genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  74  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24571377--24571421	22	2.0	22	95	0	81	46	20	13	20	1.83
24576609--24576741	54	2.4	54	81	8	142	33	24	16	26	1.96
24584043--24584068	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
24585162--24585228	28	2.4	28	80	10	73	38	4	2	53	1.36
24587107--24587193	28	3.2	28	74	6	81	37	35	6	19	1.79
24587144--24587205	13	4.8	13	73	15	56	40	37	6	16	1.74
24588617--24588659	18	2.4	17	88	11	68	48	2	23	25	1.62
24588637--24588686	24	2.1	24	88	0	73	48	0	26	26	1.52
24600568--24600643	33	2.2	34	86	4	100	46	18	6	28	1.74
24601061--24601115	24	2.2	24	90	3	83	38	0	40	21	1.54
24603046--24603084	14	2.9	14	96	3	71	38	12	12	35	1.82
24607972--24608003	12	2.7	12	95	0	55	71	0	0	28	0.86
24614922--24614965	18	2.5	17	82	17	54	25	13	20	40	1.89
24615248--24615531	132	2.2	132	92	1	480	28	21	19	29	1.98
24617641--24617666	11	2.4	11	100	0	52	0	0	15	84	0.62
24617631--24617669	16	2.5	15	88	8	60	0	2	12	84	0.72
24622087--24622138	3	17.7	3	88	4	79	67	0	0	32	0.91
24623700--24623729	14	2.1	14	93	0	51	53	6	3	36	1.44
24624510--24624580	37	1.9	36	86	11	99	52	2	2	42	1.31
24631625--24632604	44	22.5	44	69	10	496	28	24	18	28	1.98
24631625--24632604	88	11.2	87	74	8	568	28	24	18	28	1.98
24631409--24631816	217	1.9	217	82	3	516	29	24	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24631409--24632447	305	3.4	305	94	0	1810	28	24	18	28	1.98
24631715--24632343	217	2.9	217	80	7	582	28	24	18	28	1.98
24632010--24632430	217	1.9	217	83	4	537	29	25	16	28	1.97
24632596--24632930	128	2.6	128	88	0	508	26	24	17	32	1.97
24634185--24634225	14	2.9	15	78	10	50	17	12	0	70	1.16
24634187--24634225	20	1.9	21	94	5	71	17	12	0	69	1.19
24635113--24635173	26	2.3	26	75	5	61	9	11	8	70	1.34
24635152--24635185	12	2.8	12	90	4	50	11	11	8	67	1.42
24643295--24643711	46	8.7	47	77	14	336	34	14	22	28	1.93
24643362--24643748	46	8.0	49	86	7	476	35	14	21	28	1.93
24643301--24643751	98	4.6	98	83	10	523	34	14	22	28	1.93
24643722--24643868	37	4.0	37	89	1	208	38	15	22	23	1.93
24649354--24649538	46	4.0	46	89	5	275	32	16	20	30	1.94
24649354--24649538	92	2.0	92	93	4	320	32	16	20	30	1.94
24666501--24666547	22	2.3	20	79	20	53	74	4	4	17	1.14
24680415--24680489	30	2.5	30	84	0	96	24	25	10	40	1.87
24680474--24680553	30	2.7	30	78	0	106	18	30	12	38	1.88
24680444--24680644	60	3.4	60	72	8	185	22	28	14	34	1.93
24680532--24680607	30	2.5	31	80	4	84	26	26	11	35	1.91
24680444--24680644	90	2.2	90	81	4	228	22	28	14	34	1.93
24688088--24688164	30	2.5	31	82	14	106	16	29	9	44	1.79
24688146--24688219	30	2.5	30	84	2	96	25	28	10	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24703460--24703510	25	2.0	25	88	0	75	27	11	37	23	1.90
24706055--24706120	30	2.2	29	82	15	73	56	7	0	36	1.28
24712630--24713056	213	2.0	214	99	0	847	26	16	28	28	1.97
24715449--24715483	18	2.0	18	94	5	63	11	28	48	11	1.74
24719433--24719472	11	3.6	11	89	0	53	77	0	17	5	0.94
24719866--24720169	42	7.3	42	85	1	369	37	24	17	20	1.94
24719871--24720169	126	2.4	126	86	1	413	37	24	17	20	1.94
24720572--24720642	11	6.6	11	76	19	62	0	11	5	83	0.81
24721834--24721935	51	2.0	51	90	3	161	26	14	31	27	1.95
24736564--24736606	4	10.8	4	79	0	50	41	0	30	27	1.56
24757980--24758031	19	2.6	21	76	8	56	40	11	3	44	1.59
24758367--24758392	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
24758459--24758486	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24774670--24774762	46	2.0	46	89	0	141	22	5	10	61	1.49
24776184--24776278	46	2.1	46	86	4	129	24	6	8	61	1.48
24776993--24777035	10	4.4	9	81	16	50	6	6	2	83	0.88
