genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23867473--23867528	6	9.3	6	82	5	69	1	62	0	35	1.06
23879089--23879130	9	4.6	9	80	14	50	38	2	0	59	1.10
23893542--23893606	31	2.1	30	86	8	87	43	10	9	36	1.72
23897486--23897551	26	2.4	27	73	16	73	51	1	0	46	1.10
23898928--23898958	15	2.1	15	100	0	62	41	6	19	32	1.77
23901012--23901058	22	2.2	22	84	3	60	21	8	17	53	1.70
23907914--23908048	63	2.1	63	80	0	153	29	26	19	24	1.98
23908598--23908628	15	2.0	16	93	6	55	77	0	16	6	0.97
23918509--23918594	42	2.0	45	88	6	133	56	0	2	40	1.12
23919332--23919388	28	2.0	28	96	0	105	24	12	7	56	1.61
23930017--23930051	18	2.0	18	88	5	54	48	0	0	51	1.00
23930118--23930154	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
23930196--23930338	44	3.2	43	71	20	139	48	2	2	46	1.25
23930203--23930346	47	3.1	45	71	18	136	50	2	2	45	1.28
23930162--23930377	91	2.4	91	93	0	369	46	3	2	46	1.35
23930218--23930362	47	3.2	46	72	16	156	49	3	2	44	1.30
23935136--23935168	16	2.1	16	94	0	57	63	15	15	6	1.49
23959709--23959750	16	2.4	18	84	11	52	23	4	2	69	1.20
23959828--23959883	23	2.4	23	75	0	58	28	1	1	67	1.10
23961090--23961124	18	1.9	18	88	0	52	40	2	2	54	1.30
23964115--23964173	31	1.9	31	89	0	91	25	10	8	55	1.61
23964487--23964516	12	2.5	12	94	0	51	80	0	20	0	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23976231--23976297	25	2.6	25	92	2	107	14	17	14	52	1.75
23978404--23978581	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
23978405--23978560	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
23978401--23978581	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
23981869--23981924	24	2.4	23	72	3	58	21	3	33	41	1.70
23995164--23995274	54	2.1	54	100	0	222	35	16	17	31	1.92
24000697--24000864	40	4.2	40	78	9	112	27	26	20	25	1.99
24000732--24000917	80	2.3	80	83	9	229	28	26	20	24	1.99
24000734--24000917	40	4.6	40	80	7	187	28	26	20	24	1.99
24012098--24012138	21	2.0	21	90	0	64	26	0	39	34	1.57
24013548--24014184	322	2.0	322	95	0	1148	36	19	13	31	1.90
24019435--24019517	42	2.0	42	80	0	94	20	19	33	26	1.96
24021665--24021712	10	5.0	9	76	14	51	56	4	2	37	1.30
24024159--24024188	15	1.9	15	93	6	51	63	0	0	36	0.95
24024328--24024356	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
24028947--24029344	127	3.2	125	87	2	580	35	18	17	28	1.93
24044887--24044962	40	1.9	40	81	10	93	25	17	25	32	1.96
24044985--24046168	9	135.0	9	90	6	1853	44	21	0	33	1.54
24051661--24051705	21	2.1	21	91	0	72	40	13	42	4	1.64
24051667--24051752	21	4.1	21	80	0	100	34	15	44	5	1.70
24052053--24052326	43	6.4	43	79	4	277	28	17	24	29	1.97
24052759--24052798	12	3.3	12	92	0	71	30	50	2	17	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24052760--24052810	24	2.2	24	86	10	72	31	52	1	13	1.51
24052774--24053070	66	4.5	66	96	0	531	26	44	15	13	1.83
24053063--24053109	24	2.0	24	91	0	76	21	46	4	27	1.69
24053163--24053284	57	2.1	57	87	0	172	27	22	27	23	1.99
24053163--24053246	27	3.0	27	66	10	69	26	21	27	25	1.99
24067225--24067271	18	2.5	19	80	10	53	65	0	0	34	0.93
24067233--24067312	29	2.7	29	79	9	90	60	0	1	38	1.05
24067294--24067344	20	2.6	21	78	12	63	66	3	3	25	1.26
24067621--24067766	9	15.3	9	68	18	73	32	1	2	63	1.17
24067621--24067740	19	6.1	20	72	12	88	34	1	2	61	1.19
24067677--24067743	28	2.4	28	82	12	75	35	0	1	62	1.04
24067645--24067766	19	6.4	19	71	18	60	31	0	2	64	1.12
24067882--24068054	90	1.9	89	84	5	233	34	10	17	37	1.84
24068530--24068620	48	1.9	47	88	6	139	23	1	30	45	1.60
24068693--24068778	34	2.5	34	79	9	93	36	0	18	45	1.50
24068838--24069106	126	2.1	126	88	0	403	37	17	15	28	1.91
24071565--24071640	36	2.1	36	92	0	125	23	17	28	30	1.97
