genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16960579--16960649	28	2.5	28	82	8	74	39	4	1	54	1.28
16962488--16962609	42	2.9	42	78	4	129	33	26	14	25	1.94
16963929--16963964	9	4.3	9	80	20	51	27	0	8	63	1.23
16963929--16963958	16	1.9	15	93	6	51	26	0	6	66	1.16
16964210--16964236	14	1.9	14	100	0	54	40	37	14	7	1.74
16969333--16969364	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
16973035--16973067	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
16988437--16988533	21	4.7	20	70	17	72	42	2	2	53	1.24
17003181--17003241	30	2.1	28	82	11	70	29	9	3	57	1.47
17003496--17003532	14	2.6	15	87	8	51	18	0	10	70	1.16
17005759--17005827	35	2.0	35	94	0	120	39	8	11	40	1.72
17007415--17007475	25	2.4	25	86	0	86	16	29	22	31	1.96
17012325--17012373	25	2.0	25	95	0	89	32	26	10	30	1.89
17014623--17014660	16	2.2	18	86	9	53	13	15	7	63	1.51
17014622--17014662	17	2.4	17	88	12	57	12	14	7	65	1.45
17017218--17017308	44	2.1	44	93	0	155	27	12	13	47	1.78
17019064--17019090	13	2.1	13	100	0	54	29	33	7	29	1.85
17020280--17020304	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
17020857--17021034	27	6.6	26	79	7	142	26	15	27	30	1.96
17020857--17021034	54	3.3	54	76	10	166	26	15	27	30	1.96
17020885--17021034	55	2.8	54	83	4	167	27	15	28	28	1.96
17020858--17021013	82	1.9	81	84	6	208	26	16	27	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17020854--17021034	82	2.2	81	80	4	204	26	16	27	30	1.96
17020939--17021045	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
17030137--17030168	12	2.7	12	90	0	55	46	0	9	43	1.35
17032767--17032811	22	2.0	22	95	0	81	33	15	13	37	1.86
17032907--17032970	22	2.8	23	75	13	60	25	1	21	51	1.57
17034050--17034088	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
17034315--17034388	23	3.3	23	86	3	114	18	21	27	32	1.97
17034316--17034381	22	3.0	22	90	2	105	18	22	27	31	1.97
17042969--17043049	25	3.2	25	76	0	81	16	28	18	37	1.92
17046163--17046245	26	3.2	26	67	21	66	28	12	25	33	1.92
17046163--17046383	51	4.4	50	81	4	185	25	15	26	32	1.95
17046209--17046344	50	2.7	51	89	1	193	22	18	27	31	1.97
17064387--17065076	128	5.2	134	77	8	612	41	13	14	30	1.84
17064619--17064996	136	2.9	127	80	6	337	41	13	14	30	1.84
17065951--17066046	50	1.9	50	91	0	156	35	9	18	36	1.83
17066161--17066258	31	3.2	31	82	1	108	29	16	14	39	1.88
17071267--17071295	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
17071977--17072001	13	1.9	13	100	0	50	28	8	8	56	1.57
17078400--17078441	18	2.4	17	80	11	57	76	2	19	2	1.01
17078561--17078591	7	4.4	7	100	0	62	54	0	0	45	0.99
17078729--17078784	19	3.1	18	75	14	53	30	0	1	67	1.01
17078808--17078849	18	2.3	18	76	8	50	30	0	4	64	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17079055--17079122	26	2.5	28	77	13	72	38	4	0	57	1.19
17079055--17079122	25	2.6	26	77	13	68	38	4	0	57	1.19
17079323--17079361	20	2.0	20	85	10	53	35	0	5	58	1.20
17085118--17085179	24	2.6	23	75	12	63	51	1	0	46	1.10
17086522--17086682	80	2.0	80	87	2	234	39	19	15	26	1.91
17089787--17089818	14	2.3	14	100	0	64	46	25	0	28	1.53
17090040--17090142	53	2.0	53	90	1	163	37	13	7	40	1.74
17091528--17091561	3	11.3	3	87	0	50	61	0	5	32	1.20
17092525--17092554	6	4.8	6	92	8	51	86	0	0	13	0.57
17092525--17092554	13	2.4	12	94	5	51	86	0	0	13	0.57
17096820--17096860	20	2.0	20	100	0	82	21	4	24	48	1.69
17100643--17100806	43	3.9	42	78	15	185	32	29	17	20	1.96
17100643--17100798	84	1.9	84	85	8	219	30	29	17	21	1.97
17103310--17103417	55	2.0	55	94	1	191	39	11	9	39	1.73
17105574--17105618	19	2.3	19	78	21	56	57	6	2	33	1.37
17112452--17112510	30	2.0	30	82	0	73	35	8	22	33	1.84
