genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   

This is table  85  of  144  ( 17221 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25843615--25843685	24	3.0	24	85	8	99	22	9	26	40	1.85
25851820--25851859	5	8.0	5	83	10	55	42	2	0	55	1.13
25852463--25852506	17	2.5	18	92	3	72	38	11	13	36	1.81
25852983--25853037	17	3.4	16	75	18	53	36	1	0	61	1.06
25853014--25853062	26	1.9	25	83	4	62	36	4	0	59	1.17
25858029--25858352	128	2.5	128	84	2	418	38	18	16	26	1.92
25862360--25862729	122	3.0	122	99	0	722	46	15	7	30	1.72
25866256--25866379	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
25866256--25866490	37	5.8	45	87	8	207	26	21	15	36	1.93
25866341--25866517	37	4.8	37	95	0	300	26	20	13	38	1.90
25873954--25874077	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
25873954--25874188	37	5.8	45	87	8	207	26	21	15	36	1.93
25874039--25874215	37	4.8	37	95	0	300	26	20	13	38	1.90
25880511--25880580	9	7.8	9	93	0	113	37	28	10	24	1.88
25881911--25881961	13	3.9	13	72	10	50	41	23	3	31	1.73
25895004--25895048	18	2.6	18	85	3	65	31	0	28	40	1.57
25908261--25908299	17	2.2	17	86	13	53	10	15	0	74	1.07
25908223--25908353	61	2.2	59	93	5	219	8	22	3	65	1.34
25908318--25908361	21	2.1	21	83	8	54	13	11	0	75	1.06
25908739--25908985	39	6.3	39	77	3	201	31	13	14	39	1.86
25916960--25917016	26	2.2	26	81	6	62	54	3	5	36	1.40
25917128--25917160	13	2.4	14	85	10	50	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25917572--25917671	49	2.0	49	100	0	200	45	6	6	43	1.53
25921019--25921077	30	2.0	30	86	0	82	20	23	33	22	1.97
25921252--25921291	21	1.9	21	84	0	53	15	35	27	22	1.94
25923653--25923773	41	2.9	41	90	3	181	22	24	33	19	1.97
25927933--25927979	20	2.3	21	85	7	62	31	0	6	61	1.21
25928190--25928239	26	2.0	25	88	4	73	36	12	12	40	1.79
25928339--25928386	21	2.4	21	86	6	64	56	4	14	25	1.56
25928576--25928642	26	2.5	26	88	7	91	40	1	1	56	1.17
25928576--25928650	26	2.9	25	82	11	89	40	1	1	57	1.16
25928654--25928690	16	2.3	17	86	13	60	56	0	0	43	0.99
25928692--25928775	28	2.8	28	78	14	71	46	4	1	47	1.31
25928724--25928780	15	3.5	15	71	17	51	47	1	1	49	1.22
25933325--25933357	8	4.2	8	96	3	59	42	21	12	24	1.86
25933358--25933417	25	2.3	26	80	8	61	1	26	5	66	1.21
25934492--25934536	22	2.0	23	83	12	58	46	2	11	40	1.52
25935048--25935077	15	2.0	15	93	0	51	70	0	0	30	0.88
25936747--25936823	40	1.9	40	97	0	145	32	24	12	29	1.93
25936746--25936833	40	2.2	41	89	6	144	30	21	14	32	1.94
25937028--25937162	37	3.2	42	65	31	108	27	17	19	35	1.94
25937015--25937196	83	2.2	83	95	0	328	30	19	16	33	1.94
25937119--25937590	119	4.0	119	93	1	786	30	20	15	32	1.94
25949389--25949433	22	2.0	23	83	12	58	46	2	11	40	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25949849--25950027	100	1.9	93	80	11	209	55	2	0	40	1.18
25950077--25950114	16	2.4	16	86	4	51	60	0	2	36	1.11
25951219--25951258	17	2.4	17	86	0	53	50	5	0	45	1.23
25957163--25957355	47	4.0	49	81	9	200	30	29	17	23	1.97
25961553--25961698	56	2.6	57	89	2	215	29	9	15	45	1.77
25969082--25969196	51	2.3	51	90	3	178	26	21	10	40	1.86
25970404--25970458	11	5.2	11	82	6	60	65	0	0	34	0.93
25970408--25970458	21	2.4	21	80	3	57	66	0	0	33	0.92
25974984--25975034	26	2.0	26	92	7	86	25	15	25	33	1.95
25987166--25987206	19	2.2	19	86	4	57	53	4	2	39	1.35
25990007--25990075	35	2.0	35	100	0	138	17	50	11	20	1.76
25990024--25990103	34	2.3	35	84	2	99	22	51	10	16	1.74
25992720--25993232	44	11.8	44	67	2	268	27	20	25	26	1.99
25992806--25993232	43	9.9	43	65	7	191	27	20	25	26	1.99
25992638--25993232	130	4.6	130	95	0	1019	27	20	24	27	1.99
