1.97
23961304--23961334	16	1.9	16	100	0	62	6	32	6	54	1.51
23972728--23973017	43	6.8	43	87	1	368	28	31	18	21	1.97
23972728--23973017	85	3.4	86	85	3	352	28	31	18	21	1.97
23972728--23973017	128	2.3	128	85	1	384	28	31	18	21	1.97
23977517--23977552	16	2.2	17	90	5	56	30	0	63	5	1.17
23977644--23977921	41	6.8	41	81	3	335	30	28	20	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23977628--23977921	82	3.6	82	89	1	428	31	27	20	20	1.97
23977630--23977921	123	2.4	123	88	1	424	31	27	20	20	1.97
23977948--23978023	40	1.9	40	86	0	107	21	21	23	34	1.97
23983460--23983550	24	3.9	24	77	10	73	27	19	23	29	1.98
23983509--23983586	25	3.2	24	83	8	86	34	19	23	23	1.96
23984332--23984392	29	2.1	28	80	11	70	36	14	19	29	1.92
23994482--23994750	39	6.9	39	76	6	258	35	29	16	18	1.93
23994482--23994750	117	2.3	117	83	1	333	35	29	16	18	1.93
24001811--24002116	39	7.8	39	81	0	342	34	30	18	16	1.93
24009268--24009390	40	3.0	41	84	3	140	34	16	20	29	1.94
24009554--24009647	25	3.8	25	75	0	80	19	35	15	29	1.93
24011395--24011425	13	2.4	13	94	0	53	45	0	12	41	1.42
24018802--24018868	26	2.5	26	95	2	116	25	7	8	58	1.55
24020293--24020411	43	2.8	43	80	2	123	30	21	20	27	1.98
24022785--24022844	30	2.0	31	83	9	79	20	38	0	41	1.52
24024114--24024166	16	3.3	16	79	10	72	37	5	26	30	1.79
24024383--24024464	38	2.2	36	85	8	103	48	4	1	45	1.31
24025191--24025215	12	2.1	12	100	0	50	24	24	8	44	1.80
24030102--24030191	39	2.2	40	86	7	121	38	2	4	54	1.33
24037921--24037983	7	9.0	7	96	0	117	44	41	0	14	1.45
24039035--24039073	12	3.3	12	85	3	53	15	15	10	58	1.62
24041042--24042046	524	1.9	524	86	1	1440	30	23	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24043935--24044046	20	5.7	19	68	13	68	33	16	33	16	1.92
24043908--24044086	39	4.6	39	82	1	198	32	17	32	16	1.93
24043993--24044055	20	3.2	20	67	24	53	26	17	34	20	1.95
24063394--24063448	27	2.0	27	96	0	101	14	9	36	40	1.78
24063457--24063491	17	2.1	17	100	0	70	28	11	17	42	1.83
24064333--24064568	114	2.1	114	82	4	280	25	19	16	38	1.92
24064471--24064793	144	2.2	144	80	2	360	24	19	17	37	1.94
24064327--24064800	29	16.5	29	75	5	273	24	20	17	37	1.93
24064410--24064799	173	2.3	172	80	3	471	24	20	17	37	1.94
24068696--24068867	55	3.1	55	62	18	131	27	20	12	40	1.88
24068649--24068868	110	2.0	110	97	0	413	27	21	11	39	1.88
24068839--24069267	29	15.2	27	77	10	274	24	20	19	35	1.95
24068832--24069255	143	3.0	143	78	6	362	24	20	19	36	1.95
24068832--24069267	57	7.7	57	73	8	311	24	19	19	36	1.95
24070685--24071184	29	17.4	28	76	7	290	23	21	19	36	1.95
24070685--24071184	57	8.7	57	75	6	300	23	21	19	36	1.95
24072389--24072513	29	4.3	29	90	0	178	39	15	23	22	1.92
24072504--24072661	30	5.3	30	79	13	159	39	12	29	19	1.88
24072501--24072661	60	2.7	60	79	14	199	39	11	28	20	1.88
24072502--24072723	119	1.9	119	81	3	277	36	12	28	22	1.90
24076679--24076765	28	3.1	28	90	3	131	39	19	18	22	1.93
24076696--24076765	27	2.5	28	90	2	88	40	20	18	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24078016--24078636	340	1.8	340	100	0	1242	52	8	8	30	1.61
24078717--24078764	22	2.0	23	84	11	62	62	6	2	29	1.31
24080539--24080659	45	2.7	44	85	5	154	25	23	20	29	1.99
