genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48586650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   

This is table  7  of  145  ( 17348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2521911--2521945	18	1.9	18	88	11	54	68	0	31	0	0.90
2523320--2523437	61	1.9	62	84	10	161	54	11	0	33	1.37
2523443--2523468	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
2523733--2523827	27	3.5	27	92	0	154	18	29	27	24	1.98
2523891--2523961	28	2.5	29	90	4	110	47	1	9	40	1.45
2531403--2531427	6	4.2	6	100	0	50	80	0	0	20	0.72
2532656--2532686	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2536649--2536682	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2536663--2536742	37	2.2	37	97	0	151	40	11	7	41	1.69
2536786--2537364	288	2.0	288	96	0	1077	42	17	10	29	1.83
2540544--2540580	2	18.0	2	94	5	65	48	2	0	48	1.15
2541556--2541582	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2553620--2553651	2	16.5	2	93	6	57	46	0	0	53	1.00
2553943--2553968	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
2560408--2560476	31	2.2	31	89	5	104	39	7	7	46	1.59
2570052--2570091	19	2.0	20	85	4	55	25	20	7	47	1.75
2571961--2572006	23	2.0	23	86	0	65	10	15	4	69	1.32
2572937--2572983	7	6.7	7	85	9	69	70	0	17	12	1.17
2572934--2572989	21	2.6	22	86	13	82	69	0	16	14	1.19
2574376--2574701	44	7.4	43	65	11	133	27	18	26	27	1.98
2574311--2576698	132	17.9	132	88	4	3093	28	19	24	28	1.98
2574341--2574703	88	4.1	88	65	10	229	27	17	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2575384--2575759	88	4.3	87	64	9	206	28	18	24	27	1.98
2575925--2576679	278	2.7	278	93	1	1270	28	19	25	27	1.99
2576499--2576679	44	4.1	44	63	16	104	28	20	22	28	1.99
2579814--2579840	9	3.0	9	100	0	54	55	0	0	44	0.99
2583885--2583909	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2585582--2585678	11	9.4	11	69	21	50	60	1	3	35	1.19
2585549--2585678	40	3.1	40	87	6	161	62	0	2	34	1.13
2585614--2585686	30	2.4	30	90	0	110	63	1	2	32	1.17
2585547--2585696	70	2.1	72	88	3	223	64	0	2	32	1.10
2586097--2586130	17	1.9	18	94	5	61	64	2	5	26	1.30
2586610--2586647	20	1.9	20	100	0	76	73	7	13	5	1.22
2587546--2587905	100	3.6	100	84	4	453	24	23	20	31	1.98
2587522--2587911	50	7.8	50	70	6	229	24	23	21	30	1.99
2588033--2588271	100	2.4	100	87	0	343	25	23	21	30	1.99
2588005--2588277	50	5.5	49	69	4	161	23	23	21	30	1.99
2588460--2588686	88	2.6	88	89	0	346	23	26	22	27	2.00
2589829--2589929	42	2.4	42	91	0	157	27	31	13	26	1.94
2590542--2590591	16	3.3	15	79	20	59	2	8	4	86	0.78
2597887--2597919	15	2.1	16	94	5	59	57	6	18	18	1.60
2604743--2604779	18	2.0	19	89	5	58	56	2	5	35	1.36
2604959--2605029	3	25.3	3	75	11	62	67	2	1	28	1.13
2604959--2605030	31	2.4	31	86	6	103	68	2	1	27	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2604959--2605029	22	3.2	23	78	6	74	67	2	1	28	1.13
2609276--2609316	19	2.2	19	86	8	57	60	12	9	17	1.57
2631570--2632092	260	2.0	259	94	2	915	34	22	10	32	1.89
2635759--2636794	535	1.9	535	96	0	1892	20	19	17	42	1.89
2637178--2637365	94	2.0	94	97	0	358	13	21	22	42	1.88
2641496--2642524	497	2.1	498	93	0	1754	25	16	20	37	1.93
2646987--2647013	14	1.9	14	100	0	54	25	14	14	44	1.84
2651795--2651831	18	2.1	18	89	0	56	56	0	0	43	0.99
2651806--2651841	18	2.0	18	88	0	54	55	0	0	44	0.99
2655638--2655673	18	1.9	18	88	5	54	25	8	0	66	1.19
2655823--2655861	19	2.0	20	85	5	53	38	0	2	58	1.12
2658744--2659068	162	2.0	163	99	0	643	18	32	25	24	1.97
2659352--2659380	14	2.1	14	100	0	58	27	0	13	58	1.36
2662019--2662055	17	2.0	20	85	15	53	67	0	5	27	1.12
2675106--2675153	25	1.9	25	87	8	71	22	2	4	70	1.15
