genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   

This is table  24  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7744542--7744636	3	31.7	3	91	0	154	0	34	0	65	0.93
7748065--7748124	5	11.8	5	73	16	52	0	18	6	75	1.02
7748591--7748713	44	2.8	43	89	7	194	45	2	24	27	1.66
7749200--7749226	9	3.0	9	100	0	54	11	0	44	44	1.39
7753772--7753858	39	2.2	40	80	13	101	36	0	14	48	1.45
7753978--7754113	40	3.5	39	80	9	152	24	17	26	31	1.97
7760288--7760693	51	8.0	51	83	0	479	32	10	19	37	1.86
7760298--7760535	24	9.4	24	63	18	72	32	9	20	38	1.84
7760288--7760693	153	2.7	153	85	0	551	32	10	19	37	1.86
7764460--7764484	9	2.8	9	100	0	50	68	0	24	8	1.16
7768921--7768954	15	2.3	15	100	0	68	50	11	5	32	1.63
7781778--7781816	14	2.6	15	88	8	53	46	0	2	51	1.14
7783590--7783632	22	2.0	22	95	0	77	9	16	27	46	1.77
7783705--7784008	43	7.1	42	88	3	376	29	29	17	24	1.97
7783705--7783999	87	3.4	86	89	2	432	28	29	17	24	1.97
7783705--7784008	130	2.4	127	84	5	387	29	29	17	24	1.97
7784980--7785352	192	2.0	190	82	5	466	42	19	9	29	1.83
7785939--7786106	72	2.3	72	93	3	293	26	26	22	25	2.00
7789771--7789797	13	2.1	13	100	0	54	37	7	0	55	1.28
7803800--7803827	12	2.3	12	100	0	56	42	17	7	32	1.77
7806241--7806294	25	2.3	23	81	15	65	44	0	1	53	1.11
7809692--7809963	134	2.0	135	98	1	528	38	12	11	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7814713--7814843	36	3.6	36	77	6	129	50	12	27	9	1.71
7822155--7822216	23	2.5	24	82	15	74	32	22	24	20	1.98
7822866--7823036	43	4.0	43	80	3	186	32	25	14	27	1.95
7822869--7823025	86	1.8	85	84	4	217	32	25	15	26	1.95
7825244--7825460	115	1.9	115	85	1	301	23	23	25	27	2.00
7826322--7826358	5	7.6	5	90	6	58	18	2	0	78	0.87
7826322--7826358	14	2.6	14	91	4	56	18	2	0	78	0.87
7826352--7826386	17	2.1	17	88	0	52	17	5	5	71	1.25
7829764--7829793	14	2.1	14	93	0	51	43	0	16	40	1.48
7830795--7830865	24	3.0	24	74	0	79	19	5	39	35	1.76
7830754--7830831	41	1.9	41	86	0	111	20	7	37	34	1.81
7832431--7832624	96	2.0	96	94	0	343	24	13	25	36	1.92
7832658--7832703	19	2.3	20	85	3	67	32	6	6	54	1.52
7839656--7839697	22	2.0	21	86	13	59	9	7	42	40	1.65
7840582--7841264	45	15.3	44	85	5	867	29	26	17	26	1.98
7844655--7844830	84	2.1	85	96	1	327	15	23	11	48	1.78
7844914--7844957	19	2.3	19	84	7	54	36	15	20	27	1.93
7848440--7848481	22	2.0	21	90	4	66	9	4	45	40	1.58
7853645--7854125	69	7.0	69	83	1	516	37	23	19	20	1.94
7857502--7857578	3	25.7	3	97	0	145	66	1	0	32	1.00
7861938--7862006	31	2.2	31	89	5	104	46	1	5	46	1.35
7883517--7883586	31	2.3	31	87	2	97	37	11	7	44	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7883526--7883596	31	2.5	28	80	13	81	36	12	8	42	1.73
7884215--7884276	18	3.2	17	75	20	52	40	4	3	51	1.39
7884627--7884692	25	2.6	25	76	13	62	39	1	1	57	1.17
7891143--7891180	18	2.1	18	100	0	76	39	0	0	60	0.97
7896908--7896946	20	2.0	20	85	10	53	35	2	12	48	1.55
7906506--7906550	16	2.8	16	79	0	54	48	0	0	51	1.00
7918987--7919111	43	2.9	43	84	5	164	30	23	24	21	1.99
7919607--7919696	21	4.3	21	89	0	99	3	40	20	36	1.69
7919607--7919696	42	2.1	42	85	0	117	3	40	20	36	1.69
7928118--7928399	41	6.8	41	75	11	184	34	23	22	19	1.97
7928118--7928399	82	3.4	79	76	9	215	34	23	22	19	1.97
7933035--7933079	22	2.1	22	88	12	67	60	2	0	37	1.09
7935307--7935381	17	4.4	18	71	17	54	56	5	0	38	1.22
7943498--7943523	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
7943724--7943780	26	2.1	27	84	9	73	66	3	29	0	1.08
7945394--7945774	205	1.9	207	97	1	730	27	15	21	35	1.94
