genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  81  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26971892--26971916	12	2.1	12	100	0	50	20	32	40	8	1.81
26972821--26972898	29	2.7	28	88	5	111	57	1	7	33	1.35
26973216--26973272	9	6.3	9	76	8	53	56	1	12	29	1.46
26973216--26973272	18	3.2	18	80	9	62	56	1	12	29	1.46
26978915--26978952	20	2.1	18	85	14	51	26	0	18	55	1.43
26980360--26980414	20	2.8	20	89	10	94	49	0	29	21	1.50
26980936--26980987	26	2.0	26	100	0	104	26	7	23	42	1.81
26983416--26983487	20	3.6	20	94	0	126	22	27	0	50	1.50
26983425--26983457	15	2.1	16	88	5	50	21	27	0	51	1.48
26998783--26998838	28	2.0	28	89	6	87	21	48	0	30	1.51
27009018--27009060	22	2.0	22	90	0	68	11	20	0	67	1.22
27009628--27009687	31	1.9	31	96	0	111	23	21	3	51	1.62
27016790--27016852	20	3.0	21	81	9	83	41	22	26	9	1.84
27018518--27018556	14	2.7	14	88	4	51	15	5	2	76	1.06
27020956--27021037	38	2.2	38	97	0	155	46	13	4	35	1.65
27025025--27025063	20	1.9	20	89	5	60	53	15	2	28	1.55
27027715--27027762	24	2.0	24	95	0	87	25	18	8	47	1.76
27028978--27029049	30	2.4	30	81	6	83	50	2	19	27	1.62
27036655--27036689	16	2.3	15	90	5	52	40	0	0	60	0.97
27036655--27036696	16	2.9	14	86	13	50	42	0	0	57	0.99
27037386--27037425	19	2.2	19	86	4	55	55	2	2	40	1.27
27044050--27044090	14	2.8	15	78	14	50	63	0	24	12	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27045383--27046238	44	19.4	44	82	4	850	31	13	23	32	1.93
27045386--27046238	353	2.4	352	88	2	1248	31	13	23	32	1.93
27046815--27047025	109	1.9	109	88	0	314	29	36	18	16	1.92
27050581--27050644	30	2.1	29	80	8	74	50	7	4	37	1.52
27054060--27054193	25	5.4	25	83	3	180	36	23	14	25	1.93
27054058--27054193	50	2.7	50	94	0	236	36	24	13	25	1.92
27059852--27060009	74	2.1	75	97	1	300	48	12	8	30	1.72
27059989--27060020	15	2.1	16	88	11	50	56	3	0	40	1.15
27062922--27062991	10	7.0	10	70	6	52	64	1	1	32	1.11
27062956--27063006	26	2.0	26	84	7	68	68	1	0	29	1.00
27063570--27063639	20	3.5	20	77	9	79	38	0	1	60	1.06
27063566--27063650	21	4.1	21	77	17	72	40	0	1	58	1.05
27063563--27063639	41	1.9	40	89	7	120	37	0	1	61	1.05
27064163--27064692	104	5.1	104	100	0	1060	31	11	19	37	1.87
27064704--27064728	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
27066618--27066882	130	2.0	131	99	0	523	25	48	9	16	1.77
27066829--27066922	39	2.4	39	91	3	154	28	47	12	10	1.75
27066885--27066948	27	2.4	27	89	5	94	26	51	10	10	1.70
27069384--27069411	11	2.5	11	100	0	56	39	28	0	32	1.57
27071905--27072079	30	6.0	29	78	12	151	15	1	30	53	1.50
27071905--27072080	29	6.0	30	78	12	159	15	1	30	53	1.49
27071951--27072080	59	2.2	60	85	6	169	14	0	28	56	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27073025--27073121	48	2.0	48	85	0	131	26	1	42	29	1.62
27073073--27073222	81	1.9	81	90	2	239	23	1	46	29	1.61
27075614--27075925	158	2.0	157	87	0	453	39	16	12	31	1.86
27081960--27082488	5	106.2	5	98	0	1017	39	20	0	40	1.52
27084118--27084203	41	2.1	42	93	2	147	23	27	22	26	1.99
27090139--27090187	25	2.0	25	83	0	62	34	18	12	34	1.88
27090532--27090569	18	2.1	18	85	9	51	34	10	5	50	1.59
27095711--27096004	51	5.8	51	75	8	278	28	14	27	29	1.96
27095711--27095992	102	2.8	101	87	3	379	28	14	27	29	1.96
27102164--27102196	13	2.7	13	90	9	52	36	12	15	36	1.84
27102929--27103271	102	3.4	102	85	3	453	28	14	26	30	1.95
27102929--27103261	51	6.6	50	80	7	350	28	14	26	30	1.95
27107494--27107547	28	1.9	28	96	0	99	38	20	14	25	1.91
27114612--27114884	75	3.6	75	87	1	359	34	26	16	23	1.95
27123163--27123721	138	4.1	137	85	1	751	39	7	6	46	1.58
27123163--27123721	277	2.0	274	87	1	796	39	7	6	46	1.58
27133656--27133702	23	2.0	23	87	0	67	23	8	21	46	1.78
