genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  45  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14513869--14513918	18	2.9	17	80	11	50	62	8	2	28	1.35
14515898--14515960	30	2.1	30	93	0	108	25	3	14	57	1.52
14524955--14525014	31	1.9	32	83	10	79	43	10	10	36	1.72
14525014--14525077	31	2.2	29	86	8	85	51	15	1	31	1.53
14535696--14535746	27	1.9	27	88	4	77	27	9	9	52	1.65
14540609--14540649	6	6.8	6	88	0	55	63	0	19	17	1.31
14540797--14540868	26	2.8	25	82	12	85	44	8	13	33	1.74
14542355--14542439	13	6.4	13	76	15	66	16	2	3	77	1.01
14542360--14542432	19	3.7	18	78	14	65	16	1	4	78	0.98
14542379--14542431	6	8.5	6	76	15	54	15	0	3	81	0.83
14543050--14543104	21	2.6	21	88	0	74	12	34	32	20	1.90
14545942--14545977	14	2.6	14	90	0	54	55	19	2	22	1.56
14555863--14556016	21	7.3	21	69	7	98	46	17	20	15	1.84
14555863--14556017	42	3.7	42	79	6	163	47	17	20	15	1.83
14557509--14557623	21	5.5	21	82	4	133	19	20	13	46	1.83
14557510--14557640	21	6.3	21	80	1	104	17	19	16	47	1.83
14560687--14560718	12	2.6	13	85	14	50	56	6	0	37	1.25
14565805--14566302	110	4.6	106	83	8	621	28	17	20	34	1.95
14565805--14566302	216	2.3	217	90	2	779	28	17	20	34	1.95
14578172--14578812	44	14.7	44	70	10	243	32	19	20	27	1.97
14578150--14578813	218	3.0	218	95	0	1179	32	19	21	26	1.97
14578813--14578983	44	4.0	43	67	15	138	30	21	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14581074--14587448	317	20.1	317	99	0	12714	30	18	19	31	1.96
14593441--14593547	8	11.8	8	72	26	56	51	7	1	39	1.41
14593471--14593560	19	4.8	19	79	20	118	52	8	1	37	1.40
14593436--14593550	36	3.0	36	75	22	119	51	6	2	39	1.43
14597836--14597992	57	2.8	58	83	5	205	40	17	5	36	1.73
14610712--14610805	45	2.1	45	93	0	161	30	24	19	25	1.98
14610809--14610993	101	1.8	101	84	5	257	30	27	17	25	1.97
14610808--14611029	101	2.2	101	79	5	225	30	27	15	26	1.96
14612948--14612999	25	2.1	25	82	13	63	57	3	5	32	1.40
14614145--14614170	8	3.2	8	100	0	52	11	23	34	30	1.90
14616741--14616770	16	1.9	15	93	6	51	46	6	0	46	1.29
14619862--14619982	54	2.2	55	76	8	131	23	28	24	22	1.99
14621574--14621628	27	2.1	26	86	3	74	60	5	3	30	1.37
14629783--14630711	464	2.0	464	98	1	1792	32	20	12	34	1.90
14634787--14634835	16	2.9	17	79	14	57	40	2	2	55	1.23
14634884--14634910	14	1.9	14	100	0	54	37	22	25	14	1.93
14637879--14638660	391	2.0	391	100	0	1564	38	21	6	34	1.78
14639334--14639382	9	5.4	9	82	7	55	24	0	2	73	0.94
14639334--14639383	26	1.9	26	87	0	73	24	0	4	72	1.02
14639319--14639382	19	3.3	19	77	14	60	28	0	3	68	1.04
14639334--14639410	28	2.8	28	80	7	77	27	2	3	66	1.22
14649192--14649257	31	2.1	31	91	0	105	50	0	6	43	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14649207--14649265	16	3.8	16	69	13	59	49	0	6	44	1.29
14650068--14650145	39	2.0	39	97	0	147	41	14	12	32	1.83
14650497--14650529	17	1.9	17	93	0	57	36	6	0	57	1.23
14655383--14655696	96	3.3	96	91	4	462	38	18	1	41	1.61
14655468--14655619	44	3.3	44	67	22	130	36	20	1	40	1.64
14655512--14655681	52	3.4	51	66	21	135	38	17	1	42	1.59
14656133--14656300	57	2.8	60	70	19	154	51	2	9	35	1.50
14657231--14657274	22	2.0	22	82	8	54	47	9	0	43	1.35
14657795--14657846	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
14660606--14660631	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
14662262--14662357	43	2.2	43	84	0	138	20	27	32	19	1.97
14663314--14663596	30	9.5	29	70	12	146	21	25	13	39	1.89
14663312--14663477	89	1.9	89	87	2	244	21	25	11	40	1.87
14663377--14663537	60	2.7	60	85	2	209	23	24	11	40	1.87
14663436--14663605	89	1.9	89	82	1	214	21	24	14	40	1.90
14663305--14663567	30	8.8	30	71	7	178	21	25	13	39	1.90
14663314--14663596	149	1.9	149	90	0	449	21	25	13	39	1.89
