genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25568120--25568167	25	1.9	24	84	16	62	47	0	6	45	1.27
25570290--25570360	5	14.6	5	74	21	62	38	1	4	56	1.28
25570318--25570360	19	2.3	19	92	8	70	41	2	0	55	1.12
25570370--25570403	17	2.0	17	94	0	59	79	0	17	2	0.86
25570370--25570403	9	3.9	9	84	7	52	79	0	17	2	0.86
25571372--25571457	46	1.9	44	90	4	136	32	13	24	29	1.94
25571365--25571498	46	3.0	45	81	4	135	35	14	23	27	1.93
25572355--25572855	250	2.0	250	98	0	966	35	12	19	32	1.90
25577357--25577428	5	14.8	5	74	21	64	38	1	4	55	1.28
25577386--25577428	19	2.3	19	92	8	70	41	2	0	55	1.12
25577438--25577471	17	2.0	17	94	0	59	79	0	17	2	0.86
25577438--25577471	9	3.9	9	84	7	52	79	0	17	2	0.86
25577531--25577558	4	7.0	4	100	0	56	75	0	25	0	0.81
25578434--25578548	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
25578434--25578567	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
25580171--25580197	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
25584034--25584157	63	2.0	63	98	0	239	25	16	16	41	1.88
25587520--25587658	51	2.7	51	79	7	122	48	21	16	13	1.81
25591543--25591601	30	2.0	30	96	0	109	25	8	27	38	1.84
25602086--25602481	209	1.9	208	86	5	559	21	19	7	51	1.71
25605855--25605890	8	4.5	8	89	0	54	86	13	0	0	0.58
25605857--25605886	15	2.0	15	93	0	51	90	10	0	0	0.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25610354--25610410	27	2.1	28	86	3	80	38	1	10	49	1.48
25613638--25613682	19	2.4	18	86	13	65	0	33	0	66	0.92
25614332--25614356	10	2.5	10	100	0	50	48	8	12	32	1.69
25614352--25614461	26	4.2	26	90	6	170	35	4	23	36	1.76
25616072--25616182	27	4.1	27	82	3	116	18	22	21	36	1.95
25616067--25616182	54	2.1	54	85	3	153	18	21	21	38	1.93
25620995--25621063	30	2.3	30	85	5	86	46	5	20	27	1.73
25621005--25621063	29	2.0	29	86	3	82	47	3	22	27	1.67
25623221--25623392	46	3.7	46	88	0	245	40	15	24	19	1.90
25623207--25623387	92	2.0	92	89	0	281	40	13	24	20	1.89
25623673--25623705	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
25627851--25627944	44	2.1	45	86	4	136	40	10	15	32	1.82
25629217--25629405	96	2.0	95	89	1	288	32	17	7	42	1.77
25630184--25630222	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
25630773--25630961	48	3.9	48	80	9	204	22	14	27	35	1.93
25632964--25632996	11	3.0	11	90	0	57	0	21	0	78	0.75
25650580--25650618	15	2.8	14	88	7	53	48	0	7	43	1.31
25652867--25652904	17	2.2	17	86	9	51	50	2	7	39	1.46
25652962--25652990	15	1.9	15	100	0	58	75	0	0	24	0.80
25654499--25654525	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
25663046--25663115	33	2.1	33	83	0	86	47	24	2	25	1.66
25668639--25668810	79	2.2	79	82	3	211	24	21	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25668586--25668808	40	5.6	39	80	8	200	25	21	27	25	1.99
25668666--25668843	79	2.2	80	81	2	198	24	21	28	24	1.99
25676548--25676757	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
25676495--25676757	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
25676496--25676792	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
25678318--25678351	18	1.9	18	88	5	52	32	20	0	47	1.51
25679205--25679331	66	1.9	66	91	3	211	29	23	18	27	1.98
25682026--25682072	25	2.0	23	83	8	58	34	6	4	55	1.45
25683263--25683380	38	3.1	37	73	16	107	29	23	16	29	1.97
25694723--25694765	17	2.6	16	75	17	52	37	0	20	41	1.53
25694910--25694948	17	2.2	18	90	4	62	58	0	5	35	1.20
25694906--25694958	17	3.3	15	82	7	52	52	0	5	41	1.25
25705336--25705384	21	2.3	22	82	10	57	4	40	0	55	1.19
25708658--25708694	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
25711533--25711567	17	2.0	17	88	5	52	54	2	2	40	1.30
25722261--25722450	54	3.6	53	79	12	210	34	16	24	25	1.95
