genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  84  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27985737--27985761	10	2.5	10	100	0	50	24	0	8	68	1.16
27987491--27989092	801	2.0	801	99	0	3188	36	10	22	30	1.87
27999823--27999854	16	2.0	16	100	0	64	37	25	12	25	1.91
28004140--28004176	19	2.0	19	89	5	58	32	2	16	48	1.60
28004161--28004210	20	2.5	20	78	15	50	40	6	16	38	1.73
28004807--28004866	30	2.0	30	100	0	120	33	13	16	36	1.88
28005026--28005169	71	2.0	72	97	2	272	36	12	6	43	1.69
28005907--28005959	22	2.4	22	100	0	106	37	3	7	50	1.49
28013495--28013523	14	2.0	15	93	6	51	17	20	0	62	1.33
28014787--28014823	13	3.2	12	85	14	51	51	0	2	45	1.15
28019219--28019249	16	1.9	16	93	0	53	41	9	3	45	1.53
28020204--28020246	22	2.0	21	86	9	59	74	0	4	20	1.00
28020444--28020488	20	2.3	20	88	3	74	77	4	11	6	1.09
28020806--28021220	206	2.0	207	99	0	823	41	6	9	42	1.62
28029271--28029329	26	2.3	26	96	0	109	22	38	16	22	1.93
28030273--28030309	19	1.9	19	94	0	65	48	0	21	29	1.50
28031437--28031469	15	2.2	15	94	0	57	39	9	15	36	1.79
28035462--28035517	28	2.0	28	100	0	112	53	0	28	17	1.44
28036257--28036333	29	2.5	30	75	6	75	48	3	16	31	1.65
28039805--28039890	46	2.0	43	81	9	102	36	22	16	25	1.94
28045571--28045652	41	2.0	42	85	7	114	34	29	13	23	1.93
28051729--28051762	17	2.0	17	100	0	68	29	29	11	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28053042--28053091	24	2.1	24	100	0	100	32	12	22	34	1.90
28053584--28053629	7	6.7	7	87	2	58	43	4	50	2	1.34
28053584--28053629	21	2.2	20	88	3	65	43	4	50	2	1.34
28054390--28054421	7	4.6	7	92	0	55	31	50	0	18	1.48
28054178--28054421	134	1.8	134	83	5	323	39	31	2	27	1.68
28054441--28054473	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
28062394--28062475	35	2.3	36	81	8	98	32	4	17	45	1.69
28064366--28064399	10	3.3	10	84	8	50	67	11	11	8	1.42
28064648--28064702	20	2.8	20	97	0	101	30	25	27	16	1.96
28071595--28071620	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
28078890--28078943	16	3.4	16	89	0	81	38	3	31	25	1.74
28078922--28079018	45	2.2	44	83	5	124	32	4	26	36	1.76
28082578--28082625	17	2.7	18	87	3	62	66	18	10	4	1.37
28082578--28082625	6	8.2	6	93	4	62	66	18	10	4	1.37
28089606--28089647	16	2.6	16	96	3	75	66	9	9	14	1.44
28090156--28090228	30	2.4	30	86	6	103	34	15	6	43	1.73
28090281--28090315	16	2.1	17	89	5	54	45	0	11	42	1.40
28093431--28093821	50	7.8	50	85	0	494	21	30	20	27	1.98
28096627--28097263	318	2.0	318	91	0	1040	33	20	10	35	1.87
28101317--28101500	50	3.7	50	80	0	197	20	29	22	27	1.98
28101317--28101500	100	1.8	101	83	1	244	20	29	22	27	1.98
28105939--28106134	48	4.1	48	80	1	196	23	26	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28105939--28106112	96	1.8	96	84	2	242	22	28	20	28	1.98
28108992--28109189	48	4.1	48	82	3	202	23	26	21	27	1.99
28110408--28110461	20	2.6	21	74	11	58	31	14	29	24	1.95
28110408--28110580	41	4.2	41	80	5	197	34	15	27	22	1.95
28110408--28110580	82	2.1	82	83	2	222	34	15	27	22	1.95
28119011--28119160	42	3.6	43	77	7	155	35	24	18	21	1.96
28119167--28119354	41	4.6	41	92	0	277	23	24	20	31	1.98
28126803--28126994	41	4.7	41	83	3	226	25	23	19	31	1.98
28126808--28126990	82	2.2	82	87	1	260	26	22	19	31	1.98
28133875--28133930	27	2.1	27	96	0	103	28	19	12	39	1.88
28148486--28148544	20	3.0	19	80	9	66	52	3	1	42	1.28
28148512--28148543	5	6.2	5	96	3	55	56	0	0	43	0.99
28161741--28161815	26	2.9	26	82	5	91	30	16	9	44	1.79
28161960--28161996	18	2.1	18	94	0	65	21	18	0	59	1.38
28162758--28162814	26	2.2	26	83	0	69	33	17	7	42	1.76
28162772--28162832	25	2.4	26	88	2	88	31	14	11	42	1.81
28174292--28174340	22	2.2	22	88	0	71	26	22	16	34	1.95
