genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  82  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27309232--27309312	25	3.2	25	91	0	126	17	22	22	38	1.93
27317713--27317774	17	3.4	17	69	26	54	27	1	24	46	1.62
27317684--27317794	39	2.8	39	91	0	177	31	1	22	44	1.63
27317684--27317822	39	3.6	38	87	1	145	32	2	22	42	1.68
27318674--27318710	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
27320149--27320201	8	6.5	8	83	12	56	66	1	1	30	1.13
27320134--27320203	9	8.0	9	73	16	51	64	4	1	30	1.21
27320146--27320202	17	3.4	16	79	15	62	66	1	1	29	1.12
27320138--27320209	33	2.2	33	83	16	87	65	5	1	27	1.23
27320146--27320209	16	3.8	17	78	17	64	65	3	1	29	1.17
27325369--27325437	29	2.4	29	83	7	88	36	7	10	46	1.65
27339246--27339355	47	2.3	47	88	0	157	29	13	20	36	1.91
27344202--27344349	27	5.5	27	85	1	172	35	14	17	32	1.91
27344201--27344360	80	2.0	82	83	2	207	35	14	17	33	1.90
27344206--27344349	53	2.7	53	89	3	191	34	14	17	33	1.90
27353232--27353287	20	2.8	20	69	15	53	44	5	17	32	1.72
27358434--27358504	35	2.0	35	97	0	133	29	21	25	23	1.99
27360513--27360544	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
27360778--27360816	18	2.1	19	86	13	55	25	0	15	58	1.37
27364915--27364946	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
27366516--27366554	20	2.0	20	84	0	51	48	2	0	48	1.15
27367103--27367157	27	2.0	27	85	7	74	58	1	0	40	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27367218--27367283	19	3.4	19	75	21	66	54	4	7	33	1.49
27367500--27367548	19	2.6	19	84	9	57	36	2	0	61	1.08
27367605--27367783	88	2.0	87	81	6	209	34	10	17	37	1.84
27369234--27369289	29	1.9	29	89	7	87	41	19	16	23	1.90
27369537--27369586	17	2.8	18	75	6	57	6	12	8	74	1.22
27375003--27375169	87	1.9	90	82	9	216	31	7	5	56	1.49
27377592--27377636	9	4.8	9	84	10	63	64	4	6	24	1.37
27377916--27377971	21	2.7	21	80	0	58	28	8	33	28	1.87
27378425--27378463	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
27382068--27382111	6	7.2	6	89	5	70	38	0	61	0	0.96
27385849--27385880	14	2.4	14	94	5	57	59	18	9	12	1.59
27386475--27386642	81	2.1	81	89	2	259	26	19	6	47	1.73
27393087--27393133	12	3.9	12	80	0	58	14	14	19	51	1.77
27393085--27393132	24	2.0	24	91	0	78	18	14	18	47	1.82
27393336--27393377	12	3.6	12	77	6	50	23	14	21	40	1.90
27393319--27393399	23	3.5	23	83	5	92	30	11	17	40	1.84
27396535--27396610	39	1.9	39	86	0	107	35	15	31	17	1.91
27396559--27396630	20	3.7	19	73	17	67	40	19	27	12	1.88
27396544--27396620	39	2.0	39	84	5	102	37	16	28	16	1.91
27406658--27406692	18	1.9	18	94	0	61	28	14	11	45	1.79
27420563--27420620	15	3.7	15	72	6	53	53	0	1	44	1.10
27421058--27421106	24	2.0	24	96	0	89	40	10	8	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27425530--27425596	33	2.0	34	85	8	93	31	19	23	25	1.98
27444676--27444716	21	2.0	21	90	0	64	36	41	4	17	1.71
27444636--27444714	11	7.1	11	69	8	52	36	44	5	13	1.67
27446117--27446198	28	2.9	29	89	5	132	31	21	23	23	1.98
27446561--27446892	27	12.3	27	82	4	312	18	15	24	40	1.90
27446566--27446892	54	6.1	54	83	3	372	18	15	24	40	1.90
27446561--27446892	81	4.1	81	84	2	391	18	15	24	40	1.90
27466264--27466427	29	5.7	29	75	2	170	22	15	21	39	1.92
27468891--27468938	15	3.1	15	80	16	53	39	0	22	37	1.55
27477440--27477514	33	2.3	33	88	0	105	56	4	2	37	1.32
27478309--27478342	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
27490857--27490972	45	2.7	43	85	10	150	12	18	21	46	1.83
27491517--27491566	22	2.3	21	80	10	55	52	2	10	36	1.47
27501656--27501695	21	1.9	21	84	0	53	70	7	5	17	1.30
27502810--27502854	23	2.0	23	95	0	81	40	4	0	55	1.20
27502913--27502979	27	2.5	27	95	0	116	28	29	26	14	1.96
27503023--27503338	4	79.0	4	90	6	484	73	0	26	0	0.84
