genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  86  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28663758--28663793	16	2.2	17	95	5	65	50	0	0	50	1.00
28663821--28663865	22	2.1	21	84	8	56	33	2	2	62	1.20
28663823--28663875	25	2.1	26	82	6	65	30	3	1	64	1.22
28665288--28665326	20	2.0	20	94	0	69	28	12	15	43	1.83
28680208--28680387	51	3.6	50	80	6	177	25	16	28	30	1.96
28685573--28685712	50	2.8	51	82	4	176	27	15	28	29	1.96
28703578--28703637	29	2.1	29	93	0	102	25	35	5	35	1.78
28707154--28707232	28	2.8	28	75	7	79	32	20	21	25	1.97
28714168--28714194	13	2.1	13	100	0	54	33	14	7	44	1.73
28724421--28724458	14	2.7	15	84	12	53	57	5	5	31	1.43
28727174--28727448	137	2.0	138	99	0	543	37	9	9	44	1.70
28732490--28732514	10	2.5	10	100	0	50	44	8	12	36	1.71
28747623--28747654	13	2.3	15	89	10	50	40	15	3	40	1.63
28757019--28757050	15	2.2	15	94	5	57	65	0	3	31	1.08
28767667--28767699	17	1.9	17	93	0	57	30	9	0	60	1.27
28773606--28773630	8	3.1	8	100	0	50	64	0	0	36	0.94
28789255--28789301	20	2.3	20	75	7	51	53	8	8	29	1.61
28789270--28789322	10	5.0	10	82	13	61	58	5	1	33	1.32
28802920--28803087	46	3.7	45	77	9	144	28	20	20	30	1.97
28806745--28806856	42	2.6	43	81	1	136	32	23	16	28	1.96
28813665--28813700	17	2.0	19	89	10	58	19	8	11	61	1.54
28824175--28824203	11	2.7	11	94	5	51	20	10	0	68	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28826341--28826375	17	2.0	18	88	5	54	20	22	37	20	1.95
28840977--28841012	17	2.1	18	94	5	65	13	41	33	11	1.80
28848503--28848531	14	2.1	14	93	6	51	6	6	17	68	1.34
28856814--28856891	40	2.0	40	100	0	156	24	15	16	43	1.86
28869114--28869290	44	4.0	44	100	0	354	38	15	13	32	1.87
28877964--28878050	25	3.5	25	75	4	70	28	26	14	29	1.95
28885058--28885140	25	3.3	25	81	6	96	22	20	24	32	1.98
28894004--28894029	3	8.7	3	100	0	52	34	0	34	30	1.58
28896435--28896459	8	3.1	8	100	0	50	24	40	12	24	1.88
28899555--28899702	27	5.5	27	78	4	129	32	36	10	20	1.87
28899552--28899709	54	2.9	53	77	5	165	32	34	10	21	1.88
28899555--28899727	54	3.2	53	76	9	163	32	35	9	21	1.86
28901613--28901965	173	2.0	173	92	1	582	31	12	18	37	1.88
28902378--28902410	15	2.1	16	88	5	50	33	12	6	48	1.65
28907834--28907968	20	6.8	20	77	3	110	9	22	21	45	1.80
28908319--28908557	80	3.0	80	98	0	451	41	5	16	36	1.72
28909769--28909808	19	2.1	20	90	9	66	30	17	0	52	1.45
28930637--28930669	16	2.1	17	88	11	52	57	0	3	39	1.14
28932013--28932147	49	2.9	49	82	6	165	30	9	10	49	1.69
28934045--28934140	45	2.2	44	90	5	149	36	29	4	30	1.76
28934119--28934156	16	2.4	16	90	0	58	28	31	2	36	1.71
28947071--28947131	25	2.4	25	86	8	79	19	11	8	60	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28947141--28947178	16	2.2	19	86	13	55	39	10	0	50	1.37
28948954--28948979	12	2.2	12	100	0	52	30	7	30	30	1.85
28951889--28952020	44	3.0	44	66	10	117	28	19	25	26	1.99
28952203--28952614	100	4.1	101	87	3	566	29	20	23	26	1.99
28952203--28952614	200	2.1	200	89	2	623	29	20	23	26	1.99
28952226--28952581	50	7.1	50	68	1	239	28	19	24	27	1.99
28964256--28964303	10	4.8	10	79	7	53	37	2	4	56	1.30
28964875--28964916	18	2.2	20	91	8	70	66	0	0	33	0.92
28979555--28979598	22	2.0	22	90	0	70	54	9	15	20	1.68
28982122--28984085	982	2.0	982	100	0	3928	37	16	11	34	1.85
28988339--28988364	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
28995973--28996252	40	7.0	40	86	2	375	32	19	27	20	1.97
28996033--28996252	20	11.1	20	65	6	79	31	20	27	20	1.97
29002363--29002539	40	4.4	40	82	4	196	32	16	27	22	1.96
29002396--29002564	80	2.1	80	84	2	214	32	15	27	23	1.96
29005053--29005115	31	2.0	31	96	0	117	33	14	19	33	1.91
29016308--29016340	15	2.1	16	88	5	50	48	0	6	45	1.27