2678354--2678418	30	2.2	30	83	5	78	52	6	9	32	1.58
2679341--2679373	4	8.2	4	100	0	66	51	24	0	24	1.48
2682786--2682812	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2682876--2682905	4	7.5	4	100	0	60	50	26	0	23	1.50
2682938--2682973	17	2.2	17	90	5	56	33	5	5	55	1.46
2683392--2683452	31	2.0	31	83	6	79	29	14	11	44	1.81
2685827--2685877	24	2.2	22	78	21	52	49	13	3	33	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2693621--2693697	40	1.9	40	89	5	120	29	7	14	48	1.72
2695510--2695559	21	2.5	20	80	3	55	38	6	6	50	1.52
2699737--2700118	190	2.0	191	99	0	757	36	13	11	37	1.81
2703998--2704066	30	2.3	31	82	7	79	47	2	21	27	1.65
2705718--2705783	35	1.9	34	84	6	89	46	10	7	34	1.67
2707600--2707630	14	2.2	14	94	0	53	61	12	6	19	1.53
2709364--2709425	30	2.1	30	100	0	124	32	12	16	38	1.86
2723017--2723053	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
2723237--2723296	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
2726140--2726200	31	2.0	31	84	12	81	50	8	11	29	1.67
2728162--2728211	21	2.3	23	86	6	68	30	0	2	68	1.01
2728548--2728656	27	3.7	26	74	23	101	40	5	3	50	1.43
2728520--2728656	62	2.2	63	96	3	251	40	5	4	49	1.47
2732150--2732178	6	4.8	6	100	0	58	0	13	0	86	0.58
2734054--2734089	18	2.0	18	88	0	54	30	0	8	61	1.26
2734264--2734303	20	2.0	20	95	0	71	40	12	10	37	1.77
2734253--2734316	34	1.9	33	84	9	85	37	14	10	37	1.81
2737029--2737066	20	1.9	20	88	0	58	39	2	0	57	1.12
2738125--2738292	83	2.0	84	91	4	275	37	4	36	20	1.74
2740081--2740131	23	2.2	23	82	6	59	25	23	19	31	1.98
2742240--2742288	22	2.3	22	86	10	66	36	0	6	57	1.24
2745190--2745229	6	6.8	6	88	5	64	55	12	32	0	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2753058--2753121	4	15.0	4	83	6	56	40	28	7	23	1.82
2753087--2753183	28	3.4	27	69	17	72	39	29	10	20	1.86
2753107--2753152	14	3.3	14	78	0	56	43	30	6	19	1.76
2760164--2760442	139	2.0	140	99	0	551	49	5	14	30	1.64
2761665--2761820	81	1.9	81	97	0	294	20	30	21	26	1.98
2764019--2764076	30	1.9	30	100	0	116	36	18	10	34	1.85
2767650--2767695	24	2.0	22	84	12	58	67	4	4	23	1.27
2768489--2768517	12	2.3	13	94	5	51	79	0	6	13	0.93
2770438--2770577	40	3.6	39	77	10	133	32	24	17	25	1.97
2770996--2771070	22	3.4	21	78	7	78	2	26	1	69	1.10
2789443--2789479	9	4.1	9	100	0	74	32	0	10	56	1.34
2797489--2797520	16	2.0	16	100	0	64	43	0	43	12	1.42
2800958--2801242	140	2.0	140	92	0	471	33	23	10	32	1.89
2803228--2803783	277	2.0	278	99	0	1105	34	19	9	35	1.85
2804194--2804534	170	2.0	171	99	0	675	43	5	4	46	1.47
2813427--2813472	23	2.0	23	83	8	58	36	0	0	63	0.95
2820640--2821111	236	2.0	236	99	0	926	41	7	8	42	1.64
2828883--2828945	26	2.3	28	86	8	94	39	12	25	22	1.89
2828898--2828945	13	3.7	13	75	10	53	39	12	27	20	1.89
2831092--2831343	62	4.0	62	91	2	396	31	23	12	32	1.91
2831092--2831343	126	2.0	124	90	1	396	31	23	12	32	1.91
2831914--2831942	6	4.8	6	100	0	58	86	0	0	13	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2844465--2844513	22	2.3	20	86	6	62	46	12	10	30	1.74
2846813--2846878	31	2.1	32	85	5	89	42	10	6	40	1.64
2846847--2846905	30	2.0	30	89	0	91	32	15	5	47	1.67
2854072--2854100	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2856023--2856059	17	2.1	17	90	5	56	64	0	0	35	0.94
2856568--2856618	22	2.3	22	80	6	59	68	1	0	29	1.00
2857370--2857904	125	4.3	125	83	4	684	28	17	24	29	1.97
2857376--2857904	251	2.1	250	91	1	862	28	17	24	30	1.97
2859412--2859456	24	1.9	23	86	4	63	31	8	2	57	1.41
2867615--2867655	6	7.0	6	91	2	57	68	4	0	26	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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