24785698--24785747	16	3.2	16	76	18	52	56	2	2	40	1.22
24786057--24786109	24	2.2	24	86	6	72	37	5	11	45	1.64
24789922--24789975	19	2.8	19	94	0	99	37	9	16	37	1.81
24789911--24789982	38	2.0	36	84	10	94	37	9	16	36	1.82
24799215--24799283	20	3.3	20	72	21	61	26	0	4	69	1.07
24799223--24799282	17	3.5	17	79	6	68	26	0	5	68	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24803419--24803465	23	2.0	23	92	8	78	38	12	38	10	1.78
24806925--24806959	8	4.2	8	85	7	52	45	2	0	51	1.16
24808117--24808929	114	7.1	114	90	2	1176	24	22	24	28	1.99
24808990--24809250	128	2.0	130	85	5	352	40	4	8	47	1.54
24809359--24809402	14	3.1	14	83	3	52	29	2	31	36	1.70
24809546--24809585	7	5.7	7	90	0	53	25	0	45	30	1.54
24809603--24809822	83	2.6	85	89	7	329	28	1	25	44	1.62
24810230--24810408	84	2.1	83	84	6	218	28	16	21	33	1.95
24811945--24812021	16	4.5	16	76	19	75	48	19	1	31	1.57
24811939--24812052	9	13.2	9	66	18	64	47	19	2	30	1.63
24811958--24812021	33	1.9	33	90	0	101	48	18	1	31	1.58
24811988--24812052	25	2.6	24	79	11	69	46	18	3	32	1.65
24812435--24812498	25	2.5	26	89	2	103	43	15	1	39	1.56
24814063--24814360	43	6.9	43	81	4	314	29	19	29	21	1.97
24814092--24814357	129	2.1	129	85	4	349	28	18	30	22	1.97
24817355--24817404	26	1.9	26	87	0	73	54	4	6	36	1.44
24817355--24817404	13	3.8	13	78	0	55	54	4	6	36	1.44
24820360--24820407	24	2.0	25	83	4	62	68	8	4	18	1.31
24821706--24821732	9	3.0	9	100	0	54	66	0	0	33	0.92
24824948--24824981	17	1.9	18	88	5	52	55	20	2	20	1.56
24825436--24825482	3	15.3	3	78	12	51	61	2	4	31	1.27
24825464--24825503	21	1.9	21	84	0	53	62	2	2	32	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24826960--24827078	41	2.8	42	81	8	134	20	24	23	31	1.98
24827057--24827158	44	2.4	43	84	11	122	28	21	21	28	1.99
24826876--24827532	223	3.0	222	82	2	755	28	20	18	32	1.96
24827331--24827711	179	2.1	179	91	0	602	31	19	17	31	1.95
24827102--24827934	402	2.1	402	89	0	1265	30	20	17	32	1.95
24827504--24828207	223	3.2	222	88	2	1045	30	20	17	32	1.95
24827195--24827978	42	17.6	44	68	12	273	30	20	17	32	1.95
24826887--24828151	625	2.0	621	85	2	1692	29	20	17	32	1.96
24827102--24828151	402	2.6	396	81	6	965	30	20	16	32	1.95
24829429--24829555	45	2.7	45	85	4	164	13	25	21	40	1.89
24830516--24830559	11	4.0	11	80	11	54	0	22	0	77	0.77
24830516--24830558	5	8.0	5	80	14	50	0	20	0	79	0.74
24830515--24830557	22	2.0	21	90	4	68	0	18	0	81	0.69
24830516--24830584	22	2.8	25	79	16	65	5	20	0	73	1.03
24830514--24830585	6	12.0	6	76	16	51	5	20	0	73	1.03
24833467--24833509	19	2.3	18	80	11	50	39	6	20	32	1.80
24834848--24834872	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
24835407--24835440	17	1.9	18	88	5	52	55	20	2	20	1.56
24839705--24839778	33	2.2	33	85	7	96	14	22	4	58	1.54
24839752--24839838	27	3.1	27	71	12	68	11	22	1	64	1.33
24846963--24846992	15	1.9	16	93	6	53	73	0	3	23	0.98
24849497--24849543	23	2.0	23	100	0	94	25	8	8	57	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24858381--24858470	27	3.3	27	81	9	112	17	21	17	43	1.88
24865015--24865113	41	2.4	40	85	6	126	31	22	19	27	1.98
24865325--24865514	67	2.9	63	70	14	145	40	15	8	35	1.78
24865472--24865559	40	2.2	40	95	4	160	42	14	10	32	1.80
24873031--24873056	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
24873443--24873545	41	2.5	41	93	0	170	33	22	18	26	1.97
24873757--24873942	63	2.9	63	75	11	171	39	16	6	37	1.75
24880961--24881024	27	2.4	27	78	5	67	25	21	12	40	1.88
24881213--24881274	26	2.4	26	86	0	79	35	25	12	25	1.92
24881191--24881423	53	4.4	53	75	4	195	30	22	12	33	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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