24080852--24087501	169	39.4	169	87	1	9144	27	26	16	29	1.97
24084821--24084917	51	1.9	51	82	0	122	26	26	18	27	1.98
24086175--24086277	51	2.0	51	84	0	134	25	25	18	31	1.98
24087368--24087548	51	3.5	51	68	3	148	27	23	17	32	1.97
24087363--24087597	102	2.3	102	89	1	355	28	23	17	30	1.97
24087217--24087765	271	2.0	271	87	2	807	27	24	17	29	1.97
24087420--24087607	51	3.7	50	70	1	133	29	23	15	31	1.95
24087465--24088898	169	8.5	169	85	2	1832	27	25	17	29	1.97
24087025--24087916	440	2.0	440	89	0	1365	28	24	17	29	1.98
24088765--24089007	118	2.1	118	88	0	360	25	25	18	30	1.98
24088579--24089176	287	2.1	287	90	1	930	25	26	17	29	1.98
24088859--24089179	169	1.9	169	88	1	482	27	24	18	29	1.98
24098641--24102213	169	21.2	169	84	2	4331	28	25	16	29	1.97
24101118--24101310	95	2.0	97	87	2	282	24	33	15	26	1.95
24101213--24101373	68	2.4	67	84	2	196	26	32	14	26	1.95
24102123--24102336	67	3.2	67	85	2	268	26	29	15	28	1.96
24101609--24102855	642	1.9	641	85	2	1714	28	26	16	28	1.97
24102250--24105326	169	18.2	169	82	4	3441	27	26	16	28	1.97
24101778--24102686	473	1.9	471	85	2	1241	28	26	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24101440--24102902	811	1.8	810	85	1	2090	28	25	16	29	1.97
24102250--24105680	338	10.2	338	82	5	3803	27	25	17	28	1.97
24102769--24103058	156	1.9	146	84	2	305	24	24	17	30	1.95
24103091--24103248	67	2.4	67	82	2	174	28	29	13	28	1.94
24103147--24103402	117	2.2	117	85	2	343	29	26	18	25	1.98
24104016--24104152	51	2.7	51	79	0	148	27	25	16	31	1.96
24105325--24105680	169	2.1	168	86	2	482	27	23	18	30	1.98
24105549--24105822	143	1.9	143	84	5	367	30	20	17	30	1.96
24105686--24106479	168	4.7	169	86	3	1010	28	23	16	30	1.96
24105686--24110974	338	15.8	338	81	4	4220	27	24	16	29	1.96
24106503--24110980	169	26.6	168	82	2	5093	27	24	16	29	1.96
24109498--24109599	51	2.0	51	82	0	123	25	24	17	32	1.97
24110836--24111076	102	2.4	102	87	2	342	26	23	19	30	1.98
24110673--24111207	271	2.0	271	89	0	811	26	24	17	30	1.97
24110836--24111076	51	4.7	51	73	0	176	26	23	19	30	1.98
24110939--24112833	169	11.2	170	86	1	2535	27	25	16	30	1.97
24110500--24111399	440	2.0	440	86	0	1228	27	25	17	30	1.97
24110399--24111589	609	2.0	609	86	2	1701	27	25	16	30	1.97
24110940--24112833	507	3.7	506	87	1	2808	27	25	16	30	1.97
24112738--24112906	67	2.5	67	84	1	205	24	27	17	30	1.97
24112567--24113069	236	2.1	236	89	1	749	27	26	16	29	1.97
24112231--24113413	574	2.1	574	88	1	1762	27	25	16	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24112398--24113224	405	2.0	405	86	1	1149	27	25	17	30	1.97
24112803--24113618	169	4.8	169	84	1	1089	27	24	17	30	1.97
24113425--24113827	209	1.9	209	88	1	601	30	23	16	29	1.96
24113749--24113852	51	2.0	51	85	3	138	28	25	16	29	1.97
24113634--24114808	169	7.0	168	84	2	1435	28	24	16	30	1.97
24121507--24129196	169	45.5	169	83	1	8967	27	24	16	29	1.96
24123918--24124014	51	1.9	51	85	4	133	24	26	18	29	1.98
24147251--24148549	169	7.7	169	82	3	1443	29	24	16	29	1.96
24147248--24148553	507	2.6	505	83	2	1661	29	24	16	29	1.96
24187463--24188701	169	7.3	169	86	2	1561	27	25	17	30	1.97

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