genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21977065--21977131	25	2.7	25	83	4	82	40	10	16	32	1.82
21982402--21982436	18	2.0	18	94	5	63	11	28	45	14	1.79
21983397--21983430	18	2.0	16	88	11	50	47	2	8	41	1.50
21989431--21989635	63	3.3	63	80	5	243	22	29	25	22	1.99
21990642--21990754	19	5.8	19	89	4	181	38	10	15	36	1.82
21990643--21990754	59	1.9	59	94	0	197	38	10	14	36	1.81
21991373--21991445	24	2.9	24	76	13	67	31	2	2	63	1.23
21992115--21992306	98	2.0	98	94	0	339	27	10	24	37	1.88
21995814--21995875	22	2.7	23	80	9	74	33	0	3	62	1.11
21996758--21996805	18	2.6	18	80	12	53	50	8	6	35	1.58
21997477--21997507	9	3.4	9	90	0	53	22	0	0	77	0.77
21997478--21997512	16	2.2	16	90	10	54	25	0	0	74	0.82
21998109--21998161	25	2.1	25	96	0	97	26	15	18	39	1.90
21998762--21998872	42	2.6	42	86	1	168	18	37	22	20	1.94
22000894--22000938	24	1.9	23	86	13	65	37	0	2	60	1.09
22001191--22001225	12	2.8	13	86	8	54	42	0	0	57	0.99
22001122--22001217	10	9.5	10	71	15	56	39	2	1	57	1.17
22001121--22001216	9	9.7	9	69	17	57	40	2	1	56	1.18
22001191--22001228	13	3.0	13	88	7	60	39	0	0	60	0.97
22001638--22001687	18	2.8	17	84	6	64	44	0	0	56	0.99
22008428--22008469	21	2.0	21	95	0	75	33	7	14	45	1.72
22008671--22008705	16	2.2	16	94	0	61	45	17	0	37	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22010010--22010061	25	2.0	27	85	7	72	38	1	9	50	1.46
22017226--22017259	17	1.9	18	88	5	52	47	0	0	52	1.00
22028614--22029411	69	11.6	69	76	3	509	33	24	20	21	1.97
22031992--22032058	25	2.7	25	95	2	118	41	7	0	50	1.30
22034647--22034701	22	2.6	21	82	5	74	61	0	1	36	1.06
22034655--22034720	23	2.9	23	80	10	57	65	1	1	31	1.11
22041706--22041739	18	1.9	18	88	5	52	35	5	8	50	1.58
22042978--22043024	22	2.2	22	84	3	60	40	2	10	46	1.50
22045510--22045574	26	2.5	26	80	5	69	23	21	20	35	1.96
22045990--22046029	20	2.0	20	100	0	80	30	0	20	50	1.49
22053157--22053230	26	2.9	25	84	9	89	18	20	22	37	1.94
22053344--22053403	28	2.2	26	85	5	75	25	20	23	31	1.98
22062964--22062991	14	2.0	14	100	0	56	28	21	21	28	1.99
22065565--22065630	28	2.4	28	85	7	82	46	1	3	48	1.26
22067060--22067097	13	2.8	14	80	19	53	65	5	7	21	1.38
22067570--22067608	18	2.1	19	90	4	62	69	5	2	23	1.21
22067648--22067673	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
22068839--22068868	14	2.2	14	94	5	53	13	26	33	26	1.93
22069431--22069545	44	2.6	44	84	2	142	28	24	20	26	1.99
22069789--22069979	50	3.8	50	68	5	125	28	21	19	30	1.97
22069747--22070009	100	2.6	100	87	0	355	27	22	20	28	1.99
22078309--22078334	12	2.2	12	100	0	52	15	23	0	61	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22081390--22081453	22	3.0	22	90	2	94	59	0	1	39	1.07
22081412--22081460	11	4.3	12	82	12	59	59	0	2	38	1.09
22081424--22081511	42	2.1	41	93	2	149	63	0	3	32	1.11
22081477--22081502	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
22082585--22082622	13	2.8	14	80	19	53	65	5	7	21	1.38
22083091--22083130	18	2.1	20	86	9	57	67	5	5	22	1.30
22084635--22084688	15	3.7	14	75	7	54	68	3	0	27	1.06
22084636--22084699	27	2.2	28	86	8	85	68	3	0	28	1.04
22092001--22092059	29	2.1	27	81	12	66	23	6	1	67	1.24
22095372--22095429	29	2.0	29	100	0	116	34	13	20	31	1.92
22109868--22109906	12	3.0	13	81	11	53	28	0	7	64	1.21
22128469--22128592	27	4.6	27	75	4	88	16	24	20	37	1.93
22130597--22130661	20	3.2	20	86	2	85	40	16	29	13	1.88
22135362--22135408	22	2.1	22	92	0	76	40	23	27	8	1.83
22140793--22140822	14	2.1	14	100	0	60	36	20	16	26	1.93
22142175--22142228	6	8.5	6	82	10	54	27	1	1	68	1.10
22142175--22142228	13	4.2	12	79	11	54	27	1	1	68	1.10
