genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  68  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22575966--22576011	23	2.0	23	95	0	83	30	23	4	41	1.74
22578259--22578713	225	2.0	224	91	3	745	33	10	17	38	1.84
22579157--22579192	13	2.8	13	91	8	56	47	5	8	38	1.57
22579945--22579978	16	2.1	17	88	5	52	47	0	20	32	1.51
22580289--22580361	25	2.9	25	91	0	119	19	32	17	30	1.95
22580291--22580378	25	3.5	25	85	3	70	20	31	19	28	1.97
22607504--22607554	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
22611333--22611414	29	2.8	29	83	10	105	32	28	14	24	1.94
22613244--22613268	7	3.6	7	100	0	50	44	0	0	56	0.99
22614137--22614176	20	2.0	20	90	0	62	25	0	15	60	1.35
22621307--22621333	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
22630131--22630161	13	2.4	13	94	0	53	29	22	3	45	1.68
22633423--22633502	25	3.2	25	75	8	74	33	21	28	16	1.95
22633663--22633711	25	2.0	25	91	0	80	44	20	20	14	1.86
22635335--22635375	16	2.6	16	84	0	64	29	24	14	31	1.95
22635398--22635473	23	3.3	22	74	15	73	21	13	18	47	1.82
22637928--22638002	27	2.8	27	79	4	71	36	21	21	21	1.96
22645525--22645590	34	1.9	34	87	6	98	34	9	10	45	1.70
22654013--22654058	15	2.9	16	87	6	67	45	0	21	32	1.52
22654010--22654058	16	3.1	16	85	5	73	44	0	22	32	1.53
22674568--22674637	22	3.2	22	79	0	77	40	18	10	31	1.84
22677844--22677882	20	2.0	20	89	0	60	48	0	30	20	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22685624--22685717	46	2.0	46	95	0	170	40	11	17	30	1.85
22688881--22688933	24	2.3	23	83	6	63	32	7	1	58	1.37
22701701--22701834	20	6.7	20	89	0	178	35	20	36	7	1.81
22701843--22701907	21	3.1	21	90	0	103	36	35	10	16	1.84
22713589--22713754	86	1.9	86	96	0	305	30	17	15	37	1.90
22715018--22715060	17	2.5	17	81	7	52	46	4	2	46	1.36
22716631--22716693	20	3.2	20	79	2	74	12	15	25	46	1.82
22728153--22728309	29	5.4	29	75	8	131	21	28	12	38	1.89
22728153--22728317	58	2.8	59	78	7	183	22	27	11	38	1.88
22734167--22734232	33	2.0	33	96	0	123	27	25	9	37	1.86
22741858--22741885	13	2.2	13	100	0	56	35	0	17	46	1.49
22756650--22756730	33	2.5	33	77	0	81	22	25	19	32	1.98
22757232--22757341	38	2.8	39	79	6	116	31	25	20	22	1.98
22766069--22766124	15	3.6	16	76	7	62	30	21	5	42	1.75
22768802--22768857	27	2.0	28	86	3	78	39	23	8	28	1.85
22770419--22770455	16	2.2	17	90	9	58	54	0	2	43	1.14
22776852--22776885	13	2.6	13	86	13	52	44	0	0	55	0.99
22778554--22778603	23	2.2	23	92	0	82	42	6	10	42	1.63
22778612--22778669	14	4.4	14	73	22	54	37	1	0	60	1.07
22778650--22778690	15	2.9	14	86	10	57	43	0	0	56	0.99
22778665--22778690	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
22778692--22778729	15	2.5	15	95	0	67	73	5	0	21	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22778843--22778881	21	1.9	21	94	5	71	30	25	10	33	1.89
22781398--22781422	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
22782166--22782236	35	2.0	35	100	0	142	26	16	11	45	1.82
22786128--22787051	305	3.0	305	89	3	1392	48	16	13	21	1.80
22795514--22795571	27	2.1	27	87	0	80	12	27	18	41	1.86
22800570--22800614	20	2.2	20	84	7	56	75	6	6	11	1.18
22800570--22800616	21	2.3	20	85	3	58	74	6	6	12	1.20
22801593--22801659	24	2.9	24	78	10	68	17	7	2	71	1.22
22801616--22801657	12	3.4	13	83	9	52	11	7	2	78	1.04
22804922--22804947	7	3.7	7	100	0	52	0	11	0	88	0.52
22807624--22808003	188	2.0	188	96	0	697	24	21	25	28	1.99
22809560--22809621	9	6.8	9	83	10	72	38	27	9	24	1.86
22809561--22809615	17	3.1	17	79	10	56	38	27	10	23	1.88
22809569--22809633	20	3.4	20	85	6	82	40	27	9	23	1.85
22809595--22809637	11	4.2	11	80	14	56	46	25	6	20	1.76
