genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   

This is table  6  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2055479--2055528	22	2.3	22	78	0	55	24	10	6	60	1.51
2057131--2057191	26	2.3	26	83	11	70	63	1	1	32	1.13
2057425--2057480	23	2.3	25	81	6	71	25	1	5	67	1.21
2057421--2057480	12	5.1	12	70	9	52	25	1	5	68	1.19
2060130--2060167	12	3.0	13	84	7	51	34	0	2	63	1.09
2062887--2062934	20	2.4	19	83	10	60	52	2	0	45	1.12
2064375--2064401	6	4.5	6	100	0	54	18	51	0	29	1.46
2070407--2070468	22	2.7	22	90	5	88	48	1	1	48	1.21
2070442--2070482	16	2.6	16	96	0	73	46	2	4	46	1.37
2070565--2070650	40	2.3	37	86	11	115	39	5	4	50	1.47
2076555--2076615	31	2.0	31	83	6	79	40	13	16	29	1.86
2086219--2086254	18	2.0	18	88	0	54	30	0	8	61	1.26
2086294--2086332	20	2.0	20	84	0	51	48	0	2	48	1.15
2086354--2086429	33	2.4	33	79	14	88	47	19	7	25	1.76
2086429--2086467	20	2.0	20	94	0	69	38	15	12	33	1.85
2097589--2097614	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
2102153--2102196	22	2.0	22	90	0	70	36	9	20	34	1.84
2114345--2114374	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2114331--2114801	236	2.0	235	98	1	917	36	9	15	37	1.81
2114574--2114610	2	18.5	2	94	0	65	48	0	2	48	1.15
2119175--2119256	30	2.8	29	87	5	103	28	7	6	58	1.49
2126254--2126292	20	2.0	20	94	0	69	58	2	0	38	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2126295--2126352	21	2.8	20	72	12	55	31	17	8	43	1.79
2126774--2126950	82	2.2	83	96	2	331	55	7	2	35	1.40
2138215--2138251	14	2.6	14	82	0	56	5	24	2	67	1.25
2138520--2138575	21	2.4	24	81	18	66	41	14	1	42	1.56
2138515--2138574	26	2.4	25	75	8	68	43	11	1	43	1.51
2140352--2140502	42	3.6	42	79	1	151	43	17	23	15	1.88
2150943--2150967	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2151536--2151604	31	2.2	31	89	0	102	40	10	13	36	1.78
2151547--2151613	31	2.2	31	86	0	89	41	10	13	34	1.79
2152880--2152913	17	1.9	18	88	5	52	44	5	8	41	1.60
2153563--2153619	20	2.7	21	78	15	64	63	1	5	29	1.27
2153637--2153714	34	2.5	31	87	10	106	41	3	11	43	1.59
2164065--2164092	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
2164778--2164834	30	1.9	29	85	3	78	21	1	7	70	1.20
2165588--2165642	27	2.0	27	100	0	110	36	7	18	38	1.78
2167354--2167425	30	2.5	29	80	8	76	31	8	5	54	1.54
2172759--2172800	16	2.7	16	85	3	50	33	4	0	61	1.17
2180192--2180712	184	2.8	184	87	4	714	40	20	14	24	1.90
2184073--2184097	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
2185672--2185817	41	3.6	40	78	12	120	27	19	25	27	1.99
2186111--2186162	2	25.0	2	76	7	50	42	5	3	48	1.45
2192848--2192913	10	6.7	9	76	13	51	63	3	0	33	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2192849--2192903	20	2.8	19	80	20	69	60	3	0	36	1.15
2195489--2195523	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2199817--2199896	38	2.1	38	88	2	126	21	16	20	42	1.89
2208970--2209008	17	2.4	16	91	4	60	66	0	0	33	0.92
2211217--2211259	14	2.8	15	82	13	52	27	2	2	67	1.15
2217204--2217243	3	13.3	3	94	0	71	0	0	65	35	0.93
2220679--2220703	7	3.6	7	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2228820--2228875	22	2.5	23	82	2	69	51	1	1	44	1.22
2228851--2228890	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
2228893--2229011	58	2.1	58	88	3	186	41	5	9	44	1.58
2229077--2229122	24	1.9	24	91	8	76	60	2	0	36	1.09
2229073--2229124	24	2.3	23	84	15	72	59	1	0	38	1.08
2235578--2235614	15	2.3	17	81	9	51	56	0	0	43	0.99
2248420--2248483	31	2.1	31	94	2	112	51	3	9	35	1.50
2248420--2248492	30	2.4	30	88	4	94	52	2	9	35	1.49
2262486--2262515	15	2.1	14	93	6	51	0	46	0	53	1.00
