genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1856744--1856804	22	2.8	22	83	11	65	50	26	0	22	1.49
1856731--1856803	29	2.6	29	72	14	71	49	28	0	21	1.50
1856867--1856892	7	3.7	7	100	0	52	46	15	0	38	1.46
1856866--1856899	14	2.4	14	85	0	50	44	23	0	32	1.54
1856994--1857077	27	3.1	27	72	8	71	48	27	2	21	1.62
1858199--1858315	42	2.8	42	88	0	171	22	20	21	35	1.96
1858633--1858682	21	2.4	21	82	0	64	8	46	12	34	1.70
1859948--1860331	114	3.4	111	79	7	362	29	27	21	21	1.99
1862866--1862898	3	11.0	3	100	0	66	33	33	0	33	1.58
1865030--1865071	17	2.3	18	80	12	50	23	11	7	57	1.59
1868676--1868706	15	2.1	15	93	0	53	32	29	19	19	1.96
1869370--1869400	12	2.6	12	100	0	62	12	0	12	74	1.08
1869781--1869994	107	2.0	107	95	1	385	31	13	14	41	1.83
1869996--1870357	193	1.9	193	95	0	652	29	20	15	34	1.94
1881613--1881691	39	2.0	39	92	0	131	32	20	17	29	1.95
1881881--1882626	44	17.0	45	73	9	234	31	13	24	30	1.94
1881877--1882334	126	3.5	129	82	7	541	29	15	24	30	1.95
1882260--1882714	88	5.2	88	97	0	831	34	11	24	29	1.91
1882125--1882714	44	13.3	43	76	7	493	33	12	24	29	1.92
1882715--1882840	44	2.8	45	78	8	141	30	16	19	32	1.94
1883571--1883603	12	2.7	12	95	4	57	9	9	0	81	0.87
1885801--1885834	16	2.1	16	88	0	50	50	0	8	41	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1889089--1889335	121	2.0	121	97	0	467	37	18	18	26	1.93
1895906--1896255	125	2.8	124	93	0	612	29	15	21	33	1.94
1900153--1900197	19	2.4	19	92	0	72	6	22	26	44	1.77
1900913--1901749	55	15.3	55	99	0	1644	42	7	12	38	1.70
1901745--1901978	29	8.3	29	90	7	383	29	0	26	44	1.54
1901745--1901957	52	3.9	52	86	10	291	28	0	26	45	1.54
1901745--1901978	57	4.1	58	89	8	383	29	0	26	44	1.54
1901815--1901957	23	5.5	23	71	24	106	27	0	26	45	1.54
1902056--1902166	25	4.6	25	68	20	83	45	14	2	37	1.59
1901984--1902168	71	2.6	71	93	0	316	45	14	2	37	1.59
1902570--1902604	18	1.9	18	88	0	52	31	8	34	25	1.86
1903256--1903280	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
1904674--1904732	29	2.2	26	81	9	64	47	15	11	25	1.79
1905619--1905656	20	1.9	20	88	0	58	26	0	26	47	1.52
1905621--1905665	14	3.3	14	82	17	67	31	0	24	44	1.54
1905891--1905953	32	2.0	32	87	0	90	52	1	11	34	1.47
1905841--1906117	132	2.1	128	81	10	326	48	6	7	37	1.58
1905948--1906033	42	2.0	42	84	8	113	47	9	2	40	1.48
1905878--1906141	132	2.0	132	85	3	336	47	6	7	38	1.59
1906648--1906743	39	2.4	40	79	8	106	38	18	20	21	1.93
1906781--1906932	41	3.7	41	88	0	216	23	21	26	28	1.99
1906939--1906980	20	2.2	19	86	4	57	23	4	4	66	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1907115--1907151	14	2.6	14	91	0	56	18	0	29	51	1.47
1907199--1907232	14	2.3	15	90	5	52	32	0	32	35	1.58
1907379--1907437	21	2.8	21	75	10	66	20	1	45	32	1.61
1907550--1907589	7	5.6	7	90	3	62	17	0	55	27	1.43
1908690--1908715	11	2.4	11	100	0	52	0	7	7	84	0.77
1910279--1910321	13	3.3	13	80	0	50	55	4	2	37	1.33
1912642--1912793	43	3.6	43	74	7	123	26	19	28	25	1.98
1912637--1912846	86	2.5	86	80	6	205	24	18	28	28	1.98
1912701--1912800	43	2.3	43	87	0	137	31	21	27	21	1.98
1912727--1912867	43	3.3	42	77	4	147	21	20	31	26	1.98
1913293--1913480	96	1.9	97	90	1	297	26	21	20	30	1.98
1915173--1915836	114	5.9	113	81	5	736	27	21	24	26	1.99
1915173--1915836	223	2.9	222	82	5	771	27	21	24	26	1.99
1916072--1916159	38	2.4	37	90	5	133	19	2	38	39	1.64
1916118--1916175	30	1.9	31	82	10	75	18	1	37	41	1.61
1916450--1916494	21	2.1	21	91	0	72	17	4	35	42	1.70
1918677--1918836	9	18.4	9	73	15	90	47	18	1	32	1.57
