genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  25  of  144  ( 17221 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7585204--7585310	53	2.0	53	100	0	214	38	5	9	46	1.60
7585507--7585532	10	2.6	10	100	0	52	26	0	7	65	1.20
7586255--7586385	55	2.4	55	87	2	192	25	7	15	51	1.70
7586347--7586411	34	1.9	34	83	0	85	20	10	23	46	1.81
7586441--7586515	31	2.3	31	82	11	89	25	8	18	48	1.75
7586506--7586588	19	4.6	19	73	11	66	24	8	18	49	1.74
7586472--7586589	53	2.2	53	87	3	166	24	8	17	49	1.75
7594651--7594683	17	1.9	17	93	0	57	36	3	12	48	1.56
7594991--7595029	20	1.9	21	85	15	55	25	5	25	43	1.75
7596253--7596312	23	2.6	24	76	7	70	40	16	10	33	1.82
7596272--7596341	23	3.0	23	80	2	86	42	17	11	28	1.83
7607440--7607494	23	2.3	24	75	9	60	69	1	9	20	1.25
7613341--7613410	29	2.3	29	85	4	86	32	10	14	42	1.78
7613362--7613420	29	2.0	30	90	3	93	28	8	15	47	1.74
7614718--7614759	21	1.9	23	85	9	61	42	9	7	40	1.65
7615575--7615619	20	2.2	20	84	7	56	24	2	2	71	1.09
7622601--7622848	133	1.9	132	93	0	424	36	13	9	41	1.76
7622710--7629245	405	16.1	403	79	6	6323	35	14	12	38	1.83
7627190--7627288	50	2.0	50	84	4	128	41	9	8	41	1.66
7627240--7629259	402	5.0	401	83	3	2272	35	13	12	39	1.82
7638793--7638826	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
7649719--7649758	14	2.9	14	84	0	53	50	0	5	45	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7651610--7651634	13	1.9	13	100	0	50	32	20	40	8	1.81
7660379--7660408	15	2.0	15	93	0	51	66	0	3	30	1.07
7663213--7663311	49	2.0	49	88	7	146	33	4	27	35	1.76
7666183--7666232	3	17.3	3	77	8	50	30	2	4	64	1.23
7668349--7668540	51	3.8	51	94	0	312	32	15	23	28	1.95
7669574--7669678	3	34.7	3	73	16	74	27	4	4	62	1.35
7671509--7671616	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
7677236--7677338	44	2.3	45	84	3	127	30	21	13	34	1.92
7677258--7677343	46	1.9	44	90	4	136	29	23	13	33	1.93
7678238--7678332	40	2.3	40	90	3	145	0	28	8	63	1.24
7678346--7678377	8	4.0	8	100	0	64	62	0	0	37	0.95
7680793--7681127	47	7.1	47	90	1	280	44	17	12	25	1.85
7680827--7681127	22	12.9	24	70	17	131	44	17	12	24	1.84
7680837--7681127	94	3.1	94	91	0	467	45	17	12	24	1.84
7680837--7681127	141	2.1	141	91	0	467	45	17	12	24	1.84
7682114--7682211	28	3.6	26	86	9	133	29	26	12	31	1.92
7687655--7687710	21	2.7	21	94	0	94	28	8	33	28	1.87
7690698--7690741	6	7.2	6	89	5	70	38	0	61	0	0.96
7692690--7692723	17	1.9	18	88	5	52	61	2	0	35	1.11
7701692--7701730	5	7.8	5	94	0	69	20	38	20	20	1.94
7702405--7705598	612	5.1	618	86	4	3906	33	14	16	34	1.90
7704185--7705598	637	2.2	638	90	1	2197	33	13	17	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7706910--7707158	50	4.8	50	86	3	318	21	29	22	27	1.99
7715158--7715221	13	4.9	13	96	0	119	39	28	9	23	1.86
7715719--7715767	21	2.4	21	86	6	66	73	6	2	18	1.14
7715813--7715875	27	2.3	27	94	0	108	12	31	33	22	1.91
7717645--7717691	19	2.4	20	86	10	62	19	2	6	72	1.17
7724082--7724120	19	2.1	19	85	9	53	51	0	5	43	1.24
7724105--7724166	27	2.2	28	86	8	83	43	1	3	51	1.27
7724129--7724199	31	2.3	31	83	9	83	40	0	2	56	1.14
7724239--7724286	23	2.1	23	84	7	62	39	4	8	47	1.53
7726856--7726962	55	1.9	55	98	0	205	21	21	14	42	1.87
7726910--7726980	37	1.9	37	100	0	142	23	19	16	39	1.92
7726943--7727950	98	10.3	98	98	0	1935	29	22	14	33	1.93
7730551--7730672	23	5.3	23	82	0	154	23	21	25	29	1.99
7730551--7730672	46	2.7	46	88	0	181	23	21	25	29	1.99
7733889--7733932	23	1.9	22	82	17	54	36	22	2	38	1.67
7733980--7734070	45	2.0	45	87	4	130	31	23	17	27	1.97
