genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
884958--884990	16	2.0	17	88	5	50	27	9	0	63	1.24
885818--885867	24	2.1	24	85	7	66	42	6	10	42	1.63
891492--891535	21	2.1	21	87	8	63	36	6	15	40	1.74
894737--894890	56	2.8	56	91	0	245	32	6	13	47	1.69
895711--895814	51	2.0	51	98	0	199	20	4	19	55	1.60
897934--897997	6	11.0	6	95	5	105	29	0	0	70	0.88
902778--902811	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
907417--907450	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
907484--908001	144	3.6	144	88	2	754	28	23	17	30	1.97
912362--912655	144	2.0	144	89	3	459	28	24	14	31	1.95
915254--915323	27	2.6	28	84	8	83	32	10	0	57	1.32
919375--919416	21	2.0	21	95	0	75	33	7	0	59	1.25
919563--919710	4	36.0	4	75	16	117	68	0	31	0	0.90
919575--919721	38	4.0	37	81	15	171	66	0	33	0	0.92
919585--919737	35	4.4	34	76	11	123	66	0	33	0	0.92
919648--919743	48	2.0	46	80	11	106	68	0	31	0	0.90
924008--924046	20	2.0	20	100	0	78	51	15	0	33	1.44
925043--925307	103	2.6	104	90	3	417	29	29	20	19	1.97
925635--925698	29	2.2	29	81	10	76	31	26	6	35	1.81
925642--925698	29	1.9	30	85	3	80	31	22	7	38	1.81
927254--927305	25	2.1	24	86	10	70	69	0	1	28	0.99
927903--928032	50	2.6	50	88	2	181	33	16	13	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
927899--928071	50	3.4	50	81	7	163	32	15	14	36	1.88
929679--929724	22	2.0	22	83	8	56	47	6	4	41	1.49
930155--930219	32	2.0	32	96	0	121	47	15	4	32	1.66
930466--930511	24	1.9	24	86	0	65	34	8	2	54	1.43
934910--934952	22	2.0	22	86	9	61	67	11	0	20	1.22
934976--935017	11	3.9	11	93	6	77	0	28	0	71	0.86
934978--935017	21	1.9	21	100	0	80	0	27	0	72	0.85
935111--935138	12	2.3	12	100	0	56	14	28	35	21	1.92
935087--935165	39	2.0	39	92	0	131	15	29	30	25	1.96
943361--943408	20	2.6	19	87	9	64	27	0	4	68	1.07
945112--945213	27	3.6	27	77	18	93	34	4	0	59	1.25
952652--952962	144	2.2	144	95	1	561	35	14	20	30	1.92
953034--953912	144	6.0	144	95	2	1587	34	17	20	27	1.95
955672--956046	132	2.8	132	97	0	687	28	19	22	29	1.98
956609--956651	15	2.8	15	96	3	77	58	4	32	4	1.39
957195--957246	3	17.7	3	84	4	70	30	0	0	69	0.89
957436--957485	25	2.0	26	88	4	75	34	2	4	60	1.27
958196--958392	98	2.0	98	92	2	324	29	10	23	36	1.88
958994--959026	16	2.1	16	94	0	57	45	12	9	33	1.73
959775--959854	40	2.0	40	100	0	160	37	12	15	35	1.85
962173--962490	107	3.0	105	86	4	458	32	18	18	30	1.95
966098--966127	15	2.0	15	100	0	60	26	40	6	26	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
973781--974102	166	1.9	166	86	2	459	36	18	14	30	1.91
975655--975691	12	3.0	12	92	4	56	45	8	13	32	1.73
978682--978712	6	5.2	6	96	0	53	64	12	19	3	1.41
979701--979751	21	2.4	22	80	12	61	78	1	1	17	0.94
979721--979752	12	2.6	12	95	5	55	81	0	3	15	0.82
981159--981272	43	2.6	43	70	12	106	21	21	22	35	1.96
981321--981487	50	3.4	49	70	2	145	27	23	20	28	1.99
983136--983343	43	4.9	42	79	9	235	34	25	17	23	1.96
983136--983343	85	2.5	85	93	0	355	34	25	17	23	1.96
983359--983650	51	5.8	51	73	13	253	30	27	16	24	1.97
983357--983642	101	2.8	101	90	1	448	31	27	17	24	1.97
984750--985904	87	13.1	87	74	12	849	25	21	21	31	1.98
984995--985131	43	3.2	43	61	20	104	24	20	24	30	1.98
985621--985757	45	3.2	43	65	17	111	24	20	24	30	1.98
984877--986128	626	2.0	626	95	0	2236	26	21	21	31	1.98
989744--989795	19	2.7	20	82	5	63	46	13	17	23	1.83
990890--990920	6	5.2	6	96	0	53	64	12	19	3	1.41
992813--992851	13	2.9	14	84	7	53	7	12	12	66	1.43
1003070--1003373	144	2.1	144	89	2	459	36	14	19	29	1.91