14672831--14672998	29	5.7	29	70	17	87	20	25	13	39	1.90
14672796--14673063	89	3.0	88	86	4	360	20	25	15	38	1.91
14672789--14673090	30	10.2	30	70	8	145	19	24	16	39	1.92
14673038--14673113	23	3.0	23	76	20	80	14	22	19	43	1.87
14679811--14679863	23	2.3	23	96	0	97	16	3	35	43	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14683164--14683206	17	2.5	17	96	0	77	16	11	9	62	1.53
14686768--14686804	19	1.9	19	88	0	56	48	27	0	24	1.51
14698450--14698475	12	2.2	12	100	0	52	38	38	15	7	1.76
14703589--14703697	42	2.6	42	88	0	164	25	34	21	18	1.96
14705122--14705300	50	3.6	50	83	3	184	27	22	29	20	1.98
14710066--14710181	48	2.6	44	81	11	153	30	14	25	30	1.95
14710117--14710253	58	2.4	58	91	3	217	34	13	24	27	1.93
14710222--14710261	7	5.7	7	93	0	71	45	12	27	15	1.82
14715835--14716075	50	4.9	50	80	4	229	27	19	29	22	1.98
14721343--14721474	50	2.5	53	86	7	171	25	31	18	25	1.98
14725289--14725337	9	5.1	9	76	13	53	22	26	4	46	1.69
14728861--14728986	49	2.6	49	81	7	141	25	26	19	27	1.99
14730958--14731173	105	2.0	107	90	1	337	31	21	8	37	1.84
14738758--14738901	56	2.7	54	81	11	156	27	28	19	25	1.99
14739472--14740742	645	2.0	635	84	6	1665	35	18	11	34	1.87
14744654--14744722	35	2.0	35	88	0	102	31	17	21	28	1.96
14745242--14745305	27	2.3	28	86	7	87	31	18	17	32	1.94
14745210--14745305	28	3.5	27	80	8	104	30	18	20	30	1.97
14747217--14747291	27	2.8	28	70	13	75	28	20	16	36	1.93
14754039--14754064	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
14754839--14754875	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
14754929--14754959	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14760864--14761057	27	7.2	27	90	0	289	43	21	19	16	1.88
14761170--14761243	26	2.8	27	79	4	71	21	21	21	35	1.96
14763602--14764722	412	2.7	405	79	4	1176	30	13	23	32	1.93
14766625--14766696	21	3.4	21	75	7	83	13	29	18	38	1.89
14766586--14766711	42	3.0	42	86	0	162	16	26	17	38	1.91
14766586--14766730	42	3.5	42	84	0	155	16	25	17	40	1.91
14770334--14770490	42	3.7	43	81	6	144	16	25	16	41	1.89
14770377--14770448	21	3.4	21	75	7	83	13	29	18	38	1.89
14772171--14772254	44	1.9	44	85	0	114	47	2	9	40	1.49
14779773--14779801	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
14779951--14779986	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
14780782--14780832	25	2.0	25	81	7	59	25	5	1	66	1.24
14781898--14781938	14	2.8	15	81	7	57	58	0	7	34	1.26
14787303--14787419	39	3.0	39	92	0	180	45	23	2	28	1.66
14797724--14797755	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
14797893--14797977	46	1.9	43	85	7	116	32	27	16	23	1.96
14797979--14798173	51	3.8	51	79	8	236	31	27	16	24	1.97
14797981--14798165	101	1.8	102	89	3	293	31	26	17	24	1.97
14805199--14805232	17	2.0	17	94	0	59	58	8	11	20	1.59
14805681--14805747	18	3.5	20	76	15	61	32	35	4	26	1.77
14824865--14824924	29	2.1	29	100	0	120	28	28	30	13	1.94
14828997--14829051	28	2.0	28	96	0	101	12	41	5	40	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14844754--14845111	176	2.0	176	90	1	565	32	15	24	26	1.96
14845670--14845694	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
14847416--14847595	89	2.0	89	95	0	324	35	7	16	40	1.77
14849734--14849917	92	2.0	92	100	0	368	41	6	3	48	1.45
14852482--14852827	123	2.8	123	91	1	559	28	15	22	34	1.94
14857387--14857439	23	2.4	22	78	6	61	45	3	13	37	1.61
14857387--14857430	23	2.0	23	86	4	63	45	4	13	36	1.64
14858776--14858831	27	2.1	27	86	0	76	23	26	21	28	1.99
14858791--14858895	27	3.9	27	77	5	86	25	22	21	29	1.99
14858783--14858903	27	4.5	27	67	8	75	26	23	20	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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