24072108--24072164	25	2.3	23	81	18	71	52	3	0	43	1.18
24072535--24072591	25	2.3	23	78	18	62	52	5	0	42	1.24
24072095--24072950	428	2.0	427	90	3	1339	32	13	22	31	1.93
24074769--24074833	30	2.2	30	91	0	103	40	3	27	29	1.71
24078357--24078408	26	2.0	26	100	0	104	30	11	11	46	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24080580--24080624	20	2.2	20	84	0	63	48	13	8	28	1.72
24081160--24082186	42	24.4	42	90	1	1594	29	21	22	26	1.99
24081160--24082187	84	12.2	84	97	1	1830	29	21	22	26	1.99
24082634--24082691	21	2.8	21	86	0	80	1	41	22	34	1.64
24088151--24088486	9	39.6	9	69	14	162	29	3	19	47	1.66
24088157--24088301	25	5.8	25	85	0	182	30	3	20	46	1.67
24088151--24088453	34	8.6	34	72	14	152	29	3	19	47	1.65
24088157--24088486	50	6.7	50	72	12	223	29	3	19	47	1.65
24088314--24088386	37	2.0	37	100	0	146	30	2	16	50	1.59
24088419--24088486	25	2.7	25	83	0	82	32	2	22	42	1.68
24088191--24088486	16	17.5	17	67	17	109	29	3	19	48	1.64
24091559--24091805	115	2.1	117	79	3	266	37	19	16	25	1.93
24092116--24092161	24	2.0	23	83	12	58	52	6	0	41	1.27
24092233--24092292	27	2.2	28	82	8	72	41	6	5	46	1.52
24093329--24093512	41	4.5	40	83	8	199	34	22	24	18	1.96
24100658--24100690	17	1.9	18	88	11	52	45	3	0	51	1.16
24106942--24107004	33	1.9	33	96	0	117	39	17	14	28	1.89
24113506--24113531	3	8.7	3	100	0	52	0	65	0	34	0.93
24113737--24113762	6	4.3	6	100	0	52	19	30	15	34	1.93
24116080--24116424	173	2.0	174	98	0	665	45	5	6	42	1.52
24116629--24116669	16	2.7	15	81	7	55	41	0	4	53	1.22
24118161--24118316	68	2.3	68	80	10	169	37	13	5	43	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24118378--24118536	84	1.9	82	87	5	230	40	13	4	41	1.65
24118660--24118702	22	2.0	22	90	4	70	39	16	0	44	1.48
24119226--24119391	87	1.8	89	82	10	212	37	16	6	39	1.75
24121861--24121992	45	3.0	45	87	2	187	22	20	12	43	1.86
24123296--24123334	19	2.0	19	85	5	51	51	5	2	41	1.38
24129511--24129554	16	2.8	16	89	0	61	34	34	22	9	1.86
24131812--24131868	29	2.0	28	83	10	71	47	5	5	42	1.48
24133242--24133313	3	23.0	3	74	13	56	70	1	4	23	1.12
24133240--24133312	14	4.9	14	81	3	74	72	1	4	21	1.09
24155252--24155349	34	2.9	34	86	4	137	35	0	18	45	1.50
24155251--24155360	33	3.3	32	77	15	109	39	0	16	44	1.48
24155440--24155826	123	3.1	126	79	7	405	39	18	14	27	1.90
24157258--24157311	26	2.1	26	100	0	108	38	3	33	24	1.73
24167235--24167602	162	2.3	160	78	10	365	42	7	16	33	1.76
24170796--24170857	15	4.1	15	73	6	54	24	3	8	64	1.36
24170797--24170855	30	2.0	30	83	6	75	25	3	8	62	1.39
24172714--24173517	3	268.0	3	100	0	1608	66	0	33	0	0.92
24174086--24174142	29	1.9	30	85	3	80	50	7	12	29	1.66
24180254--24180280	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
24182353--24182601	50	4.8	50	86	3	318	21	29	22	26	1.99
24182696--24182727	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
24184342--24184391	26	1.9	26	95	0	91	44	14	16	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24189571--24189627	16	3.6	16	95	0	87	29	0	36	33	1.58
24191355--24191422	34	2.0	34	100	0	136	29	23	17	29	1.97
24191566--24191722	78	2.0	78	86	0	215	26	17	24	31	1.97
24201866--24201901	18	2.0	18	100	0	72	33	16	5	44	1.71
24208270--24208336	34	1.9	35	84	3	91	52	8	2	35	1.48
24209147--24209179	17	1.9	17	88	11	50	27	0	0	72	0.85
24211897--24211931	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24212166--24212233	16	4.2	16	92	0	118	35	36	0	27	1.58
24216777--24216834	30	2.1	28	87	12	84	68	8	6	15	1.36
24223289--24223324	4	9.0	4	100	0	72	50	25	0	25	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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