genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  75  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24881351--24881417	27	2.5	26	78	7	73	28	22	13	35	1.92
24883281--24883356	33	2.3	34	81	6	84	17	7	36	38	1.79
24887001--24887055	27	2.0	27	89	0	83	32	16	14	36	1.89
24890561--24890644	33	2.5	33	88	0	114	16	10	33	39	1.83
24890561--24890662	33	3.1	34	83	7	102	18	10	33	37	1.86
24897044--24897085	19	2.2	20	82	4	50	42	2	0	54	1.13
24904209--24904361	43	3.6	43	87	2	202	30	24	18	26	1.98
24905191--24905454	135	1.9	136	94	1	467	29	11	8	50	1.68
24906587--24906625	7	5.6	7	100	0	78	71	0	0	28	0.86
24910085--24910115	6	5.0	6	92	7	53	51	0	0	48	1.00
24910085--24910115	13	2.5	12	94	5	53	51	0	0	48	1.00
24917078--24917158	43	1.9	43	89	2	128	53	2	22	22	1.58
24920970--24921002	11	2.8	12	86	9	50	18	6	0	75	1.00
24921956--24922038	6	14.5	6	70	12	50	74	7	2	15	1.14
24921958--24921992	16	2.3	15	90	5	52	77	5	0	17	0.96
24921956--24922038	24	3.7	22	75	9	78	74	7	2	15	1.14
24922003--24922040	17	2.3	17	86	4	51	76	5	2	15	1.08
24929942--24930157	72	3.0	72	97	0	396	32	15	12	39	1.84
24936352--24936398	25	2.0	24	84	16	62	42	0	19	38	1.51
24936383--24936431	20	2.5	20	83	6	64	51	2	22	24	1.59
24940062--24940087	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
24945807--24945839	15	2.2	15	94	0	57	51	0	6	42	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24946601--24946686	43	2.0	43	90	0	136	48	1	24	25	1.58
24948764--24948802	20	2.0	20	94	0	69	43	15	12	28	1.83
24950746--24950800	23	2.3	23	84	3	74	30	12	29	27	1.93
24953789--24953821	14	2.2	16	89	10	52	30	3	0	66	1.06
24956434--24956853	126	3.3	126	90	1	682	34	19	20	25	1.96
24960215--24960261	21	2.2	21	88	0	67	2	23	44	29	1.65
24960515--24960557	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
24962399--24962435	11	3.4	11	92	0	65	40	0	35	24	1.55
24962401--24962457	22	2.5	24	83	13	77	43	0	31	24	1.54
24969123--24969160	5	7.6	5	100	0	76	0	18	0	81	0.69
24969414--24969598	51	3.6	51	76	11	184	25	17	27	29	1.97
24969416--24969600	101	1.8	101	87	3	273	25	17	27	30	1.97
24969963--24970003	21	2.0	21	90	0	64	65	0	2	31	1.05
24976920--24976998	20	3.8	20	71	23	74	60	7	0	31	1.24
24977230--24977502	51	5.6	51	69	13	227	34	3	4	58	1.34
24977290--24977539	43	5.5	43	70	14	196	35	2	4	57	1.32
24977234--24977537	94	3.2	94	99	0	599	34	2	4	57	1.33
24985769--24985816	9	4.6	10	80	17	53	77	6	0	16	0.97
24985769--24985807	19	2.0	19	85	5	51	76	5	0	17	0.96
24986051--24986702	149	4.3	151	86	6	895	51	8	10	29	1.65
24986050--24986705	307	2.2	302	89	4	989	51	8	10	30	1.66
24987015--24987063	10	4.5	10	80	14	53	14	0	8	77	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24987341--24987449	10	11.1	10	72	7	71	59	3	0	35	1.21
24987357--24987449	39	2.4	39	78	5	98	58	4	1	36	1.25
24988334--24988529	87	2.2	88	84	7	256	38	20	9	31	1.84
24988650--24988682	16	2.0	17	88	5	50	72	0	6	21	1.05
24992427--24992454	10	2.8	10	100	0	56	42	0	10	46	1.38
24994416--24994465	20	2.4	20	81	15	57	36	8	6	50	1.57
24997059--24997181	30	4.1	31	76	11	89	32	22	4	40	1.73
24997089--24997181	30	3.1	29	77	11	100	33	24	4	37	1.75
24997705--24997749	23	2.0	23	86	0	63	75	8	11	4	1.17
24997892--24997949	13	4.4	13	82	4	80	79	0	18	1	0.82
24997886--24997949	7	9.6	7	71	10	53	79	0	17	3	0.85
24997883--24997949	13	5.1	14	80	10	79	79	0	17	2	0.86
24998668--24998712	17	2.6	17	83	13	56	28	13	11	46	1.77
24998692--24998743	27	1.9	27	96	0	95	44	13	7	34	1.72
24998765--24998810	17	2.7	17	81	18	60	23	15	8	52	1.70
24998819--24998874	19	3.0	18	87	7	76	35	12	10	41	1.78
