genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21285000--21285060	24	2.5	24	92	5	97	18	34	0	47	1.49
21290541--21290581	17	2.4	17	91	0	64	24	39	26	9	1.86
21291451--21291517	27	2.4	28	80	12	66	17	7	2	71	1.22
21292800--21292844	6	7.5	6	84	0	63	17	2	2	77	0.97
21299670--21299707	7	5.3	7	87	6	58	15	0	36	47	1.46
21299670--21299707	15	2.6	15	91	4	60	15	0	36	47	1.46
21301158--21301200	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
21301846--21301884	7	5.6	7	100	0	78	58	12	0	28	1.34
21302054--21302091	20	1.9	20	89	10	60	55	5	2	36	1.37
21303043--21303141	11	8.4	11	74	18	83	45	1	30	23	1.60
21303030--21303107	40	2.0	40	85	10	106	44	0	26	28	1.54
21306786--21306827	16	2.5	18	77	14	54	47	4	2	45	1.36
21313871--21314873	500	2.0	502	97	0	1893	27	6	24	41	1.80
21315072--21315116	21	2.1	21	87	0	63	24	22	33	20	1.97
21324642--21324918	55	4.9	55	82	6	347	50	14	8	26	1.71
21324749--21324790	22	2.0	22	90	4	68	54	14	4	26	1.59
21324642--21324910	117	2.4	113	88	6	384	51	14	8	26	1.70
21325687--21325722	18	1.9	18	88	5	54	55	2	0	41	1.14
21325815--21325880	27	2.4	27	92	2	114	48	19	0	31	1.49
21330551--21330617	20	3.3	20	68	12	64	19	25	19	35	1.95
21330546--21330678	41	3.3	41	88	3	189	20	27	18	33	1.96
21338122--21338156	14	2.5	14	90	0	52	48	5	0	45	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21340964--21341017	24	2.3	22	77	20	56	55	1	9	33	1.42
21341316--21341369	24	2.3	22	77	20	56	55	1	9	33	1.42
21340808--21341512	352	2.0	353	98	0	1376	48	4	12	34	1.62
21342232--21342325	37	2.5	35	79	14	91	43	1	22	32	1.60
21345113--21345205	18	5.2	18	88	0	132	27	23	16	32	1.96
21345117--21345205	36	2.5	36	94	0	151	28	23	15	32	1.95
21361859--21361901	23	2.0	22	86	9	61	34	23	2	39	1.67
21361944--21361972	14	2.1	14	100	0	58	44	13	20	20	1.85
21371387--21371494	57	1.9	57	96	0	198	33	1	42	22	1.64
21371387--21371477	27	3.3	27	69	24	80	35	2	41	20	1.65
21375562--21375616	27	2.0	27	89	0	83	60	3	0	36	1.15
21375847--21375892	18	2.6	17	80	10	56	47	0	2	50	1.13
21376647--21376671	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21379387--21379440	3	17.3	3	77	7	54	64	3	3	27	1.27
21380257--21380306	12	4.1	12	80	14	50	2	16	8	74	1.15
21380257--21380306	24	2.0	25	88	3	75	2	16	8	74	1.15
21380828--21381103	50	5.5	50	66	8	166	25	18	22	32	1.97
21380822--21381121	100	3.0	100	88	2	415	25	19	22	32	1.97
21381137--21381656	219	2.4	219	85	3	647	29	22	18	30	1.97
21381671--21382003	129	2.6	128	90	0	540	24	23	21	30	1.99
21381950--21382141	87	2.2	88	82	10	234	23	23	23	29	1.99
21383380--21383430	8	6.6	8	74	17	54	13	9	0	76	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21383371--21383432	31	2.0	31	83	0	79	14	11	0	74	1.08
21390512--21390568	3	18.3	3	75	7	51	63	3	5	28	1.33
21392666--21392850	26	7.1	26	85	0	226	35	22	21	21	1.96
21392761--21392834	14	5.6	13	69	24	57	36	20	22	20	1.95
21400264--21400339	28	2.8	28	82	7	77	30	23	17	28	1.97
21400441--21400520	26	3.1	26	75	0	88	37	22	20	20	1.94
21411082--21411148	28	2.4	28	90	2	100	28	13	29	28	1.94
21415172--21415223	27	1.9	27	96	0	95	40	9	15	34	1.80
21417704--21417742	18	2.2	18	86	9	53	15	5	7	71	1.26
21417998--21418249	27	9.2	27	78	5	220	34	17	23	25	1.96
21418003--21418236	110	2.1	109	82	4	274	33	15	24	25	1.95
21421646--21421689	20	2.2	20	95	0	79	63	6	0	29	1.20
21421647--21421732	20	4.3	19	77	11	75	55	6	0	37	1.27
21434231--21434282	6	8.3	6	78	16	52	23	3	0	73	1.00
21434218--21434282	21	3.3	20	78	16	66	23	6	0	70	1.09
21442537--21442566	15	2.0	15	93	0	51	3	6	6	83	0.90
21446810--21446875	13	5.1	13	79	0	69	39	24	4	31	1.75
21446810--21446875	26	2.5	26	82	0	87	39	24	4	31	1.75
