genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8304058--8304097	20	2.0	20	85	0	53	32	0	12	55	1.38
8304801--8304826	5	5.2	5	100	0	52	0	0	19	80	0.71
8311145--8311187	3	14.3	3	95	0	77	67	2	0	30	1.03
8319365--8319401	19	1.9	19	100	0	74	37	10	16	35	1.83
8319765--8319789	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
8322442--8323088	322	2.0	322	100	0	1294	33	14	20	31	1.93
8335034--8335086	27	2.0	27	96	0	97	33	26	20	18	1.96
8335240--8335269	14	2.1	15	93	6	53	83	0	16	0	0.65
8335357--8335473	33	3.7	32	67	24	77	32	0	13	53	1.40
8335355--8335472	60	2.0	60	91	0	191	32	0	13	54	1.40
8335940--8335976	15	2.4	16	86	4	58	35	0	5	59	1.20
8339607--8339643	14	2.6	14	100	0	74	43	5	5	45	1.49
8339924--8340025	27	3.8	27	85	0	123	26	29	20	23	1.99
8340106--8340140	18	1.9	18	88	11	54	62	0	0	37	0.95
8340103--8340140	19	2.1	18	90	5	58	60	0	0	39	0.97
8343819--8343856	17	2.1	19	85	14	53	31	2	15	50	1.58
8344860--8344885	6	4.3	6	100	0	52	80	0	0	19	0.71
8344834--8344875	19	2.2	19	83	12	50	66	2	0	30	1.04
8352400--8352502	17	6.7	15	69	19	70	56	1	2	38	1.26
8352479--8352509	15	2.1	15	93	0	53	58	0	0	41	0.98
8352548--8352577	15	2.1	14	93	6	51	56	0	0	43	0.99
8352874--8352918	18	2.5	18	82	7	56	26	0	4	68	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8359801--8359991	37	4.9	37	77	12	188	27	21	16	35	1.94
8359869--8360162	52	6.3	46	85	9	350	28	21	14	35	1.92
8359955--8360182	98	2.2	101	90	5	354	28	22	13	35	1.92
8367425--8367518	30	3.1	29	71	14	82	27	15	10	45	1.80
8367684--8367736	22	2.4	22	87	6	72	58	1	0	39	1.09
8367677--8367839	51	3.1	52	76	11	143	60	3	1	34	1.23
8370007--8370053	24	2.0	24	86	0	67	21	27	14	36	1.93
8381578--8381617	21	1.9	21	84	0	53	15	7	10	67	1.41
8383749--8383810	16	4.1	15	73	12	56	62	0	1	35	1.05
8385192--8385230	2	19.5	2	89	0	60	0	56	0	43	0.99
8412908--8412961	20	2.8	20	71	15	51	68	0	5	25	1.11
8415012--8415094	33	2.5	33	77	11	89	30	22	9	37	1.86
8417210--8417248	4	9.8	4	100	0	78	23	0	25	51	1.49
8422762--8422827	22	3.0	22	82	8	89	40	19	24	15	1.90
8423476--8423514	19	2.1	19	100	0	78	35	25	0	38	1.56
8423819--8423857	5	8.0	5	94	5	71	58	0	0	41	0.98
8425856--8425905	13	3.5	13	75	19	55	42	44	0	14	1.44
8425843--8425904	17	3.3	18	84	11	72	41	45	0	12	1.42
8425886--8425963	38	2.0	39	92	2	131	51	26	2	19	1.60
8426097--8426171	37	2.0	37	86	0	105	37	6	12	44	1.68
8426170--8426200	9	3.4	9	95	0	53	25	9	25	38	1.86
8428656--8428709	23	2.4	23	78	12	58	55	3	0	40	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8431805--8431956	67	2.3	66	77	6	162	36	15	23	24	1.94
8432336--8432376	19	2.2	19	86	4	57	68	2	0	29	1.03
8435845--8435890	21	2.2	21	92	0	74	15	13	13	58	1.63
8437998--8438072	31	2.4	31	91	4	116	22	4	17	56	1.58
8438329--8438391	20	3.3	19	78	13	67	65	1	0	33	1.03
8438328--8438369	11	4.0	11	81	12	52	61	2	0	35	1.09
8439177--8439245	30	2.3	30	85	5	86	30	17	23	28	1.97
8440790--8440841	18	2.8	18	97	2	95	19	26	25	28	1.98
8441614--8441649	18	2.0	18	100	0	72	38	5	0	55	1.23
8443019--8443232	37	5.8	37	94	0	365	38	13	21	26	1.90
8443194--8443317	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
8450753--8450891	37	3.8	37	95	0	233	38	13	21	25	1.90
8450854--8450977	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
8455090--8455116	12	2.2	12	100	0	54	29	0	0	70	0.88
8455214--8455279	30	2.2	30	94	0	114	56	13	3	27	1.52
8457144--8457215	9	8.0	9	70	14	51	66	2	4	26	1.23
8457141--8457183	16	2.6	16	82	17	52	69	0	2	27	1.00
