genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22916655--22916728	20	3.7	20	85	8	98	8	32	27	32	1.86
22917786--22917865	36	2.2	36	97	2	151	22	10	25	42	1.84
22920772--22920808	20	1.9	18	89	10	56	54	5	0	40	1.24
22940986--22941022	9	4.2	9	89	3	58	43	0	0	56	0.99
22942078--22942147	31	2.3	31	82	5	79	50	14	10	25	1.74
22942096--22942173	31	2.6	31	82	8	90	52	12	11	23	1.72
22943796--22943843	21	2.2	22	96	3	89	54	0	4	41	1.20
22944050--22944201	77	2.0	77	87	3	218	40	11	5	42	1.65
22944080--22944232	77	2.0	77	81	5	177	41	8	7	42	1.64
22944293--22944325	15	2.2	15	94	0	57	27	0	21	51	1.48
22944322--22944403	6	12.7	6	71	19	58	19	1	41	37	1.59
22944317--22944395	27	2.9	27	83	7	99	21	0	39	39	1.54
22944307--22944600	33	9.2	33	77	14	276	22	1	35	41	1.62
22944421--22944519	15	6.2	15	69	21	67	23	0	34	42	1.54
22944307--22944609	60	4.8	65	79	12	312	21	1	35	41	1.62
22944251--22944529	128	2.1	134	88	8	410	20	0	35	42	1.58
22944914--22944968	21	2.7	20	80	8	56	5	20	41	32	1.75
22945210--22945252	18	2.4	18	80	0	50	46	9	25	18	1.79
22947119--22947181	11	5.7	12	76	23	59	44	1	30	23	1.63
22947121--22947181	22	2.8	22	81	18	74	44	1	31	22	1.63
22947119--22947182	33	1.9	33	87	12	96	45	1	29	23	1.62
22948329--22948413	9	9.7	9	69	19	63	35	0	2	62	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22948331--22948406	10	7.4	10	70	15	57	32	0	2	64	1.07
22949763--22949830	30	2.2	30	92	2	109	26	4	14	54	1.59
22949871--22949916	24	1.9	24	91	8	76	30	2	4	63	1.26
22951101--22951288	94	2.0	94	97	0	358	35	24	19	21	1.96
22952059--22953082	512	2.0	512	100	0	2048	32	17	9	40	1.82
22956853--22956887	19	1.9	18	88	11	54	22	28	0	48	1.51
22958158--22958210	21	2.5	22	80	17	60	37	5	24	32	1.79
22958631--22958677	21	2.2	22	88	11	71	46	17	4	31	1.67
22964635--22964686	15	3.4	15	86	5	77	32	15	13	38	1.86
22967604--22967636	17	1.9	17	93	0	57	30	24	18	27	1.98
22982122--22982156	17	2.1	17	89	10	54	37	0	11	51	1.38
22987974--22988025	27	1.9	27	100	0	104	26	9	19	44	1.81
22991156--22991289	62	2.2	62	97	1	252	47	8	4	39	1.55
23004307--23004332	12	2.2	12	100	0	52	69	0	0	30	0.89
23005928--23006204	100	2.8	100	96	0	500	25	23	21	28	1.99
23005927--23006186	50	5.2	50	64	10	163	26	23	21	28	1.99
23006290--23006567	43	6.3	44	77	5	197	32	26	14	26	1.95
23006292--23006519	43	5.2	44	77	7	198	33	26	14	25	1.94
23006252--23006541	133	2.2	131	84	4	368	30	26	14	28	1.95
23007072--23007273	108	1.9	108	84	4	273	46	10	17	25	1.80
23022287--23022535	43	5.8	43	82	3	288	27	28	17	26	1.98
23022287--23022549	85	3.1	84	81	4	294	27	29	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23022310--23022551	128	1.9	128	84	5	328	26	30	17	25	1.97
23026896--23026943	12	4.1	11	79	12	51	45	2	0	52	1.12
23026904--23026969	24	2.9	22	82	10	71	45	1	1	51	1.19
23027425--23027471	7	6.7	7	85	0	58	27	51	2	19	1.58
23027426--23027480	21	2.6	21	82	2	65	27	50	1	20	1.58
23028509--23028720	41	5.2	40	85	5	275	29	30	17	22	1.96
23028778--23028878	40	2.5	40	83	1	123	23	23	18	33	1.97
23028892--23028917	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
23030920--23031004	29	2.7	30	80	10	91	35	0	15	49	1.45
23030921--23031007	33	2.7	31	82	10	104	35	0	14	49	1.44
23030981--23031059	34	2.3	35	86	2	106	31	3	20	44	1.69
23039842--23039888	3	15.7	3	100	0	94	68	31	0	0	0.90
23048586--23048744	79	2.0	79	93	0	273	32	22	10	35	1.87
23062569--23062735	29	5.8	29	72	8	133	20	26	14	38	1.91
23065736--23065933	27	7.3	27	83	2	254	43	22	18	15	1.88
23065736--23065919	54	3.4	54	89	3	280	42	21	19	15	1.88
23066112--23066201	26	3.4	26	81	1	108	18	21	20	40	1.92
