genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44797108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18680121--18680157	7	5.1	7	90	3	56	27	29	13	29	1.94
18680189--18680255	34	2.0	34	85	5	91	49	28	1	20	1.58
18681857--18681934	20	3.8	20	76	14	79	48	29	0	21	1.50
18681896--18681963	27	2.5	27	83	9	86	45	29	0	25	1.54
18686998--18687031	3	11.3	3	100	0	68	64	0	0	35	0.94
18689903--18690007	46	2.3	46	91	0	165	37	13	20	28	1.91
18689971--18690116	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
18691182--18691215	17	2.0	17	88	0	50	55	2	0	41	1.15
18697357--18697386	13	2.3	13	94	0	51	6	20	0	73	1.05
18699939--18700018	26	3.1	25	81	13	83	71	0	2	26	0.99
18699939--18700015	14	5.9	12	77	17	66	70	0	2	27	1.01
18699954--18700011	6	9.3	6	80	12	64	70	0	0	29	0.87
18699954--18700011	18	3.1	19	85	9	75	70	0	0	29	0.87
18699939--18700019	13	6.2	12	72	13	63	71	0	2	25	0.98
18701378--18701572	99	2.0	97	83	2	246	35	9	7	47	1.64
18701666--18702002	116	2.9	115	93	3	554	46	7	6	40	1.56
18704468--18704508	21	2.0	20	90	4	64	65	0	4	29	1.13
18707775--18707817	18	2.4	18	92	7	70	46	0	2	51	1.13
18708178--18708232	28	2.0	28	92	0	92	54	9	14	21	1.68
18710081--18710133	16	3.2	16	91	2	88	26	0	35	37	1.57
18710349--18710403	15	3.4	16	80	16	53	54	1	0	43	1.10
18710355--18710403	16	2.9	18	80	20	61	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18710451--18710663	67	3.1	67	65	16	168	46	3	3	46	1.37
18710256--18710583	156	2.1	156	97	0	620	42	3	6	46	1.46
18710525--18710559	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
18710261--18710701	137	3.1	137	69	19	360	44	3	5	46	1.41
18710642--18710683	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
18710651--18710692	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
18710463--18710861	137	3.0	136	82	11	401	48	4	3	44	1.39
18710677--18710864	61	3.1	60	69	17	190	48	5	2	42	1.41
18710645--18710875	120	1.9	120	99	0	453	49	5	2	41	1.40
18710771--18710812	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
18710680--18710863	59	3.1	59	68	20	173	48	5	2	42	1.41
18711929--18712483	278	2.0	278	97	0	1038	35	19	14	30	1.92
18717710--18717823	35	3.2	35	91	3	185	37	35	12	14	1.84
18719414--18719696	42	6.7	42	93	0	431	21	22	21	33	1.98
18720021--18720091	21	3.4	21	86	0	97	2	47	18	30	1.63
18725112--18725198	7	11.0	7	81	11	57	33	1	18	47	1.56
18725121--18725234	9	11.6	9	73	17	84	35	2	20	41	1.66
18725119--18725538	18	24.4	18	71	16	277	32	2	19	45	1.63
18725112--18725234	32	3.7	34	82	8	146	34	2	19	43	1.64
18725122--18725244	41	3.0	41	95	2	210	34	2	20	42	1.65
18725121--18725241	50	2.4	48	86	5	161	35	2	19	42	1.65
18725305--18725538	9	26.2	9	74	11	205	30	2	18	47	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18725305--18725515	46	4.5	46	77	9	205	30	2	18	47	1.61
18725372--18725443	23	3.0	23	89	8	99	30	1	19	48	1.57
18725322--18725538	96	2.2	97	95	3	382	30	2	18	48	1.61
18725753--18725790	16	2.4	16	91	4	60	52	5	0	42	1.24
18725787--18725814	13	2.2	13	100	0	56	46	7	7	39	1.59
18725783--18725832	17	3.2	17	81	18	72	52	6	6	36	1.51
18727041--18727141	44	2.3	44	83	10	134	52	22	6	17	1.68
18727040--18727149	45	2.5	44	86	3	130	53	21	7	17	1.67
18726704--18727104	219	1.8	219	89	2	626	48	16	15	19	1.81
18730062--18730413	114	3.1	113	79	4	438	28	21	17	32	1.96
18729971--18730397	114	3.8	113	78	7	436	26	21	18	33	1.96
18729935--18730411	227	2.1	227	91	2	762	27	22	17	33	1.96
18732169--18732205	15	2.6	15	87	8	51	54	2	0	43	1.14
18732169--18732210	15	2.9	14	83	13	50	54	2	0	42	1.13
18732308--18732360	21	2.4	22	81	9	63	54	0	1	43	1.11
18732291--18732350	25	2.3	27	83	13	81	53	0	1	45	1.10
18733368--18733429	32	1.9	32	83	6	81	40	12	9	37	1.77
