genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1504--1538	4	9.0	4	87	6	54	25	0	0	74	0.82
9666--9776	58	1.9	58	86	0	159	32	12	10	44	1.77
12465--12533	18	3.7	18	77	9	66	28	5	2	62	1.33
12455--12535	38	2.1	38	88	4	119	28	6	2	62	1.32
12451--12557	48	2.2	50	81	9	123	27	4	3	64	1.30
12522--12575	20	2.6	21	88	5	74	20	1	3	74	1.07
12540--12627	44	2.0	44	93	0	149	32	2	4	60	1.30
18625--18665	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97
23122--23162	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97
35835--36006	89	1.9	88	88	1	254	25	20	5	47	1.72
37073--37102	14	2.1	14	100	0	60	36	13	16	33	1.88
41224--41371	74	2.0	74	98	0	287	34	16	20	28	1.94
42105--42139	3	11.3	3	87	6	52	62	0	2	34	1.10
42092--42141	22	2.3	22	85	0	73	60	0	6	34	1.21
42489--42522	17	2.1	17	88	5	52	5	8	44	41	1.60
43124--43416	44	6.6	46	71	11	182	28	22	19	30	1.98
43066--43545	175	2.7	175	92	0	800	27	22	19	30	1.98
43119--43545	44	9.8	44	69	10	171	27	22	19	30	1.98
55202--55332	66	2.0	66	98	0	253	35	20	20	23	1.96
56105--56139	3	11.3	3	87	6	52	62	0	2	34	1.10
56092--56141	22	2.3	22	85	0	73	60	0	6	34	1.21
56400--56585	93	2.0	93	97	0	354	25	30	24	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57861--58051	103	1.9	103	87	0	283	37	10	16	35	1.83
57900--58051	34	4.4	34	73	8	137	32	11	17	38	1.85
64851--64942	25	3.6	25	78	15	73	40	2	2	55	1.24
66392--66456	25	2.6	25	87	0	94	38	16	24	20	1.93
66442--66496	23	2.3	24	81	6	58	40	23	25	10	1.87
66970--67008	16	2.4	16	91	0	60	43	5	2	48	1.38
67865--67905	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
68145--68297	76	2.0	76	96	2	281	50	16	7	24	1.72
68626--68664	20	2.0	19	85	5	51	51	2	0	46	1.14
72615--72669	19	2.9	19	71	15	51	29	7	1	61	1.33
72714--72819	20	5.2	20	66	17	56	37	3	0	58	1.16
79510--79606	7	13.9	7	83	0	95	28	35	0	36	1.58
79510--79628	14	8.5	14	82	0	103	27	32	0	39	1.57
79510--79628	21	5.7	21	78	0	103	27	32	0	39	1.57
81389--81526	63	2.2	63	84	5	172	34	31	6	28	1.83
83060--83105	21	2.2	21	84	7	58	43	17	0	39	1.49
84022--84049	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
84699--84737	20	2.0	19	90	5	60	48	2	0	48	1.15
93657--93690	18	1.9	18	88	5	52	58	2	32	5	1.37
98973--99812	44	19.2	44	62	10	261	31	21	22	24	1.98
98874--99852	132	7.5	132	96	1	1797	32	20	23	24	1.98
101636--101676	20	2.0	21	86	13	59	36	2	2	58	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105586--105631	24	1.9	24	86	0	65	45	17	26	10	1.81
112756--113078	132	2.4	133	90	1	515	32	20	21	25	1.98
114676--114714	21	1.9	20	89	5	60	28	0	2	69	1.02
118805--118955	3	50.3	3	100	0	302	66	0	0	33	0.92
119205--119305	41	2.5	41	81	13	120	31	14	13	39	1.86
124070--124114	17	2.7	16	79	6	54	62	0	0	37	0.96
124065--124113	24	2.1	24	88	3	73	65	0	0	34	0.93
126813--126846	15	2.3	15	94	0	59	58	5	14	20	1.57
130309--130335	14	1.9	14	100	0	54	59	7	0	33	1.25
130732--130879	74	2.0	74	95	0	269	22	33	12	31	1.91
132918--133082	81	2.0	82	95	1	296	38	9	13	37	1.78
140244--140318	18	4.2	18	91	0	114	34	14	21	29	1.93
144346--144402	28	2.1	27	83	6	71	33	1	5	59	1.30
148734--148790	18	3.1	18	73	14	53	38	0	8	52	1.33
151205--151262	29	2.0	29	83	6	73	36	10	13	39	1.79
151712--151917	109	1.9	110	92	3	353	25	17	13	43	1.86
155444--155887	50	8.9	50	71	7	247	24	20	22	32	1.98
155446--155887	100	4.4	100	82	6	455	24	20	22	32	1.98
