genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  83  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27650006--27650046	20	2.0	20	90	0	64	21	24	26	26	2.00
27653283--27653472	94	2.0	94	96	0	353	32	10	19	37	1.86
27655350--27655609	129	2.0	126	84	7	330	26	18	29	25	1.98
27657555--27657624	20	3.5	20	66	19	56	45	5	5	42	1.51
27661123--27661214	43	2.1	43	91	0	148	29	34	17	18	1.94
27663140--27663728	294	2.0	294	99	0	1160	33	17	10	38	1.84
27682146--27682359	106	2.0	106	98	0	410	37	8	15	38	1.78
27686048--27686207	53	3.0	53	88	0	230	35	13	24	26	1.93
27686451--27686527	32	2.4	32	89	2	111	25	6	32	35	1.82
27686389--27686559	92	1.8	93	81	6	213	29	10	27	32	1.90
27697694--27697732	18	2.2	18	85	0	51	15	35	38	10	1.81
27707865--27707952	39	2.3	39	91	0	140	29	26	17	27	1.97
27709999--27710040	17	2.5	17	80	7	50	21	28	2	47	1.63
27726281--27726353	32	2.2	33	85	7	96	21	35	24	17	1.95
27728304--27728497	50	3.9	50	86	2	264	21	30	22	26	1.98
27734219--27734247	7	4.3	7	95	4	51	27	0	10	62	1.28
27734219--27734253	14	2.5	13	86	13	52	31	0	8	60	1.27
27734360--27734388	13	2.2	13	100	0	58	48	24	20	6	1.74
27742253--27742801	44	12.5	44	75	6	445	27	16	26	29	1.97
27742253--27742787	132	4.1	132	90	1	810	27	16	26	29	1.97
27742265--27742784	265	2.0	260	90	2	817	27	15	26	30	1.96
27742782--27743097	88	3.6	88	88	0	452	28	27	23	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27742304--27742915	265	2.3	265	81	5	609	27	18	25	27	1.98
27743098--27743264	44	3.8	44	88	1	246	27	18	25	28	1.98
27743235--27743397	88	1.9	88	86	0	236	28	22	25	23	1.99
27743917--27744217	44	6.9	44	73	11	183	30	20	22	27	1.98
27743910--27744370	217	2.1	215	86	2	627	29	20	22	27	1.98
27744134--27744232	44	2.2	44	82	3	119	32	23	17	27	1.96
27744868--27744928	14	4.0	14	71	19	50	57	13	8	21	1.62
27744862--27744925	33	1.9	33	100	0	128	57	12	10	18	1.63
27750792--27750820	11	2.6	11	100	0	58	44	31	0	24	1.54
27756404--27756529	50	2.5	50	85	0	153	20	26	21	30	1.98
27764491--27764515	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
27766333--27766375	20	2.2	19	83	4	50	25	4	4	65	1.32
27769991--27770079	25	3.5	25	87	3	97	21	22	25	30	1.99
27770016--27770079	25	2.6	25	94	0	110	23	23	25	28	2.00
27785339--27786040	69	10.2	69	76	2	521	37	21	19	22	1.95
27785341--27786015	206	3.3	206	78	2	539	37	20	19	22	1.95
27793336--27793423	25	3.5	25	77	9	90	31	18	21	28	1.97
27798764--27798798	18	1.9	18	94	0	61	22	14	8	54	1.67
27807202--27807324	41	3.0	42	87	1	176	34	17	28	20	1.95
27816826--27816896	9	7.8	9	76	7	63	0	8	12	78	0.95
27816837--27816897	29	2.1	29	90	0	95	0	6	11	81	0.85
27816824--27816897	38	1.9	38	100	0	148	0	8	12	79	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27820539--27820582	23	1.9	23	85	0	61	54	9	9	27	1.62
27821425--27821474	25	2.0	25	92	0	82	38	10	18	34	1.84
27821809--27821859	25	2.0	25	85	7	68	39	1	13	45	1.55
27823272--27823403	28	4.7	28	82	3	158	40	10	23	25	1.86
27823272--27823400	56	2.3	56	87	2	179	41	10	22	24	1.86
27825160--27825225	25	2.6	25	80	0	87	27	12	22	37	1.90
27829730--27829798	24	2.9	24	84	0	84	28	15	21	33	1.95
27830865--27830897	16	2.1	16	88	11	50	33	21	6	39	1.78
27841480--27841535	18	3.2	18	75	12	53	48	5	10	35	1.61
27841745--27841819	28	2.7	28	85	0	105	34	10	26	28	1.90
27843318--27843565	134	1.9	134	79	6	288	38	12	19	30	1.88
27843447--27843670	123	1.8	123	81	1	279	36	13	19	30	1.90
27843667--27843765	36	2.6	38	81	10	114	42	16	16	25	1.88
27843710--27844575	39	22.4	39	74	6	321	40	16	22	21	1.91
27843714--27844575	78	11.2	78	76	6	488	40	16	22	20	1.91
27843710--27844576	117	7.5	117	74	6	521	40	16	22	20	1.91
27843772--27843977	109	1.9	109	86	2	297	42	16	22	18	1.89