25993239--25993339	43	2.4	42	82	8	132	30	13	25	29	1.94
25993397--25993862	50	9.4	50	64	5	203	30	23	21	24	1.99
25993365--25993859	99	5.0	100	81	5	574	30	22	22	24	1.99
25993375--25993860	199	2.4	199	93	0	830	30	22	22	24	1.99
25994323--25994391	35	2.0	35	100	0	138	17	50	11	20	1.76
25994340--25994419	34	2.3	35	84	2	99	22	51	10	16	1.74
25995003--25995041	13	3.1	13	85	7	53	0	56	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25995019--25995055	12	3.2	12	96	3	67	0	51	0	48	1.00
25995010--25995055	23	1.9	25	86	8	69	0	52	0	47	1.00
25995526--25995570	3	14.7	3	81	4	54	33	2	6	57	1.37
25995526--25995579	9	5.8	9	86	2	63	33	1	7	57	1.37
25995529--25995588	21	2.8	22	85	9	72	31	1	8	58	1.38
25995606--25995652	24	1.9	25	91	4	78	27	8	0	63	1.23
25995685--25995726	3	14.0	3	84	0	57	28	2	0	69	1.01
25995967--25996062	18	5.1	19	67	20	58	36	11	1	51	1.45
25995968--25996062	38	2.6	36	78	8	93	36	11	1	50	1.46
26005402--26005441	3	13.3	3	94	0	71	32	2	0	65	1.06
26005921--26005976	28	2.0	28	100	0	112	57	10	0	32	1.33
26006665--26006831	84	2.0	83	98	1	325	31	9	13	46	1.75
26007268--26007420	75	2.0	75	98	0	297	30	10	15	43	1.81
26007554--26007590	19	2.0	18	89	5	56	37	2	5	54	1.38
26014797--26014826	15	2.0	15	93	0	51	53	0	3	43	1.17
26015976--26016042	22	3.0	22	75	0	71	23	5	5	64	1.39
26020883--26020916	16	2.1	16	89	10	52	29	0	2	67	1.05
26020941--26020996	16	3.4	16	75	4	58	48	8	0	42	1.34
26023756--26023788	15	2.2	15	100	0	66	0	33	6	60	1.21
26025718--26025786	33	2.1	33	94	0	120	27	15	11	44	1.81
26026451--26026502	26	2.0	26	82	10	63	40	0	0	59	0.97
26027167--26027224	27	2.1	27	84	6	73	25	31	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26028674--26028726	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
26033513--26033584	36	2.0	36	83	5	92	26	18	29	26	1.98
26033692--26033769	40	2.0	40	85	12	108	29	6	12	51	1.65
26037149--26037184	12	3.1	12	92	4	56	80	5	13	0	0.88
26040314--26040361	25	2.0	23	84	15	62	35	4	6	54	1.45
26063153--26063376	80	2.8	81	84	2	292	41	19	20	19	1.91
26063156--26063351	107	1.8	108	86	5	290	40	19	19	20	1.92
26063153--26063362	27	7.8	27	80	3	235	40	20	19	20	1.92
26063153--26063361	54	3.9	54	85	2	262	40	20	19	20	1.92
26063156--26063379	107	2.1	106	84	6	283	41	19	19	19	1.91
26063552--26063653	26	3.9	26	82	0	123	21	19	17	41	1.91
26063764--26063988	28	8.0	28	86	0	288	24	24	22	28	1.99
26063760--26063992	84	2.8	86	86	4	323	25	24	21	28	1.99
26078824--26078882	23	2.6	23	83	5	84	32	11	27	28	1.92
26079438--26079488	22	2.3	22	89	0	75	23	27	19	29	1.98
26080366--26080412	20	2.3	21	82	13	55	61	6	0	31	1.21
26081177--26081209	16	2.1	16	94	0	57	30	15	12	42	1.83
26089397--26089433	8	4.9	8	80	12	51	35	0	2	62	1.10
26096927--26097031	30	3.5	30	92	0	165	17	36	30	16	1.91
26099722--26099997	41	6.7	41	80	4	308	17	23	21	38	1.93
26099720--26099997	82	3.4	82	96	1	513	16	23	21	38	1.93
26100137--26100555	81	5.2	81	98	0	802	29	14	19	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26101455--26101491	10	3.7	10	92	0	65	43	0	13	43	1.44
26101559--26101610	27	1.9	27	88	0	77	40	0	9	50	1.35
26104081--26104151	29	2.4	29	92	0	124	42	11	7	39	1.68
26104399--26104533	9	15.2	9	73	11	91	47	19	1	31	1.58
26104429--26104483	25	2.2	25	86	0	74	47	21	0	30	1.51
26104448--26104901	9	50.4	9	66	23	72	49	11	2	35	1.54
26104533--26104574	12	3.7	12	76	23	54	54	9	4	30	1.53
26104567--26105088	31	17.0	31	76	17	436	47	11	2	38	1.53
26104517--26104842	144	2.4	137	87	7	505	50	10	3	36	1.52
26104764--26104871	53	2.0	53	90	1	171	49	10	1	38	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144