genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24969397--24969647	101	2.5	101	80	7	296	26	15	24	33	1.96
24976740--24976786	18	2.6	18	83	13	60	31	6	21	40	1.78
24976760--24976793	18	1.9	18	88	5	52	32	5	20	41	1.76
24977121--24977177	28	2.0	28	82	0	69	24	22	26	26	2.00
24977335--24977386	27	1.9	27	96	0	95	34	23	25	17	1.96
24977539--24977607	25	2.7	26	84	2	95	23	14	21	40	1.90
24987862--24988110	27	9.2	27	77	9	138	21	17	19	41	1.90
24987864--24988110	54	4.6	53	78	6	226	21	17	19	42	1.90
24987852--24988110	81	3.2	81	80	7	310	22	16	20	40	1.91
24988481--24988630	74	2.0	74	96	0	273	31	24	21	22	1.98
24996019--24996059	22	1.9	22	85	5	57	31	19	29	19	1.96
25000558--25000597	19	2.0	20	90	9	64	45	0	15	40	1.46
25008992--25009031	22	1.9	20	90	10	62	25	7	7	60	1.50
25009499--25009550	18	2.9	18	82	5	70	42	0	1	55	1.10
25013217--25013245	13	2.1	14	93	6	51	13	0	6	79	0.93
25022089--25022130	21	2.0	21	90	0	66	28	21	19	30	1.97
25024507--25024561	25	2.2	25	83	0	74	30	16	12	40	1.86
25024894--25024935	18	2.3	19	84	8	61	42	21	0	35	1.53
25038174--25038233	22	2.7	22	89	0	84	13	18	21	46	1.83
25038305--25038575	43	6.3	43	83	4	291	31	19	23	25	1.98
25038324--25038575	127	2.0	127	82	4	312	32	19	23	25	1.97
25038325--25038618	43	6.9	42	82	6	238	31	20	22	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25038495--25038606	42	2.6	43	85	1	136	34	20	19	25	1.96
25038502--25038632	43	3.1	43	84	5	149	29	24	20	25	1.99
25039052--25039081	12	2.5	12	94	0	51	0	43	13	43	1.43
25039064--25039131	21	3.2	21	87	4	93	4	42	17	35	1.69
25044581--25045055	25	19.2	26	75	12	273	31	1	19	47	1.59
25044577--25045068	81	6.1	81	83	9	451	31	1	19	46	1.59
25044812--25044846	18	1.9	18	88	0	52	28	2	25	42	1.69
25044599--25045025	16	26.9	16	70	17	165	32	1	19	47	1.57
25044582--25045065	200	2.4	198	91	5	800	31	1	19	47	1.59
25044958--25045022	34	1.9	34	87	0	94	32	1	20	46	1.60
25044910--25045048	59	2.4	57	84	4	161	30	1	20	46	1.60
25045029--25045067	20	2.0	19	95	5	69	30	0	15	53	1.42
25045121--25045336	121	1.8	119	85	6	303	46	5	6	40	1.54
25045346--25045434	18	4.8	18	79	14	101	41	0	12	46	1.41
25045343--25045616	40	7.2	37	78	12	177	41	1	12	44	1.50
25045475--25045599	13	9.9	13	70	19	95	43	0	11	44	1.45
25045391--25045570	33	5.0	33	74	17	135	41	2	13	43	1.56
25045479--25045517	20	2.0	20	94	0	69	43	0	15	41	1.46
25045496--25045599	40	2.6	40	95	0	181	43	0	11	44	1.47
25045383--25045570	73	2.6	72	81	4	207	40	2	12	44	1.55
25046218--25046244	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
25046442--25046471	13	2.3	13	94	0	51	50	10	0	40	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25049209--25049334	7	17.1	7	67	18	51	33	43	0	22	1.59
25049215--25049311	38	2.6	36	79	4	113	32	43	1	22	1.60
25049272--25049326	15	3.7	15	82	4	76	32	45	0	21	1.52
25049210--25049334	29	4.2	29	73	8	117	32	44	0	22	1.59
25049210--25049354	22	6.6	22	79	11	129	33	42	0	23	1.59
25050312--25050424	42	2.7	41	77	6	111	38	23	14	24	1.92
25050607--25050705	40	2.5	40	80	11	105	16	18	21	44	1.87
25052653--25052690	18	2.1	19	90	5	60	5	15	21	57	1.57
25054074--25054108	9	3.9	9	88	0	52	45	0	2	51	1.16
25054071--25054116	13	3.5	13	84	3	56	45	0	4	50	1.21
25056829--25056953	28	4.5	28	71	7	74	28	24	14	32	1.94
25081335--25081363	15	1.9	15	100	0	58	48	0	20	31	1.50
25091682--25092021	51	6.7	50	78	6	233	29	15	24	31	1.95
25091678--25092021	102	3.4	101	83	4	392	29	15	24	30	1.96
25091735--25092015	51	5.6	50	81	5	316	29	15	25	30	1.96
25094475--25094533	30	1.9	31	86	10	86	44	8	20	27	1.80
25095002--25095345	102	3.4	102	85	2	435	28	16	25	29	1.97
