genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
655664--655738	35	2.1	35	85	9	100	82	0	16	1	0.73
656026--656616	97	6.0	97	93	5	961	27	17	8	47	1.76
656414--656702	108	2.7	108	86	2	420	26	17	8	46	1.77
657615--658280	46	14.4	46	87	1	945	26	16	24	32	1.96
659001--659035	11	3.2	11	91	0	52	14	2	2	80	0.95
659012--659050	18	2.2	18	90	4	62	12	10	0	76	1.01
659834--659928	3	30.7	3	84	6	118	29	3	3	64	1.24
660124--660168	22	2.0	22	91	0	72	11	17	26	44	1.82
660237--660432	42	4.6	41	81	7	214	23	21	19	34	1.97
660240--660432	86	2.3	85	82	4	237	24	21	19	34	1.96
660762--660823	21	3.0	21	79	9	72	3	46	20	29	1.66
666324--666360	7	5.0	7	87	12	56	29	0	16	54	1.43
666331--666527	9	23.2	9	66	14	82	34	2	19	43	1.64
666465--666527	27	2.3	27	91	0	99	33	3	15	47	1.62
666598--666777	52	3.7	50	70	20	146	35	3	15	45	1.65
666650--666735	21	4.0	22	72	19	67	34	2	13	48	1.56
666696--666741	7	6.6	7	78	16	51	28	0	10	60	1.30
666696--666741	15	3.3	15	79	17	62	28	0	10	60	1.30
666610--666820	95	2.2	95	85	3	271	35	4	14	45	1.65
666966--667113	61	2.4	61	80	4	174	46	8	4	41	1.52
667044--667083	16	2.6	15	76	7	53	47	7	0	45	1.31
667092--667124	17	1.9	17	93	0	57	51	9	3	36	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
671803--672052	113	2.2	113	80	6	283	27	21	16	34	1.95
672344--672377	15	2.3	15	90	10	52	38	5	0	55	1.24
677022--677095	12	5.9	12	82	13	71	82	0	16	1	0.74
677034--677097	6	10.0	6	78	18	67	81	0	17	1	0.77
677033--677095	26	2.4	26	87	10	85	82	0	15	1	0.74
677022--677096	35	2.1	35	85	9	100	82	0	16	1	0.73
677384--677888	97	5.0	97	91	6	620	26	17	8	47	1.77
677573--677930	108	3.3	108	94	1	603	26	17	8	47	1.77
677573--677974	108	3.7	108	91	1	585	26	17	8	47	1.77
678786--679111	163	2.0	163	98	0	625	31	19	21	27	1.97
679050--679818	46	16.4	46	84	4	944	28	15	24	31	1.96
679050--679818	138	5.5	138	87	4	1043	28	15	24	31	1.96
679555--679663	57	1.9	57	94	0	191	29	16	26	27	1.97
679414--679797	195	2.0	195	89	0	588	27	15	26	30	1.96
680539--680573	11	3.2	11	91	0	52	14	2	2	80	0.95
680550--680588	18	2.2	18	90	4	62	12	10	0	76	1.01
691014--691070	29	1.9	29	86	10	80	43	12	5	38	1.65
696009--696307	50	5.8	50	87	2	400	25	22	30	21	1.99
700277--700301	13	1.9	13	100	0	50	48	40	0	12	1.40
705377--705430	26	2.1	26	100	0	108	37	24	0	38	1.56
710456--710990	72	7.4	71	77	4	387	32	13	22	31	1.92
710459--711014	145	3.9	143	75	5	404	32	13	22	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
710457--710990	217	2.5	214	82	4	608	32	13	22	31	1.92
713185--713244	30	2.0	30	86	3	84	43	0	36	20	1.52
713540--713581	9	4.7	9	90	0	66	35	21	11	30	1.90
721669--721711	22	2.0	22	90	0	68	11	20	25	41	1.86
721783--722160	43	8.8	43	81	4	368	29	30	15	25	1.96
721809--722160	129	2.7	128	84	2	409	29	31	15	23	1.95
723884--723941	24	2.4	24	91	0	98	29	15	15	39	1.88
724456--724513	29	2.0	29	96	0	107	25	13	15	44	1.83
727082--727155	7	10.4	7	72	13	62	44	35	0	20	1.52
727082--727155	15	5.2	13	73	20	60	44	35	0	20	1.52
727577--727902	41	8.0	39	85	7	400	29	29	20	21	1.98
727577--727902	82	4.0	81	87	1	465	29	29	20	21	1.98
727963--728073	39	2.8	39	78	2	98	19	17	23	39	1.92
731453--731505	5	10.4	5	86	8	63	39	15	24	20	1.91
731644--731687	19	2.3	19	88	0	61	56	27	2	13	1.49
733076--733134	29	2.0	29	96	0	109	54	0	8	37	1.31
736147--736199	13	3.8	13	80	11	61	60	1	0	37	1.08
736150--736188	15	2.6	15	87	0	60	64	2	0	33	1.08