17130066--17130105	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
17130051--17130117	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
17130045--17130121	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
17141013--17141436	207	2.0	208	98	0	814	40	20	13	25	1.89
17145103--17145172	30	2.4	29	77	11	81	42	4	4	48	1.42
17147695--17147777	26	3.2	26	67	16	73	33	27	9	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17147697--17147938	51	4.7	51	83	2	297	30	26	13	29	1.94
17147683--17147938	102	2.5	102	85	2	336	30	25	13	30	1.94
17148161--17148192	16	2.0	16	93	0	55	43	9	6	40	1.62
17152855--17152899	21	2.1	22	84	12	58	66	8	11	13	1.44
17153173--17153427	35	7.6	34	82	7	297	18	22	17	41	1.89
17153173--17153417	102	2.4	102	91	2	388	17	23	17	40	1.91
17153194--17153427	67	3.5	67	87	3	303	18	22	17	41	1.90
17156228--17156272	20	2.1	22	84	12	58	13	11	8	66	1.44
17172150--17172199	23	2.1	24	85	3	66	26	4	12	58	1.51
17184192--17184238	20	2.4	21	79	13	55	40	2	6	51	1.39
17186293--17186344	22	2.3	22	80	3	59	59	0	0	40	0.97
17186312--17186341	6	5.0	6	100	0	60	66	0	0	33	0.92
17190694--17190817	61	2.1	59	92	3	203	33	22	15	28	1.94
17193054--17193093	18	2.2	19	95	4	73	37	5	12	45	1.64
17193131--17193213	44	2.0	42	88	7	123	32	6	12	49	1.64
17196978--17197057	41	2.0	41	94	0	142	32	6	10	51	1.60
17202439--17202464	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
17202461--17202520	11	5.5	11	86	5	86	26	1	0	71	0.95
17202450--17202522	22	3.3	23	86	5	114	31	2	0	65	1.06
17202471--17202565	32	3.0	32	82	17	110	31	2	0	66	1.04
17227145--17227201	23	2.4	23	82	8	62	66	1	1	29	1.12
17230424--17230465	18	2.3	18	87	0	57	19	28	7	45	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17231205--17231493	125	2.3	125	87	2	420	27	18	18	35	1.94
17231527--17231707	96	1.9	96	88	4	276	40	19	2	37	1.66
17231523--17231749	96	2.5	91	80	12	257	38	20	2	38	1.67
17231778--17231812	16	2.2	16	94	0	61	57	28	0	14	1.38
17234134--17234174	20	2.0	21	85	4	57	41	9	12	36	1.76
17236374--17236425	20	2.7	19	79	5	59	53	9	1	34	1.45
17236451--17236490	21	2.0	20	85	5	53	55	2	0	42	1.13
17238328--17238369	21	2.0	21	90	0	66	11	0	40	47	1.40
17238557--17238964	124	3.3	124	91	1	633	31	17	20	29	1.96
17241491--17241758	49	5.5	49	97	0	464	45	8	2	42	1.48
17243551--17243623	34	2.1	34	82	9	87	21	23	27	27	1.99
17244025--17244068	10	4.1	10	83	13	52	45	0	29	25	1.54
17256151--17256339	93	2.0	93	96	0	351	50	21	6	21	1.72
17260471--17260526	27	2.1	27	89	0	85	21	25	32	21	1.98
17261127--17261208	28	3.0	28	72	18	82	59	1	0	39	1.05
17264274--17264416	42	3.5	41	87	9	202	34	2	0	61	1.16
17264273--17264416	40	3.5	40	87	10	202	35	2	0	61	1.16
17264308--17264341	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
17264336--17264391	29	1.9	29	82	7	69	35	1	0	62	1.06
17264356--17264416	31	2.0	31	87	6	88	36	1	0	62	1.05
17264422--17264451	5	5.8	5	96	4	51	0	36	60	3	1.14
17265889--17265931	22	1.9	23	86	13	63	74	0	16	9	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17276131--17276230	33	3.0	35	78	11	111	42	6	14	38	1.70
17276135--17276244	35	3.2	36	79	11	106	38	7	13	40	1.72
17276428--17276475	21	2.3	21	89	7	71	41	4	12	41	1.62
17276415--17276514	19	5.2	21	70	20	67	39	9	12	40	1.74
17276632--17276665	5	6.6	5	86	6	50	61	2	2	32	1.26
17277119--17277184	7	8.9	7	74	12	60	0	30	0	69	0.88
17277282--17277326	23	2.0	23	86	8	65	0	15	2	82	0.77
17277291--17277353	16	3.9	15	76	17	63	0	15	7	76	1.01
17277282--17277329	25	1.9	24	91	8	78	0	14	4	81	0.84
17277678--17277772	29	3.2	30	85	10	126	41	3	20	35	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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