18744022--18744054	16	2.1	16	100	0	66	36	0	6	57	1.23
18750705--18750764	26	2.3	26	94	0	102	38	16	13	31	1.87
18752710--18752736	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
18753345--18753683	109	3.1	109	96	0	619	31	17	17	33	1.93
18753952--18754113	76	2.1	76	97	0	306	25	27	15	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18760884--18761222	109	3.1	109	93	0	565	32	17	15	34	1.91
18761491--18761639	76	2.0	76	95	0	271	28	26	13	31	1.94
18763007--18763059	13	3.9	14	78	7	56	39	5	18	35	1.75
18764378--18764443	34	1.9	34	84	6	89	31	6	15	46	1.70
18764834--18764885	16	3.3	16	81	7	54	3	19	1	75	1.06
18767441--18767483	22	2.0	22	81	9	52	20	4	18	55	1.60
18775448--18775520	32	2.3	32	79	9	78	19	45	20	15	1.86
18776294--18776457	40	4.1	40	90	0	265	43	28	15	12	1.82
18777807--18777877	32	2.2	32	82	7	83	18	39	25	16	1.91
18785229--18785332	49	2.1	50	87	5	149	14	38	25	21	1.91
18787666--18787701	18	2.0	18	88	0	54	19	22	38	19	1.93
18791787--18791814	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
18791757--18791898	68	2.1	66	94	2	248	45	9	4	40	1.58
18791887--18791928	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
18791757--18791920	68	2.5	66	86	10	216	45	9	4	40	1.55
18792395--18792464	36	1.9	36	94	0	122	44	1	18	35	1.59
18792851--18792937	29	3.0	28	69	21	72	34	11	6	47	1.67
18792849--18792960	57	2.0	57	90	0	179	33	12	8	45	1.71
18793305--18793375	21	3.5	20	77	7	63	53	5	7	33	1.51
18798848--18798889	12	3.7	12	78	12	52	73	9	2	14	1.18
18800347--18800385	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
18800450--18800484	12	2.9	12	84	16	54	77	5	0	17	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18806322--18806536	28	7.9	27	79	7	186	22	12	6	59	1.55
18806320--18806536	55	4.0	56	80	8	234	22	12	5	58	1.56
18807107--18807478	45	8.3	44	71	14	197	24	18	17	38	1.92
18807086--18807480	90	4.4	90	80	4	422	25	19	17	37	1.93
18809009--18809056	24	2.0	24	100	0	96	62	8	16	12	1.53
18809352--18809412	26	2.3	27	81	10	74	49	1	9	39	1.46
18810038--18810075	17	2.2	18	86	13	53	63	2	0	34	1.09
18811718--18812043	40	7.8	40	74	14	280	23	20	23	33	1.97
18811709--18812085	83	4.5	83	90	4	592	22	20	22	34	1.97
18811897--18812068	90	1.9	90	95	0	308	22	20	23	33	1.97
18812192--18812388	89	2.2	89	78	6	222	27	25	19	26	1.99
18812395--18812434	19	2.1	19	100	0	80	25	22	5	47	1.71
18812179--18812643	237	1.9	239	86	1	655	28	26	17	27	1.98
18812705--18813240	46	11.6	46	90	2	806	32	25	16	25	1.96
18813610--18813662	24	2.2	24	83	6	63	26	18	18	35	1.95
18816893--18816943	24	2.1	25	85	3	68	45	3	9	41	1.56
18816980--18817024	18	2.4	18	85	7	54	57	2	4	35	1.31
18816945--18817015	32	2.2	32	80	9	83	59	2	2	35	1.27
18817208--18817233	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
18818745--18819587	50	16.9	50	68	7	444	22	19	25	32	1.98
18818736--18819587	100	8.5	100	89	0	1152	22	20	25	32	1.98
18820799--18820832	13	2.5	14	95	4	61	14	11	0	73	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18825928--18825973	23	2.0	24	86	4	67	43	6	2	47	1.41
18825935--18825990	27	2.1	26	87	12	78	39	7	1	51	1.40
18825971--18826014	16	2.6	17	82	7	54	38	6	0	54	1.27
18826191--18826224	10	3.4	10	87	0	50	47	11	2	38	1.55
18832537--18832990	45	10.2	45	75	5	384	32	23	20	24	1.98
18832537--18832990	89	5.1	89	81	0	496	32	23	20	24	1.98
18832537--18832993	134	3.4	134	75	5	341	32	23	19	24	1.98
18832541--18832990	178	2.5	178	85	1	578	32	23	20	24	1.98
18833294--18833675	44	8.6	45	71	12	168	28	20	21	29	1.98
18833572--18833675	45	2.3	44	86	1	136	27	20	25	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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