genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2281892--2281939	25	2.0	25	87	4	71	31	8	6	54	1.55
2284777--2284852	25	3.0	25	79	11	84	31	26	17	25	1.97
2284815--2284872	25	2.3	25	84	0	71	34	22	20	22	1.97
2300661--2300699	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
2300925--2300977	23	2.3	23	93	0	97	20	20	26	32	1.98
2304285--2304407	28	4.4	28	90	2	176	33	28	12	26	1.92
2310693--2310957	103	2.6	104	91	0	415	30	30	20	19	1.97
2311285--2311349	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
2311292--2311349	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
2314483--2314576	30	3.1	30	89	1	134	25	23	6	44	1.77
2314493--2314570	15	5.2	15	65	11	52	25	20	7	46	1.77
2318381--2318424	19	2.3	19	84	7	54	59	4	6	29	1.44
2320796--2320845	10	5.0	10	83	9	66	70	2	6	22	1.20
2321169--2321203	16	2.2	16	94	0	61	54	11	8	25	1.64
2321201--2321251	12	4.4	12	75	9	61	45	1	15	37	1.58
2323108--2323156	3	16.7	3	78	4	55	28	6	2	63	1.30
2323113--2323155	18	2.4	18	92	0	68	30	6	2	60	1.35
2328626--2328678	13	4.4	13	81	18	78	39	54	0	5	1.24
2328624--2328670	22	2.1	22	100	0	94	36	59	0	4	1.17
2328626--2328694	35	2.0	35	91	0	111	36	53	0	10	1.35
2329059--2329100	19	2.3	18	87	4	57	26	2	2	69	1.13
2329085--2329166	33	2.3	39	83	12	104	34	13	0	52	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2329112--2329197	23	3.7	23	71	9	66	29	9	2	59	1.41
2366901--2367037	69	2.0	69	88	0	202	26	7	24	41	1.81
2368184--2368272	37	2.4	37	90	0	142	41	14	7	35	1.75
2368315--2368390	33	2.3	33	97	0	143	43	15	5	35	1.70
2381531--2381628	42	2.3	42	87	3	144	30	13	28	27	1.94
2386164--2386190	7	3.9	7	100	0	54	88	0	0	11	0.50
2386147--2386188	14	3.0	14	86	13	52	85	0	7	7	0.73
2386856--2386890	18	1.9	18	88	0	52	25	11	14	48	1.77
2386875--2386964	23	4.0	23	85	2	121	41	7	12	38	1.71
2387073--2387115	21	2.2	19	84	12	52	48	6	4	39	1.51
2387075--2387154	37	2.2	37	82	13	94	41	8	7	42	1.64
2387097--2387133	17	2.2	17	90	4	58	35	8	8	48	1.62
2387118--2387158	21	2.0	21	95	4	75	43	9	9	36	1.71
2387163--2387193	16	2.0	16	93	6	55	32	12	6	48	1.67
2387201--2387254	16	3.3	15	80	15	54	31	7	11	50	1.66
2394620--2394725	1	106.0	1	69	0	68	84	11	3	0	0.73
2394622--2394702	13	6.3	13	91	4	121	85	13	1	0	0.67
2394616--2394707	33	2.7	34	82	12	118	84	14	1	0	0.67
2394607--2394708	46	2.2	44	85	11	127	84	12	1	0	0.76
2394622--2394702	38	2.1	39	88	6	121	85	13	1	0	0.67
2394620--2394725	25	4.2	25	84	5	126	84	11	3	0	0.73
2395580--2397519	76	24.7	77	88	6	2513	29	15	18	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2395580--2397519	316	6.2	309	88	6	2524	29	15	18	37	1.92
2395580--2397519	236	8.2	233	86	8	2443	29	15	18	37	1.92
2397726--2397866	30	4.8	29	76	14	110	35	20	3	40	1.70
2397726--2397873	59	2.5	60	78	7	151	35	21	4	39	1.73
2398251--2398284	10	3.4	10	87	0	50	76	17	5	0	0.98
2398278--2398310	15	2.2	15	94	0	57	69	21	6	3	1.24
2398306--2398353	12	4.0	12	81	8	53	87	0	6	6	0.67
2398327--2398353	7	3.9	7	100	0	54	88	0	0	11	0.50
2398306--2398339	9	3.7	9	92	4	50	88	0	8	2	0.62
2399019--2399053	18	1.9	18	88	0	52	25	11	14	48	1.77
2399038--2399127	23	4.0	23	82	2	112	42	7	11	38	1.69
2399235--2399277	21	2.2	19	84	12	52	48	6	4	39	1.51
2399237--2399316	37	2.2	37	82	13	94	41	8	8	41	1.67
2399259--2399294	17	2.2	17	90	5	56	36	8	8	47	1.64
2399280--2399320	21	2.0	21	90	4	66	43	9	12	34	1.75
2399362--2399415	16	3.3	15	80	15	54	31	7	11	50	1.66
2401325--2401395	35	2.0	35	100	0	142	40	14	19	25	1.89
