genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  29  of  144  ( 17221 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8847183--8847824	228	2.8	228	83	2	743	21	22	26	30	1.99
8848210--8848258	18	2.7	18	87	0	71	28	20	14	36	1.92
8875924--8875953	4	7.5	4	92	0	51	26	20	0	53	1.46
8887195--8887262	31	2.3	30	87	7	102	16	23	17	41	1.89
8895242--8895276	19	1.9	17	88	11	52	20	2	11	65	1.37
8896524--8896569	22	2.1	21	84	4	56	13	2	32	52	1.52
8896760--8896846	11	8.3	11	65	19	51	44	1	29	24	1.61
8896797--8896850	22	2.5	22	77	19	60	44	1	29	24	1.64
8903534--8903569	18	1.9	19	88	5	56	72	5	8	13	1.27
8908225--8908251	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
8911065--8911261	75	2.6	75	98	1	378	40	0	4	54	1.21
8911094--8911223	44	3.2	44	65	29	126	40	0	5	53	1.24
8914267--8914319	27	2.0	27	85	7	72	58	9	32	0	1.30
8922780--8922813	18	1.9	17	88	5	50	41	2	0	55	1.15
8926629--8926681	11	4.8	11	80	13	56	64	0	1	33	1.05
8926648--8926676	13	2.1	14	93	6	51	58	0	0	41	0.98
8926769--8926961	96	2.0	96	93	0	332	33	2	25	38	1.68
8927116--8927162	24	2.1	23	84	11	62	59	0	4	36	1.17
8934198--8934238	21	2.0	20	85	4	55	34	12	7	46	1.69
8935542--8935592	23	2.2	23	100	0	102	41	3	7	47	1.51
8937630--8937678	19	2.5	19	81	18	57	73	4	4	18	1.15
8937630--8937680	20	2.6	19	79	11	59	72	3	3	19	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8938412--8938455	23	1.9	23	86	9	63	54	18	11	15	1.70
8950376--8950405	15	2.0	15	93	0	51	46	6	16	30	1.73
8950592--8950706	57	2.0	57	98	0	221	27	9	25	37	1.87
8958179--8958216	15	2.8	14	88	11	53	34	0	10	55	1.34
8967468--8967496	13	2.2	13	100	0	58	27	6	13	51	1.66
8969033--8969065	2	16.5	2	100	0	66	0	0	48	51	1.00
8973517--8973566	23	2.2	23	82	7	57	60	6	18	16	1.55
8974123--8974464	23	14.7	24	78	14	292	38	17	16	27	1.92
8974123--8974478	93	3.8	93	99	0	703	37	16	16	28	1.91
8975169--8975289	28	4.4	28	85	4	147	30	26	11	31	1.91
8989912--8990099	92	2.1	92	84	5	247	43	19	6	29	1.77
8990118--8990354	9	25.2	9	66	17	74	60	2	3	32	1.28
8990118--8990228	47	2.4	46	79	10	118	62	2	0	34	1.16
8990221--8990303	37	2.2	40	82	12	111	63	1	2	32	1.15
8990534--8990581	18	2.6	18	83	3	60	45	2	0	52	1.12
8990645--8990816	88	2.0	89	86	4	242	31	9	22	36	1.87
8990647--8990842	88	2.3	87	79	6	227	34	9	19	35	1.85
8992874--8992982	24	4.5	24	91	0	164	19	41	21	18	1.91
9008753--9008778	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
9011756--9012092	125	2.7	125	92	1	570	30	16	21	31	1.95
9014392--9014423	12	2.6	13	85	14	50	37	0	6	56	1.25
9017323--9017347	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9017331--9017782	55	8.0	55	77	15	431	43	6	10	39	1.66
9017386--9017412	10	2.7	10	100	0	54	51	0	7	40	1.30
9017477--9017550	21	3.3	21	68	23	60	41	4	12	41	1.61
9017452--9017529	26	3.2	25	67	23	67	44	7	10	37	1.67
9017452--9017552	47	2.1	47	94	0	175	42	5	11	39	1.66
9017496--9017636	66	2.2	66	88	6	207	46	4	9	39	1.57
9017554--9017580	10	2.7	10	100	0	54	51	0	7	40	1.30
9017328--9017746	168	2.4	168	92	3	669	43	6	10	39	1.64
9017602--9017636	18	1.9	18	94	0	61	51	2	8	37	1.47
9017778--9018109	18	19.1	18	73	14	259	29	0	20	48	1.56
9017821--9017879	29	2.1	28	87	3	82	30	1	20	47	1.60
9017784--9017967	23	8.4	23	71	24	132	27	1	22	48	1.57
9017794--9017938	52	3.0	47	80	12	143	29	1	20	48	1.57
9018105--9018168	25	2.5	26	84	2	94	39	12	1	46	1.51
9018577--9018611	18	1.9	18	88	0	52	31	8	34	25	1.86
9019315--9019471	37	4.0	37	82	14	199	26	21	15	36	1.93
