genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  87  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29177548--29177890	67	5.2	63	69	17	182	35	15	11	37	1.84
29177804--29178017	95	2.2	97	90	4	328	32	15	15	35	1.90
29177898--29178251	132	2.7	132	86	1	478	33	13	15	37	1.86
29177672--29178141	227	2.1	228	87	2	676	33	14	14	37	1.87
29177540--29178422	359	2.4	362	83	3	1091	34	14	13	37	1.86
29177677--29178382	227	3.1	220	80	7	582	33	14	14	37	1.86
29178145--29178351	101	2.0	101	84	3	265	35	9	14	41	1.78
29182193--29182244	13	4.0	13	76	0	50	23	26	23	26	2.00
29185197--29185282	19	4.8	17	76	18	68	56	2	1	39	1.19
29185197--29185281	38	2.3	36	80	11	93	57	2	1	38	1.19
29186875--29186914	2	20.5	2	89	5	64	47	0	50	2	1.14
29188684--29188720	18	2.1	18	89	0	56	40	5	27	27	1.78
29190176--29190268	42	2.2	42	80	0	105	36	26	17	19	1.94
29191480--29191742	131	2.0	131	94	0	463	40	12	16	30	1.86
29192342--29192379	17	2.2	17	86	9	51	76	2	2	18	1.02
29192343--29192383	22	1.9	21	90	5	64	78	2	2	17	0.98
29194482--29194531	19	2.8	18	87	6	66	30	16	8	46	1.75
29194517--29194545	14	2.0	15	93	6	51	41	3	6	48	1.47
29197868--29197898	15	2.1	15	93	0	53	54	9	12	22	1.67
29198804--29198846	21	2.0	23	81	9	54	44	11	11	32	1.77
29208069--29208382	157	2.0	157	92	1	522	37	13	9	40	1.76
29209636--29209734	52	1.9	52	87	4	146	34	18	19	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29210003--29210051	25	1.9	26	83	4	64	16	10	10	63	1.52
29212896--29212939	25	1.9	24	82	17	58	45	4	9	40	1.56
29214745--29214801	25	2.1	26	84	12	71	61	5	0	33	1.18
29214810--29214843	11	3.3	11	88	12	54	50	0	0	50	1.00
29214786--29214853	20	3.3	19	73	15	64	52	0	4	42	1.21
29218220--29218283	29	2.2	30	81	8	80	75	0	15	9	1.05
29218997--29219173	86	2.1	86	81	6	207	27	20	18	33	1.96
29219036--29219198	86	1.9	86	82	5	204	26	18	20	34	1.95
29218956--29219218	43	6.2	43	74	8	182	28	19	20	31	1.96
29219509--29220302	397	2.0	397	100	0	1588	22	23	17	36	1.95
29221042--29221110	23	3.3	23	66	26	71	60	8	5	24	1.48
29221036--29221113	39	2.0	39	100	0	156	58	7	7	25	1.52
29249707--29249735	9	3.2	9	100	0	58	68	0	0	31	0.89
29250133--29250169	9	4.1	9	85	0	56	29	8	13	48	1.71
29251822--29251852	13	2.4	13	94	0	53	41	12	0	45	1.42
29252433--29252699	76	3.5	75	78	11	274	40	3	35	20	1.70
29253640--29253698	29	2.0	29	96	0	109	38	11	10	38	1.76
29255462--29255500	17	2.2	19	86	9	55	30	0	28	41	1.57
29255859--29256113	138	1.8	138	85	3	361	29	21	19	29	1.97
29255859--29256114	46	5.6	46	82	1	271	29	21	19	29	1.98
29257956--29257991	16	2.3	16	95	4	65	25	13	0	61	1.33
29258216--29258406	51	3.8	51	77	5	190	31	27	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29262103--29262319	112	1.9	112	85	0	299	33	14	19	32	1.92
29262733--29263020	148	1.9	148	100	0	576	31	18	22	27	1.97
29275163--29275215	22	2.4	23	87	9	83	35	20	5	37	1.77
29275375--29275403	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
29277910--29278211	27	11.2	27	83	1	345	44	19	14	21	1.86
29279112--29279154	20	2.2	20	95	0	77	48	13	13	23	1.79
29291719--29291755	19	1.9	19	88	0	56	18	16	27	37	1.92
29294462--29294489	9	3.1	9	100	0	56	67	0	0	32	0.91
29300619--29300815	105	1.9	104	84	6	263	23	25	24	25	2.00
29304662--29304724	30	2.1	30	96	0	117	23	3	15	57	1.53
29313826--29313885	30	2.0	31	83	3	77	41	0	38	20	1.52
29314170--29314209	9	4.4	9	87	0	62	42	22	10	25	1.84
29317057--29317215	77	2.1	78	98	1	311	32	3	5	59	1.37
29321363--29321403	13	3.2	13	80	13	50	0	19	2	78	0.87
29321364--29321424	18	3.9	14	74	25	52	1	22	1	73	1.01
29324150--29324246	40	2.4	41	86	6	135	35	9	17	38	1.82
