genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   

This is table  92  of  144  ( 17221 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28067124--28067206	38	2.2	36	87	8	130	33	18	9	38	1.83
28067520--28067733	44	4.9	44	65	11	107	31	23	17	28	1.97
28067432--28068879	132	11.0	132	92	1	2264	30	23	18	28	1.97
28067814--28068128	44	7.2	44	63	13	119	30	25	17	27	1.97
28068860--28068991	45	3.0	45	68	10	110	27	25	20	27	1.99
28070222--28070260	11	3.5	11	92	0	69	0	0	10	89	0.48
28070224--28070259	18	1.9	19	94	5	65	0	0	11	88	0.50
28074257--28074450	98	2.0	98	92	0	325	36	23	9	30	1.86
28074725--28074749	9	2.8	9	100	0	50	68	8	0	24	1.16
28074984--28075049	33	2.0	33	82	8	80	65	4	4	25	1.31
28075747--28075804	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
28075760--28075838	21	3.8	19	80	12	77	39	16	7	36	1.77
28075794--28075837	21	2.1	21	100	0	88	38	13	9	38	1.77
28078498--28078550	16	3.2	16	76	10	54	75	3	0	20	0.96
28081826--28082051	101	2.2	100	83	8	278	25	15	26	32	1.95
28081862--28082048	51	3.7	51	81	5	211	25	16	26	32	1.96
28082054--28082144	45	2.0	45	91	0	146	27	15	23	34	1.94
28087090--28087188	37	2.7	36	84	3	135	26	19	15	39	1.91
28091490--28091683	48	4.0	48	86	0	244	23	28	20	27	1.99
28093086--28093138	20	2.6	19	80	11	61	39	15	13	32	1.85
28098648--28098682	15	2.4	15	95	4	63	34	5	17	42	1.73
28104687--28104788	50	2.1	50	84	1	134	48	9	8	33	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28111655--28111756	51	2.1	49	85	5	134	49	11	8	30	1.70
28117695--28117755	24	2.6	24	87	7	81	18	24	9	47	1.78
28127244--28127321	25	3.2	24	78	7	68	29	21	21	26	1.99
28131094--28131137	22	2.0	22	86	0	61	59	4	2	34	1.30
28132644--28132687	21	2.0	22	83	12	56	38	20	6	34	1.79
28132846--28132918	30	2.4	31	86	4	103	24	31	8	35	1.85
28132940--28133006	30	2.2	30	91	0	107	26	23	10	38	1.87
28132996--28133065	29	2.4	30	88	9	108	14	37	10	38	1.79
28139973--28140049	25	3.1	25	76	10	86	33	16	23	25	1.96
28140134--28140184	27	2.0	25	88	7	75	31	17	27	23	1.97
28140042--28140195	25	6.1	25	71	15	86	33	18	27	20	1.96
28142846--28142920	21	3.6	21	81	0	78	34	9	34	21	1.85
28149851--28149936	23	3.8	23	68	20	72	51	2	24	22	1.60
28154634--28154699	33	2.0	33	100	0	132	36	0	24	39	1.56
28160267--28160310	23	1.9	23	81	9	54	52	2	2	43	1.26
28180889--28181113	40	5.7	40	83	7	253	25	26	22	25	2.00
28180891--28181113	119	1.9	120	82	6	283	25	26	22	25	2.00
28182240--28182415	56	3.1	56	99	0	343	22	22	9	45	1.80
28184806--28185153	40	8.7	40	95	0	624	21	26	20	31	1.98
28192233--28192456	39	5.7	39	86	6	267	25	26	21	26	2.00
28192233--28192455	79	2.8	79	83	6	274	25	26	21	26	2.00
28192210--28192442	118	2.0	119	84	8	307	25	26	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28192408--28192532	62	2.0	62	93	0	214	25	24	20	29	1.99
28193682--28193857	56	3.1	56	97	0	334	23	22	9	45	1.80
28196565--28196670	50	2.1	50	87	0	149	27	21	31	19	1.98
28207833--28208094	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
28221978--28222009	16	1.9	17	93	6	57	25	21	0	53	1.46
28222628--28222662	18	1.9	18	88	0	52	0	22	0	77	0.78
28222708--28222744	19	1.9	19	94	0	65	10	16	5	67	1.38
28222709--28222749	19	2.2	19	86	0	55	12	12	4	70	1.31
28227666--28228252	196	3.0	196	93	0	985	30	14	23	31	1.94
28246346--28246385	21	1.9	21	85	10	55	32	17	12	37	1.87
28251265--28251625	61	5.9	61	81	3	334	34	15	23	26	1.94
28256218--28256292	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
28256350--28256547	40	4.9	40	88	2	281	24	22	27	25	2.00
28259972--28260038	33	2.0	33	85	0	89	34	4	29	31	1.78
28260005--28260131	47	2.7	47	88	2	157	35	7	29	26	1.85
