genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   

This is table  23  of  145  ( 17348 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7443214--7443323	45	2.6	43	80	9	129	33	5	29	31	1.80
7446868--7446906	19	2.1	19	95	0	69	7	17	0	74	1.05
7454646--7454856	106	2.0	106	84	0	278	31	18	18	30	1.96
7455164--7455233	18	3.9	18	75	5	61	61	1	5	31	1.28
7455756--7455804	18	2.7	18	81	6	55	61	0	4	34	1.15
7454992--7456182	598	2.0	592	96	1	2195	49	6	11	32	1.64
7457817--7457841	12	2.1	12	100	0	50	24	0	0	76	0.80
7458227--7458268	4	10.5	4	94	0	75	71	0	2	26	0.98
7458816--7458869	25	2.2	25	83	6	65	24	12	11	51	1.72
7463588--7463625	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
7465388--7466563	293	4.0	293	89	1	1746	41	13	18	26	1.88
7467785--7467821	5	7.4	5	93	0	65	75	2	0	21	0.92
7469820--7469931	25	4.4	26	76	6	81	37	20	21	20	1.94
7469841--7469945	25	4.2	25	76	1	104	37	19	22	20	1.95
7470005--7470101	26	3.8	26	76	11	87	32	23	26	16	1.96
7473059--7473166	43	2.4	45	89	4	166	31	15	21	31	1.94
7477094--7477137	23	2.0	21	90	9	61	68	13	0	18	1.22
7478582--7478623	22	1.9	22	85	9	59	45	7	7	40	1.59
7479125--7479188	29	2.1	30	85	5	85	39	17	14	29	1.88
7480221--7480248	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
7491139--7491169	9	3.4	9	100	0	62	41	22	12	22	1.88
7498180--7498337	76	2.1	76	90	0	244	30	25	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7502301--7502363	4	15.8	4	73	18	51	74	6	1	17	1.10
7502322--7502363	14	3.1	14	82	6	59	76	4	0	19	0.96
7506206--7506255	24	2.0	25	96	3	93	32	6	16	46	1.71
7512399--7512563	81	2.0	81	91	0	267	28	25	10	35	1.90
7515500--7515606	12	9.2	12	68	20	59	42	1	3	52	1.30
7515504--7515610	37	3.1	37	68	21	95	40	2	3	53	1.33
7516285--7518009	579	3.0	578	94	0	3015	30	17	17	34	1.94
7526886--7526912	11	2.5	11	100	0	54	40	0	0	59	0.98
7529369--7529407	19	2.0	20	90	5	62	53	7	10	28	1.62
7532810--7532858	21	2.3	21	89	0	71	14	26	28	30	1.95
7534031--7534079	22	2.2	22	96	0	89	44	12	20	22	1.84
7534293--7534329	18	2.0	19	89	5	58	72	5	0	21	1.04
7534503--7534572	33	2.1	33	97	0	131	32	25	10	31	1.89
7537041--7537073	15	2.1	16	94	5	59	15	3	6	75	1.11
7537266--7537533	44	6.2	44	74	12	187	26	23	20	29	1.99
7537311--7537433	45	2.8	44	79	15	144	26	24	19	30	1.98
7537702--7537839	45	3.1	44	69	14	122	23	25	21	28	1.99
7538939--7538991	25	2.1	25	89	0	79	24	32	13	30	1.93
7539051--7539100	22	2.3	21	77	12	57	14	18	2	66	1.35
7540266--7540331	25	2.6	25	78	9	62	57	7	13	21	1.61
7545512--7545560	20	2.5	20	86	0	71	55	0	8	36	1.30
7546873--7546905	15	2.1	16	94	5	59	15	3	6	75	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7549812--7549870	9	6.6	9	90	0	91	42	22	10	25	1.84
7550756--7551039	57	5.1	57	79	3	272	42	16	11	29	1.83
7550756--7551039	113	2.5	112	83	2	329	42	16	11	29	1.83
7550786--7551039	57	4.5	57	82	3	273	42	16	10	30	1.82
7556220--7556247	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
7558631--7558675	21	2.1	21	87	0	63	40	20	0	40	1.52
7565847--7565914	24	2.8	24	76	12	68	33	20	27	17	1.95
7566049--7566131	24	3.4	23	74	9	67	32	21	28	16	1.96
7569681--7569721	21	2.0	21	90	0	64	36	19	2	41	1.65
7573967--7574038	12	6.0	11	80	16	56	20	2	4	72	1.15
7574269--7574293	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
7574764--7574800	13	2.8	13	92	8	58	27	5	21	45	1.73
7578916--7578991	13	5.8	13	86	6	100	39	27	5	27	1.78
7579808--7579860	23	2.3	23	87	9	72	69	9	16	3	1.30
7589852--7590233	191	2.0	191	100	0	764	41	15	11	30	1.83