27503405--27503442	19	2.0	19	85	10	51	31	0	7	60	1.25
27504469--27504535	24	2.6	25	88	6	100	47	0	8	43	1.34
27516705--27516784	23	3.4	23	98	1	151	55	0	3	41	1.18
27517196--27517251	23	2.4	23	100	0	112	53	0	3	42	1.18
27516729--27517667	467	2.0	467	99	0	1855	30	21	10	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27518893--27518936	23	1.9	23	90	0	70	61	4	2	31	1.28
27518897--27518939	11	3.8	11	80	17	52	65	2	2	30	1.18
27522179--27522203	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
27523307--27523743	230	1.9	229	86	1	615	38	10	18	32	1.85
27525838--27525886	22	2.3	22	89	3	73	22	12	24	40	1.88
27529934--27530142	92	2.3	91	86	5	278	45	3	3	46	1.39
27530070--27530117	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
27530292--27530333	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
27530283--27530324	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
27530464--27530517	16	3.4	16	84	0	72	25	33	3	37	1.74
27531710--27531776	18	3.6	18	68	7	62	23	19	19	37	1.94
27531904--27531981	38	2.0	39	90	7	124	51	25	2	20	1.60
27532112--27532177	17	3.7	17	73	11	69	33	3	15	48	1.60
27532109--27532180	37	1.9	37	94	0	126	34	2	15	47	1.60
27532180--27532221	9	4.7	9	84	0	57	21	9	21	47	1.79
27533376--27533409	15	2.3	15	94	0	59	41	2	14	41	1.61
27533445--27533536	13	7.0	13	84	7	114	57	7	2	32	1.39
27535502--27535537	18	2.0	18	100	0	72	38	16	11	33	1.84
27539900--27540078	38	4.7	38	83	1	207	17	21	26	35	1.95
27546535--27546748	62	3.5	62	86	0	311	25	30	22	21	1.99
27546703--27546798	49	2.0	48	93	2	165	27	32	22	17	1.97
27553973--27554867	44	20.9	43	71	14	380	26	23	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27554316--27554777	89	5.3	87	71	16	282	27	22	20	29	1.99
27554308--27554864	217	2.6	217	91	1	875	26	22	20	29	1.99
27554404--27554733	173	1.9	173	81	9	406	27	23	20	28	1.99
27554286--27554777	261	1.9	261	87	7	723	27	22	21	28	1.99
27570705--27570815	33	3.4	33	100	0	222	50	20	2	26	1.62
27580764--27580811	24	2.0	25	91	4	80	68	12	8	10	1.39
27581304--27581346	15	2.9	14	77	16	50	11	9	9	69	1.36
27581315--27581345	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
27582660--27582944	142	2.0	143	98	0	554	37	16	15	30	1.90
27584108--27584163	28	2.0	28	100	0	112	28	17	17	35	1.93
27588533--27588807	41	6.7	41	79	4	259	34	16	26	22	1.95
27588536--27588804	82	3.3	82	81	5	301	34	16	26	23	1.95
27588701--27588807	21	5.2	21	64	13	60	31	16	29	21	1.96
27588535--27588808	123	2.2	123	80	5	311	34	16	26	22	1.95
27594772--27595012	50	4.8	50	80	1	243	22	27	21	28	1.99
27598913--27599151	41	5.8	41	78	2	165	34	14	29	21	1.93
27598913--27599151	82	2.9	82	73	4	239	34	14	29	21	1.93
27601090--27601115	7	3.7	7	100	0	52	26	26	0	46	1.53
27608128--27608183	22	2.5	22	79	0	58	33	19	25	21	1.97
27608498--27608681	27	6.8	27	81	0	179	26	22	17	33	1.96
27608467--27608681	81	2.7	81	83	4	256	26	21	17	34	1.95
27608469--27608694	54	4.2	54	78	2	220	26	21	16	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27615805--27615978	45	3.9	45	78	6	158	43	12	18	24	1.85
27620567--27620602	15	2.5	15	95	4	65	63	0	0	36	0.94
27626890--27626940	8	6.4	8	83	0	57	41	1	0	56	1.10
27628648--27628771	40	3.1	39	80	6	142	22	32	16	29	1.95
27630366--27630482	35	3.3	35	85	1	144	42	28	10	18	1.83
27637750--27637911	35	4.6	35	83	5	184	41	31	9	16	1.81
27647187--27647216	14	2.2	14	94	5	53	50	0	6	43	1.28
27648052--27648238	40	4.7	40	86	1	234	23	29	15	31	1.95
27649802--27649846	3	15.0	3	95	0	63	0	6	66	26	1.16
27649950--27649974	12	2.1	12	100	0	50	0	24	0	76	0.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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