genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  9  of  144  ( 17221 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2057355--2057379	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2064844--2064884	17	2.3	19	84	16	52	29	12	0	58	1.34
2068150--2068187	19	2.0	19	100	0	76	36	15	15	31	1.90
2069389--2069474	33	2.7	32	82	7	104	19	24	10	45	1.82
2069607--2069719	58	1.9	58	85	3	156	27	29	7	35	1.85
2078572--2078599	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
2079954--2080005	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
2079999--2080037	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
2082630--2082657	3	9.3	3	100	0	56	0	32	35	32	1.58
2091830--2091864	15	2.2	16	90	5	54	42	8	11	37	1.72
2104260--2104285	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
2107226--2107282	12	4.8	12	71	0	51	42	15	15	26	1.87
2107226--2107282	24	2.4	24	96	0	105	42	15	15	26	1.87
2113790--2114089	127	2.4	124	82	3	334	25	13	23	38	1.90
2120487--2120596	56	2.0	56	90	0	175	52	13	12	20	1.73
2127186--2127223	8	4.6	8	81	18	51	84	0	2	13	0.73
2127188--2127244	15	3.7	15	81	9	53	73	1	3	21	1.07
2127187--2127227	16	2.6	17	88	11	61	80	0	4	14	0.87
2129297--2129562	44	6.1	44	70	10	134	27	23	19	29	1.98
2129411--2129693	151	1.9	151	99	0	557	28	23	18	29	1.98
2129606--2130107	41	11.7	41	65	15	136	29	22	18	29	1.98
2129562--2129827	130	2.0	130	99	0	523	28	23	18	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2129685--2130001	174	1.8	174	92	1	537	27	23	18	30	1.97
2129774--2130163	130	3.0	130	88	2	523	27	22	17	32	1.97
2129562--2130131	304	1.9	304	96	0	1052	28	22	18	30	1.97
2129859--2130169	130	2.4	130	93	1	534	27	22	18	31	1.97
2130568--2130652	9	9.4	9	90	0	134	25	10	21	42	1.85
2132101--2132209	42	2.6	42	82	2	130	29	29	10	31	1.90
2144755--2144795	5	7.8	5	84	10	55	80	0	2	17	0.82
2144755--2144797	16	2.6	17	89	7	63	79	0	2	18	0.85
2144754--2144795	11	3.9	11	90	3	68	80	0	2	16	0.81
2144767--2144800	16	2.1	16	100	0	68	76	0	5	17	0.98
2144768--2144817	15	3.3	15	88	2	64	70	2	4	24	1.15
2146491--2146530	17	2.4	17	86	0	53	15	2	5	77	1.04
2147582--2147640	31	1.9	31	89	0	91	35	6	13	44	1.71
2148013--2148057	21	2.1	21	84	8	56	46	2	6	44	1.42
2148117--2148170	16	3.4	16	86	0	81	40	5	24	29	1.77
2148337--2148463	37	3.6	37	78	11	115	49	4	0	44	1.28
2152843--2152894	22	2.5	20	80	14	61	23	5	0	71	1.07
2157307--2157365	29	2.0	30	86	3	84	28	6	15	49	1.70
2158630--2158763	64	2.0	65	87	5	189	34	9	15	40	1.80
2158725--2158858	41	3.1	42	64	10	101	34	13	11	41	1.80
2159424--2159463	19	2.1	19	100	0	80	47	15	15	22	1.82
2169274--2169364	40	2.2	40	92	5	148	64	7	9	17	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2169375--2169418	23	2.0	22	90	4	70	56	2	6	34	1.38
2169366--2169447	27	2.8	30	72	20	84	58	1	6	34	1.31
2169361--2169489	66	1.9	67	81	9	156	55	1	6	35	1.36
2169511--2169586	36	2.1	36	80	11	84	51	1	9	38	1.42
2169890--2169932	23	2.0	21	86	9	59	60	13	2	23	1.45
2170127--2170195	22	3.2	21	76	17	70	39	15	7	37	1.76
2170153--2170208	21	2.8	20	89	10	89	37	12	10	39	1.78
2170493--2170562	28	2.5	28	83	9	88	52	28	1	17	1.53
2170551--2170595	23	2.0	23	95	0	81	40	40	4	15	1.67
2170927--2171048	38	3.2	38	97	1	226	50	2	0	46	1.14
2177389--2177421	17	1.9	17	93	0	57	27	18	21	33	1.96
2180993--2181031	20	2.0	20	85	10	53	35	10	10	43	1.73
2181605--2181679	20	3.8	20	70	22	59	45	10	2	41	1.53
2193674--2193734	30	2.0	30	96	0	113	27	22	22	26	1.99
2195903--2195971	30	2.3	30	82	0	84	39	23	15	21	1.92