25002046--25002325	140	2.0	140	97	1	526	34	21	24	19	1.97
25002733--25002757	9	2.8	9	100	0	50	48	0	44	8	1.32
25010026--25010127	1	102.0	1	68	0	60	84	8	5	0	0.82
25010027--25010121	8	11.6	8	78	16	81	84	9	5	1	0.82
25010028--25010098	7	9.6	7	84	7	79	84	11	4	0	0.75
25010026--25010127	29	3.5	28	77	19	86	84	8	5	0	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25010980--25011620	75	8.4	76	83	7	782	30	14	19	35	1.92
25010983--25011620	152	4.2	151	85	7	774	30	14	19	35	1.92
25010979--25011684	385	1.8	374	85	8	884	31	14	20	33	1.93
25012057--25012188	30	4.4	30	82	3	151	35	21	2	40	1.66
25012055--25012188	59	2.2	60	81	7	166	35	20	2	41	1.65
25012055--25012227	30	5.8	29	79	5	150	35	21	2	39	1.68
25012891--25012964	20	3.6	21	78	12	66	77	0	18	4	0.93
25012887--25012929	18	2.4	18	81	11	52	76	0	16	6	0.99
25012925--25012961	13	2.8	13	87	0	56	78	0	21	0	0.75
25013668--25013711	18	2.4	18	85	7	54	29	15	9	45	1.77
25013778--25013819	18	2.4	18	84	4	59	28	11	7	52	1.64
25013764--25013818	17	3.3	16	78	12	58	27	14	7	50	1.69
25013841--25013901	20	3.0	20	88	9	81	40	4	11	42	1.62
25014386--25014450	13	5.0	13	76	0	67	30	7	21	40	1.81
25019411--25019447	16	2.2	17	90	4	58	72	10	0	16	1.10
25033433--25033485	20	2.5	21	75	6	54	54	3	5	35	1.42
25035096--25035168	35	2.0	35	82	10	85	54	1	19	24	1.52
25036955--25037251	28	10.5	28	81	3	292	33	18	23	24	1.97
25044900--25044984	29	2.9	29	86	6	100	31	18	22	27	1.97
25044917--25045010	29	3.2	28	86	5	116	30	22	20	26	1.98
25045054--25045108	28	1.9	28	85	3	74	36	16	21	25	1.94
25045120--25045255	28	4.8	27	77	9	101	36	20	17	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25045120--25045279	57	2.8	55	81	8	187	38	20	17	23	1.93
25045160--25045279	29	4.2	28	78	5	116	39	19	19	22	1.93
25047990--25048029	3	13.3	3	100	0	80	0	0	32	67	0.91
25048346--25048391	3	15.3	3	100	0	92	0	0	32	67	0.91
25047961--25048662	362	2.0	355	95	2	1269	31	14	18	35	1.91
25056546--25056602	26	2.2	26	96	0	105	45	7	28	19	1.76
25064007--25064099	25	3.8	24	72	18	75	30	22	31	16	1.95
25064031--25064166	25	5.5	24	74	9	87	30	21	30	16	1.96
25064277--25064324	25	2.0	25	87	4	71	37	16	27	18	1.92
25066032--25066187	77	2.0	78	98	1	305	43	3	10	42	1.56
25085063--25085162	39	2.6	37	79	7	110	48	7	4	41	1.49
25090992--25091027	18	1.9	19	94	5	65	63	0	2	33	1.08
25103869--25103995	38	3.4	38	71	10	134	51	4	2	40	1.35
25103855--25104005	75	2.0	76	98	1	295	50	5	2	41	1.39
25108835--25108907	30	2.4	30	77	4	76	28	38	17	15	1.90
25108989--25109023	18	1.9	18	88	0	52	17	28	11	42	1.83
25112697--25113106	124	3.3	124	93	2	691	29	20	18	31	1.96
25120954--25120981	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
25130162--25130366	112	1.8	113	98	1	403	50	3	7	38	1.50
25130400--25130439	21	1.9	21	85	10	55	42	2	0	55	1.13
25130691--25130718	13	2.2	13	100	0	56	50	7	0	42	1.30
25132644--25132687	11	4.0	11	77	11	54	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25136098--25136128	15	2.1	15	100	0	62	41	0	19	38	1.51
25138031--25138079	6	8.2	6	88	6	73	32	0	67	0	0.91
25150415--25150452	9	4.2	9	86	0	58	31	10	10	47	1.72
25154017--25154068	18	2.9	18	78	16	56	21	0	26	51	1.47
25159534--25159583	18	2.8	18	76	11	57	28	6	2	64	1.28
25162364--25162480	44	2.6	45	82	4	148	41	7	4	46	1.52
25166271--25166364	40	2.3	40	94	0	161	32	20	26	20	1.97
25166443--25166638	41	4.8	41	93	2	331	17	22	30	29	1.97
25166758--25166891	66	2.0	66	98	0	259	45	5	7	41	1.54
25166931--25167043	33	3.2	35	67	23	94	17	6	30	45	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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