2266282--2266368	1	87.0	1	100	0	174	100	0	0	0	0.00
2270432--2270686	127	2.0	127	96	0	474	39	14	14	30	1.87
2277076--2277232	78	2.0	78	100	0	314	26	12	19	40	1.88
2277800--2277833	13	2.8	12	90	4	50	23	0	0	76	0.79
2287791--2288064	139	2.0	139	86	4	392	37	17	22	22	1.94
2300689--2300747	29	2.0	29	83	3	73	35	6	11	45	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2300698--2300756	30	2.0	30	83	6	75	37	5	13	44	1.66
2301756--2301816	29	2.0	30	81	12	72	49	4	13	32	1.63
2304516--2304557	21	2.0	21	85	0	57	21	14	26	38	1.91
2310281--2310534	126	2.0	127	99	0	501	22	20	19	37	1.94
2317630--2317679	25	2.0	25	92	0	82	6	12	2	80	0.98
2317798--2318021	112	2.0	113	89	2	344	20	10	22	46	1.81
2322813--2323411	160	3.7	159	81	7	620	23	17	13	46	1.83
2327052--2327091	6	6.7	6	94	0	71	15	67	0	17	1.23
2333020--2333064	20	2.3	20	84	3	56	24	0	4	71	1.05
2333382--2333427	23	2.0	23	91	8	76	47	17	13	21	1.81
2345873--2345922	18	2.8	18	84	0	55	28	30	6	36	1.81
2354816--2354842	7	3.9	7	100	0	54	88	0	11	0	0.50
2364923--2364971	24	2.1	24	88	11	75	61	0	4	34	1.15
2371693--2371808	41	2.8	41	86	0	160	17	19	30	32	1.95
2376879--2376946	18	3.8	17	77	12	73	57	2	0	39	1.14
2389906--2390024	44	2.7	44	89	0	175	29	13	24	32	1.93
2392887--2392911	11	2.3	11	100	0	50	20	28	8	44	1.79
2399672--2399714	21	2.1	21	82	4	52	53	4	2	39	1.34
2401852--2401895	21	2.1	21	91	8	72	40	4	4	50	1.43
2403075--2403122	22	2.1	22	84	7	60	33	0	2	64	1.05
2408898--2409022	29	4.2	28	76	11	99	44	19	13	23	1.86
2418716--2418785	29	2.4	28	75	17	70	31	8	5	54	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2421837--2421889	20	2.8	19	78	13	56	28	0	9	62	1.26
2427430--2427463	2	16.5	2	93	6	59	50	0	2	47	1.16
2430433--2430617	91	2.0	93	97	2	356	51	11	11	24	1.71
2446042--2446082	20	2.0	20	86	9	57	63	0	4	31	1.15
2449202--2449226	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2449226--2449254	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
2449298--2449328	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
2453579--2453603	4	6.2	4	100	0	50	52	24	0	24	1.48
2453622--2453657	18	2.0	18	100	0	72	38	33	0	27	1.57
2459905--2459970	26	2.6	26	72	13	66	43	1	4	50	1.32
2462111--2462155	23	2.0	23	95	0	81	11	33	24	31	1.90
2465061--2465092	15	2.1	15	100	0	64	25	15	18	40	1.90
2467345--2467371	14	1.9	14	100	0	54	37	7	14	40	1.74
2474933--2474994	24	2.6	24	82	5	72	17	30	16	35	1.92
2476444--2476561	41	2.9	41	81	3	114	41	15	25	17	1.89
2476998--2477066	33	2.1	33	100	0	138	27	15	8	47	1.75
2478064--2478254	92	2.1	92	90	0	301	37	18	22	21	1.94
2484492--2484659	85	2.0	85	95	0	300	26	20	17	35	1.95
2490986--2491049	17	3.6	17	74	15	58	26	10	14	48	1.76
2490978--2491048	36	2.0	36	94	0	124	25	11	15	47	1.78
2491242--2491336	48	2.0	48	97	0	181	20	14	23	42	1.89
2491877--2491929	21	2.5	21	84	0	70	28	5	33	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2496230--2496344	30	3.8	30	95	1	203	35	8	0	54	1.37
2498844--2498909	21	3.1	21	78	6	71	54	18	27	0	1.44
2499379--2499434	24	2.3	24	81	6	69	35	1	0	62	1.06
2499858--2499902	22	2.1	21	83	4	54	71	4	0	24	1.05
2505055--2505130	38	2.0	37	92	2	125	19	55	13	11	1.68
2506605--2506790	83	2.2	83	85	3	259	41	8	15	33	1.78
2519882--2519931	22	2.1	25	89	10	79	20	0	4	76	0.95
2519903--2519950	19	2.5	20	79	6	62	25	0	2	72	0.95
2521679--2521748	28	2.5	28	93	4	115	38	10	1	50	1.45
2521786--2521864	27	2.9	27	90	7	117	27	26	29	16	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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