7734084--7734261	51	3.5	51	76	9	202	31	29	16	22	1.96
7740138--7740168	14	2.2	14	94	0	53	74	3	0	22	0.96
7740271--7740321	26	1.9	27	84	4	68	68	0	5	25	1.12
7740273--7740355	22	3.8	20	80	16	87	71	1	2	25	1.06
7740279--7740341	7	9.1	7	77	16	53	71	1	1	25	1.04
7740302--7740356	11	4.6	12	75	20	53	74	1	0	23	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7740274--7740351	15	5.4	14	72	20	63	71	1	2	24	1.06
7740285--7740357	10	6.9	10	74	21	53	72	1	1	24	1.00
7743584--7743619	18	1.9	19	94	5	65	72	11	2	13	1.23
7749374--7749405	13	2.5	13	94	0	55	84	3	12	0	0.74
7752972--7753063	46	2.0	46	97	0	175	46	8	14	30	1.74
7765690--7765723	6	5.7	6	92	0	59	17	14	64	2	1.40
7766129--7766222	44	2.1	44	83	11	113	37	26	21	14	1.92
7778501--7778592	46	2.0	46	97	0	175	19	28	20	31	1.97
7780729--7780782	10	5.5	10	85	10	60	29	0	1	68	1.00
7788594--7788671	39	2.0	38	92	2	129	24	21	10	42	1.84
7791918--7792013	48	2.0	48	91	0	156	31	27	20	20	1.98
7794077--7794101	13	1.9	13	100	0	50	16	0	8	76	1.02
7794331--7794375	19	2.3	20	85	14	60	55	8	0	35	1.31
7794331--7794380	18	2.7	18	82	17	59	54	8	0	38	1.30
7794334--7794396	20	3.3	19	80	10	58	53	4	0	41	1.22
7813671--7813767	3	31.7	3	85	8	115	58	4	0	37	1.17
7813678--7813786	53	2.1	53	100	0	218	53	7	0	39	1.29
7813685--7813802	53	2.2	53	92	3	193	54	7	1	36	1.39
7813779--7813818	20	2.0	20	100	0	80	60	10	10	20	1.57
7814307--7814394	44	2.0	44	97	0	167	39	22	15	21	1.91
7818940--7819005	28	2.4	27	82	12	80	24	4	4	66	1.29
7825149--7825192	21	2.2	19	84	15	54	56	4	9	29	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7834886--7834957	5	14.8	5	74	21	64	38	0	4	56	1.18
7834915--7834957	19	2.3	19	92	8	70	41	0	0	58	0.98
7834962--7835001	18	2.2	19	90	4	64	80	2	15	2	0.93
7835871--7836004	44	3.0	45	83	4	162	35	13	23	27	1.93
7838603--7838640	19	2.1	19	90	5	60	68	0	0	31	0.90
7838697--7838757	10	6.0	10	77	9	61	60	0	0	39	0.97
7839017--7839072	22	2.7	21	81	10	62	33	1	1	62	1.16
7839015--7839160	38	4.0	38	68	22	105	38	3	0	57	1.21
7839015--7839161	10	14.9	10	67	18	76	38	3	0	57	1.21
7839016--7839080	19	3.3	19	70	17	51	32	3	1	63	1.19
7841996--7842025	6	5.0	6	100	0	60	83	0	16	0	0.65
7844543--7844585	23	1.9	22	95	4	77	41	0	0	58	0.98
7844540--7844590	23	2.3	21	83	9	75	39	0	0	60	0.97
7844557--7844596	15	2.6	17	77	22	52	45	0	0	55	0.99
7849113--7849152	21	2.0	21	90	5	64	70	0	2	27	1.01
7862952--7862997	12	3.6	12	78	16	56	65	0	0	34	0.93
7862952--7863014	27	2.4	26	79	10	74	60	0	3	36	1.13
7870682--7870735	24	2.2	25	83	6	65	48	1	3	46	1.30
7870717--7870756	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
7870759--7870878	59	2.1	59	88	1	197	40	5	9	45	1.58
7870944--7870987	24	1.9	24	90	9	74	61	2	0	36	1.09
7874738--7874768	16	1.9	16	100	0	62	48	19	12	19	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7878943--7879026	42	2.0	42	100	0	168	28	14	16	40	1.88
7894888--7894925	6	6.0	6	93	6	58	5	15	0	78	0.91
7895512--7895558	21	2.2	21	84	3	58	59	4	2	34	1.29
7895511--7895562	22	2.4	21	80	6	59	59	3	1	34	1.27
7895570--7895594	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
7896991--7897150	85	1.9	86	92	2	270	38	19	7	34	1.80
7896995--7897216	85	2.6	84	84	6	254	36	19	9	34	1.84
7897309--7897336	12	2.3	12	100	0	56	78	0	0	21	0.75
7897312--7897392	18	4.2	20	72	20	66	70	0	1	28	0.95
7897425--7897463	19	2.1	19	85	9	53	64	5	2	28	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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