21446887--21446922	18	2.0	18	100	0	72	33	22	5	38	1.77
21452659--21452733	37	2.0	37	94	0	132	38	1	22	37	1.63
21452659--21452713	20	2.9	19	74	20	62	41	0	20	38	1.52
21452718--21452762	20	2.2	21	88	4	65	37	4	24	33	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21452810--21453126	75	4.2	75	81	5	349	24	22	22	31	1.98
21452903--21453094	40	5.1	39	72	12	166	23	19	21	35	1.95
21452811--21453083	35	7.4	35	69	14	156	24	21	22	31	1.98
21452793--21453126	150	2.2	151	82	3	390	23	21	22	32	1.98
21454750--21454824	37	2.0	37	94	0	132	38	1	22	37	1.63
21454750--21454804	20	2.9	19	74	20	62	41	0	20	38	1.52
21454809--21454853	20	2.2	21	88	4	65	37	4	24	33	1.76
21454901--21455217	75	4.2	75	81	5	349	24	22	22	31	1.98
21454994--21455185	40	5.1	39	72	12	166	23	19	21	35	1.95
21454902--21455174	35	7.4	35	69	14	156	24	21	22	31	1.98
21454884--21455217	150	2.2	151	82	3	390	23	21	22	32	1.98
21469669--21469891	39	5.7	40	86	7	273	25	22	27	24	2.00
21469669--21469891	79	2.8	81	85	8	282	25	22	27	24	2.00
21469669--21469924	79	3.3	79	82	9	224	26	21	27	24	1.99
21477657--21477841	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
21477658--21477841	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
21477710--21477874	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
21479740--21479829	34	2.6	35	83	8	114	42	17	4	35	1.70
21491376--21491881	117	4.3	117	97	1	917	44	8	10	37	1.68
21491955--21492638	66	10.2	66	81	11	638	27	0	24	47	1.54
21491942--21492554	45	13.7	45	83	10	626	27	0	24	47	1.53
21491955--21492638	111	6.1	110	86	7	214	27	0	24	47	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21493984--21494021	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
21494359--21494447	45	2.0	45	100	0	178	20	39	15	24	1.91
21494960--21494985	10	2.6	10	100	0	52	53	0	0	46	1.00
21496445--21496556	33	3.6	31	85	10	133	27	9	49	13	1.73
21496445--21496532	33	2.7	33	89	6	135	28	9	48	13	1.73
21496710--21496744	18	2.0	18	88	5	54	34	0	0	65	0.93
21497350--21497374	13	1.9	13	100	0	50	24	20	0	56	1.43
21497715--21497765	21	2.7	19	75	16	52	58	1	5	33	1.33
21499614--21499756	33	4.3	33	75	7	121	30	3	44	22	1.69
21502756--21502788	16	2.2	15	89	10	50	30	24	9	36	1.86
21504094--21504168	16	4.6	16	76	15	57	21	4	33	41	1.72
21508319--21508488	71	2.4	70	81	11	202	30	16	24	28	1.96
21513241--21513294	6	8.5	6	80	11	54	75	3	5	14	1.12
21515792--21515965	90	2.0	88	86	4	242	37	11	7	43	1.69
21517773--21517799	8	3.4	8	100	0	54	77	0	0	22	0.76
21518690--21518720	16	1.9	16	93	0	53	35	6	12	45	1.68
21519610--21519647	18	2.1	18	85	9	51	15	15	7	60	1.57
21519635--21519764	12	10.2	12	71	12	64	27	14	8	49	1.72
21519642--21519760	25	4.8	24	74	13	89	26	14	8	51	1.70
21519678--21519760	24	3.4	23	77	11	76	27	14	9	48	1.75
21524465--21524511	20	2.4	20	86	10	62	87	6	0	6	0.68
21525372--21525409	18	2.1	18	85	9	51	15	15	7	60	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21525397--21525526	12	10.2	12	71	12	64	27	14	8	49	1.72
21525404--21525522	25	4.8	24	74	13	89	26	14	8	51	1.70
21525440--21525522	24	3.4	23	77	11	76	27	14	9	48	1.75
21527558--21527595	18	2.1	18	95	0	67	26	21	7	44	1.79
21531210--21531279	25	2.9	24	68	20	56	54	0	8	37	1.31
21531433--21531477	3	15.0	3	83	0	54	60	2	6	31	1.35
21532336--21532364	13	2.1	14	93	6	51	13	10	6	68	1.37
21539664--21539694	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
21549098--21549156	32	1.9	30	93	6	100	30	0	3	66	1.08
21550282--21550333	26	2.0	27	96	3	97	40	3	0	55	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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