genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27263927--27263976	26	1.9	26	87	0	73	22	36	0	42	1.54
27266626--27266651	12	2.2	12	100	0	52	46	7	0	46	1.31
27267782--27267903	40	3.0	40	85	0	163	31	13	28	26	1.94
27270312--27270399	30	2.9	30	81	0	104	17	29	34	19	1.94
27272177--27272220	6	7.5	6	84	5	63	79	4	0	15	0.89
27278107--27278163	26	2.2	26	100	0	114	3	21	3	71	1.15
27278929--27278969	7	6.0	7	83	13	50	26	0	0	73	0.84
27278937--27278969	11	3.2	11	91	8	52	24	0	0	75	0.80
27278930--27278965	18	2.0	18	94	0	63	25	0	0	75	0.81
27287100--27287134	16	2.2	16	89	0	52	28	14	20	37	1.91
27291787--27291846	23	2.7	21	80	12	57	75	5	6	13	1.18
27292784--27292836	23	2.2	24	80	3	63	22	20	9	47	1.79
27303328--27303394	33	1.9	33	82	8	80	47	8	31	11	1.71
27317326--27319689	779	3.0	786	85	3	3024	33	19	15	30	1.93
27335988--27336043	18	3.2	17	71	16	51	60	0	0	39	0.97
27335987--27336051	17	3.7	18	78	15	73	60	0	0	40	0.97
27340013--27340178	83	2.0	83	100	0	332	32	8	19	39	1.81
27343783--27343823	19	2.1	20	86	4	57	39	7	4	48	1.52
27347687--27347743	26	2.2	26	84	3	71	26	24	7	42	1.80
27349730--27349876	50	2.8	50	84	6	159	26	19	31	22	1.98
27350167--27350205	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
27355652--27355890	50	4.7	50	76	6	178	27	19	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27356093--27356141	20	2.5	20	81	15	66	57	6	24	12	1.58
27361172--27361215	23	1.9	23	86	9	63	4	36	2	56	1.32
27362601--27362682	40	2.0	40	85	0	110	29	17	13	40	1.87
27362629--27362746	59	2.0	60	83	5	150	27	17	17	37	1.93
27366675--27366734	23	2.6	23	89	0	102	21	16	21	40	1.92
27369395--27369517	62	2.0	61	98	0	228	25	22	11	39	1.87
27376255--27376373	49	2.4	49	87	0	166	21	18	20	39	1.92
27380498--27380720	39	5.7	40	82	8	230	26	21	26	25	2.00
27400485--27400658	91	1.9	91	84	6	237	32	10	17	39	1.84
27401255--27401320	26	2.5	26	85	4	80	28	25	18	27	1.98
27403200--27403237	20	2.0	20	89	5	60	63	13	7	15	1.51
27406228--27406281	23	2.3	23	96	0	99	46	14	0	38	1.45
27406879--27406903	10	2.5	10	100	0	50	8	0	0	92	0.40
27411009--27411075	34	2.0	34	100	0	134	19	20	23	35	1.95
27416433--27416561	3	43.0	3	98	0	249	33	0	0	65	0.98
27419106--27419164	30	2.0	30	83	6	75	37	1	40	20	1.63
27419270--27419330	30	2.0	31	87	3	88	32	0	47	19	1.50
27419379--27419415	9	4.1	9	89	0	56	29	8	13	48	1.71
27419469--27419499	9	3.4	9	100	0	62	41	22	12	22	1.88
27424108--27424142	17	2.0	18	88	5	54	37	11	14	37	1.82
27439638--27439747	47	2.4	45	82	10	134	72	6	10	10	1.27
27439723--27439764	13	3.2	13	80	16	50	71	0	26	2	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27442117--27442353	44	5.2	44	72	15	194	30	18	23	27	1.98
27442261--27442353	43	2.1	44	90	2	143	29	20	23	26	1.99
27444369--27444423	28	2.1	26	83	12	69	38	3	7	50	1.48
27452661--27452752	42	2.2	42	84	7	116	25	25	31	18	1.98
27465294--27465349	22	2.6	21	70	10	51	64	14	10	10	1.50
27465844--27465884	21	1.9	22	90	5	66	36	19	24	19	1.95
27466309--27466342	10	3.4	10	91	0	50	20	5	5	67	1.33
27475457--27475655	97	2.0	96	90	3	292	46	2	0	50	1.18
27475595--27475663	33	2.0	35	83	10	90	43	1	0	55	1.08
27476781--27476819	18	2.2	18	86	9	53	38	2	5	53	1.37
27478791--27478856	32	2.1	32	86	5	91	59	15	4	21	1.54
27485400--27485446	15	3.1	15	74	17	51	23	14	10	51	1.74
27485839--27485890	16	3.2	16	77	0	59	82	1	9	5	0.90
27485847--27485896	23	2.1	24	85	10	68	78	2	10	10	1.06
27486253--27486304	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
27488212--27488263	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
27489541--27489592	21	2.6	20	76	8	52	28	7	15	48	1.73
