genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24224549--24224573	12	2.1	12	100	0	50	40	8	0	52	1.31
24230260--24230289	12	2.5	12	94	0	51	30	10	26	33	1.89
24231734--24231851	59	2.0	59	96	3	220	16	11	15	56	1.67
24237793--24238433	237	2.7	238	84	6	797	27	16	18	37	1.92
24246201--24246226	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
24246710--24246887	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
24246711--24246866	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
24246707--24246887	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
24250407--24250807	200	2.0	200	99	0	793	29	16	24	28	1.97
24294134--24294182	26	1.9	26	87	4	73	40	0	2	57	1.10
24295352--24295380	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
24295488--24295544	30	1.9	30	82	7	71	47	8	7	36	1.62
24301852--24301926	22	3.3	22	65	17	62	26	30	10	32	1.90
24301845--24302792	47	20.1	47	98	0	1758	27	31	10	30	1.90
24304056--24304402	168	2.1	169	98	1	669	26	27	8	38	1.85
24304056--24304402	85	4.1	85	98	1	671	26	27	8	38	1.85
24309645--24309767	28	4.4	28	88	2	167	34	28	11	26	1.91
24318956--24318981	12	2.2	12	100	0	52	42	15	7	34	1.75
24321728--24321861	25	5.6	25	81	8	129	40	19	22	17	1.92
24322820--24322877	5	11.8	5	92	3	100	58	1	0	39	1.08
24325842--24325882	14	2.9	14	85	7	55	41	4	4	48	1.46
24329058--24329086	15	1.9	15	100	0	58	13	13	13	58	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24332865--24332893	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
24340835--24340880	24	1.9	24	81	0	56	36	2	2	58	1.22
24348627--24348664	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
24349034--24349062	6	4.8	6	100	0	58	13	0	51	34	1.42
24349064--24349101	18	2.1	18	90	0	58	26	2	39	31	1.70
24349534--24349570	12	2.7	15	76	24	53	21	43	8	27	1.80
24349890--24349957	15	4.3	15	73	10	64	41	27	2	27	1.70
24349900--24349957	18	3.4	18	76	19	54	39	27	3	29	1.73
24350171--24350208	3	12.7	3	83	10	51	0	2	28	68	1.03
24350660--24350688	12	2.3	13	94	5	51	68	0	27	3	1.05
24350981--24351015	6	5.8	6	96	0	61	34	20	34	11	1.88
24353008--24353061	23	2.4	23	87	6	76	59	7	1	31	1.36
24353011--24353070	26	2.3	26	85	8	77	60	6	1	31	1.33
24353011--24353081	3	23.3	3	74	8	63	61	5	1	30	1.27
24353548--24353585	11	3.2	12	88	11	60	47	0	52	0	1.00
24354059--24354083	8	3.1	8	100	0	50	24	12	52	12	1.72
24370524--24371117	296	2.0	296	100	0	1188	29	13	24	33	1.93
24372586--24372610	9	2.8	9	100	0	50	40	0	24	36	1.55
24374446--24374479	17	2.0	17	88	0	50	29	17	0	52	1.45
24378029--24378196	42	4.0	42	77	4	151	41	18	20	19	1.90
24379188--24379375	41	4.6	41	84	8	215	28	25	18	27	1.98
24379270--24379396	41	3.1	42	86	3	132	30	25	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24386750--24386930	91	2.0	91	98	0	353	40	17	8	33	1.80
24391261--24391372	48	2.4	48	80	4	129	27	13	21	37	1.91
24392895--24393001	21	5.1	21	68	4	81	14	22	17	44	1.86
24392898--24393024	42	3.0	42	80	4	157	15	20	18	45	1.85
24392987--24393026	21	1.9	21	89	0	62	12	12	22	52	1.72
24396148--24396265	60	2.0	60	84	0	155	32	10	19	38	1.85
24403540--24403570	5	6.2	5	92	0	53	19	3	0	77	0.90
24410849--24411325	120	4.0	120	96	0	828	41	2	6	49	1.41
24411158--24411209	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
24411287--24411328	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
24411278--24411319	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
24411454--24411563	45	2.6	43	79	11	120	32	29	5	32	1.80
24411544--24411595	16	3.2	16	91	0	86	34	36	0	28	1.58
24419580--24419611	14	2.3	14	100	0	64	56	12	12	18	1.67
24424383--24424431	11	4.4	11	76	5	53	34	2	4	59	1.28