23066100--23066201	52	2.0	51	84	7	134	18	20	21	39	1.93
23066306--23066377	28	2.4	30	88	6	112	25	26	19	29	1.99
23068455--23068482	14	2.0	14	100	0	56	35	7	0	57	1.26
23073510--23073542	16	2.0	17	88	5	50	24	15	9	51	1.72
23074371--23074485	34	3.4	34	82	0	104	14	13	28	42	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23075565--23075636	17	4.7	15	75	19	60	68	4	5	22	1.28
23075565--23075628	21	3.1	19	80	14	65	68	3	6	21	1.26
23075552--23075615	18	3.6	18	72	8	60	68	1	7	21	1.23
23079819--23079877	30	2.0	30	89	0	91	47	6	15	30	1.71
23080513--23080586	22	3.3	21	74	9	67	41	20	18	18	1.90
23080578--23080679	32	3.2	31	80	4	114	40	19	18	21	1.92
23080834--23080911	24	3.2	24	77	0	84	46	20	8	24	1.79
23080884--23080963	24	3.3	24	75	6	72	43	20	5	31	1.73
23086724--23086776	27	2.0	27	92	0	88	22	28	28	20	1.99
23099881--23100192	27	11.6	27	86	3	414	17	20	19	42	1.89
23107622--23107691	26	2.7	27	93	6	126	24	30	24	21	1.99
23113650--23113680	15	2.0	16	93	6	55	38	25	6	29	1.81
23116427--23116471	23	2.0	23	82	4	56	44	17	20	17	1.87
23123631--23123670	20	2.0	20	100	0	80	65	5	5	25	1.34
23125964--23126047	41	2.0	41	100	0	168	30	19	25	25	1.98
23131932--23132903	485	2.0	485	99	0	1917	27	17	20	34	1.95
23134418--23134450	13	2.6	13	85	4	50	78	0	21	0	0.75
23136684--23136948	68	3.9	68	80	3	293	23	22	18	36	1.95
23146175--23146216	21	2.0	21	100	0	84	38	19	14	28	1.90
23156134--23156213	28	2.9	28	88	0	115	32	26	18	22	1.97
23156130--23156218	28	3.2	28	82	4	110	32	24	20	22	1.98
23158212--23158424	27	7.9	26	82	4	129	21	16	21	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23158242--23158665	27	15.7	27	84	1	483	21	15	19	43	1.88
23165235--23165315	28	2.9	28	85	3	110	33	25	17	23	1.96
23165428--23165498	26	2.7	26	84	0	88	45	21	14	19	1.85
23165691--23165986	27	11.0	27	83	1	144	22	16	17	43	1.87
23165722--23165997	81	3.4	81	85	2	356	22	15	17	44	1.87
23165722--23165997	27	10.2	27	84	3	313	22	15	17	44	1.87
23170518--23170545	14	2.0	14	100	0	56	35	21	14	28	1.92
23177242--23177275	18	1.9	17	88	5	50	76	2	0	20	0.92
23179546--23179616	23	2.9	24	85	10	92	32	19	26	21	1.97
23182553--23182598	23	2.0	23	91	0	74	28	6	23	41	1.79
23191280--23191336	6	9.2	6	80	14	53	22	3	0	73	0.98
23194828--23194852	8	3.1	8	100	0	50	24	16	24	36	1.94
23210386--23210431	6	7.8	6	80	9	51	34	10	0	54	1.36
23210385--23210432	12	4.1	12	82	12	64	33	10	0	56	1.34
23217615--23217647	13	2.5	13	95	0	57	30	15	27	27	1.96
23219399--23219483	43	2.0	43	100	0	170	21	14	4	60	1.52
23219409--23219487	12	6.0	12	70	18	59	21	10	3	64	1.40
23228369--23228403	18	1.9	18	94	0	61	28	14	11	45	1.79
23233499--23233524	11	2.4	11	100	0	52	26	46	7	19	1.77
23246895--23246955	5	12.2	5	74	6	52	4	16	18	60	1.52
23246905--23246980	35	2.2	35	82	0	89	11	17	14	56	1.67
23247641--23247679	15	2.6	15	84	8	53	0	15	20	64	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23246953--23255042	733	11.0	732	80	6	7839	25	17	17	39	1.91
23249128--23249216	45	2.0	45	84	4	117	10	22	16	50	1.75
23252809--23252861	5	10.6	5	85	0	70	3	18	18	58	1.54
23251974--23255033	731	4.1	733	83	4	3625	25	16	17	39	1.91
23254432--23255618	613	1.9	615	87	3	1741	26	17	18	37	1.93
23256318--23256381	13	4.9	13	78	3	67	37	21	7	32	1.83
23256318--23256381	26	2.5	26	76	0	74	37	21	7	32	1.83
23257081--23257118	20	1.9	20	88	0	58	7	10	15	65	1.45
23261694--23261747	28	1.9	28	84	0	72	38	16	5	38	1.72
23277695--23277731	18	2.0	19	94	5	67	43	18	10	27	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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