genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22319612--22319661	24	2.0	25	92	7	84	24	20	8	48	1.76
22331672--22331738	33	2.0	34	85	11	93	14	11	10	62	1.54
22333939--22334023	42	2.0	42	88	0	125	23	37	22	16	1.93
22335286--22335423	69	2.0	69	86	0	195	31	23	23	21	1.98
22335295--22335427	34	3.9	34	74	11	110	32	23	23	21	1.98
22348789--22348849	26	2.8	19	71	28	59	39	9	14	36	1.80
22348789--22348872	23	3.7	22	71	19	66	38	8	15	38	1.78
22348789--22348875	22	3.9	21	71	19	61	37	8	16	37	1.78
22349039--22349078	18	2.0	20	86	13	57	20	7	5	67	1.34
22349494--22349552	22	2.5	22	84	13	66	28	1	5	64	1.24
22351190--22351291	51	2.0	51	94	3	179	30	19	22	27	1.98
22354451--22354483	6	5.7	6	85	7	50	81	0	18	0	0.68
22360066--22360090	9	2.8	9	100	0	50	24	44	0	32	1.54
22360152--22360192	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
22370246--22370342	48	2.0	48	91	0	158	27	23	12	36	1.91
22377079--22377205	60	2.1	60	80	11	136	43	14	12	29	1.83
22379322--22379394	24	3.0	25	76	11	71	60	1	1	36	1.14
22379336--22379364	14	2.0	15	93	6	51	62	0	3	34	1.12
22379322--22379377	25	2.2	26	81	9	71	60	0	1	37	1.07
22379359--22379404	23	2.0	22	88	12	67	60	2	0	36	1.09
22380694--22380784	46	2.0	45	95	0	155	19	42	12	24	1.85
22381744--22381768	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22386256--22386299	22	2.0	23	95	4	81	34	29	13	22	1.93
22387285--22387350	32	2.1	32	97	0	123	33	22	7	36	1.83
22387842--22387961	35	3.4	35	84	1	141	39	35	11	14	1.82
22388202--22388239	17	2.2	17	86	9	51	36	7	15	39	1.77
22389351--22389394	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
22397702--22397773	36	2.0	36	97	0	135	51	11	8	29	1.66
22401256--22401343	42	2.1	43	89	2	133	28	18	31	21	1.97
22401300--22401364	25	2.6	25	85	4	78	29	20	30	20	1.97
22403003--22403102	42	2.4	42	87	0	146	22	38	16	24	1.93
22403161--22403262	43	2.4	43	86	0	141	21	30	27	20	1.98
22406162--22406219	23	2.5	23	97	0	107	36	8	15	39	1.78
22406409--22406442	17	2.0	17	88	11	52	5	20	11	61	1.50
22414177--22414374	104	1.9	104	87	4	292	21	24	30	23	1.99
22418815--22419295	44	10.9	44	70	12	290	28	22	17	31	1.97
22418994--22419247	131	1.9	135	81	6	311	29	23	16	30	1.96
22424839--22424963	41	3.0	41	81	8	128	30	28	17	24	1.97
22424847--22424966	43	2.9	40	80	8	134	30	27	19	23	1.98
22442518--22442557	16	2.4	18	84	12	50	57	7	0	35	1.27
22446168--22446226	29	2.0	29	90	0	91	55	6	18	18	1.64
22449362--22449419	30	2.0	30	82	3	73	44	8	10	36	1.69
22452375--22452409	17	2.1	17	88	0	52	37	2	8	51	1.47
22469994--22470045	26	2.0	26	96	0	95	30	5	23	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22481650--22481846	57	3.5	57	86	0	270	25	4	17	52	1.64
22489676--22489822	73	2.0	73	98	0	285	24	17	27	31	1.97
22491712--22491754	22	2.0	22	86	4	61	55	2	0	41	1.12
22497992--22498129	35	3.8	35	70	9	105	18	20	23	36	1.94
22497992--22498324	75	4.4	76	78	6	356	21	20	22	36	1.96
22501882--22501961	33	2.4	34	81	8	94	38	1	3	56	1.25
22501882--22501952	34	2.1	33	84	7	90	36	1	2	59	1.21
22504467--22504514	26	1.9	24	84	16	62	43	4	2	50	1.33
22512503--22512548	21	2.2	21	84	3	67	47	6	4	41	1.49
22512513--22512557	21	2.1	21	84	8	56	57	4	4	33	1.38
22512541--22512590	21	2.3	21	86	10	66	62	2	0	36	1.07
22513737--22513841	52	2.0	52	100	0	210	30	24	17	27	1.97
22514124--22514181	28	2.1	28	100	0	116	53	6	6	32	1.54
22516330--22516377	25	1.9	25	86	0	69	47	2	16	33	1.58
22521914--22522125	43	4.9	43	83	0	253	28	30	19	22	1.98
22521914--22522164	43	5.8	43	82	3	247	29	29	18	22	1.98
22521914--22522164	129	1.9	129	83	3	326	29	29	18	22	1.98