738010--738362	100	3.5	100	83	3	435	25	19	22	32	1.97
738012--738366	50	7.1	50	73	5	263	25	19	22	32	1.97
738370--740127	132	13.3	132	94	0	2784	28	25	16	29	1.97
740010--740222	88	2.4	87	91	1	345	26	25	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
741529--741595	7	9.9	7	72	18	61	0	17	0	82	0.68
741529--741595	10	6.6	10	77	14	66	0	17	0	82	0.68
741521--741605	37	2.4	38	80	20	103	3	15	0	81	0.83
741529--741596	30	2.2	30	84	7	84	0	17	0	82	0.67
741528--741605	19	4.3	19	79	9	74	2	15	0	82	0.79
744290--744323	12	2.8	12	86	0	50	17	29	11	41	1.85
746471--746591	60	2.0	60	95	0	215	47	14	16	20	1.82
746768--746827	25	2.3	26	80	2	68	50	0	10	40	1.36
746816--746852	13	2.8	13	87	0	56	64	2	0	32	1.07
748092--748220	65	2.0	65	98	0	249	17	17	30	35	1.92
749723--750159	144	3.0	144	62	11	343	29	22	16	32	1.95
749651--750458	288	2.8	288	94	1	1379	28	23	15	32	1.95
753435--753496	29	2.2	28	85	2	79	25	14	14	45	1.83
753673--753995	126	2.6	126	95	0	594	29	14	22	34	1.93
757108--757132	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
757113--757217	47	2.2	48	81	10	126	42	5	11	40	1.65
757277--758434	91	12.6	91	95	2	1815	25	1	26	46	1.59
757277--758408	29	37.0	26	72	20	291	25	0	26	46	1.59
758489--758537	25	1.9	25	87	4	71	38	16	4	40	1.67
758935--758980	18	2.6	18	82	0	56	39	8	30	21	1.84
759627--759651	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
760685--760747	28	2.3	27	86	2	81	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
760791--760841	22	2.3	22	100	0	102	39	0	33	27	1.57
766405--766437	17	2.1	17	88	11	52	75	0	6	18	1.00
767795--767847	28	1.9	28	85	11	74	66	1	11	20	1.33
767795--767854	27	2.1	29	82	11	72	66	1	13	18	1.32
769710--769990	144	2.0	144	92	0	472	27	24	15	32	1.95
769956--770319	72	5.1	72	96	0	638	21	25	18	34	1.96
779486--779523	19	2.0	19	90	10	60	21	26	31	21	1.98
780236--780283	6	7.7	6	78	17	53	20	2	0	77	0.88
799973--800316	102	3.4	102	87	5	441	28	15	26	29	1.96
799973--800307	51	6.6	49	82	6	350	28	15	26	29	1.96
804712--804812	41	2.4	41	95	1	184	27	15	12	43	1.84
805024--805055	5	6.4	5	100	0	64	59	0	0	40	0.97
812435--812489	13	4.5	12	76	13	58	36	5	7	50	1.53
822406--822430	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
823272--823365	9	10.4	9	91	0	125	23	7	25	43	1.79
825135--825187	21	2.5	21	87	0	79	32	7	30	30	1.85
835365--835406	22	2.0	21	85	4	57	23	7	0	69	1.13
836856--836953	51	1.9	51	97	0	187	29	24	5	40	1.76
838474--838544	3	23.7	3	100	0	142	67	0	32	0	0.91
843870--843908	19	2.0	20	85	9	55	69	0	2	28	1.02
843921--843984	10	6.4	10	73	12	51	32	3	1	62	1.20
843922--843984	19	3.2	19	74	26	60	33	3	1	61	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
843916--843977	29	2.1	30	85	8	83	35	3	1	59	1.23
844563--844626	29	2.1	30	85	5	85	32	7	15	43	1.76
847612--847666	22	2.5	23	85	8	71	1	34	3	60	1.25
851458--851558	50	2.0	50	100	0	202	34	25	15	23	1.95
852896--852942	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
856104--856150	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
882675--882823	44	3.4	44	81	3	149	35	16	16	31	1.91
882899--883009	44	2.5	44	82	2	125	30	21	19	27	1.98
882911--883034	44	2.8	44	80	7	128	32	19	23	25	1.98
884842--884874	14	2.3	15	94	5	59	12	0	3	84	0.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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