2197254--2197332	25	3.4	22	73	20	63	60	1	3	34	1.23
2197315--2197347	6	5.5	6	100	0	66	66	0	0	33	0.92
2197309--2197365	12	4.7	12	83	16	57	64	0	3	31	1.10
2197309--2197371	18	3.4	18	79	20	69	65	0	3	31	1.09
2198141--2198179	19	2.1	18	90	4	60	17	10	7	64	1.48
2200627--2200668	3	14.0	3	94	0	75	64	0	2	33	1.07
2201898--2201956	27	2.3	26	85	8	77	38	0	20	40	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2201913--2201967	27	2.0	27	100	0	110	34	0	21	43	1.53
2201964--2202003	20	2.1	19	90	4	62	50	0	27	22	1.50
2209261--2209297	19	1.9	19	89	10	58	59	5	5	29	1.42
2209652--2209716	19	3.4	19	75	12	69	30	0	3	66	1.07
2209943--2209982	20	1.9	21	85	10	55	27	2	0	70	1.01
2210766--2210884	40	3.0	40	90	6	170	64	0	2	32	1.07
2210824--2210872	16	3.3	15	75	11	55	73	0	2	24	0.94
2211564--2211647	42	2.0	42	90	4	134	39	3	5	51	1.44
2212280--2212332	25	2.1	25	82	6	63	54	0	0	45	0.99
2214730--2214843	42	2.7	42	100	0	228	42	2	6	48	1.42
2214798--2214855	29	2.2	25	73	23	64	43	1	5	50	1.35
2214806--2214876	29	2.5	29	93	2	117	42	2	5	49	1.41
2218241--2218292	23	2.2	23	83	12	70	61	0	1	36	1.07
2221925--2221982	6	9.7	6	90	0	53	58	1	25	13	1.45
2221926--2221976	18	2.8	18	75	0	66	56	0	27	15	1.39
2225118--2225176	27	2.1	28	84	9	77	64	5	3	27	1.30
2225240--2225280	15	2.6	16	75	17	50	53	7	4	34	1.50
2225815--2225854	13	2.8	14	85	14	55	77	2	15	5	1.04
2225811--2225848	13	2.9	13	92	0	58	78	0	18	2	0.86
2232124--2232182	31	1.9	31	89	0	91	32	40	3	23	1.71
2232124--2232193	31	2.3	31	85	5	88	34	40	4	21	1.73
2233965--2234074	54	2.0	54	96	0	202	21	31	9	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2234534--2234559	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
2234628--2235115	114	4.3	114	93	2	806	25	23	26	24	2.00
2235711--2235761	21	2.4	22	80	3	59	27	0	35	37	1.57
2235737--2235784	15	3.4	14	81	13	62	22	0	39	37	1.55
2236346--2236865	147	3.5	147	93	2	821	45	12	16	26	1.82
2236749--2236984	117	2.0	119	94	1	422	48	11	15	25	1.77
2236866--2237318	147	3.1	147	96	0	807	43	11	17	26	1.84
2236602--2237131	264	2.0	266	95	0	956	46	11	16	26	1.81
2236455--2237275	411	2.0	413	96	0	1520	45	11	16	25	1.82
2240437--2240473	13	2.8	13	100	0	74	24	8	8	59	1.53
2240844--2240935	23	4.0	23	79	13	107	29	6	26	38	1.81
2240846--2240935	47	1.9	46	88	6	137	28	6	25	38	1.81
2241673--2241901	43	5.4	42	84	4	253	24	16	30	28	1.96
2241673--2241901	86	2.7	85	85	4	291	24	16	30	28	1.96
2242886--2242910	6	4.2	6	100	0	50	80	0	0	20	0.72
2243076--2243265	10	19.8	10	66	15	53	35	1	4	57	1.29
2243066--2243140	31	2.4	31	86	6	98	37	0	2	60	1.11
2243066--2243120	20	2.7	21	73	21	53	38	0	1	60	1.08
2243076--2243281	9	21.7	9	68	20	66	36	1	4	57	1.27
2243145--2243224	28	3.0	27	75	15	85	31	2	7	58	1.39
2243802--2244016	87	2.5	88	83	4	276	40	21	7	30	1.81
2244034--2244104	19	4.0	18	80	14	85	59	0	1	39	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2244037--2244122	35	2.5	34	85	11	104	56	0	2	40	1.12
2244037--2244123	16	5.0	17	77	18	74	56	0	2	41	1.12
2244127--2244157	16	1.9	16	93	0	53	67	3	6	22	1.28
2245164--2245713	283	1.9	282	93	1	940	30	8	19	41	1.82
2248377--2248416	2	20.5	2	94	5	73	0	50	0	50	1.00
2254999--2255036	19	2.0	19	89	0	58	18	18	28	34	1.95
2257951--2258038	40	2.2	39	84	6	106	42	26	14	17	1.87
2264932--2264991	21	2.9	21	79	0	75	50	15	18	16	1.79
2268427--2268571	35	4.1	35	75	6	105	21	28	24	25	1.99
2268504--2268607	34	3.0	34	78	13	104	22	31	24	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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