genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21550284--21550347	30	2.3	26	86	10	83	42	6	0	51	1.27
21550426--21550491	27	2.4	27	92	0	105	27	28	30	13	1.94
21550574--21550613	11	3.7	11	83	6	55	70	0	27	2	1.01
21550573--21550611	21	1.9	20	89	5	60	69	0	28	2	1.02
21550812--21550840	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
21553911--21554152	31	7.9	31	71	16	150	2	27	0	70	0.98
21553903--21554189	76	3.8	76	98	0	549	2	27	0	70	0.99
21553902--21554182	21	14.6	20	69	24	110	2	28	0	69	1.00
21553937--21554229	17	14.8	21	64	27	62	2	29	0	68	1.01
21554266--21554317	27	1.9	27	84	0	68	15	26	30	26	1.96
21554711--21554743	11	3.1	11	91	4	50	21	0	6	72	1.05
21556816--21556887	31	2.4	30	79	4	81	41	13	11	33	1.80
21560685--21560753	18	3.8	17	74	12	57	40	7	18	33	1.78
21561700--21561743	20	2.2	20	83	0	52	31	2	2	63	1.19
21563298--21563349	20	2.7	20	77	11	56	44	23	7	25	1.79
21564213--21564248	19	1.9	19	94	5	65	44	16	16	22	1.86
21567120--21567152	16	2.0	17	88	5	50	51	0	0	48	1.00
21567881--21567933	21	2.7	19	75	11	54	35	3	3	56	1.35
21567919--21567949	15	2.1	15	93	0	53	16	0	6	77	0.97
21568454--21568656	9	21.2	9	67	18	65	32	3	2	61	1.28
21568482--21568596	59	2.0	58	84	8	153	32	5	1	60	1.29
21568555--21568655	49	2.1	49	82	10	120	34	0	2	61	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21568535--21568646	29	4.0	27	77	11	100	33	2	1	61	1.20
21569423--21569489	32	2.2	30	82	15	77	35	0	7	56	1.27
21574381--21574733	177	2.0	176	93	0	598	41	13	16	28	1.86
21575687--21575736	19	2.6	19	83	3	55	54	6	2	38	1.37
21581010--21581076	27	2.5	27	90	0	107	31	20	32	14	1.93
21581354--21581440	22	3.7	22	82	14	120	32	1	13	52	1.48
21581349--21581448	49	2.0	49	94	0	173	33	1	13	53	1.46
21581430--21581501	8	8.4	8	71	14	54	36	1	15	47	1.54
21581656--21581722	27	2.5	27	90	0	107	14	32	20	31	1.93
21582782--21582836	24	2.4	22	80	19	60	38	3	0	58	1.16
21583515--21583583	35	2.0	34	86	13	97	46	4	0	49	1.21
21583687--21583776	44	2.1	44	81	6	103	41	6	2	50	1.41
21584708--21584750	7	5.7	7	79	15	50	2	18	0	79	0.85
21584706--21584750	16	3.0	14	84	15	63	2	22	0	75	0.91
21584708--21584750	15	2.9	14	86	10	50	2	18	0	79	0.85
21585025--21585077	7	7.9	7	85	6	65	0	16	0	83	0.66
21585032--21585070	4	10.8	4	79	20	50	0	20	0	79	0.73
21585032--21585090	25	2.4	25	88	5	84	0	23	0	76	0.79
21585033--21585090	18	3.3	18	83	13	68	0	24	0	75	0.80
21585628--21585767	30	4.8	30	78	12	139	40	2	19	37	1.64
21585628--21585769	59	2.4	58	82	8	180	40	2	20	37	1.64
21585937--21586467	77	7.1	74	81	9	568	34	19	16	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21586113--21586320	78	3.0	64	81	12	229	37	21	13	27	1.91
21588475--21588652	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
21588496--21588651	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
21596665--21596814	27	5.5	27	81	3	140	28	28	15	27	1.96
21596665--21596842	54	3.3	54	78	7	173	30	26	15	26	1.96
21596665--21596841	27	6.5	27	77	8	137	30	27	15	26	1.96
21610531--21610578	23	2.1	22	92	3	78	0	16	0	83	0.65
21610536--21610600	27	2.4	28	82	12	82	3	20	0	76	0.91
21611119--21611282	60	2.7	60	77	7	181	43	3	17	35	1.65
21611156--21611282	30	4.2	30	84	2	157	43	2	18	36	1.63
21612294--21612334	21	2.0	21	85	9	57	19	14	24	41	1.89
21614918--21615482	126	4.5	126	84	2	699	32	15	22	30	1.94
21618622--21619054	85	4.9	85	79	8	411	24	0	30	44	1.58
21618843--21619081	27	9.9	26	75	18	168	23	0	33	42	1.54
21618828--21619092	70	3.7	70	82	11	317	23	0	32	43	1.54
21618622--21619063	21	20.0	21	76	11	384	24	0	30	44	1.57
21619115--21619146	8	4.2	8	88	11	50	46	0	0	53	1.00
