genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   

This is table  58  of  144  ( 17221 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17837416--17837474	28	2.1	27	87	9	84	0	25	0	74	0.82
17837412--17837469	24	2.5	23	79	17	75	0	22	0	77	0.77
17837425--17837475	9	5.6	9	77	13	59	0	29	0	70	0.87
17837988--17838123	30	4.6	30	71	13	104	44	8	19	27	1.80
17838324--17838385	5	12.0	5	78	10	54	72	1	1	24	1.02
17838516--17839139	79	8.1	75	79	11	618	32	19	17	30	1.95
17838557--17839158	157	3.8	153	85	5	687	33	19	17	29	1.95
17840022--17840076	16	3.5	16	82	9	60	1	5	7	85	0.80
17840014--17840074	6	9.8	6	84	10	52	1	6	6	85	0.81
17845282--17845335	13	4.2	13	80	0	72	33	25	7	33	1.84
17849547--17849607	3	20.3	3	100	0	122	32	0	0	67	0.91
17849711--17849744	10	3.0	12	83	16	54	41	14	0	44	1.45
17850370--17850569	108	1.9	106	87	2	292	29	18	18	35	1.94
17858675--17858716	20	2.0	21	86	4	59	71	2	4	21	1.16
17866109--17866307	104	1.9	105	84	1	265	28	21	11	39	1.87
17867002--17867056	9	6.2	9	73	12	51	76	1	20	1	0.97
17867002--17867046	13	3.4	13	78	6	54	77	2	17	2	0.97
17867002--17867056	27	2.1	26	89	3	83	76	1	20	1	0.97
17869019--17869086	24	2.8	24	93	0	118	57	8	2	30	1.44
17869073--17869099	13	2.1	13	100	0	54	44	14	0	40	1.46
17871037--17871134	45	2.3	43	84	10	128	39	17	38	4	1.69
17871596--17871635	18	2.3	17	91	4	62	32	0	2	65	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17874517--17874580	27	2.4	27	83	0	74	23	18	29	28	1.98
17875222--17875259	3	12.7	3	100	0	76	0	65	0	34	0.93
17878223--17878365	11	13.9	11	68	25	55	38	2	0	59	1.09
17878219--17878351	17	8.3	17	67	28	62	36	2	0	60	1.09
17878222--17878387	51	3.2	51	85	5	219	37	2	0	59	1.10
17878241--17878372	11	12.4	11	72	22	95	37	3	0	59	1.13
17878327--17878388	22	2.9	21	76	9	72	38	1	0	59	1.07
17878323--17878413	22	4.2	22	72	18	68	43	1	0	54	1.07
17880074--17880112	20	1.9	21	89	5	62	48	0	2	48	1.15
17891123--17891259	31	4.5	31	74	15	106	44	2	11	40	1.56
17891194--17891262	32	2.2	32	86	0	93	55	1	10	33	1.43
17893144--17893199	23	2.6	23	78	18	66	42	1	0	55	1.10
17893136--17893188	11	4.9	11	82	13	65	41	3	0	54	1.18
17893146--17893200	11	4.9	11	77	16	51	43	1	0	54	1.10
17893352--17893402	21	2.4	21	76	0	57	29	27	9	33	1.89
17893563--17893630	30	2.2	31	82	7	77	47	2	11	38	1.55
17895890--17895937	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
17895886--17895941	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
17895886--17895937	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
17896054--17896110	19	2.8	20	73	7	62	56	5	7	31	1.49
17896089--17896153	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
17896180--17896236	25	2.3	25	84	0	69	59	1	3	35	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17896169--17896248	27	2.9	27	73	12	72	57	2	5	35	1.34
17896694--17896743	25	2.0	26	92	4	84	46	38	0	16	1.47
17896825--17896999	30	5.8	30	89	1	228	21	4	48	26	1.67
17897747--17897796	14	3.6	14	81	7	57	64	4	12	20	1.43
17897776--17898091	72	4.3	74	83	5	365	36	21	16	25	1.94
17898095--17898355	84	3.5	73	83	11	337	31	22	16	29	1.96
17897969--17898206	127	1.9	127	87	5	356	34	22	15	26	1.95
17898221--17898355	71	1.9	72	92	3	227	30	21	16	31	1.95
17898131--17898772	232	2.7	232	80	9	708	35	19	16	28	1.94
17898380--17898590	71	2.9	72	85	0	253	33	19	16	30	1.94
17898596--17898622	14	1.9	14	100	0	54	59	7	18	14	1.58
17898524--17898697	93	1.9	87	84	9	224	38	18	16	26	1.92
17898610--17898986	73	4.9	73	73	14	287	33	22	16	27	1.96
17898752--17898786	14	2.5	14	95	0	61	60	8	14	17	1.58
17898479--17898933	162	2.8	159	85	5	581	34	20	16	27	1.94
17898679--17898863	89	2.1	87	84	6	232	37	21	15	25	1.93