22522272--22522298	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
22526968--22527089	61	2.0	63	88	3	185	48	19	0	31	1.49
22527261--22527294	14	2.4	14	95	0	59	44	35	0	20	1.52
22527622--22527817	41	4.8	41	83	0	248	31	30	17	20	1.96
22530124--22530165	14	2.9	14	85	3	57	7	19	0	73	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22530762--22530810	20	2.3	22	82	6	57	8	30	30	30	1.86
22531749--22531786	16	2.4	16	95	0	67	36	2	34	26	1.71
22531980--22532179	57	3.5	54	70	19	154	52	4	1	43	1.27
22532045--22532074	15	1.9	16	93	6	53	50	6	0	43	1.28
22532001--22532274	61	4.6	60	69	14	190	51	4	1	42	1.30
22532000--22532275	120	2.3	120	94	2	495	51	4	1	43	1.30
22532157--22532370	102	2.1	102	96	0	392	49	5	1	43	1.34
22533758--22533861	49	2.1	49	92	0	172	50	10	8	30	1.67
22535971--22536296	171	1.9	166	93	3	562	34	5	10	49	1.61
22536266--22536315	26	1.9	26	88	8	75	44	0	0	56	0.99
22543546--22543586	22	1.9	21	90	5	64	21	0	24	53	1.46
22545200--22545255	28	2.0	28	96	0	103	21	23	28	26	1.99
22549001--22549040	8	5.0	8	93	0	62	30	12	32	25	1.92
22557766--22557804	21	1.9	19	85	10	51	48	5	0	46	1.24
22558457--22558525	17	4.1	16	76	14	59	44	1	0	53	1.09
22563014--22563058	23	1.9	23	86	4	63	64	8	4	22	1.40
22565104--22565131	7	4.0	7	100	0	56	0	42	0	57	0.99
22573083--22573196	51	2.2	53	85	3	151	17	21	32	28	1.96
22577095--22577141	23	2.1	21	81	14	51	48	25	2	23	1.62
22579452--22579628	45	4.0	45	85	4	234	23	16	25	34	1.95
22582303--22582376	30	2.5	30	84	4	96	24	25	10	39	1.88
22582362--22582554	30	6.5	30	74	6	99	20	24	12	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22582362--22582554	60	3.2	59	74	7	185	20	24	12	41	1.87
22591686--22591716	16	1.9	16	93	0	53	32	25	16	25	1.96
22598037--22598069	3	11.3	3	93	6	59	66	0	0	33	0.92
22607291--22607329	20	2.0	20	84	0	51	46	7	0	46	1.31
22612527--22612569	17	2.5	17	79	20	54	25	13	20	39	1.90
22612663--22612704	16	2.6	16	81	7	50	33	11	14	40	1.82
22614647--22614702	21	2.7	21	94	0	94	28	8	33	28	1.87
22615883--22616054	58	2.9	59	76	7	170	36	14	16	31	1.89
22615957--22616075	61	2.0	60	80	8	134	36	16	17	29	1.92
22616604--22616793	97	2.0	97	94	0	335	40	8	17	34	1.80
22618438--22618491	25	2.2	25	86	6	74	12	9	9	68	1.39
22632685--22632822	54	2.6	54	98	0	267	26	19	23	29	1.98
22634674--22634825	75	2.0	75	97	0	286	34	8	3	52	1.50
22640782--22640806	10	2.5	10	100	0	50	44	0	0	56	0.99
22649055--22649112	19	3.1	18	75	9	53	15	6	3	74	1.17
22649048--22649133	38	2.2	38	78	14	95	16	4	4	74	1.16
22649111--22649143	13	2.4	14	90	5	50	18	0	6	75	1.00
22649111--22649153	19	2.3	19	84	4	52	20	0	4	74	1.00
22649214--22649263	11	4.5	11	72	22	50	42	0	0	58	0.98
22649214--22649349	13	11.0	12	68	25	54	42	1	1	54	1.18
22649217--22649261	22	2.1	21	92	8	74	42	0	0	57	0.98
22649195--22649316	36	3.5	35	82	10	130	40	1	1	55	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22649310--22649472	34	4.8	34	73	16	119	49	1	1	47	1.23
22649449--22649478	13	2.3	13	100	0	60	46	0	0	53	1.00
22649445--22649482	20	1.9	20	88	0	58	44	0	0	55	0.99
22649222--22649490	147	1.9	146	81	9	338	46	1	1	49	1.23
22649554--22649621	26	2.7	24	79	18	84	57	4	1	36	1.28
22649754--22649817	20	3.2	20	66	16	51	54	3	6	35	1.41
22650253--22650307	20	2.7	20	82	2	74	34	1	0	63	1.05
22650309--22650366	18	3.0	20	75	12	57	39	5	1	53	1.33
22650652--22650695	20	2.2	20	88	8	63	63	0	0	36	0.95
22650646--22650692	10	5.1	9	78	12	51	61	0	0	38	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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