genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  59  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19244409--19244543	68	2.0	68	83	2	173	37	14	23	25	1.92
19248912--19248957	17	2.7	17	82	0	56	73	4	4	17	1.15
19250251--19250297	15	2.9	16	76	23	53	23	21	2	53	1.57
19261380--19261421	21	2.0	21	86	4	59	38	0	4	57	1.20
19261413--19261458	20	2.2	20	84	7	56	39	0	8	52	1.33
19264706--19264794	45	2.0	45	86	0	124	32	21	19	26	1.97
19264806--19264936	50	2.6	50	86	3	174	32	27	16	23	1.96
19275418--19275459	21	2.0	21	81	9	50	42	2	11	42	1.54
19290312--19291300	327	3.0	326	91	2	1556	35	16	23	24	1.95
19295382--19295529	40	3.6	39	77	11	145	28	18	20	32	1.96
19295354--19295714	84	4.2	84	77	10	390	30	18	22	28	1.97
19295354--19295755	44	9.4	44	72	10	253	30	18	22	28	1.98
19295511--19295805	45	6.7	44	76	6	192	30	22	22	25	1.99
19295430--19295757	173	1.9	173	90	2	525	30	19	21	28	1.98
19295682--19295845	90	1.8	89	85	1	229	29	22	23	24	1.99
19303882--19303935	25	2.1	25	86	10	74	33	3	1	61	1.25
19304833--19304910	3	26.0	3	94	0	138	66	0	33	0	0.92
19306210--19306252	5	8.4	5	82	5	50	79	0	18	2	0.85
19315465--19315497	16	2.1	16	88	5	50	21	15	6	57	1.59
19315728--19315914	51	3.7	50	78	7	198	31	26	17	25	1.97
19315720--19315910	102	1.9	102	86	3	269	31	25	17	25	1.97
19325575--19325606	15	2.2	15	94	5	57	65	0	3	31	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19334557--19334707	75	2.0	75	100	0	302	42	10	23	23	1.85
19345733--19345825	46	2.0	46	97	0	177	33	13	10	41	1.80
19346440--19346533	20	4.4	22	74	12	79	44	25	14	14	1.84
19347479--19347724	115	2.2	111	92	2	402	33	17	11	36	1.87
19349584--19349687	52	2.0	52	96	0	190	30	16	16	36	1.91
19354085--19354388	27	11.2	27	84	3	387	19	18	21	41	1.91
19370839--19370927	29	3.1	29	98	0	169	28	21	17	32	1.96
19374206--19374266	23	2.7	23	86	0	86	34	16	11	37	1.85
19379689--19379987	50	5.8	50	85	2	364	26	20	30	22	1.98
19398628--19398722	23	4.1	23	86	0	136	11	17	25	45	1.82
19398628--19398722	46	2.1	46	93	0	163	11	17	25	45	1.82
19410544--19410571	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
19412696--19412735	18	2.2	19	86	8	57	60	2	0	37	1.11
19420109--19420138	14	2.1	14	100	0	60	36	6	43	13	1.70
19420529--19420580	27	2.0	26	92	3	86	34	3	23	38	1.73
19420823--19420874	22	2.4	22	83	0	68	36	17	32	13	1.89
19420946--19421001	29	1.9	29	82	7	69	39	17	8	33	1.81
19420999--19421128	28	4.6	28	81	4	154	25	12	24	37	1.90
19422592--19422627	14	2.5	15	95	4	65	30	0	33	36	1.58
19422647--19422886	133	1.8	132	85	4	340	29	0	26	43	1.61
19422762--19422807	21	2.2	21	84	7	58	28	0	36	34	1.58
19424440--19424472	3	11.0	3	100	0	66	33	0	33	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19427442--19427726	43	6.7	43	83	3	326	26	19	28	25	1.99
19427442--19427726	86	3.3	86	88	0	394	26	19	28	25	1.99
19442566--19442747	42	4.4	42	85	0	213	30	19	20	29	1.97
19442550--19442742	84	2.3	83	84	2	235	29	20	20	29	1.98
19443548--19444238	344	2.0	344	99	0	1364	31	10	16	41	1.82
19461149--19461177	15	1.9	15	100	0	58	62	6	6	24	1.45
19463483--19463554	26	2.8	26	93	0	117	33	26	22	18	1.96
19467690--19467720	11	2.8	11	100	0	62	29	9	16	45	1.79
19467919--19467994	23	3.3	23	86	0	116	23	19	25	31	1.98
19473361--19473441	26	3.1	26	90	0	135	34	19	22	23	1.96
19473931--19473957	12	2.2	12	100	0	54	29	22	25	22	1.99
19477018--19477086	33	2.1	33	83	5	86	40	15	37	5	1.72
19481613--19481637	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
19482269--19482302	5	7.0	5	90	3	52	44	17	0	38	1.49
19492270--19492312	22	2.0	22	90	0	68	9	18	27	44	1.80
19492406--19492716	43	7.1	42	78	6	298	28	28	18	24	1.98