29324149--29324220	19	3.7	19	90	7	117	34	11	16	37	1.84
29329552--29329580	15	1.9	15	100	0	58	82	0	17	0	0.66
29330965--29331958	44	22.6	43	66	5	320	26	22	26	24	2.00
29330850--29331948	88	12.5	88	90	0	1552	26	23	26	24	2.00
29331885--29332315	44	9.8	44	79	5	422	31	14	23	30	1.94
29330965--29332310	88	15.3	88	84	4	539	27	20	25	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29331888--29332139	133	1.9	133	90	0	405	31	13	23	31	1.93
29331886--29332315	177	2.4	175	87	1	619	31	14	23	30	1.94
29332065--29332343	131	2.1	133	86	2	384	31	14	24	29	1.95
29332691--29332758	19	3.5	19	86	7	100	35	11	14	38	1.83
29337974--29338275	149	2.0	150	99	0	597	44	7	6	41	1.59
29343245--29343270	13	2.0	13	100	0	52	7	7	7	76	1.15
29344374--29344408	15	2.3	15	95	0	61	22	0	11	65	1.24
29355123--29355171	26	1.9	26	88	12	75	16	14	8	61	1.56
29355836--29356584	133	5.7	132	81	4	697	28	16	25	29	1.97
29355862--29356584	177	4.1	178	78	7	731	28	16	25	28	1.97
29355837--29356558	221	3.3	221	86	2	981	28	16	25	29	1.97
29355864--29356584	310	2.3	309	84	2	932	28	16	25	28	1.97
29358910--29358962	27	2.0	27	81	7	63	24	5	3	66	1.31
29358969--29359003	15	2.3	15	95	0	61	22	0	11	65	1.24
29362010--29362448	40	10.6	40	75	16	378	23	19	25	31	1.98
29362046--29362459	82	5.0	82	83	6	546	22	19	24	32	1.97
29362026--29362535	127	4.1	127	79	11	392	23	19	25	31	1.98
29362534--29362805	44	6.2	44	75	3	233	29	26	16	27	1.97
29362532--29362807	132	2.1	132	92	0	462	30	25	16	27	1.97
29363133--29363186	24	2.2	25	81	15	69	27	20	14	37	1.92
29364031--29364059	12	2.3	13	94	5	51	0	13	0	86	0.58
29364031--29364075	13	3.4	13	84	6	54	0	13	4	82	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29364508--29364568	9	6.7	9	74	10	61	0	4	13	81	0.83
29364506--29364569	27	2.4	25	80	10	74	0	4	15	79	0.89
29372504--29372544	12	3.3	12	81	18	57	63	0	0	36	0.95
29372489--29372548	25	2.4	25	94	0	102	63	1	0	35	1.05
29375787--29375862	37	2.1	36	83	11	93	42	2	2	52	1.29
29375788--29375894	19	5.8	18	70	20	62	42	2	3	51	1.34
29379921--29379989	21	3.1	21	75	6	66	37	27	20	14	1.91
29382195--29382246	17	3.2	15	76	15	50	1	30	0	67	1.02
29383140--29383235	34	2.9	34	79	1	95	28	14	13	43	1.83
29383153--29383256	34	3.0	34	80	1	109	28	15	13	42	1.85
29383308--29383376	21	3.1	21	68	11	66	24	26	15	33	1.95
29383301--29383441	45	3.1	45	79	6	151	26	21	13	37	1.91
29383316--29383474	45	3.5	45	82	3	178	28	20	14	37	1.92
29384035--29384080	24	1.9	24	90	0	74	54	13	2	30	1.50
29385981--29386026	24	1.9	24	90	0	74	54	13	2	30	1.50
29387290--29387332	19	2.3	18	92	4	68	32	0	0	67	0.91
29387298--29387351	25	2.2	25	86	0	72	37	1	0	61	1.07
29388937--29388977	21	1.9	22	85	5	57	26	0	26	46	1.53
29390016--29390047	10	3.2	10	95	0	55	68	21	9	0	1.17
29393690--29394246	114	4.9	114	83	3	613	24	22	26	25	2.00
29393716--29394246	227	2.3	228	82	2	618	23	22	26	26	2.00
29395169--29395335	84	2.0	84	85	2	228	29	16	21	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29395647--29395858	84	2.5	84	83	5	259	30	16	22	30	1.96
29395703--29395892	84	2.3	84	89	1	292	26	18	22	32	1.97
29395703--29395924	84	2.7	84	86	3	252	26	17	22	34	1.95
29396223--29396396	84	2.1	83	85	6	228	32	16	20	29	1.95
29396261--29396473	84	2.4	90	81	8	219	29	16	20	34	1.94
29398492--29398605	47	2.5	45	86	8	160	39	14	2	43	1.59
29398589--29398679	18	4.9	18	77	15	96	43	10	1	43	1.46
29398571--29398660	35	2.6	31	76	19	90	42	12	1	44	1.49
29398580--29398672	22	4.4	22	66	21	65	41	12	1	44	1.50
29398607--29398684	39	2.0	41	94	5	142	43	10	0	46	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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