28263864--28263903	21	1.9	21	84	0	53	70	2	0	27	1.01
28268609--28268642	18	1.9	17	94	5	59	47	5	5	41	1.52
28268792--28268816	10	2.5	10	100	0	50	32	8	0	60	1.26
28269271--28269310	19	2.1	19	86	9	55	47	5	2	45	1.38
28282963--28282998	18	2.0	18	100	0	72	55	0	16	27	1.42
28288891--28289392	44	11.7	43	72	8	238	29	20	18	31	1.96
28288708--28289262	218	2.5	217	84	2	702	28	21	19	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28289014--28289391	127	2.9	127	84	3	362	28	20	19	31	1.97
28289099--28289391	127	2.3	129	88	2	421	29	20	18	31	1.97
28289380--28289879	131	3.8	132	88	4	735	25	23	21	30	1.99
28292077--28292125	6	7.8	6	84	4	53	16	6	12	65	1.45
28292092--28292126	7	5.3	7	96	3	56	14	0	14	71	1.15
28303174--28303236	26	2.5	25	89	5	99	42	12	11	33	1.78
28303174--28303247	26	2.8	26	82	11	89	43	12	13	31	1.81
28304086--28304285	105	1.9	105	88	2	303	50	18	8	23	1.73
28308881--28308905	12	2.1	12	100	0	50	40	16	0	44	1.47
28314232--28314262	15	2.0	16	93	6	55	64	0	0	35	0.94
28314301--28314357	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
28315940--28316152	106	2.0	106	98	0	408	45	17	15	21	1.85
28322361--28322401	20	2.0	20	90	0	64	48	0	14	36	1.44
28322453--28322602	47	3.2	47	91	0	237	28	12	21	38	1.89
28325553--28325648	41	2.3	41	83	0	111	25	20	26	28	1.99
28329930--28330048	63	1.9	63	98	0	229	24	25	24	26	2.00
28342732--28342790	27	2.1	28	81	3	66	28	18	16	35	1.93
28342838--28343014	61	2.9	61	82	3	187	24	25	15	33	1.95
28343095--28343197	53	1.9	54	86	2	145	27	25	15	32	1.96
28349777--28350081	75	4.1	75	99	0	601	19	10	21	47	1.79
28354151--28354225	36	2.1	36	97	0	141	18	34	36	10	1.86
28355043--28355165	27	4.5	28	79	10	103	26	26	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28355211--28356069	56	15.3	56	99	0	1709	25	20	14	40	1.89
28357513--28357680	45	3.7	45	86	0	192	38	18	20	22	1.93
28357649--28357817	91	1.8	92	83	1	223	42	15	24	17	1.88
28357607--28357817	46	4.6	46	83	3	214	42	17	23	17	1.88
28359817--28359857	21	2.0	21	85	9	57	41	12	12	34	1.80
28370877--28370940	18	3.4	18	74	18	67	29	6	37	26	1.81
28370883--28370930	21	2.2	21	81	3	51	37	4	39	18	1.70
28370902--28370951	18	2.8	18	81	0	64	38	4	36	22	1.73
28373598--28373653	29	1.9	29	89	7	87	32	23	19	25	1.98
28385560--28385654	19	4.8	20	71	12	81	15	36	16	30	1.91
28385560--28385739	39	4.6	39	81	2	200	16	32	17	33	1.92
28386374--28386425	27	1.9	27	96	0	95	28	9	23	38	1.86
28400630--28400702	25	2.9	25	79	0	92	36	23	15	24	1.93
28424643--28424714	29	2.4	29	81	2	72	38	25	19	16	1.92
28425906--28425955	26	2.0	26	84	4	66	48	12	8	32	1.69
28426046--28426128	20	4.0	21	77	9	73	40	6	13	39	1.69
28426077--28426116	21	1.9	21	94	0	71	32	5	15	47	1.66
28427415--28427468	21	2.3	24	78	21	78	44	7	0	48	1.31
28427424--28427465	21	2.0	21	100	0	84	42	9	0	47	1.36
28429943--28429998	28	2.0	29	85	3	78	26	21	23	28	1.99
28430098--28430177	26	3.1	26	75	0	79	36	23	22	17	1.95
28430345--28430625	27	10.4	27	83	2	334	17	20	19	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28437325--28437382	27	2.1	29	83	6	75	24	22	25	27	2.00
28437682--28438026	27	12.8	27	80	4	347	17	17	20	44	1.87
28440996--28441030	18	1.9	18	94	0	61	0	45	0	54	0.99
28441332--28441436	52	2.0	52	96	0	201	13	11	9	64	1.47
28442784--28442886	53	1.9	53	82	3	127	36	11	25	26	1.90
28442717--28443075	120	3.0	120	94	0	610	37	14	24	23	1.93
28442904--28443006	53	1.9	53	82	3	127	36	11	25	26	1.90
28442957--28443125	67	2.5	68	88	1	243	35	17	24	23	1.95
28444915--28444985	23	3.1	23	79	4	81	50	28	7	14	1.68
28444916--28444987	22	3.2	22	78	9	74	50	27	6	15	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144