2401820--2401865	5	9.0	5	81	13	58	41	2	0	56	1.11
2401817--2401869	18	3.0	16	79	17	52	41	1	0	56	1.10
2401820--2401865	21	2.2	21	92	3	76	41	2	0	56	1.11
2401891--2401957	35	1.9	34	82	8	82	65	4	23	5	1.34
2409696--2409849	41	3.8	41	94	0	281	25	26	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2409668--2409854	82	2.3	82	89	0	293	27	26	19	26	1.99
2416586--2416624	18	2.2	18	86	9	53	30	20	0	48	1.50
2416750--2416862	39	2.9	39	75	9	122	30	26	19	23	1.98
2416723--2416862	39	3.6	38	76	10	115	27	27	20	24	1.99
2416750--2416861	38	2.8	41	75	12	110	30	25	19	24	1.98
2417848--2417880	17	1.9	17	88	11	50	21	6	0	72	1.05
2422060--2422108	24	2.0	24	84	7	64	46	0	0	53	1.00
2447119--2447202	28	3.0	28	85	0	114	19	26	16	38	1.92
2451556--2451642	44	2.0	44	97	0	165	19	27	12	40	1.88
2453618--2453645	14	2.0	14	100	0	56	21	21	21	35	1.96
2463772--2463837	33	2.0	33	90	0	105	21	7	39	31	1.81
2472880--2472924	22	2.0	23	95	4	83	42	22	17	17	1.89
2473094--2473149	23	2.4	23	85	5	69	51	35	1	10	1.47
2473126--2473211	28	3.0	28	81	1	109	48	29	3	18	1.64
2476147--2476198	26	2.0	26	96	0	95	32	17	34	15	1.91
2479580--2479604	11	2.3	11	100	0	50	0	24	0	76	0.80
2481787--2481945	27	5.9	27	80	11	175	34	21	24	19	1.96
2481805--2481948	54	2.7	54	93	2	236	34	22	24	18	1.96
2483538--2483645	26	4.2	26	92	0	180	37	24	6	32	1.81
2488703--2488742	18	2.2	19	86	13	57	20	10	0	70	1.16
2491649--2491688	19	2.2	19	95	4	73	25	12	10	52	1.70
2500346--2500405	31	1.9	31	89	0	93	41	15	3	40	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2503293--2503335	16	2.8	15	79	6	50	55	0	4	39	1.20
2503457--2503501	22	2.0	23	86	4	65	42	0	6	51	1.28
2514905--2515021	58	2.0	58	94	0	207	20	19	17	42	1.89
2521458--2521492	13	2.7	13	86	0	52	42	25	5	25	1.77
2526177--2526220	23	1.9	23	95	0	79	11	29	11	47	1.74
2526837--2526881	23	2.0	23	95	0	81	42	2	31	24	1.67
2534419--2534512	48	2.0	48	87	8	138	40	27	12	19	1.88
2536895--2536988	48	2.0	48	87	8	138	40	27	12	19	1.88
2541024--2541057	12	2.8	12	90	0	50	67	8	14	8	1.41
2542009--2542120	58	1.9	58	98	0	215	36	11	25	26	1.90
2542394--2542486	42	2.2	42	96	0	168	43	11	22	21	1.85
2545357--2545422	32	2.1	32	91	0	105	36	19	4	39	1.72
2545606--2545650	22	2.0	22	100	0	90	53	4	4	37	1.41
2546175--2546209	11	3.1	11	95	4	61	31	0	0	68	0.90
2546331--2546393	30	2.1	30	93	0	108	55	17	3	23	1.56
2552255--2552400	29	5.1	29	84	2	170	26	30	15	27	1.96
2558427--2558528	43	2.4	43	81	0	132	25	17	28	28	1.98
2558546--2558623	40	1.9	40	81	2	93	26	17	28	26	1.98
2565214--2565366	29	5.4	29	82	3	152	27	30	13	28	1.94
2585633--2585677	22	2.0	22	82	4	54	51	2	6	40	1.41
2589113--2589153	3	14.3	3	80	19	52	63	0	34	2	1.08
2589112--2589161	14	4.0	13	78	21	54	64	0	34	2	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2589113--2589157	17	2.7	17	90	10	67	64	0	33	2	1.06
2589262--2589525	41	6.2	41	90	7	404	32	0	12	54	1.40
2589239--2589526	22	13.1	24	78	17	221	32	0	12	55	1.40
2589658--2589739	38	2.2	38	97	0	155	54	3	2	39	1.31
2589776--2589817	16	2.7	15	85	7	57	38	2	2	57	1.25
2594804--2594848	22	2.1	21	91	4	72	0	33	2	64	1.06
2594933--2594989	27	2.1	26	90	6	87	21	38	26	14	1.91
2597365--2597570	43	4.8	43	80	3	166	19	19	21	38	1.94
2597392--2597556	86	1.9	86	81	2	197	18	21	22	37	1.94
2599623--2599660	12	3.2	12	85	10	51	57	2	2	36	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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