1918654--1918698	21	2.1	21	84	8	56	46	15	0	37	1.46
1918677--1918721	17	2.6	18	82	7	56	46	22	0	31	1.52
1918683--1918837	50	3.0	49	85	6	202	47	18	1	32	1.57
1918932--1919003	17	4.2	17	72	13	58	44	13	1	40	1.53
1918940--1919003	25	2.5	26	87	2	94	43	14	1	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1928091--1928142	27	1.9	27	84	7	70	57	15	7	19	1.62
1928913--1929296	114	3.4	115	79	7	372	21	21	27	29	1.99
1930566--1930611	21	2.2	21	84	0	56	32	13	47	6	1.68
1930929--1931090	42	3.8	42	89	0	234	35	22	20	22	1.96
1932055--1932304	43	5.8	42	83	7	202	33	20	23	22	1.97
1932101--1932304	43	4.7	42	87	4	282	30	22	25	22	1.99
1932679--1932721	22	1.9	23	85	4	61	46	0	0	53	1.00
1935319--1935405	32	2.7	32	80	7	95	42	12	9	35	1.75
1940236--1940347	23	5.1	23	78	11	92	20	21	23	34	1.96
1940249--1940332	44	1.9	44	83	9	109	16	23	26	33	1.96
1943759--1943861	51	2.0	51	96	0	188	29	13	28	29	1.94
1944052--1944135	41	2.0	41	97	0	159	26	16	14	42	1.86
1951676--1951725	22	2.3	22	92	0	82	42	6	22	30	1.77
1953811--1953844	15	2.3	15	90	10	52	67	0	0	32	0.91
1958694--1958746	20	2.5	20	75	6	52	45	1	3	49	1.31
1958947--1959011	17	3.8	18	73	17	57	64	3	1	30	1.18
1959548--1959578	12	2.6	12	94	0	53	90	0	9	0	0.46
1963916--1963950	14	2.5	14	90	0	52	20	0	0	80	0.72
1963958--1964008	26	2.0	24	85	7	66	31	0	1	66	1.03
1964292--1964344	26	2.1	25	89	3	79	32	22	24	20	1.98
1964333--1964396	27	2.4	25	80	16	76	31	23	25	20	1.98
1964551--1964893	27	12.8	27	83	1	341	22	18	20	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1964551--1964893	107	3.2	107	82	5	388	22	18	20	37	1.94
1964555--1964893	134	2.5	134	84	2	405	22	19	20	38	1.94
1964555--1964867	80	3.9	78	83	4	313	22	19	20	37	1.94
1966360--1966389	10	3.0	10	95	0	51	33	10	40	16	1.82
1966604--1966653	24	2.1	23	85	10	66	46	0	10	44	1.37
1967098--1967240	75	1.9	75	86	0	205	18	34	20	25	1.96
1967420--1967447	14	2.0	14	100	0	56	21	14	7	57	1.61
1973969--1974074	52	2.0	52	96	0	194	30	13	21	34	1.92
1974983--1975095	53	2.1	53	90	0	172	26	21	34	17	1.95
1977082--1977127	22	2.0	24	83	8	60	39	10	17	32	1.84
1983408--1983856	44	10.1	44	71	7	246	32	20	18	28	1.96
1983407--1983701	133	2.2	132	90	1	466	31	23	17	27	1.97
1988509--1988546	5	8.2	5	97	2	55	44	0	13	42	1.43
1989989--1990053	32	2.1	32	94	2	114	49	10	9	30	1.69
1997490--1997680	36	5.0	36	83	12	247	36	13	19	30	1.91
1997454--1997676	118	1.9	118	94	0	392	36	13	20	30	1.90
1997526--1997706	82	2.2	81	95	1	317	34	15	19	30	1.93
1998837--1998883	21	2.3	20	92	7	85	0	14	12	72	1.13
1999430--1999493	31	2.1	31	100	0	128	46	12	9	31	1.73
2010928--2011008	41	2.0	40	97	0	144	34	16	12	35	1.86
2016379--2016473	34	2.8	34	88	0	127	14	13	34	36	1.86
2016379--2016499	34	3.6	33	83	4	109	16	14	34	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2020804--2020835	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
2025351--2025407	19	2.9	20	79	10	64	45	0	3	50	1.18
2026464--2026527	29	2.2	30	82	5	85	34	6	17	42	1.74
2039331--2039367	3	12.3	3	94	0	65	32	2	0	64	1.07
2044110--2044459	103	3.5	101	76	11	288	29	22	16	31	1.96
2049009--2049033	13	1.9	13	100	0	50	32	4	0	64	1.12
2050405--2050437	17	1.9	17	88	11	50	24	3	0	72	0.98
2050768--2050811	20	2.2	20	84	8	54	11	54	25	9	1.65
2054629--2054675	18	2.6	18	83	6	60	2	21	10	65	1.33
2056228--2056382	49	3.3	47	70	14	142	30	9	14	44	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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