8457149--8457330	28	6.5	27	68	17	95	60	4	6	29	1.40
8457250--8457284	12	2.8	12	91	8	52	74	2	0	22	0.95
8457154--8457373	114	1.9	114	97	0	413	57	4	6	31	1.45
8460984--8461149	83	2.0	83	98	0	323	34	21	4	39	1.74
8463055--8463134	30	2.7	30	81	11	92	56	13	17	12	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8463055--8463125	15	4.7	15	81	6	90	57	12	18	11	1.64
8463057--8463134	15	5.2	14	75	14	59	56	14	16	12	1.68
8467852--8467978	62	2.1	62	84	1	166	44	13	13	29	1.82
8467965--8467998	13	2.5	14	85	9	52	64	5	11	17	1.45
8468122--8468225	54	1.9	53	92	5	174	41	17	10	30	1.83
8468020--8468312	153	1.9	155	84	6	398	39	17	14	28	1.89
8468239--8468391	79	1.9	79	90	0	243	33	18	16	30	1.94
8468402--8468430	15	1.9	15	100	0	58	62	6	17	13	1.52
8468318--8468688	99	3.7	99	98	0	715	38	17	17	26	1.92
8468501--8468529	15	1.9	15	100	0	58	62	6	17	13	1.52
8468600--8468628	15	1.9	15	100	0	58	62	6	17	13	1.52
8468615--8468842	74	2.9	79	83	7	297	33	21	17	28	1.96
8471070--8471247	89	2.0	89	100	0	356	26	20	17	34	1.95
8480767--8480807	20	2.0	20	85	0	55	43	12	17	26	1.84
8481090--8481144	25	2.2	25	83	6	67	41	3	16	38	1.66
8481607--8481678	9	8.0	9	70	14	51	66	2	4	26	1.23
8481604--8481646	16	2.6	16	82	17	52	69	0	2	27	1.00
8481612--8481679	28	2.5	27	81	9	84	64	4	4	26	1.31
8481892--8481948	28	2.0	28	90	6	89	59	5	5	29	1.41
8481623--8482150	265	2.0	263	98	0	1020	56	5	10	27	1.56
8484085--8484117	14	2.3	15	89	5	50	33	9	0	57	1.30
8490576--8490623	18	2.6	18	83	3	60	64	0	2	33	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8504319--8504361	16	2.6	16	82	14	52	55	0	2	41	1.12
8508052--8508089	19	2.0	19	100	0	76	42	0	21	36	1.53
8513562--8513600	19	2.0	20	85	5	53	53	0	0	46	1.00
8515365--8515434	33	2.1	33	100	0	140	8	20	11	60	1.57
8515375--8515434	18	3.5	19	68	23	60	6	20	13	60	1.55
8516812--8516915	51	2.0	51	92	0	172	14	3	46	35	1.63
8522529--8522564	18	2.0	18	94	0	63	41	16	11	30	1.83
8522896--8522932	19	1.9	19	94	0	65	0	43	10	45	1.39
8522954--8523015	15	4.1	15	78	15	65	0	24	8	67	1.17
8522977--8523010	13	2.7	13	95	4	61	0	29	8	61	1.26
8522972--8523041	30	2.3	30	85	7	88	4	30	11	54	1.55
8525305--8525352	18	2.8	18	74	22	50	43	0	0	56	0.99
8525322--8525373	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
8525374--8525564	61	3.2	62	68	20	186	41	2	6	49	1.41
8525288--8525609	120	2.7	120	98	0	619	43	1	5	50	1.32
8525442--8525493	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
8539817--8539882	31	2.1	31	85	0	87	42	12	4	40	1.62
8543932--8543994	31	2.0	31	90	0	99	33	9	9	47	1.68
8545571--8545608	20	1.9	20	94	0	67	44	0	0	55	0.99
8546414--8546452	18	2.2	18	90	4	62	33	0	0	66	0.92
8556767--8556845	22	3.6	22	68	13	63	63	7	10	18	1.49
8559002--8559189	82	2.3	81	84	6	261	43	7	1	46	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8559313--8559463	77	2.0	77	98	0	293	31	17	13	37	1.89
8562627--8562661	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8562894--8562932	16	2.4	16	86	0	51	28	33	2	35	1.71
8562907--8562979	16	4.6	16	94	0	110	34	35	0	30	1.58
8563465--8563521	18	3.2	18	75	7	53	47	3	0	49	1.18
8563765--8563811	24	1.9	25	95	4	87	34	17	6	42	1.74
8564286--8564315	16	1.9	15	93	6	51	60	16	6	16	1.56
8568829--8568864	18	2.0	18	88	0	54	52	11	5	30	1.59
8581396--8581430	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8581663--8581701	16	2.4	16	86	0	51	28	33	2	35	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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