28175058--28175088	14	2.2	14	100	0	62	41	6	19	32	1.77
28175357--28175565	103	2.0	104	99	0	411	44	8	10	36	1.69
28176742--28176886	51	2.8	51	100	0	290	38	15	14	31	1.88
28178794--28179033	119	2.0	119	97	0	453	30	10	19	39	1.86
28181256--28181403	59	2.5	59	80	2	154	39	12	18	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28181310--28181425	59	2.0	59	82	0	142	39	12	18	30	1.87
28185977--28186033	28	2.0	28	82	0	69	50	1	1	45	1.22
28186844--28187343	114	4.4	113	72	8	285	31	19	22	26	1.98
28189732--28189758	8	3.4	8	100	0	54	22	0	33	44	1.53
28190981--28191005	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
28191939--28192057	9	13.4	9	84	2	161	52	15	0	31	1.44
28192162--28192268	25	4.3	24	80	13	94	44	20	2	31	1.66
28192168--28192265	34	2.9	34	86	8	148	43	20	3	32	1.67
28192239--28192272	7	4.6	7	86	13	50	52	17	0	29	1.45
28192162--28192268	9	12.8	9	78	18	92	44	20	2	31	1.66
28198287--28198355	21	3.3	21	89	0	102	31	18	46	2	1.64
28198733--28198872	43	3.3	42	85	5	165	26	20	23	29	1.99
28198752--28199004	43	5.9	42	80	6	240	24	23	20	30	1.99
28198795--28199005	42	4.9	42	80	5	219	24	23	19	32	1.97
28198752--28199004	85	3.0	85	79	4	260	24	23	20	30	1.99
28199732--28199791	30	2.0	30	93	0	102	26	3	13	56	1.52
28206585--28206851	149	1.8	146	84	4	367	44	6	4	44	1.50
28212875--28212917	23	1.9	22	86	13	61	65	6	6	20	1.41
28214080--28214130	22	2.3	22	83	12	61	29	15	9	45	1.79
28214521--28214902	190	2.0	190	91	0	620	28	9	24	36	1.88
28220569--28220611	15	2.7	15	78	7	50	2	30	0	67	1.03
28222796--28222897	48	2.1	48	96	0	186	35	34	10	19	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28225041--28225092	22	2.3	22	83	3	59	13	17	25	44	1.85
28225051--28225093	22	2.0	22	90	0	68	6	16	30	46	1.73
28225016--28225127	20	5.2	20	73	12	80	12	18	26	41	1.86
28243449--28243497	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
28243912--28243958	23	2.0	23	84	8	60	19	0	8	72	1.10
28245405--28245434	15	2.0	15	100	0	60	53	6	20	20	1.67
28248583--28248615	6	5.5	6	96	0	57	36	15	12	36	1.84
28249730--28249777	22	2.2	22	77	3	53	35	4	8	52	1.51
28251535--28251576	18	2.4	18	92	4	68	40	19	19	21	1.92
28254220--28254499	50	5.7	49	83	5	341	27	19	33	20	1.96
28254224--28254499	97	2.8	98	83	5	333	27	19	32	20	1.96
28254220--28254496	147	1.9	147	95	0	500	27	19	33	20	1.96
28259755--28259779	8	3.1	8	100	0	50	36	0	12	52	1.39
28260625--28260679	20	2.7	19	75	10	56	14	30	16	38	1.89
28261451--28261492	20	2.1	20	86	0	57	26	0	30	42	1.55
28266444--28266468	13	1.9	13	100	0	50	12	8	8	72	1.29
28270589--28270640	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
28270790--28270827	18	2.1	18	90	0	58	21	5	34	39	1.76
28278304--28278398	50	1.9	49	89	2	145	25	18	26	29	1.98
28278526--28278884	33	10.6	33	67	24	187	18	18	28	34	1.94
28278522--28278886	102	3.6	102	96	0	660	19	17	28	34	1.95
28279625--28279725	49	2.1	49	83	3	123	26	13	28	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28285129--28285185	30	1.9	30	88	0	87	22	21	21	35	1.96
28290594--28290633	18	2.3	17	91	4	62	47	2	0	50	1.14
28293955--28294121	89	1.9	88	87	1	244	41	13	13	31	1.83
28313429--28313505	27	2.9	27	86	0	100	29	27	14	28	1.95
28316596--28316652	29	1.9	29	86	10	80	22	36	22	17	1.94
28323428--28323469	18	2.3	19	83	4	50	69	2	0	28	1.01
28324919--28324970	25	2.1	25	100	0	104	32	15	15	36	1.89
28326912--28326941	15	2.0	15	93	0	51	13	10	40	36	1.78
28327912--28327962	4	12.8	4	77	22	54	72	0	1	25	0.95
28334218--28334245	13	2.2	13	100	0	56	32	28	7	32	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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