27502906--27502986	42	1.9	43	85	7	112	61	4	25	7	1.43
27503036--27503075	21	1.9	21	85	10	55	37	0	2	60	1.11
27509354--27509817	106	4.4	106	100	0	928	28	7	18	44	1.78
27516411--27516452	22	2.1	19	86	13	57	45	0	0	54	0.99
27516411--27516449	16	2.5	15	83	8	51	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27523821--27523902	31	2.6	31	75	5	94	24	13	18	43	1.85
27525541--27525578	14	2.7	14	92	8	60	31	23	23	21	1.98
27527165--27527483	27	11.9	27	81	2	365	43	20	19	15	1.87
27532393--27532430	20	1.9	20	84	10	51	52	15	2	28	1.56
27540420--27540496	29	2.6	29	85	4	91	46	15	14	23	1.82
27543632--27543760	66	2.0	66	83	9	165	51	11	12	24	1.73
27547932--27548015	31	2.7	31	90	1	125	30	8	16	44	1.77
27549522--27549650	66	2.0	66	83	6	163	51	10	11	26	1.71
27564987--27565011	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
27566754--27566939	20	9.4	20	66	10	76	32	17	32	17	1.93
27566725--27566992	40	6.7	39	78	4	241	33	16	30	19	1.94
27566733--27566992	80	3.3	80	82	1	281	32	16	30	19	1.95
27567050--27567106	28	2.0	28	100	0	114	43	7	14	35	1.72
27579286--27579321	13	2.8	13	91	8	56	19	27	36	16	1.93
27586343--27586372	10	3.0	10	90	0	51	20	6	0	73	1.05
27586793--27586841	25	2.0	25	95	0	89	24	16	20	38	1.92
27591959--27592048	37	2.4	37	85	3	119	35	13	14	36	1.85
27593887--27594077	50	3.7	50	80	4	202	27	20	27	23	1.99
27594327--27594365	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
27595848--27596063	34	6.4	34	87	1	290	46	21	10	21	1.81
27600736--27600793	23	2.5	23	73	18	57	37	3	25	32	1.73
27603728--27603772	23	2.0	23	95	0	81	28	8	15	46	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27611375--27611421	20	2.3	20	96	0	85	34	10	6	48	1.63
27611581--27611672	43	2.1	43	91	0	148	43	10	14	31	1.79
27612796--27612845	25	2.0	25	100	0	100	40	8	4	48	1.51
27615267--27615296	16	1.9	15	93	6	51	6	16	0	76	0.99
27622867--27622928	31	2.0	31	96	0	115	20	27	16	35	1.94
27623432--27623470	18	2.2	18	86	9	53	56	0	2	41	1.13
27635411--27635537	25	5.1	25	66	16	77	36	17	25	20	1.94
27635586--27635664	25	3.2	25	78	8	81	39	18	26	15	1.91
27641423--27641501	40	2.0	40	94	0	140	43	10	12	34	1.76
27644577--27644812	116	2.0	116	99	0	463	39	9	15	35	1.80
27646558--27646619	31	2.0	31	93	0	106	59	3	19	17	1.51
27646740--27646814	32	2.4	31	86	4	105	42	2	6	48	1.43
27646741--27646794	18	3.3	17	69	26	53	38	1	7	51	1.41
27650651--27650819	49	3.5	48	75	9	148	27	16	33	22	1.95
27652019--27652079	26	2.3	26	82	2	77	34	9	8	47	1.66
27653900--27653982	25	3.3	25	83	9	98	21	22	21	33	1.97
27653900--27654013	50	2.3	51	81	6	126	23	20	22	33	1.97
27654165--27654226	31	2.1	30	82	17	76	45	8	17	29	1.77
27655633--27655828	63	3.1	63	96	0	347	35	25	12	26	1.92
27655796--27655993	67	2.9	67	88	3	281	35	19	6	39	1.76
27656226--27656365	72	2.0	71	82	4	174	36	14	5	43	1.69
27656820--27656845	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27656874--27656903	15	1.9	16	93	6	53	46	3	0	50	1.18
27657001--27657056	19	3.0	18	73	21	53	35	7	0	57	1.26
27663364--27663699	172	1.9	176	88	6	513	27	16	16	39	1.90
27669294--27669471	62	2.9	62	99	0	347	30	13	20	35	1.91
27674075--27674146	31	2.4	29	77	11	81	31	0	4	63	1.13
27674881--27674920	5	8.0	5	100	0	80	60	0	0	40	0.97
27675505--27675566	19	3.3	19	80	8	81	51	8	1	38	1.41
27675498--27675576	38	2.0	40	90	4	126	50	6	2	40	1.41
27675571--27675650	25	3.1	25	82	5	79	61	1	1	36	1.12
27675879--27675917	20	2.0	20	100	0	78	64	0	0	35	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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