29016466--29016513	10	4.8	10	83	16	55	62	4	2	31	1.26
29021235--29021293	25	2.4	24	81	13	66	61	1	1	35	1.16
29021262--29021303	18	2.3	18	84	8	50	64	0	4	30	1.14
29021905--29021961	29	2.0	29	83	10	73	50	10	5	33	1.59
29025553--29025629	30	2.6	30	87	0	100	31	23	24	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29026006--29026347	81	4.2	81	82	7	392	23	15	19	40	1.90
29026006--29026347	27	12.7	26	81	9	343	23	15	19	40	1.90
29031229--29031275	25	2.0	25	84	16	64	57	0	34	8	1.29
29035473--29035538	26	2.5	26	85	2	87	39	9	22	28	1.85
29037802--29038019	27	8.2	27	76	5	183	40	21	17	20	1.91
29037819--29038019	53	3.8	53	76	10	178	41	20	18	19	1.91
29037818--29038019	79	2.5	80	81	4	230	41	21	18	19	1.91
29037850--29038048	106	1.9	104	83	9	260	42	20	17	19	1.89
29039431--29039463	13	2.6	13	90	4	50	21	9	9	60	1.54
29060658--29060694	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
29061109--29061364	120	2.2	117	86	8	369	42	1	4	51	1.29
29061109--29061365	62	4.4	61	77	16	258	42	1	4	52	1.28
29062341--29062396	3	18.7	3	100	0	112	67	0	32	0	0.91
29070321--29070353	15	2.2	15	94	0	57	42	0	57	0	0.98
29070721--29070798	41	1.9	41	97	0	147	41	8	8	41	1.68
29070815--29070856	11	4.1	10	80	14	50	23	2	2	71	1.10
29071056--29071080	9	2.8	9	100	0	50	44	24	12	20	1.85
29071340--29071675	167	2.0	168	91	4	545	47	7	9	36	1.63
29071809--29071880	17	4.4	17	73	16	64	55	1	2	40	1.23
29071830--29071894	33	2.0	33	81	6	78	52	1	4	41	1.31
29073276--29073360	37	2.3	38	83	2	100	40	29	9	21	1.84
29074191--29074229	12	3.3	12	85	3	53	84	10	0	5	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29083116--29083309	51	3.9	49	80	6	201	24	18	27	30	1.97
29083117--29083309	102	1.9	101	89	3	298	24	18	26	30	1.98
29087672--29087704	16	2.1	16	94	0	57	60	12	3	24	1.46
29088857--29088914	28	2.1	28	100	0	116	46	13	18	20	1.83
29091558--29091582	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
29105304--29105332	3	9.7	3	100	0	58	68	31	0	0	0.89
29106647--29106684	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
29119097--29119339	50	4.8	50	87	1	317	20	30	23	25	1.99
29122871--29122924	23	2.3	23	96	0	99	31	1	38	27	1.67
29126222--29126256	18	1.9	18	100	0	70	28	22	20	28	1.98
29133790--29133842	17	3.1	16	86	5	61	83	1	13	1	0.82
29133791--29133842	11	5.0	10	77	15	52	84	1	11	1	0.78
29134533--29134572	10	3.8	10	84	12	53	35	0	2	62	1.09
29137733--29137930	28	7.1	28	83	7	251	30	20	23	25	1.98
29137732--29137930	84	2.4	83	88	4	310	30	20	23	25	1.98
29138037--29138107	26	2.7	27	80	6	83	35	25	21	18	1.95
29138310--29138423	27	4.3	27	82	7	81	24	12	21	41	1.88
29138322--29138764	27	16.4	27	83	5	414	19	17	19	43	1.89
29138320--29138762	81	5.5	81	83	4	457	19	17	20	42	1.89
29142021--29142068	25	1.9	25	100	0	96	29	18	12	39	1.88
29144024--29144069	21	2.2	21	84	0	56	30	30	13	26	1.93
29165370--29165414	22	2.1	21	87	4	63	68	8	6	15	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29166194--29166284	46	2.0	46	86	4	130	38	1	15	45	1.54
29167002--29167036	18	1.9	18	88	0	52	31	8	14	45	1.75
29168683--29168733	22	2.3	22	93	0	84	25	33	0	41	1.56
29168779--29168842	30	2.1	31	91	2	103	34	0	1	64	1.03
29169064--29169097	17	2.0	17	94	0	59	32	26	29	11	1.92
29170407--29170744	127	2.7	125	94	1	579	32	21	14	31	1.93
29172025--29172055	6	5.3	6	96	3	55	51	0	0	48	1.00
29175741--29176214	131	3.6	130	85	5	604	33	15	13	36	1.87
29176229--29177919	132	12.8	132	82	2	1748	33	14	13	38	1.86
29176345--29177890	65	23.5	65	64	17	286	33	14	13	38	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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