1005086--1005122	19	1.9	19	94	0	65	32	0	5	62	1.18
1005159--1005228	30	2.4	29	85	2	86	40	8	4	47	1.54
1008021--1008050	16	1.9	15	93	6	51	63	6	0	30	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1013413--1013592	44	4.1	44	76	7	177	26	21	21	30	1.98
1013627--1014629	51	20.7	50	72	10	652	29	22	17	30	1.97
1013627--1014629	97	10.4	97	83	0	1173	29	22	17	30	1.97
1015504--1015727	44	5.1	44	79	6	238	25	20	23	31	1.98
1015752--1023150	51	152.5	51	71	11	3881	29	22	17	30	1.97
1015752--1022928	148	49.3	148	72	10	3398	29	22	17	30	1.97
1017898--1018047	46	3.3	44	74	10	124	30	21	18	30	1.97
1017898--1018063	90	1.8	90	83	2	217	28	21	17	32	1.96
1015910--1023053	245	29.5	238	71	11	1512	29	22	17	30	1.97
1016157--1023121	97	71.9	97	74	9	3323	29	22	17	30	1.97
1023372--1024573	46	25.2	46	69	12	339	29	22	17	30	1.97
1023393--1023792	97	4.1	97	84	2	516	30	23	17	28	1.97
1024010--1024602	97	6.1	97	82	3	649	30	21	17	30	1.96
1024010--1024602	194	3.1	193	85	1	742	30	21	17	30	1.96
1027485--1027689	107	1.9	107	86	2	295	33	18	17	30	1.94
1028204--1028234	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
1029787--1029816	9	3.4	9	95	4	53	0	16	0	83	0.65
1036527--1037294	97	7.8	99	85	6	785	27	24	18	29	1.98
1036527--1037336	148	5.5	145	88	3	872	27	24	18	29	1.98
1036525--1037294	245	3.1	245	88	1	1091	27	24	18	29	1.98
1040316--1040752	144	3.0	144	95	1	770	35	14	19	30	1.92
1044498--1044530	16	2.0	17	88	5	50	51	6	3	39	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1045811--1045843	16	2.1	16	94	0	57	45	12	9	33	1.73
1054421--1054801	144	2.6	144	94	1	649	35	15	20	29	1.93
1054904--1055171	144	1.9	144	95	0	482	33	19	21	26	1.97
1058357--1058538	100	1.8	98	87	4	267	29	18	23	29	1.98
1058553--1058719	45	3.7	45	88	1	228	28	23	25	23	2.00
1060302--1060341	21	1.9	21	84	0	53	32	5	5	57	1.42
1060337--1060401	31	2.1	31	85	5	87	33	4	3	58	1.34
1060738--1060776	12	2.9	13	85	14	53	20	0	7	71	1.10
1060788--1060817	15	2.0	15	93	0	51	16	0	16	66	1.25
1061790--1061814	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1069826--1069923	27	3.6	27	83	0	115	26	23	11	38	1.88
1082869--1082907	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
1090147--1090276	50	2.6	50	83	0	152	28	23	27	20	1.99
1092760--1092833	30	2.5	30	84	0	94	31	20	16	32	1.94
1093948--1093995	19	2.3	22	79	13	57	41	10	4	43	1.58
1096152--1096220	34	2.0	34	100	0	138	47	5	26	20	1.72
1106224--1106478	137	1.9	138	80	7	304	31	27	20	20	1.98
1124227--1124356	27	4.8	26	86	6	170	46	20	14	17	1.83
1124227--1124356	54	2.4	53	88	3	188	46	20	14	17	1.83
1126481--1126505	13	1.9	13	100	0	50	24	12	0	64	1.27
1132393--1132513	20	6.1	20	70	0	80	37	21	20	20	1.95
1132381--1132490	40	2.8	40	84	0	148	36	20	19	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1132406--1132574	60	2.8	59	86	1	230	39	18	18	24	1.92
1148250--1148349	52	1.9	52	85	0	137	34	5	24	37	1.77
1151861--1151917	29	2.0	29	96	0	105	26	29	21	22	1.99
1165626--1165704	37	2.1	37	88	0	113	25	30	20	24	1.98
1165872--1166338	47	9.9	47	96	2	857	28	29	8	34	1.86
1168187--1168306	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
1178447--1178528	40	2.0	40	97	0	155	18	15	25	40	1.90
1183819--1183874	8	7.1	8	76	11	53	3	16	1	78	0.97
1183813--1183848	14	2.6	14	95	0	63	0	16	0	83	0.65
1183816--1183874	22	2.5	25	81	10	79	3	16	1	77	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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