7603500--7603561	30	2.1	30	96	0	115	24	3	14	58	1.51
7610379--7610452	25	2.9	26	84	7	73	32	21	25	20	1.97
7610405--7610581	25	7.1	25	69	14	89	34	19	27	18	1.95
7610585--7610632	24	2.0	24	83	0	60	27	18	27	27	1.98
7614297--7614327	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
7622298--7622324	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
7623756--7623797	12	3.5	12	78	9	50	30	11	2	54	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7636445--7636503	31	1.9	31	89	0	91	35	15	8	40	1.77
7636837--7636908	28	2.6	28	95	0	126	37	11	12	38	1.79
7637907--7637979	37	2.0	36	91	2	119	27	31	15	26	1.95
7641720--7641882	81	2.0	81	83	2	202	24	21	15	38	1.93
7644989--7645014	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
7646063--7646123	20	3.0	20	73	0	68	24	19	22	32	1.97
7646367--7646404	11	3.7	10	83	16	51	31	10	28	28	1.90
7647434--7647523	44	2.0	44	89	4	137	42	7	3	46	1.49
7648622--7648980	178	2.0	179	98	1	702	41	7	8	43	1.62
7649717--7649783	11	6.4	11	73	16	61	40	0	0	59	0.97
7649719--7649783	21	3.1	21	85	10	89	40	0	0	60	0.97
7649719--7649763	10	4.3	10	83	8	54	37	0	0	62	0.96
7649723--7649784	20	3.0	20	86	6	79	43	0	0	56	0.99
7649833--7649905	36	2.0	36	97	0	137	36	15	5	42	1.70
7651245--7651305	20	3.2	19	88	4	79	57	4	0	37	1.20
7651244--7651308	19	3.4	19	87	6	87	56	4	0	38	1.20
7651322--7651363	10	4.2	10	84	9	59	57	0	0	42	0.99
7651243--7651363	19	5.9	20	74	18	81	55	3	0	41	1.16
7652677--7652757	17	4.8	17	92	0	135	60	19	0	19	1.36
7654605--7654690	45	1.9	45	92	0	145	36	24	13	25	1.93
7657902--7657927	12	2.2	12	100	0	52	61	0	23	15	1.33
7669163--7669216	25	2.2	25	86	0	72	33	16	11	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7672245--7672283	18	2.2	18	86	4	53	17	10	10	61	1.55
7678500--7678547	22	2.1	23	85	11	64	77	6	8	8	1.14
7682553--7682862	141	2.2	141	84	2	390	31	22	11	33	1.90
7682891--7682942	24	2.2	24	86	13	72	30	21	9	38	1.85
7682679--7683061	199	1.9	198	82	7	472	31	21	10	36	1.88
7682858--7683199	140	2.4	141	83	5	372	30	20	10	37	1.87
7682878--7683199	141	2.3	140	83	4	382	31	20	10	37	1.87
7690742--7691068	44	7.5	44	70	10	179	28	24	18	28	1.98
7690718--7691111	217	1.8	217	87	3	587	28	24	18	28	1.98
7692517--7692556	13	2.9	14	88	7	64	15	17	0	67	1.23
7692517--7692557	7	6.0	7	91	5	66	14	17	0	68	1.22
7692516--7692557	20	2.1	20	95	0	75	16	16	0	66	1.25
7699825--7699872	23	2.1	23	84	0	60	18	4	35	41	1.70
7702871--7702916	21	2.2	21	96	0	83	26	17	13	43	1.85
7706266--7706319	13	4.2	13	87	0	72	42	1	20	35	1.63
7706266--7706319	26	2.1	26	92	0	90	42	1	20	35	1.63
7709473--7709523	21	2.4	21	87	6	68	17	25	23	33	1.96
7709534--7709580	21	2.2	22	81	11	62	25	31	17	25	1.97
7717499--7717553	28	1.9	29	82	17	71	47	5	5	41	1.49
7718746--7718788	12	3.5	12	78	15	52	51	0	0	48	1.00
7718747--7718794	24	2.0	25	88	12	73	52	0	0	47	1.00
7722658--7722687	12	2.5	12	100	0	60	46	13	6	33	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7723819--7723895	35	2.2	36	85	4	111	50	15	3	29	1.62
7723879--7723931	28	1.9	28	84	3	72	54	16	1	26	1.53
7725507--7725578	37	1.9	37	97	0	135	41	13	5	38	1.68
7733637--7733692	24	2.3	24	78	9	60	51	5	1	41	1.35
7733847--7733881	11	3.2	11	87	0	52	68	17	14	0	1.21
7735156--7735186	16	2.0	15	93	6	53	45	6	0	48	1.28
7735144--7735188	19	2.3	20	84	3	56	44	4	2	48	1.35
7740885--7741062	40	4.5	40	80	6	184	34	25	15	24	1.94
7740921--7741063	78	1.8	77	86	4	207	34	25	16	23	1.95
7741731--7741794	5	12.8	5	75	18	62	0	17	6	76	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145