22144613--22144639	10	2.7	10	100	0	54	25	11	11	51	1.70
22150120--22150158	19	2.1	19	90	0	60	51	0	7	41	1.31
22155186--22155393	91	2.3	91	85	2	276	29	13	25	31	1.94
22157348--22157382	16	2.2	16	100	0	70	22	11	28	37	1.89
22161169--22161251	39	2.2	37	83	14	98	44	3	3	48	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22163134--22163345	91	2.4	90	82	1	264	30	13	26	29	1.94
22164417--22164457	13	3.2	13	82	6	57	63	0	29	7	1.21
22167136--22167179	23	2.0	22	86	4	61	25	22	38	13	1.91
22168801--22168846	19	2.4	18	82	10	56	23	19	8	47	1.77
22171579--22171662	44	1.9	44	85	0	114	42	19	21	16	1.89
22173102--22173552	44	10.2	44	65	7	171	29	18	22	29	1.97
22173001--22173634	132	4.8	132	90	0	962	30	17	23	28	1.97
22173001--22174194	264	4.4	264	85	5	1641	30	18	23	28	1.97
22173611--22173659	25	2.0	25	100	0	98	30	16	16	36	1.91
22173482--22173791	157	2.0	157	93	0	530	29	19	22	28	1.98
22173761--22173952	43	4.4	44	63	10	106	31	16	23	28	1.96
22173656--22174104	44	10.2	44	63	9	153	30	18	22	28	1.97
22173091--22174186	553	2.0	553	93	0	1879	30	18	23	28	1.97
22173639--22174186	132	4.2	132	93	0	907	30	17	22	28	1.97
22175818--22175886	3	22.0	3	74	14	59	28	2	1	66	1.14
22175828--22175886	23	2.6	22	83	5	73	27	3	1	67	1.16
22177354--22177403	24	2.1	24	92	0	82	50	10	8	32	1.65
22177672--22177697	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
22178208--22178263	29	1.9	29	85	0	76	44	10	5	39	1.62
22180066--22180096	16	1.9	16	100	0	62	38	6	19	35	1.77
22180558--22181545	243	4.1	243	98	0	1850	27	9	23	38	1.87
22182470--22182502	10	3.3	10	95	0	57	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22184036--22184104	35	1.9	36	94	2	122	24	2	18	53	1.58
22185071--22185568	249	2.0	249	100	0	996	32	8	12	46	1.72
22185692--22185758	34	1.9	35	90	3	109	47	10	8	32	1.69
22188062--22188088	14	1.9	14	100	0	54	44	14	7	33	1.73
22194196--22194252	3	19.0	3	100	0	114	33	33	0	33	1.58
22194251--22194330	3	26.7	3	100	0	160	0	33	0	66	0.92
22194603--22194650	22	2.1	22	85	11	62	58	4	4	33	1.36
22197688--22197725	20	1.9	20	100	0	76	52	13	7	26	1.67
22198875--22198906	8	4.0	8	100	0	64	25	0	0	75	0.81
22201837--22201862	12	2.2	12	100	0	52	34	0	7	57	1.27
22210275--22210347	37	2.0	37	94	0	128	43	15	10	30	1.80
22215444--22215468	13	1.9	13	100	0	50	40	28	8	24	1.83
22216482--22216513	3	10.7	3	93	0	55	71	0	28	0	0.86
22217667--22217692	13	2.0	13	100	0	52	30	30	23	15	1.95
22218379--22218412	14	2.5	13	86	13	50	58	5	5	29	1.45
22234633--22234689	29	2.0	29	85	0	78	26	14	28	31	1.94
22247188--22247288	25	4.0	25	72	10	89	17	25	18	37	1.93
22255278--22255313	18	2.0	18	89	10	56	38	0	5	55	1.23
22256011--22256059	22	2.2	22	85	7	64	46	4	6	42	1.47
22263747--22263771	9	2.8	9	100	0	50	52	0	12	36	1.39
22267850--22267904	21	2.7	21	82	2	67	23	30	32	12	1.92
22281841--22281971	44	3.0	44	94	0	217	30	12	11	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22283847--22283937	44	2.1	44	89	0	137	27	6	15	50	1.68
22284969--22285219	127	2.0	126	83	6	321	23	10	19	46	1.81
22290346--22290405	28	2.1	28	100	0	120	45	10	6	38	1.64
22295348--22295373	9	2.9	9	100	0	52	57	0	0	42	0.98
22300476--22300621	63	2.3	62	82	6	161	26	17	26	29	1.98
22314044--22314113	19	3.7	19	82	0	86	24	25	30	20	1.99
22313995--22314125	19	6.9	19	73	3	84	27	25	25	22	2.00
22315941--22316516	145	3.9	145	94	0	945	41	8	7	41	1.65
22316170--22316396	77	3.1	77	59	20	174	40	8	7	42	1.65
22316627--22316672	23	2.0	23	83	12	58	34	0	13	52	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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