9019388--9019610	52	4.6	46	87	7	257	28	22	13	34	1.93
9019431--9019604	52	3.3	52	91	1	267	27	23	13	35	1.92
9019387--9019610	98	2.3	98	79	9	244	28	23	13	34	1.93
9022742--9022805	29	2.2	30	94	2	112	60	1	0	37	1.06
9022816--9022904	40	2.2	40	95	0	160	42	0	25	31	1.55
9024014--9024060	16	2.8	17	87	9	62	38	0	2	59	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9032991--9033033	18	2.3	18	84	11	52	37	0	4	58	1.19
9034615--9034647	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
9035078--9035115	19	2.0	20	84	5	51	42	2	5	50	1.39
9046513--9046546	15	2.3	15	89	0	50	0	47	0	52	1.00
9053976--9054023	24	2.0	24	84	4	62	54	8	0	37	1.31
9054882--9054908	7	3.9	7	100	0	54	25	44	0	29	1.54
9055584--9055625	21	2.0	20	86	4	57	30	0	9	59	1.29
9056169--9056201	16	2.1	16	88	5	50	39	0	3	57	1.14
9060816--9060886	32	2.2	32	84	0	97	30	2	15	50	1.58
9061775--9061843	20	3.2	20	77	18	84	43	14	5	36	1.70
9061754--9061843	45	2.0	45	97	0	171	43	16	6	33	1.74
9061754--9061828	25	3.2	25	76	18	97	44	17	8	30	1.77
9065480--9065635	41	3.8	41	89	6	235	28	20	22	28	1.98
9065854--9065917	33	2.0	32	90	3	101	26	9	25	39	1.86
9065861--9065934	33	2.3	33	80	2	87	28	8	25	37	1.84
9072509--9072579	34	2.1	34	97	0	133	39	21	9	29	1.85
9085031--9085081	6	8.5	6	100	0	102	15	15	50	17	1.78
9085680--9085731	27	2.0	26	85	7	70	50	1	0	48	1.12
9085984--9086094	55	2.0	55	100	0	222	27	30	12	28	1.93
9086621--9086673	22	2.5	21	82	11	63	33	3	0	62	1.13
9087042--9087174	43	3.1	44	82	8	161	30	30	15	23	1.95
9090120--9090384	147	1.8	147	89	3	417	34	14	12	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9090258--9090518	108	2.4	108	96	0	477	36	12	10	40	1.78
9090784--9090847	14	4.5	14	75	11	67	35	39	0	25	1.56
9090784--9090853	28	2.4	29	76	6	81	35	38	0	25	1.56
9091060--9091107	22	2.2	21	78	10	53	47	27	0	25	1.52
9091332--9091411	41	2.0	41	89	0	124	28	27	21	22	1.99
9091384--9091610	73	3.1	73	95	1	395	26	22	23	26	2.00
9091529--9091738	114	1.8	113	90	3	341	26	27	23	21	1.99
9091656--9091815	72	2.2	73	90	1	250	26	28	25	20	1.99
9091343--9091815	259	1.8	259	90	0	768	26	26	23	23	2.00
9091456--9091909	186	2.4	186	90	2	705	26	25	24	23	2.00
9095658--9095818	51	3.2	50	96	0	286	30	12	24	32	1.92
9095720--9095905	87	2.1	88	90	1	293	29	13	24	32	1.93
9095771--9095854	36	2.3	37	87	2	116	26	13	26	34	1.93
9095808--9095916	51	2.2	50	91	1	173	33	12	23	30	1.92
9098473--9098537	30	2.2	30	82	0	76	30	18	23	27	1.97
9098488--9098551	30	2.1	30	91	0	101	29	17	28	25	1.97
9100769--9100927	26	6.4	26	71	11	109	20	19	20	39	1.93
9103009--9103059	18	2.7	19	80	11	52	58	0	1	39	1.09
9102992--9103059	19	3.7	18	81	13	68	60	1	1	36	1.15
9104733--9104761	14	2.1	14	100	0	58	51	0	13	34	1.42
9108145--9108206	21	2.9	21	72	15	56	38	35	0	25	1.56
9108310--9108380	14	5.0	14	75	14	65	39	33	1	25	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9108308--9108380	29	2.6	27	85	10	92	38	34	1	26	1.65
9108358--9108407	21	2.3	21	83	10	57	36	40	0	24	1.55
9108930--9108962	16	2.1	15	94	5	57	54	6	0	39	1.25
9109031--9109211	41	4.4	41	90	0	254	29	24	24	20	1.99
9109018--9109191	83	2.1	83	85	6	237	27	25	25	21	2.00
9114871--9114909	20	2.0	20	85	10	53	66	0	2	30	1.05
9122109--9122270	83	2.0	82	85	3	218	31	8	9	50	1.64
9123126--9123425	151	2.0	151	94	0	528	40	9	9	40	1.71
9125462--9125517	17	3.4	16	85	11	78	41	0	0	58	0.98
9125462--9125516	5	11.2	5	81	18	71	40	0	0	60	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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