22810890--22810926	17	2.2	17	95	0	65	10	37	16	35	1.83
22822461--22822508	24	2.0	24	83	0	60	37	12	8	41	1.73
22822730--22822766	3	12.7	3	94	5	67	67	0	0	32	0.91
22823162--22823226	20	3.2	20	80	4	69	61	4	1	32	1.26
22823226--22824968	871	2.0	872	99	0	3479	33	16	10	39	1.83
22827855--22827902	2	24.0	2	95	0	87	47	52	0	0	1.00
22830842--22830901	9	6.2	10	77	12	63	65	5	3	26	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22830838--22830913	29	2.7	27	84	11	89	61	3	3	30	1.32
22830842--22830895	20	2.8	19	86	5	72	64	5	3	25	1.32
22830838--22830912	19	3.9	19	75	17	57	62	4	4	29	1.31
22830850--22831026	9	18.7	9	70	15	81	62	3	2	31	1.28
22830868--22830940	28	2.7	27	80	6	76	65	1	4	28	1.19
22830851--22830936	10	8.8	10	72	10	52	65	3	4	26	1.29
22830950--22830986	19	1.9	19	89	10	58	51	8	2	37	1.46
22830974--22831036	13	4.9	13	70	16	51	66	1	0	31	1.01
22830978--22831033	29	2.1	27	83	12	71	64	1	0	33	1.04
22831006--22831046	21	2.0	21	85	9	57	68	2	0	29	1.03
22832002--22832061	28	2.2	26	82	11	68	28	0	5	66	1.12
22832044--22832095	18	3.1	16	84	10	61	30	0	1	67	1.02
22832044--22832085	18	2.5	18	88	11	63	33	0	0	66	0.92
22832000--22832105	18	5.8	18	68	18	60	28	0	3	67	1.07
22832270--22832341	37	1.9	37	91	0	117	37	12	11	38	1.79
22839105--22839189	33	2.5	34	88	1	127	41	1	17	40	1.57
22839252--22839516	124	2.1	125	86	4	367	36	15	17	30	1.91
22845058--22845276	51	4.3	51	77	4	192	24	16	27	30	1.97
22847933--22847984	25	2.1	24	82	10	61	67	1	1	28	1.12
22852492--22852536	21	2.2	21	88	7	67	46	20	22	11	1.81
22852509--22852609	42	2.4	42	84	0	130	46	17	20	14	1.84
22852504--22852609	21	5.0	21	74	8	81	46	17	20	15	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22860150--22860248	21	4.7	21	70	5	74	45	18	22	14	1.85
22862956--22863070	57	2.0	58	86	1	160	26	22	7	42	1.81
22866148--22866224	34	2.3	34	90	0	127	19	23	29	27	1.98
22867560--22867649	25	3.6	25	77	8	85	37	13	17	31	1.89
22874595--22874736	73	1.9	73	89	0	221	21	18	16	43	1.88
22879924--22880130	100	2.1	100	98	0	396	26	14	17	40	1.89
22883558--22883632	11	6.7	11	69	22	50	40	1	2	56	1.22
22884407--22884452	5	9.2	5	90	0	74	0	23	0	76	0.79
22886222--22886298	26	2.9	26	88	1	109	35	9	28	27	1.87
22903803--22904414	331	1.8	331	97	0	1161	49	14	15	20	1.80
22904941--22904979	3	13.0	3	83	0	51	30	5	35	28	1.79
22905566--22905627	13	4.8	13	78	7	72	35	24	8	32	1.85
22906807--22906924	59	2.0	59	100	0	236	38	28	1	30	1.67
22914115--22914140	7	3.7	7	100	0	52	88	0	11	0	0.52
22917013--22917056	20	2.1	21	84	12	56	45	4	13	36	1.64
22924375--22924451	37	2.1	37	95	0	136	27	15	27	29	1.96
22925514--22925577	33	1.9	33	100	0	128	40	6	9	43	1.62
22927168--22927254	45	2.0	44	88	2	129	35	21	17	25	1.95
22931205--22931245	21	2.0	21	85	0	55	53	0	36	9	1.34
22936076--22936104	5	5.8	5	100	0	58	79	0	0	20	0.74
22936581--22936621	18	2.2	19	86	4	57	60	0	2	36	1.10
22938833--22938971	54	2.6	54	83	2	181	23	24	31	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22942094--22942334	50	4.7	50	81	6	211	26	19	29	24	1.99
22944536--22944569	16	2.1	17	88	5	52	79	0	2	17	0.86
22945581--22945625	8	5.6	8	94	0	81	37	13	22	26	1.91
22950344--22950481	24	5.8	24	83	0	168	26	19	23	31	1.98
22950346--22950479	72	1.9	72	88	0	205	26	18	23	31	1.97
22958705--22958747	15	2.8	15	86	10	52	16	0	9	74	1.06
22958716--22958753	20	1.9	20	88	0	58	10	0	13	76	1.02
22969749--22969943	98	2.0	98	93	2	338	36	24	11	27	1.90
22974527--22974590	30	2.1	30	100	0	128	17	12	14	56	1.68
22981044--22981095	20	2.8	18	73	21	54	50	3	3	42	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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