27843809--27843946	70	2.0	70	81	5	163	40	17	23	18	1.91
27850348--27850387	19	2.0	22	85	14	59	42	0	2	55	1.13
27850395--27850423	13	2.1	14	93	6	51	75	0	10	13	1.04
27850412--27850446	17	2.1	17	94	0	61	77	5	14	2	1.07
27852996--27853375	188	2.0	187	93	1	645	31	18	22	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27854254--27854296	21	2.0	21	81	4	50	39	6	18	34	1.78
27857896--27857940	19	2.2	21	82	17	60	46	0	2	51	1.13
27859042--27859135	23	4.0	24	91	4	149	22	21	19	37	1.95
27859042--27859170	23	5.9	21	85	6	143	19	22	21	36	1.95
27862071--27862292	111	2.0	110	94	2	392	36	8	10	44	1.69
27864580--27864745	29	5.8	29	87	2	228	36	10	23	29	1.89
27864580--27864749	57	3.0	57	89	1	243	36	10	22	30	1.88
27870302--27870345	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
27870489--27870672	51	3.7	50	73	11	171	33	27	15	24	1.95
27870837--27870869	14	2.3	15	94	5	59	45	12	0	42	1.41
27876854--27876902	9	5.4	9	95	0	89	42	22	10	24	1.84
27880648--27880741	46	2.0	48	87	8	140	44	0	27	27	1.55
27881080--27881110	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
27881637--27881691	29	2.0	29	89	7	87	38	3	5	52	1.42
27882803--27882912	37	3.0	37	82	0	130	47	15	17	20	1.83
27883662--27883695	17	2.0	17	100	0	68	35	0	52	11	1.38
27883673--27883739	30	2.2	31	86	2	100	37	0	43	19	1.51
27883788--27883824	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
27889794--27889933	50	2.8	51	83	5	178	30	27	17	24	1.97
27892712--27892777	29	2.3	29	81	5	80	25	28	28	16	1.97
27897468--27897500	12	2.8	12	100	0	66	24	18	48	9	1.76
27905452--27905543	31	3.0	30	82	9	96	41	7	15	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27909581--27909755	93	1.9	93	85	0	242	35	21	14	28	1.93
27909804--27909859	22	2.7	22	75	25	59	58	1	5	33	1.31
27909804--27909859	10	5.4	10	78	18	53	58	1	5	33	1.31
27909856--27909906	17	3.0	16	71	23	50	62	1	9	25	1.36
27909888--27910001	20	5.7	20	70	16	83	58	0	7	32	1.33
27909887--27910001	40	2.8	42	76	14	125	59	0	7	32	1.32
27909942--27909995	10	5.4	10	75	20	51	57	1	3	37	1.27
27915516--27915551	5	7.0	5	93	6	63	80	0	19	0	0.71
27916413--27916503	42	2.2	42	93	0	155	29	18	24	27	1.98
27918861--27918983	43	2.9	43	81	0	147	31	10	11	46	1.74
27918757--27918962	99	2.1	99	88	0	304	33	8	12	45	1.72
27919275--27919312	20	1.9	20	88	0	58	39	2	0	57	1.12
27919291--27919381	38	2.4	35	76	15	92	31	3	2	62	1.23
27924862--27924886	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
27936785--27936831	15	3.1	15	75	25	53	34	12	29	23	1.92
27943499--27943644	41	3.6	41	87	1	204	28	18	28	25	1.98
27947058--27947261	61	3.3	62	80	2	243	28	22	14	34	1.93
27947058--27947143	29	2.9	28	68	25	77	25	23	16	34	1.95
27947380--27947485	53	2.0	53	88	0	158	28	25	12	33	1.92
27947505--27947887	202	1.9	202	97	0	721	26	27	14	31	1.95
27952716--27952955	51	4.7	51	76	2	230	37	17	8	36	1.80
27952714--27952955	102	2.4	101	81	5	256	37	17	8	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27957095--27957121	7	3.9	7	100	0	54	0	0	44	55	0.99
27957512--27957574	30	2.1	30	100	0	126	57	14	3	25	1.52
27964672--27964712	18	2.3	18	86	0	55	29	36	9	24	1.87
27971184--27971212	15	1.9	15	100	0	58	41	20	3	34	1.69
27973142--27973166	12	2.1	12	100	0	50	8	16	36	40	1.77
27979076--27979102	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
27980829--27981083	50	5.1	50	73	5	221	25	15	27	31	1.96
27980836--27981110	101	2.7	99	80	6	295	26	14	27	31	1.95
27984686--27984808	40	3.1	40	82	5	151	39	25	17	17	1.91
27984686--27984803	39	3.0	39	83	3	139	38	26	16	17	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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