7947042--7947239	101	2.0	101	86	2	281	35	13	15	35	1.86
7959176--7959248	18	3.9	18	77	19	69	57	1	2	38	1.22
7966266--7966313	11	4.3	11	81	2	51	72	4	2	20	1.11
7966293--7966361	25	2.8	25	80	4	79	72	7	5	14	1.25
7966272--7966366	25	4.1	23	76	9	70	69	6	6	17	1.31
7968757--7968790	17	2.1	16	89	10	52	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7974587--7974631	9	5.1	9	79	15	58	26	28	0	44	1.55
7974578--7974631	26	2.2	25	90	6	83	29	27	0	42	1.56
7976210--7976327	59	2.0	59	100	0	236	27	8	22	42	1.82
7976594--7976717	40	3.1	40	89	2	187	31	13	20	34	1.91
7976924--7976980	23	2.4	24	82	11	64	19	8	21	50	1.74
7994076--7994107	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
7994231--7994329	46	2.2	43	81	12	110	33	25	19	22	1.97
7994337--7994525	51	3.7	51	88	3	283	28	27	19	24	1.98
7994337--7994525	101	1.9	102	89	3	301	28	27	19	24	1.98
7997111--7997216	41	2.6	41	90	1	167	22	30	20	26	1.98
8006506--8006555	22	2.2	22	82	13	57	26	6	16	52	1.66
8006926--8006956	16	1.9	16	93	0	53	35	3	0	61	1.12
8030556--8030598	22	2.0	22	90	0	68	18	4	9	67	1.36
8030892--8030921	7	4.3	7	95	0	51	23	13	0	63	1.29
8032098--8032135	3	12.7	3	100	0	76	31	34	0	34	1.58
8040640--8040714	31	2.4	32	88	2	107	64	5	6	24	1.39
8044705--8044743	20	2.0	20	89	0	60	30	7	5	56	1.49
8045453--8045509	19	2.9	20	79	7	64	36	1	1	59	1.18
8046671--8046697	13	2.1	13	100	0	54	22	7	14	55	1.64
8047310--8047362	24	2.2	24	90	3	81	37	9	0	52	1.34
8047323--8047371	24	2.0	24	84	0	62	46	10	0	42	1.37
8047350--8047384	14	2.6	13	86	8	52	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8049041--8049104	29	2.3	28	81	7	69	21	14	17	46	1.83
8049312--8049362	22	2.3	22	86	6	68	31	31	0	37	1.58
8049396--8049462	10	6.5	10	72	5	53	32	1	0	65	1.02
8049396--8049462	31	2.2	31	94	0	116	32	1	0	65	1.02
8049566--8049750	94	2.0	93	93	1	316	34	5	16	44	1.70
8050769--8050894	62	2.0	63	96	3	236	31	17	28	22	1.96
8058088--8058116	3	9.7	3	100	0	58	68	31	0	0	0.89
8068723--8068784	18	3.3	18	68	16	54	35	4	12	46	1.64
8068707--8068786	38	2.1	38	95	0	142	35	5	15	45	1.68
8068707--8068766	20	3.1	20	65	18	54	35	5	15	45	1.68
8091662--8091697	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
8093874--8093915	22	2.0	22	86	13	61	54	19	0	26	1.44
8099031--8099085	27	2.1	26	83	12	69	54	0	3	41	1.18
8099773--8099826	16	3.4	16	72	10	56	51	0	3	44	1.19
8099751--8099850	32	3.2	32	86	8	129	55	1	4	40	1.26
8099786--8099833	16	3.0	16	70	11	53	56	0	2	41	1.11
8101321--8101370	22	2.3	22	89	6	75	24	30	2	44	1.65
8101332--8101431	51	2.0	51	88	4	148	26	27	2	45	1.65
8102291--8102340	22	2.3	22	89	6	75	24	30	2	44	1.65
8102302--8102401	51	2.0	51	88	4	148	26	27	2	45	1.65
8102871--8102924	11	4.9	11	85	14	67	25	31	0	42	1.55
8104825--8104871	19	2.5	20	82	6	62	59	6	10	23	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8105056--8105117	32	1.9	33	86	3	90	51	1	11	35	1.47
8108480--8109009	124	4.3	124	88	3	766	30	18	17	33	1.94
8108480--8109009	244	2.1	247	89	3	791	30	18	17	33	1.94
8116390--8116428	18	2.2	18	90	0	60	20	46	20	12	1.83
8116400--8116484	6	14.2	6	94	0	98	18	38	18	23	1.93
8116478--8116612	6	22.5	6	99	0	261	33	49	16	0	1.51
8122035--8122074	12	3.3	12	96	0	71	7	17	42	32	1.77
8123396--8123459	20	3.2	20	69	10	58	31	20	34	14	1.92
8124896--8125145	124	2.0	124	100	0	500	37	20	8	34	1.82
8130957--8131147	29	6.6	29	80	7	142	37	12	25	24	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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