170892--171125	40	5.8	40	76	9	213	23	20	25	29	1.99
170876--171136	82	3.2	82	87	1	362	22	19	25	32	1.97
170892--171125	122	1.9	122	82	8	289	23	20	25	29	1.99
171241--171805	44	12.8	45	77	5	474	30	25	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171305--171798	131	3.7	131	94	2	812	28	25	17	27	1.97
171777--172071	136	2.2	134	93	2	502	30	23	20	26	1.98
171237--171960	44	16.3	46	72	12	145	29	25	17	26	1.98
172019--172368	86	4.1	86	92	0	547	26	24	23	26	2.00
172094--172314	42	5.2	42	62	20	116	24	23	25	27	2.00
176490--176533	19	2.3	20	84	7	56	40	11	20	27	1.86
186268--186339	12	5.8	12	74	19	51	25	2	0	72	0.98
186262--186336	19	4.0	18	72	14	62	25	2	0	72	0.98
187752--187781	14	2.1	14	93	0	51	43	3	13	40	1.60
196929--196963	18	1.9	18	88	0	52	62	2	0	34	1.10
200763--200804	16	2.6	16	82	14	50	23	0	9	66	1.21
201106--201249	9	15.0	9	70	16	67	35	3	0	60	1.19
201161--201238	30	2.7	29	80	11	95	39	2	0	57	1.12
201203--201249	19	2.4	19	85	3	58	38	0	2	59	1.09
202800--202841	16	2.6	16	82	14	50	23	0	9	66	1.21
203143--203286	9	15.0	9	70	16	67	35	3	0	60	1.19
203198--203275	30	2.7	29	80	11	95	39	2	0	57	1.12
203240--203286	19	2.4	19	85	3	58	38	0	2	59	1.09
204343--204385	10	4.3	10	75	0	50	65	2	6	25	1.30
204412--204447	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
205483--205777	150	2.0	150	99	0	581	39	12	13	34	1.83
206175--206241	22	3.0	22	73	18	66	73	0	7	19	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211419--211483	27	2.2	30	78	13	73	64	0	6	29	1.17
214149--214293	73	2.0	73	98	0	281	39	10	17	33	1.83
214770--214826	15	3.8	15	90	0	87	42	1	31	24	1.65
214770--214822	5	10.6	5	81	0	61	39	1	33	24	1.66
217108--217177	34	2.1	34	100	0	140	34	11	5	48	1.63
218138--218207	34	2.1	34	100	0	140	34	11	5	48	1.63
218517--218546	6	5.0	6	100	0	60	16	50	16	16	1.79
223261--223300	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
223249--223315	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
223284--223323	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
226938--226983	21	2.2	20	84	11	56	32	13	4	50	1.61
227033--227085	19	2.8	18	80	8	61	35	13	15	35	1.86
227071--227104	17	2.0	17	88	0	50	50	14	5	29	1.67
227158--227407	17	13.8	17	68	15	119	43	10	14	32	1.79
227157--227296	75	1.9	73	85	4	192	42	10	12	34	1.77
227157--227269	35	3.2	35	82	5	138	41	10	13	34	1.79
227193--227346	75	2.0	78	82	8	192	42	9	12	35	1.75
227623--227671	17	2.8	17	82	11	64	44	10	16	28	1.80
228239--228278	19	2.1	19	95	0	71	12	17	42	27	1.85
228247--228287	19	2.2	19	90	0	64	14	14	39	31	1.87
228313--228351	19	2.0	20	85	10	53	2	12	17	66	1.35
228471--228513	19	2.2	20	91	4	70	0	20	0	79	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228470--228513	20	2.2	20	92	8	72	0	20	0	79	0.73
229105--229204	30	3.3	29	85	2	128	40	4	22	34	1.72
229105--229236	30	4.4	30	81	6	126	40	4	21	33	1.74
229097--229236	60	2.3	60	79	9	151	38	5	23	32	1.78
229603--230630	76	13.2	76	78	9	196	35	19	16	28	1.94
229671--229837	90	1.9	90	87	2	246	31	21	14	32	1.93
229758--230612	76	11.1	76	92	3	1231	35	20	16	27	1.94
229591--229911	166	1.9	166	85	3	448	33	20	15	30	1.94
229758--230630	384	2.3	385	89	4	1305	36	19	16	27	1.94
229758--230606	232	3.7	231	88	4	1209	35	20	16	28	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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