25729871--25730042	53	3.2	53	80	10	190	36	14	23	25	1.93
25729867--25730060	54	3.6	53	80	8	198	36	16	22	24	1.94
25729871--25730076	53	3.9	52	80	8	150	34	16	23	25	1.95
25731798--25731833	3	12.7	3	88	11	58	66	0	0	33	0.92
25732156--25732279	60	2.1	60	96	0	230	36	8	18	36	1.82
25732631--25732672	21	2.0	21	85	0	57	35	9	7	47	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25736302--25736360	29	2.1	28	81	12	68	50	0	15	33	1.44
25736730--25736927	105	1.9	101	83	6	254	35	13	22	28	1.92
25736867--25736945	33	2.4	33	81	12	99	34	13	24	27	1.93
25741081--25741122	13	3.2	13	74	12	50	66	11	9	11	1.44
25750156--25750343	45	4.2	45	90	1	243	23	9	50	17	1.74
25750295--25750412	36	3.3	36	93	0	200	27	5	46	20	1.73
25754770--25754954	54	3.4	53	85	5	246	29	14	21	35	1.92
25756743--25756786	3	15.0	3	86	13	65	31	2	0	65	1.05
25758928--25758982	20	2.8	19	94	5	92	20	38	30	10	1.87
25760854--25760905	27	1.9	27	88	0	77	61	1	15	21	1.43
25760837--25761026	75	2.7	70	74	12	181	59	2	14	23	1.46
25760779--25761026	76	3.4	73	74	11	190	58	2	14	23	1.48
25761035--25761099	20	3.2	20	73	4	67	67	0	7	24	1.16
25761037--25761129	41	2.3	41	83	5	109	67	0	7	24	1.16
25761104--25761143	18	2.2	18	86	8	55	65	0	7	27	1.20
25761136--25761212	5	14.6	5	78	10	82	61	0	19	19	1.35
25761136--25761212	11	7.3	11	77	11	72	61	0	19	19	1.35
25761136--25761213	16	4.9	16	80	10	88	61	0	19	19	1.35
25761404--25761448	21	2.1	21	84	8	56	60	4	2	33	1.29
25761528--25761580	12	3.6	15	76	23	51	69	0	9	20	1.15
25761542--25761570	12	2.4	12	100	0	58	72	0	6	20	1.07
25761514--25761630	57	2.1	55	87	3	162	70	0	8	21	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25763607--25763745	54	2.6	54	92	0	233	27	23	19	29	1.98
25763714--25763870	55	2.9	55	84	3	201	35	17	15	31	1.91
25763714--25763858	54	2.7	54	86	3	202	37	17	17	27	1.93
25770360--25770412	19	2.7	20	85	11	74	52	1	0	45	1.11
25770393--25770442	26	1.9	26	84	8	66	54	4	0	42	1.19
25770421--25770452	10	3.2	10	95	0	55	71	0	0	28	0.86
25770422--25770456	10	3.2	11	92	8	54	74	0	0	25	0.82
25770422--25770468	22	2.2	21	85	11	60	72	0	4	23	1.02
25770511--25770541	16	1.9	16	93	0	53	35	6	9	48	1.62
25770960--25771013	11	4.9	11	76	0	54	72	1	1	24	1.05
25776498--25776539	20	2.1	20	100	0	84	42	14	19	23	1.87
25779038--25779065	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
25801198--25801267	31	2.3	31	83	11	90	28	7	5	58	1.48
25809083--25809169	21	4.0	23	80	10	92	14	21	25	37	1.92
25811342--25811381	20	2.0	20	85	9	55	37	2	2	57	1.26
25811532--25811583	23	2.2	25	82	6	63	73	5	3	17	1.19
25813361--25813397	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
25814193--25814308	58	2.0	58	93	0	196	33	15	13	37	1.87
25815127--25815178	19	2.5	20	81	9	61	53	5	0	40	1.25
25815323--25815380	21	2.8	21	87	7	82	36	20	3	39	1.70
25815521--25815563	21	2.0	21	95	0	77	27	0	37	34	1.57
25815544--25815576	16	2.1	16	94	0	57	33	0	36	30	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25815555--25815649	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
25815811--25815845	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
25815769--25815841	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
25815955--25815989	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
25815730--25816001	144	1.9	147	94	3	487	46	3	2	47	1.34
25820594--25820676	28	3.1	26	73	13	78	57	1	0	40	1.06
25834811--25834841	16	1.9	16	93	0	53	35	0	0	64	0.94
25841803--25841841	16	2.4	16	83	8	53	66	0	17	15	1.25
25842818--25842869	24	2.2	24	83	6	63	9	19	1	69	1.26
25843331--25843369	18	2.1	20	86	13	57	28	5	0	66	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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