21619633--21619675	18	2.4	18	84	0	59	46	9	27	16	1.77
21620510--21620547	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
21621484--21621583	51	2.0	50	86	7	139	45	3	26	26	1.68
21621543--21621597	11	4.9	11	75	20	60	41	1	30	25	1.66
21621543--21621597	22	2.5	22	83	16	69	41	1	30	25	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21622276--21622310	18	2.0	18	88	5	54	48	11	8	31	1.69
21622902--21622962	27	2.1	31	82	11	76	31	0	9	59	1.30
21624542--21624571	15	2.0	15	100	0	60	33	0	0	66	0.92
21629840--21629891	21	2.5	21	90	0	86	26	7	34	30	1.85
21629997--21630043	19	2.5	19	82	3	51	57	0	2	40	1.11
21636511--21636908	199	2.0	199	97	0	751	25	17	19	37	1.93
21639232--21639406	46	3.8	46	89	1	255	29	25	9	36	1.87
21643212--21643275	25	2.6	25	90	2	103	37	1	1	59	1.16
21645765--21645815	24	2.1	24	88	0	75	47	7	5	39	1.57
21646474--21646761	146	2.0	145	86	0	396	41	6	8	43	1.62
21647747--21647795	22	2.2	22	96	0	89	24	32	2	40	1.67
21647769--21647879	51	2.2	51	95	0	195	27	29	0	42	1.56
21647880--21647943	29	2.2	30	97	2	121	35	0	0	64	0.94
21649025--21649049	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
21653462--21653796	123	2.7	123	92	2	557	31	21	16	30	1.96
21653462--21653810	124	2.8	123	91	3	560	31	21	16	29	1.96
21657189--21657264	11	6.9	11	81	15	86	26	34	0	39	1.57
21658356--21658500	43	3.4	43	91	0	218	35	27	17	19	1.94
21664161--21664245	30	2.8	30	94	0	143	45	7	22	24	1.77
21664169--21664245	15	5.1	15	65	12	50	45	7	20	25	1.78
21665358--21665386	13	2.2	13	100	0	58	65	6	0	27	1.18
21666651--21666867	109	2.0	109	91	3	357	33	15	19	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21666876--21667001	55	2.4	52	90	5	198	55	1	19	23	1.52
21668421--21668578	55	2.9	55	90	0	262	55	0	20	24	1.48
21669590--21669635	23	2.0	23	95	0	83	30	19	30	19	1.97
21669748--21669961	105	2.0	108	86	6	301	35	17	18	28	1.94
21669970--21670094	55	2.4	51	89	6	187	57	0	19	23	1.40
21671511--21671684	55	3.2	55	91	2	271	55	1	20	22	1.53
21672726--21672864	43	3.3	43	89	2	217	23	19	30	26	1.98
21674097--21674179	41	2.0	42	90	2	132	36	19	18	26	1.94
21676181--21676385	100	2.1	98	87	8	283	35	20	15	29	1.93
21678281--21678311	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
21678908--21678945	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
21679966--21680131	44	3.8	44	89	1	244	28	26	18	26	1.98
21680877--21680942	18	3.7	18	80	8	64	69	0	16	13	1.19
21680898--21680944	9	5.2	9	81	0	58	70	0	17	12	1.17
21680980--21681015	16	2.2	16	90	0	54	63	0	36	0	0.94
21683288--21683707	44	9.5	44	92	0	642	26	24	18	30	1.98
21690730--21692093	682	2.0	682	99	0	2685	40	12	12	33	1.82
21692578--21692621	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
21693734--21693777	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
21698684--21698745	31	2.0	31	96	0	115	19	11	29	40	1.86
21703011--21703058	20	2.4	20	92	0	78	31	31	25	12	1.92
21704020--21704067	23	2.1	23	84	7	62	45	4	2	47	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21714165--21714197	10	3.0	11	86	13	50	18	36	0	45	1.49
21714182--21714237	22	2.5	22	94	2	94	28	30	0	41	1.57
21714252--21714294	11	3.9	11	79	11	52	20	27	0	51	1.48
21714244--21714310	22	3.0	22	82	4	55	26	25	0	47	1.52
21714180--21714347	73	2.3	74	92	3	279	26	26	0	46	1.57
21717979--21718011	10	3.0	11	86	13	50	18	36	0	45	1.49
21717996--21718051	22	2.5	22	94	2	94	28	30	0	41	1.57
21718074--21718124	22	2.3	22	93	0	93	27	31	0	41	1.56
21717994--21718160	73	2.3	73	95	1	300	26	28	0	44	1.59
21719298--21719322	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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