19492406--19492767	87	4.1	87	80	6	351	29	28	18	24	1.98
19498128--19498181	7	7.7	7	78	0	54	40	37	1	20	1.63
19498478--19498528	17	3.3	15	82	12	59	35	45	1	17	1.60
19499056--19499194	41	3.4	41	84	4	190	33	22	22	22	1.98
19499039--19499194	82	1.9	82	87	0	231	32	21	21	24	1.98
19499233--19499368	40	3.4	40	82	7	161	19	19	22	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19499812--19499872	27	2.3	27	82	5	70	1	3	31	63	1.20
19501360--19501388	6	4.8	6	100	0	58	31	0	0	68	0.89
19501700--19501777	31	2.5	31	87	2	104	25	16	12	44	1.83
19501727--19501840	59	1.9	59	82	10	144	24	16	11	47	1.80
19502254--19502282	6	4.8	6	100	0	58	31	0	0	68	0.89
19502594--19502671	31	2.5	31	87	2	104	25	16	12	44	1.83
19502621--19502734	59	1.9	59	82	10	144	24	16	11	47	1.80
19501115--19502905	894	2.0	894	100	0	3582	36	13	11	38	1.81
19503016--19503203	60	3.1	59	87	5	252	42	14	18	24	1.88
19508302--19508392	46	2.0	46	84	2	119	24	19	23	32	1.97
19509147--19509208	26	2.4	26	91	0	97	33	11	14	40	1.82
19516080--19516146	34	1.9	35	84	3	91	29	22	26	20	1.99
19538113--19538150	14	2.7	14	87	0	58	50	5	7	36	1.54
19538142--19538179	19	2.0	19	100	0	76	26	10	15	47	1.78
19540378--19540417	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
19540366--19540432	34	1.9	35	87	3	100	47	10	7	34	1.66
19540401--19540440	14	2.9	14	80	0	53	45	15	5	35	1.68
19541761--19541823	30	2.1	31	96	3	119	28	6	9	55	1.56
19543469--19543531	30	2.1	31	96	3	119	28	6	9	55	1.56
19549263--19549328	33	2.0	33	93	0	114	36	0	6	57	1.23
19549370--19549412	18	2.4	18	96	0	77	51	0	2	46	1.13
19549492--19549533	19	2.2	20	91	4	68	52	16	9	21	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19552098--19552154	24	2.4	25	76	8	64	68	0	10	21	1.19
19558451--19558479	12	2.3	13	94	5	51	20	6	17	55	1.65
19562019--19562072	23	2.3	22	75	12	54	57	1	1	38	1.20
19567138--19567181	11	4.0	11	82	8	54	56	4	2	36	1.32
19569178--19569328	54	2.8	54	77	6	144	38	14	25	21	1.91
19571674--19571757	34	2.5	35	90	3	136	39	21	9	29	1.85
19591845--19592035	71	2.7	71	80	8	203	42	27	6	22	1.79
19594779--19594855	40	1.9	40	81	5	93	36	9	14	40	1.77
19594740--19594863	20	6.2	20	75	7	83	38	7	13	40	1.73
19596788--19596820	16	1.9	18	88	11	52	21	12	0	66	1.23
19597962--19598053	40	2.3	39	83	3	103	30	15	25	29	1.95
19598113--19598433	41	7.9	41	85	1	378	20	19	30	29	1.97
19598398--19598473	40	1.9	40	86	5	109	21	21	21	36	1.95
19599218--19599348	60	2.1	61	94	2	228	39	11	16	32	1.85
19599517--19599568	14	3.6	15	84	7	63	19	0	48	32	1.49
19599520--19599568	7	6.9	7	84	11	55	16	0	51	32	1.45
19603550--19603722	43	4.0	43	90	0	265	21	17	29	31	1.96
19616100--19616144	19	2.4	19	84	0	63	46	0	8	44	1.34
19616109--19616156	19	2.5	19	86	0	60	50	0	4	45	1.21
19630236--19630274	18	2.2	18	95	0	69	17	35	33	12	1.88
19630477--19630501	13	1.9	13	100	0	50	16	20	8	56	1.65
19642135--19642256	25	4.9	25	74	6	95	35	15	27	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19649723--19649804	25	3.3	25	91	0	119	34	19	23	23	1.97
19649854--19649924	37	2.0	35	83	10	90	53	2	2	40	1.30
19657028--19657060	12	2.8	12	95	0	57	48	6	0	45	1.27
19657206--19657351	73	2.0	73	97	0	274	36	19	21	22	1.95
19666274--19666310	11	3.5	11	78	14	51	56	0	18	24	1.41
19666268--19666310	20	2.2	20	91	0	68	53	2	18	25	1.56
19666552--19666579	13	2.2	13	100	0	56	32	0	0	67	0.91
19667097--19667134	18	2.2	18	90	4	60	44	0	2	52	1.14
19667043--19667162	58	2.1	58	82	4	143	45	3	1	49	1.28
19669370--19669400	16	1.9	16	93	0	53	48	6	6	38	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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