25095002--25095339	51	6.7	50	78	5	295	28	16	26	28	1.97
25097834--25098109	30	9.3	30	74	12	187	27	25	13	34	1.92
25097829--25098118	60	4.9	59	75	11	207	27	25	12	34	1.92
25099458--25099487	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
25104020--25104057	19	2.0	19	85	10	51	34	0	18	47	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25112247--25112797	115	4.8	114	75	5	450	25	22	18	33	1.97
25112240--25112852	229	2.7	226	75	8	567	26	22	18	32	1.97
25117053--25117125	37	1.9	37	84	13	96	32	23	1	42	1.63
25117113--25117156	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
25117442--25117517	40	1.9	40	86	5	109	32	23	26	17	1.96
25117618--25117686	24	3.2	24	61	26	62	15	27	27	28	1.96
25117597--25117998	41	9.8	41	84	2	405	17	24	24	33	1.96
25117597--25117998	123	3.3	122	81	2	464	17	24	24	33	1.96
25118471--25118508	15	2.5	15	83	8	51	21	0	44	34	1.52
25121960--25122348	34	12.0	33	71	22	274	46	11	2	40	1.52
25122026--25122105	38	2.1	38	92	0	133	48	8	2	40	1.47
25122067--25122342	56	5.0	55	79	12	268	45	11	2	40	1.52
25122096--25122146	22	2.4	22	86	3	77	49	9	1	39	1.47
25122111--25122251	72	2.0	70	83	10	178	45	13	2	39	1.55
25121983--25122348	128	2.9	125	79	13	385	45	11	2	39	1.54
25122067--25122404	162	2.0	168	85	9	464	44	12	2	40	1.54
25122329--25122470	25	5.6	25	70	17	89	42	18	1	38	1.59
25122329--25122470	34	4.2	34	69	15	98	42	18	1	38	1.59
25122167--25122378	56	3.7	56	78	12	136	43	13	1	41	1.53
25122387--25122538	9	18.4	9	67	17	80	44	18	1	36	1.58
25122472--25122527	25	2.2	25	93	0	94	46	16	0	37	1.47
25122506--25122538	16	2.1	16	94	0	57	51	18	0	30	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25127971--25128098	66	1.9	66	85	3	177	39	17	25	17	1.91
25127991--25128137	66	2.2	66	82	7	174	38	18	27	14	1.90
25128116--25128220	21	5.0	21	83	0	84	34	16	43	5	1.71
25128128--25128220	42	2.2	42	86	0	123	34	15	44	6	1.72
25128384--25128413	9	3.2	9	90	9	51	30	0	3	66	1.07
25128571--25128670	43	2.3	44	84	6	123	18	16	32	34	1.92
25128657--25128682	12	2.2	12	100	0	52	7	23	34	34	1.83
25128690--25128857	43	3.9	43	88	1	194	29	28	22	19	1.98
25129257--25129288	10	3.3	10	95	4	57	9	25	0	65	1.22
25137372--25137433	30	2.1	30	100	0	124	11	22	19	46	1.81
25139972--25140036	26	2.4	28	84	7	80	35	0	1	63	1.04
25141912--25142207	148	2.0	148	100	0	592	35	8	11	45	1.70
25144191--25144225	15	2.3	15	90	9	54	42	0	11	45	1.40
25144199--25144235	19	1.9	19	100	0	74	43	0	8	48	1.32
25147035--25147213	51	3.6	49	78	9	157	34	25	14	25	1.94
25147027--25147261	101	2.3	100	78	5	233	32	26	14	25	1.95
25148437--25148524	19	4.6	19	72	2	70	14	19	30	35	1.92
25150155--25150197	20	2.2	20	95	0	77	41	16	27	13	1.86
25155853--25155915	25	2.6	24	75	5	63	20	28	17	33	1.95
25155903--25155985	25	3.4	24	80	6	69	15	27	21	34	1.94
25155931--25156047	25	4.7	24	75	12	83	17	28	21	32	1.96
25163217--25163250	5	6.6	5	93	6	59	41	0	20	38	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25163570--25163632	25	2.6	24	82	5	81	19	30	19	31	1.96
25163657--25163755	25	3.9	25	74	8	92	19	26	22	32	1.97
25163791--25163866	25	3.0	25	81	7	100	22	23	21	32	1.98
25177610--25177658	20	2.4	20	93	3	80	53	14	10	22	1.71
25179829--25179869	15	2.7	16	81	11	50	78	2	2	17	0.98
25180029--25180115	44	2.0	44	97	0	165	16	11	57	14	1.65
25186642--25186680	20	2.0	20	85	10	53	58	0	2	38	1.12
25188834--25188862	15	1.9	15	100	0	58	24	13	0	62	1.32
25189311--25189519	107	2.0	107	83	0	265	33	19	10	36	1.86
25191438--25191755	41	7.8	40	85	3	345	23	21	22	32	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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