24424380--24424431	23	2.3	22	80	3	59	34	1	3	59	1.27
24425801--24425929	25	5.4	25	83	10	171	21	24	17	36	1.94
24425879--24425916	19	2.0	19	94	0	67	26	28	10	34	1.90
24425909--24425977	22	3.1	22	82	0	93	18	21	14	44	1.85
24428961--24429014	11	4.9	11	77	6	56	35	1	3	59	1.26
24430303--24430356	23	2.4	22	81	6	63	18	3	35	42	1.68
24430314--24430417	48	2.2	46	81	6	111	19	4	31	44	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24430357--24430421	23	2.8	23	72	9	69	23	4	30	41	1.74
24432644--24432705	30	2.1	30	90	0	97	38	9	24	27	1.86
24432981--24433076	23	4.1	23	77	6	104	19	3	34	42	1.67
24443381--24443870	23	21.0	23	72	8	301	26	14	17	40	1.88
24443381--24443821	47	9.4	47	74	8	285	25	15	17	41	1.89
24443497--24443869	70	5.3	70	90	2	534	27	13	17	40	1.88
24443553--24443595	24	1.9	22	81	13	52	30	11	13	44	1.80
24445443--24445500	25	2.4	25	79	2	64	18	31	18	31	1.96
24454877--24454920	23	2.0	23	86	4	63	27	2	13	56	1.49
24455878--24456040	54	3.0	55	74	6	161	39	18	14	28	1.89
24456775--24456822	22	2.2	22	85	14	64	29	8	6	56	1.53
24475842--24475920	36	2.1	37	84	11	99	50	2	3	43	1.33
24477751--24478017	136	2.0	136	96	0	489	29	19	22	29	1.98
24483453--24483505	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
24486308--24486374	32	2.1	32	86	10	93	58	20	0	20	1.40
24488411--24488439	13	2.1	14	93	6	51	24	0	0	75	0.80
24489140--24489169	14	2.1	15	93	6	53	40	0	6	53	1.27
24489290--24489315	10	2.6	10	100	0	52	84	0	0	15	0.62
24491159--24491829	335	2.0	335	99	0	1324	24	18	16	39	1.91
24500787--24500841	19	2.8	19	83	8	58	67	3	0	29	1.08
24500768--24500921	79	1.9	81	92	5	260	65	4	1	27	1.23
24500894--24500951	24	2.4	25	86	13	77	74	8	1	15	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24500894--24500974	24	3.2	25	81	16	71	74	8	3	13	1.19
24501717--24501765	20	2.5	20	80	16	57	12	2	8	77	1.07
24510624--24510676	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
24516833--24516908	28	2.8	28	80	8	84	61	15	5	17	1.51
24516838--24516929	27	3.4	28	79	8	84	57	14	7	20	1.61
24536614--24536665	24	2.2	24	100	0	104	42	19	0	38	1.51
24538696--24538739	23	1.9	23	85	0	61	45	6	20	27	1.76
24553897--24553967	27	2.7	27	84	6	83	49	16	14	19	1.80
24554366--24554425	29	2.0	32	87	9	90	26	15	16	41	1.88
24558800--24558882	21	3.8	21	77	12	94	67	10	14	7	1.41
24558821--24558891	21	3.0	25	72	18	78	61	12	15	9	1.55
24558798--24558891	46	2.0	47	97	2	181	63	12	14	8	1.50
24579196--24579269	36	2.1	36	100	0	148	13	21	16	48	1.80
24582750--24582856	35	3.1	35	79	0	115	38	29	14	16	1.89
24588402--24588442	15	2.7	15	84	0	55	34	12	0	53	1.38
24588922--24588976	25	2.2	25	77	6	58	14	18	23	43	1.87
24591218--24591384	87	1.9	86	82	3	210	39	19	9	31	1.84
24591409--24591569	9	17.4	9	70	15	71	67	1	3	27	1.13
24591393--24591569	10	18.8	10	71	15	69	66	1	3	28	1.15
24591462--24591557	9	10.7	9	77	12	90	70	1	3	25	1.08
24591461--24591557	17	5.5	17	76	13	90	71	1	3	24	1.07
24591476--24591589	39	3.1	37	78	12	110	64	1	6	28	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24591789--24591839	26	2.0	25	92	3	84	37	0	0	62	0.95
24591872--24592082	87	2.4	87	87	3	300	30	9	24	35	1.87
24607532--24607579	13	3.7	13	76	18	55	60	0	6	33	1.22
24607576--24607638	30	2.1	30	85	5	83	71	1	22	4	1.13
24608479--24608614	40	3.4	40	74	9	134	24	18	25	31	1.97
24608869--24608936	31	2.1	33	86	5	95	36	2	20	39	1.68
24612391--24612430	20	2.0	20	100	0	80	30	20	10	40	1.85
24615359--24615406	17	2.8	17	87	0	69	16	39	0	43	1.48
24623336--24623404	31	2.2	31	78	0	75	21	26	30	21	1.99
24624587--24624620	16	2.1	16	88	0	50	41	8	14	35	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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