17898615--17899563	232	4.3	232	73	15	698	34	21	15	28	1.94
17898863--17899152	160	1.8	157	86	6	415	34	22	15	27	1.95
17899428--17899563	72	1.9	72	93	0	236	32	19	15	32	1.93
17910249--17910296	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
17910245--17910300	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
17910245--17910296	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17910448--17910512	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
17910533--17910662	23	5.6	25	74	14	100	57	3	4	34	1.35
17911149--17911323	30	5.8	30	89	1	228	21	4	48	26	1.67
17921826--17921865	22	1.9	22	90	10	66	50	0	0	50	1.00
17922129--17922173	10	5.0	9	80	20	58	62	2	0	35	1.08
17922132--17922182	20	2.7	18	80	16	59	64	1	0	33	1.05
17923330--17923354	10	2.5	10	100	0	50	40	0	0	60	0.97
17927847--17927888	19	2.2	20	82	4	50	50	4	14	30	1.63
17930551--17930779	109	2.1	112	89	4	349	37	14	7	40	1.76
17946925--17946960	18	1.9	19	88	5	56	50	2	8	38	1.47
17948541--17948565	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
17949495--17949856	159	2.3	153	83	4	422	34	15	24	25	1.95
17961220--17961312	18	5.2	18	90	0	150	31	16	24	27	1.96
17961220--17961312	36	2.6	36	94	0	168	31	16	24	27	1.96
17968498--17968679	90	2.0	90	93	0	310	38	11	23	26	1.89
17969841--17969882	16	2.7	16	85	10	52	16	0	4	78	0.91
17971267--17971308	21	2.0	21	95	0	75	30	9	11	47	1.72
17971920--17972011	41	2.2	41	86	3	123	26	19	25	29	1.99
17978803--17978889	41	2.1	41	85	4	113	26	18	25	29	1.98
17979971--17979995	12	2.1	12	100	0	50	32	8	0	60	1.26
17986607--17986693	28	3.0	29	79	5	95	22	14	22	39	1.91
17989735--17989763	11	2.5	12	88	11	51	20	6	13	58	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17990391--17990449	16	3.6	17	72	9	59	44	11	8	35	1.72
17991438--17991813	193	2.0	191	84	5	490	42	19	9	28	1.83
17995357--17995396	13	3.1	13	85	0	62	35	27	7	30	1.84
17995683--17995739	28	2.0	28	86	6	80	35	10	12	42	1.77
17996742--17996768	13	2.1	13	100	0	54	40	14	22	22	1.90
18003018--18003042	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
18003202--18003291	9	9.6	9	87	4	117	36	32	8	22	1.85
18003338--18003395	17	3.2	17	68	13	53	51	10	3	34	1.53
18003292--18003404	37	3.1	37	92	1	183	48	12	4	34	1.61
18003445--18003503	24	2.5	24	94	0	100	30	27	0	42	1.56
18006444--18006468	8	3.1	8	100	0	50	40	0	0	60	0.97
18006574--18006653	27	3.0	27	100	0	160	60	7	11	21	1.55
18020097--18020149	13	4.1	13	80	9	63	43	0	3	52	1.19
18020178--18020299	13	9.7	13	82	9	128	37	4	5	51	1.47
18020368--18020401	13	2.7	13	90	4	52	38	8	5	47	1.59
18020289--18020449	52	3.1	52	91	3	272	36	9	5	47	1.60
18020828--18020857	8	3.8	8	100	0	60	60	0	0	40	0.97
18023668--18023713	21	2.1	22	88	4	67	28	2	0	69	1.00
18038710--18038743	18	1.9	18	88	5	52	14	5	0	79	0.91
18039013--18039057	20	2.2	20	88	0	63	40	4	6	48	1.49
18039009--18039049	20	2.0	20	95	0	73	41	0	7	51	1.30
18049043--18049104	31	2.0	31	90	0	97	35	4	9	50	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18049122--18049164	18	2.4	18	88	3	61	51	6	2	39	1.42
18057667--18057723	25	2.3	25	79	8	62	15	8	1	73	1.16
18060978--18061010	16	2.1	16	94	0	57	18	3	12	66	1.36
18061143--18061209	20	3.4	19	89	6	98	20	5	5	67	1.34
18061437--18061471	9	4.1	9	85	14	56	57	11	0	31	1.34
18061436--18061474	16	2.4	16	95	0	69	56	10	0	33	1.33
18061544--18061585	16	2.6	16	88	0	57	42	4	2	50	1.36
18066452--18066505	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
18066581--18066608	12	2.3	12	100	0	56	78	0	0	21	0.75
18067736--18067780	23	2.0	23	81	0	54	15	2	11	71	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144