27133665--27133716	23	2.3	23	83	6	61	26	5	19	48	1.71
27141539--27141757	38	5.8	38	89	2	287	35	31	18	14	1.91
27148794--27148910	38	3.1	38	87	0	162	39	29	16	15	1.89
27153159--27153195	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
27156929--27156985	24	2.3	25	84	3	71	75	8	8	7	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27157863--27157928	18	3.6	18	78	9	80	37	1	3	57	1.23
27158546--27158612	32	2.1	32	81	10	75	37	7	4	50	1.51
27160932--27161000	9	7.6	9	73	15	52	69	4	0	26	1.07
27160955--27161014	29	2.0	29	83	3	75	63	1	0	35	1.05
27163296--27163379	44	1.9	44	92	0	141	28	22	20	28	1.98
27163346--27163433	44	2.0	45	81	2	106	27	26	17	29	1.97
27178333--27178415	29	2.8	28	82	8	85	43	4	0	51	1.23
27178367--27178424	29	2.0	29	83	6	73	39	3	0	56	1.16
27178418--27178447	15	1.9	15	93	6	51	20	0	0	80	0.72
27184850--27184884	17	2.1	17	89	5	54	42	17	11	28	1.83
27186084--27186125	21	1.9	22	85	9	59	42	9	2	45	1.49
27190310--27190349	19	2.1	19	86	9	55	27	10	12	50	1.72
27192094--27192198	41	2.6	41	83	6	131	26	28	17	27	1.97
27200030--27200173	50	2.9	49	80	4	162	22	29	20	27	1.98
27203138--27203207	26	2.7	26	90	0	104	27	22	25	24	2.00
27203984--27204011	14	2.0	14	100	0	56	35	14	35	14	1.86
27207736--27207786	24	2.1	24	85	10	68	54	7	0	37	1.29
27208810--27209060	126	2.0	126	80	1	288	29	18	21	30	1.97
27208958--27209344	140	2.8	138	82	3	470	32	20	18	28	1.97
27209395--27209506	49	2.3	49	90	3	172	37	24	11	26	1.90
27211336--27211373	15	2.5	15	86	4	58	18	5	2	73	1.14
27212187--27212231	18	2.6	17	86	10	56	13	8	0	77	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27214620--27214812	50	3.7	50	77	6	163	23	29	21	26	1.99
27219877--27220104	51	4.5	51	81	3	255	29	28	17	23	1.97
27224883--27224963	26	3.2	26	64	28	64	33	28	14	23	1.94
27224878--27225071	51	3.8	50	82	2	219	29	27	18	24	1.98
27231003--27231027	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
27233659--27233699	21	1.9	22	90	5	66	68	7	17	7	1.36
27241638--27241683	24	2.0	23	82	4	56	69	6	2	21	1.22
27242025--27242589	288	1.9	291	85	4	775	49	11	16	23	1.78
27252669--27252767	50	2.0	50	85	0	135	26	25	29	19	1.98
27253485--27253516	15	2.1	15	100	0	64	56	6	12	25	1.59
27265239--27265599	41	8.9	41	84	2	327	21	21	27	29	1.98
27265695--27265753	26	2.3	26	85	5	84	59	3	10	27	1.46
27266065--27266118	21	2.5	21	80	14	65	24	0	40	35	1.55
27266122--27266299	87	2.0	89	89	2	270	26	2	28	42	1.67
27266277--27266317	21	1.9	22	85	5	57	9	0	51	39	1.35
27267089--27267142	20	2.5	23	76	14	69	31	46	1	20	1.61
27270267--27270320	25	2.2	25	93	3	92	35	3	5	55	1.41
27270500--27270817	43	7.4	43	84	1	359	22	16	27	32	1.96
27272751--27272842	26	3.5	27	77	4	107	19	26	25	29	1.99
27273251--27273284	17	1.9	18	88	5	52	41	0	14	44	1.45
27282334--27282359	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27283444--27283624	51	3.6	51	78	9	208	32	27	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27283432--27283616	101	1.8	102	88	3	284	31	25	17	24	1.97
27283427--27283640	101	2.1	102	81	4	263	31	26	16	26	1.96
27287691--27287817	59	2.2	59	82	0	146	49	9	10	30	1.68
27286148--27288456	471	4.9	469	89	1	3463	40	13	12	33	1.82
27286148--27288456	940	2.4	939	91	2	3759	40	13	12	33	1.82
27288170--27288295	59	2.1	59	83	2	155	49	12	11	26	1.74
27290364--27290390	11	2.5	11	100	0	54	0	11	0	88	0.50
27303504--27303530	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
27303914--27303967	27	2.0	27	88	0	81	42	0	20	37	1.52
27308198--27308268	35	2.1	35	86	7	101	50	0	2	46	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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